质谱基因分析平台

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  • 企业简介武汉上谱分析成立于2013年1月,拥有CMA资质认证,GeoPT、G-Probe国际盲样分析检验水平全球领先,是专业的地球化学分析综合测试平台,提供微区原位分析(U-Pb同位素定年、原位Rb-Sr等时线定年、主微量元素分析、S-Sr-Nd-Pb-Hf-B同位素分析)、全岩主微量元素分析、Sr-Nd-Pb-Hf-Ca-Fe-Cu-Zn-Li-Mg同位素分析、电子探针分析、样品前处理等测试服务。累计服务国际SCl论文超2800篇,包括NC、PNAS、EPSL、GCA等。发展历程2013年,上谱成立,初建50平米千级超净实验室,引进第一套质谱分析设备,可完成锆石制靶、微量元素检测,初步形成地化分析能力。2014年,取得CMA认证,参加GeoPT国际盲样比拼,测试结果处于国际一流水平。2015年,引进第一台激光分析设备,可提供U-Pb同位素定年和微区主微量元素分析。2016年,建成形貌分析实验室,引进IT100扫描电镜和第二套质谱,检测效率进一步提升。2017年,主量实验室成立,引进X荧光光谱仪和第二套激光、第三套质谱,正式开展全岩Sr、Nd、Pb、Hf同位素前处理,形成微区原位、全岩主微量两大分析板块。2018年,乔迁2000平实验楼,建成220平米千级超净实验室,引入第一套MC(NeptunePlus)和第三套激光,开启同位素分析时代,开展微区Sr、Nd、Pb、Hf、S同位素分析。2019年,建成电子探针实验室,引进JAX-8230探针和IT300电镜,丰富地学测试项目。2020年,建立前沿同位素方法,第二套MC(NeptuneXT),建立Ca、Fe、Cu、Zn等前沿方法。2021年,成立上谱地质开展制片、岩矿鉴定、矿物分选、无污染碎样等,引进第四套激光和质谱,打造一站式地学综合分析平台。2022年,地学分析综合测试平台,新建200平超净仪器房,300平实验室,进一步提升测试能力,健全地学分析项目服务国际SCI文章超过1500篇。2023年 走向世界 服务全球测试项目上谱分析测试项目包括激光微区原位分析、电子探针分析、全岩主微量元素分析、同位素分析以及地质样品前处理等,样品类型涵盖岩石、矿物、土壤、水、珠宝、材料、生物样品以及高纯物质等。全心服务上谱分析始终坚持“专业、快速、贴心”的服务理念,依托标准化的实验硬件设施、规范化的样品管理制度、精细化的优质服务体系,为广大科研工作者提供地学样品一站式服务,实现“上门取样→样品前处理→分析测试→数据处理”全流程一站解决!
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  • 谱质分析检测技术(上海)有限公司(以下简称谱质)是国内专业从事仪器租赁、二手分析仪器销售和服务的领先企业,针对多品牌的分析仪器提供专业技术服务的公司。凭借经验丰富、 技术力量雄厚的工程师团队,我们为广大用户在仪器租赁、色谱、质谱仪器的软硬件使用、维护、维修、认证、应用和数据安全等多方面提供完善的技术支持和应用解决方案。 公司主营品牌有:Agilent (安捷伦)、Waters(沃特世)、Thermo(赛默飞)、AB Sciex、PE、Shimadzu等,并常备数十种国际知名品牌的仪器,低价出售或租赁给用户及仪器同业,保证设备品质优异的同时提供良好的售后服务。 谱质总部在上海,通过其设在北京、广州、武汉、杭州、西安、成都等地的分公司,形成覆盖全国的服务网络。为广大制药、能源、食品、环保、农残检测等多个行业以及高校、科研院所、质检实验室等领域业内客户提供方便快捷的本地化服务。 亨融(上海)仪器设备有限公司简介--新机租赁亨融仪器是中国最大最权威的实验室综合性服务一站式交易平台,专注于国际一线仪器品牌、原厂同等的全程定制化第三方技术标准化服务方案。 亨融仪器旗下同时拥有专业的实验室服务工程师团队,多家资历深厚的公司基于战略合作关系共同投资组建的实验室仪器维修平台,由国内资深分析仪器工作者发起,充分利用各自现有资源和服务产品,形成集群效应,提高规模经济效益和范围经济效益,提升核心竞争力,深入推进实验室仪器设备行业维修水平,探索实验室仪器维修的综合应用方案,持续推动国内实验室仪器维修行业发展变革,促进实验室售后服务产业健康发展,完善产业链,共同面对全球性合作和竞争。 通过线上线下结合的手段、领先的技术方案、线下专业的工程师服务团队和变革性的创新资源对接,构筑垂直而综合的实验室全产业链综合服务系统。
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质谱基因分析平台相关的仪器

  • 产品简介聚光科技Gene TOF 3100核酸质谱分析系统是快速、准确、经济、高效的多重基因检测平台,独立自主研发,拥有多项关键专利技术。GeneTOF 3100结合了PCR技术的高灵敏度、芯片技术的高通量、及质谱技术的高精度等优势,搭配完善的自动化体系,为客户提供包含仪器、耗材、试剂、软件在内的综合解决方案,可广泛应用于出生缺陷防控、药物基因组、肿瘤、传染性疾病等相关基因位点的分析。性能优势1) 多重可单孔实现几十个靶标的多重检测分析。2) 准确高分辨质谱检测,可区分仅一个碱基分子量差异,准确性99.5%,是 SNP 突变检测的金标准。3) 经济无需化学发光、荧光或其他任何二级标记,单个靶点检测成本最低的方法。4) 高效单批进样 384 个样本,日最高检测通量超过 3000, 能够满足不同检测量的需求。5) 便捷高度集成自动点样仪进行样品纯化及点样,自动分析结果,实现样本进结果出,无需任何手工操作,无须生物信息学分析。产品特点1)多基因多位点的精准基因检测平台;2)自主知识产权,多项关键专利技术;3)开放式平台体系,支持自建项目;4)提供完整的仪器、软件、基础试剂、耗材和自动化解决方案;5)可广泛应用于SNP分型、基因突变、DNA甲基化、拷贝数变异等的检测。应用领域出生缺陷防控(遗传病筛查):遗传性耳聋、地中海贫血症、脊髓性肌萎缩症(SMA)、G6PD缺乏症等;药物基因组学:心血管、精神类疾病个体化用药,儿童安全用药等;肿瘤精准防治:肿瘤早筛、肿瘤靶向用药指导、靶向治疗耐药监测等;传染性疾病:感染性腹泻、呼吸道多重感染病原体及其耐药性检测等。
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  • 仪器原理 大气中的挥发性有机物样品,具有组成复杂、含量低、活性强、浓度和化学活性差异大等特点,系统通过与Exp-200深冷预处理装置配合使用,结合氢火焰离子化检测器(FID)技术和质谱检测器技术(MSD)进行大气中VOC样品的在线分析监测。 样品经Pre-3000深冷预处理装置除水、富集浓缩后,通过直热式高温热脱附,被快速送入至毛细管色谱柱进行分离,分离后的样品,低碳(C2-C5)类VOC样品使用氢火焰离子化检测器(FID)进行检测;高碳(C6-C12)和含氧类VOC样品使用质谱检测器(MSD)进行检测,得到各单一组分准确的定性定量分析结果。 在线色谱-质谱分析仪充分利用了气相色谱的分离技术和质谱检测器的定性检测技术,可有效用于环境大气中复杂多组分VOC样品监测。一次采样可检测100多种各类VOC(碳氢化合物、卤代烃、含氧挥发性有机物)样品。仪器特点 工业标准系统设计,系统可靠性高;断电开机后,系统自动循环运行,维护量低; 低温电制冷技术,仪器体积小,整机采用19”标准机柜设计,安装维护方便; 质谱检测数据自动分析处理,结果直接输出,并传送至分析平台,无需人工计算; GC-FID、GC-MS双系统进行VOC检测,一次可检测100多种各类VOC(碳氢化合物、卤代烃、含氧挥发性有机物); GC-FID系统使用预分离和阀切换反吹技术,避免高沸点组分进入分析系统,提高色谱柱的使用寿命; 对样品深度除水,解决水汽对色谱柱性能的影响;深冷富集可提高样品富集效率,解决含氧类VOC常温富集效率低、差异大的问题,提高检测灵敏度。应用领域  环境空气组分分析监测  环境空气痕量样品监测  石化化工园区厂界挥发性溶剂及未知物组分分析  科学研究
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  • 赛默飞旗下液相色谱LC、气相色谱GC、离子色谱(IC)、质谱(LC-MS/MS、GC-MS/MS、LCHRMS、GCHRMS、IOMS)、痕量元素分析(TEA)和样品前处理系统,是业界领先产品,能为科学分析创造出全新的可能性。主要产品:液相色谱(LC)液质联用(LC-MS/LC-MSMS)高分辨液质离子阱质谱气相色谱(GC)气质联用(GC-MS/GC-MSMS)高分辨气质痕量元素分析产品(AAS, ICP, ICP无机质谱离子色谱(IC)样品前处理设备(SP)水质分析仪(CDD)色谱数据系统(CDS)网络讲堂同位素技术在葡萄酒真伪鉴定和产地溯源中的应用离子色谱在有机化合物分析中的应用研究赛默飞三重四极气质联用仪在疾控领域中的应用赛默飞CSR(大体积进样技术)和NCI(负离子化学电离技术)在电子电器产品有害化合物分析中的应用赛默飞液相色谱柱在制药领域中的应用赛默飞2015版《国家药包材标准》色谱、光谱及元素分析解决方案赛默飞iCAP RQ ICP-MS新产品介绍及最新应用进展赛默飞色谱、光谱对食品中有毒有害物质分析应用更多信息:请访问赛默飞色谱与质谱分析的展台,展位号:SH100244。或使用域名登陆:http://www.instrument.com.cn/netshow/SH100244/
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  • 迪安诊断:质谱和基因测序技术均为可应用于多个领域的平台化技术
    有投资者向迪安诊断(300244)提问, 质谱和基因测序技术有什么区别?哪个更有优势?  回答表示,尊敬的投资者,您好!质谱和基因测序技术均为可应用于多个领域的平台化技术,质谱可以直接对体内各种代谢、蛋白等物质进行定量检测,从表型组学层面全程对疾病的诊断、治疗、预后进行监测 而基因检测通过对疾病的本质与起源进行检测分析,基于基因组学获得精确的诊断结果和合适的治疗方案 两者在特定场景下的优势各有不同。谢谢!
  • 世界首台获FDA批准用于临床基因检测的质谱技术平台
    Agena Bioscience(原Sequenom Bioscience)公司MassARRAY 核酸质谱技术平台的临床应用版&ldquo IMPACT Dx&trade 系统&rdquo 于2014年6月16日获得美国FDA认证,可用于临床分子诊断应用,从而成为世界上第一台,也是唯一一台获得FDA临床认证的核酸质谱平台。Agena Bioscience公司,于2014年5月30日收购了Sequenom公司的生命科学部。   同时获得批准的还有以下相关的检查试剂盒:   莱顿第五凝血因子突变检测试剂盒Factor V Leiden Assay   第二凝血因子基因分型检测试剂盒Factor II Genotyping Assay   基于MassARRAY® 核酸质谱技术的IMPACT Dx&trade 系统获得FDA认证是核酸质谱技术由科研转向临床检测的重大里程碑,预期其近期亦将获得欧洲CE-IVD认证。IMPACT Dx&trade 系统所具有的超高灵敏度、精确度、准确性、稳定性、性价比的独特优势,将帮助医生造福更多患者。
  • PerkinElmer 推出 AxION 质谱分析平台
    马萨诸塞沃尔瑟姆 - 专注于提高人类健康及其生存环境安全的全球领先公司 PerkinElmer Inc. 今天宣布将在 6 月 5 日 至 9 日于科罗拉多州丹佛市举行的美国质谱学会 (ASMS) 年会上推出 AxION&trade 质谱分析平台。AxION 硬件和软件平台经过专门设计,能执行快速准确的质量识别与定量分析,可用于监控水质,确保生产生活用水以及药品和食品的安全。 &ldquo 在设计新款 AxION MS 硬件和软件过程中,我们致力于使仪器可以得出更加可靠的分析结果,从而让用户可以更好地保护环境和人类健康,&rdquo PerkinElmer 分析科学与实验室服务部总裁 Dusty Tenney 说。&ldquo AxION MS 平台可在较广动态范围内对复杂分子进行明确测定,因此更容易鉴别污染物和杂质。&rdquo 最先进 AxION 硬件与软件套件的结合使得质量控制和研究机构可以进行针对性明确又快速准确的定量分析。AxION 平台能帮助各公司为环境、食品和制药领域的客户提供更优质的产品和服务。 AxION 系统的速度和特异性可保证对已知和预料外的化合物进行明确地识别和定量分析,从而了解样品的全部特性。将分辨率和灵敏度完美结合的 AxION 平台有助于确定各种样品(包括环境土壤与水体、药物成分、食品的农药分析)的临界污染水平。 AxION 平台由下列旨在带来灵活性,实现定制工作流的硬件和软件组成: AxION 2 飞行时间质谱 (TOF-MS) 仪,有多种已获专利的离子源可供选择,包括双探针 Ultraspray&trade 2 ESI 和无场大气压化学电离 (APCI) 离子源。每个离子源均有可互换卡扣式探针,通过减少交叉污染提高了效率和用户灵活性。 AxION Solo&trade 软件拥有可用于单目标或多目标分析的结果实时查看系统,能够识别并量化许多样品中存在的已知物质。 AxION XPO&trade 软件具有可由用户定义的以颜色区分的结果视图,使实验室管理者能够方便地筛查大量样品。 AxION eDoor&trade 包可用于&ldquo 开放式存取&rdquo 环境。联网环境下,直观的用户界面可为客户提供从登录、方法选择到样品设置的整个分析过程的指导,并且可将结果通过电子邮件发送给客户。 有关 AxION 的详细信息,请访问 http://www.perkinelmer.com.cn/TOFMS?utm_source=instrumentDotComNews&utm_campaign=PR128638 关于 PerkinElmer, Inc.PerkinElmer, Inc. 是一家专注于提高人类健康及其生存环境安全的全球领先公司。据报道,该公司 2010 年收入约为 17 亿美元,拥有约 6,200 名员工,为超过 150 个国家/地区的客户提供服务,同时该公司也是标准普尔 500 指数的成员。有关其它信息,请致电 800-820-5046 或访问 www.perkinelmer.com.cn。 # # # 媒体联系人: Amanda L. Connolly Edelman(代表 PerkinElmer, Inc.) 电话: (404) 832-6785 电子邮件:amanda.connolly@edelman.com

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  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示,测序数据质量良好,且与参考基因组比对率较高,符合后续分析要求,对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释,此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]:[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台;全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物,也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地,有着极其丰富的大豆种质资源基础,但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足,究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足,因此,对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起,大豆群体水平的重测序也全面开展,在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析,挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器:[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点,使用双端测序的数据,要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上,可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上,说明大豆测序数据质量良好,满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169494922[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25424238300[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.18%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.49%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.27%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']166483906[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24972585900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.47%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.61%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.70%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基,[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象,若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的,并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段,由于位点在基因组上的分布是近似均匀的,同时,[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此,根据大数定理,在每个测序循环上,[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等,且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大,高于其他测序区段,而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等,且分布均匀无分离现象,如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对,[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对,比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体],根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计,绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图,见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目,绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图,见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置,可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小,即插入片段大小([/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]),它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布,且只有一个单峰,[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后,可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度;碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性,覆盖到的区域越多,可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性,在覆盖深度较高的区域(非重复序列区),变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外,若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀,也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息,可以得到变异位点在基因组发生的区域(基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等),以及变异产生的影响(同义非同义突变等)。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出,见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计,其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息,对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息,可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变,具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序,实验结果可看出,大豆样品测序产出数据良好,与参考基因组序列比对率较高,符合后续分析,对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的结果。其它研究表明[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISEQ-2000[/font][font=宋体]全基因组重测序表现性能稳定、质量可靠,在实际应用上有明显的优势和应用价值[/font][font=Times New Roman][3][/font][font=宋体]。对[/font][/font][font=宋体][font=宋体]本次实验说明[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对样品进行重测序效果良好,后续可对其它植物进行重测序。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]参考文献:[/font][font=宋体][font=Calibri][1] [/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]张永芳[/font],[font=宋体]钱肖娜[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]王润梅[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]等[/font][font=Times New Roman]. [/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

  • 【分享】中科院营养所营养与代谢质谱平台招聘技术人员1名

    营养与代谢质谱平台招聘技术人员1名2014-09-26 16:46:00 | 来源: | 【大 中 小】【打印】【关闭】  中科院上海生科院营养科学研究所营养与代谢质谱平台诚聘技术人员1名。该平台的主要研究方向为利用质谱和色谱技术分析生物组织中营养素及其代谢产物,为所内所外研究人员提供技术支持服务,涉及到糖尿病,肥胖等代谢疾病和食品安全等方面的基础和应用研究。实验室拥有完善的仪器设备,丰富的科研资源。  工作职责:  主要负责Thermo TSQ Vantage LC-MS/MS液质联用仪的使用与维护,协助管理 GC-MS,ICP-MS等质谱仪器。负责实验室一些小型设备的管理和试剂、样品的存放与保管工作。  应聘条件:  1. 具有分析化学或者生物相关专业硕士学位的人员, 或具有多年科研经验和发表过高质量论文的学士学位人员也可考虑;  2. 具有Thermo TSQ 系列液质联用仪的使用与维护经验者优先考虑。具有代谢组学,脂质组学或蛋白组学经验者优先考虑;  3. 具备较强的文字表达能力,较好的英语表达和写作能力,能熟练使用office办公软件;  4. 细致认真敬业;  5. 具备团队合作精神,良好的沟通和社交能力。  应聘者请将个人简历用E-mail发至邮箱inshr@sibs.ac.cn; zli@sibs.ac.cn邮件主题请写明“质谱中心应聘”。符合要求者将于近期安排面试。如未被要求,请勿电话联系。中心将对申请材料严格保密,招聘信息在职位满额前一直有效。

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    ACD/Labs 举办谱图分析及数据管理平台讲座, 欢迎免费参加.最近一场在 2014.3.6 (周四) 9:00-12:00 于北京大学医学部逸夫楼103 室详细内容如下:将实验带入信息时代—2014 源资科技全国高校百场巡回讲座活动·北京站随着科学技术和计算机水平的飞速发展,越来越多的实验将借助分子模拟和计算机软件技术。源资科技通过不断地创新信息技术与整合资讯管理,一直为广大科研用户提供最完整的信息化技术解决方案与最先进的信息化科学管理平台。2014 年3-10 月份,源资科技将在全国范围内的各大高校、科研院所等进行巡回讲座,内容涵盖生命科学中的药物设计与数据分析、材料科学中的计算模拟、分析化学中的谱图分析和数据管理等。届时将有工程师介绍专业领域内的前沿进展,并现场解答您科研中遇到的问题。目前北京站活动已经确定,详情如下,欢迎参与。时间:3 月6 日上午9:00-12:00地点:北京市海淀区学院路38 号北京大学医学部逸夫楼103 室方式:现场参与,于3 月5 日前发送回执致support@tri-ibiotech.com.cn 即可费用:无注:1、分析领域的参与者可获得ACD/Labs 公司提供的NMR Process 软件一套;2、药物设计领域的参与者可获得Tripos 公司提供的SYBYL 软件试用版一套;3、如需专场讲座,请与我们联系:周女士,13811582314 或support@tri-ibiotech.com.cn。报告一:谱图分析及数据管理平台时间:9:00-10:00各种化学、生物实验为研究者提供了大量的化合物及谱图数据信息,如核磁、质谱、色谱、红外等,被广泛用来进行化学合成、结构鉴定、药物代谢等研究。面对如此庞大的数据量,如何通过一个综合软件平台读取、分析所有NMR,LC-MS,GC-MS,IR 等谱图?如何对分析结果进行系统的整合及管理?如何管理庞大的历史文件,再次挖掘价值?ACD/Labs 作为世界领先的分析化学和化学信息学解决方案提供者,为未知化合物结构解析、谱图预测和解释、药物代谢分析、色谱方法开发优化、化合物系统命名、成药性评价、知识管理及共享等多方面提供有力工具,广泛应用于检验检疫、食品、药品、环境监测等各个研究领域。本报告将通过大量的经典案例和操作演示,详细阐述如何通过ACD/Labs 平台帮您解决科研中所遇到实际问题,并现场展示如何以最优、最全面的解决方案帮您加快决策制定,提高工作效率,为您的科研旅途保驾护航!报告二:化合物的早期成药性(ADME/Tox)评价时间:10:00-10:40在药物研发的过程中,除了化合物本身的生物活性外,其理化性质、机体吸收、代谢、毒性等一系列性质(ADME/Tox)往往是制约化合物是否能成为药物分子的关键因素。如何对水溶性低、吸收性质不理想、毒性太大等活性化合物进行结构优化?这是新药研发经常碰到的棘手问题。在药物设计阶段,如果能够准确预测化合物分子的类药性质,基于性质进行合理药物设计,将大大提高新药研发的成功率!ACD/Percepta 是ACD/Labs 公司开发的一款ADME/Tox 性质预测与先导物优化软件,目前已得到国内外药物科研单位的广泛使用。ACD/Percepta 凭借其准确的预测结果、丰富的结果参考信息以及简便的可操作性,已得到科研工作者的高度好评!本报告将展示ADME/Tox 性质预测技术在药物研发中的成功案例,与您一起探讨有关化合物成药性的热门问题,分享如何基于药物宏观性质改造微观结构的方法和实践,通过ADME/Tox 预测工具Percepta 指导药物设计、药代、毒理等实验的开展。无论是从事药物合成、药物设计或者药物代谢、毒理研究的人员,相信您一定能从本次讲座中获益!茶歇10:40-11:00报告三:计算机辅助药物设计新概念—SYBYL-X时间:11:00-11:40计算机技术与药物化学的整合,不仅可以快速地发现并改造出结构新颖的药物先导,还可以对药物世界的一切未知进行预测。而如今,药物设计的三大难点:如何发现一个在物理性质、化学性质、生物学性质等方面都表现卓越的先导化合物?如何用最短的时间和最低的成本优化已有的先导化合物结构?如何预测药物的安全性与作用机制?已然成为药物发现研究的瓶颈,这就呼唤着新的药物发现技术的诞生。本报告将展示当前最先进的计算机分子模拟技术,跟您一起探索药物设计的奥秘。除了业内耳熟能详的经典QSAR 技术和驰名中外的分子对接Surflex 技术,这次还会给大家介绍新一代的虚拟筛选技术Topomer 和基于片段的全新药物设计技术Muse。不管您的药物设计课题是多么的复杂,总有一种技术能够帮助您迎刃而解。信息有源,知识无价,您的关注与倾听,是我们最大的收获!源资科技全体工作人员欢迎您的光临!讲座联系人:周女士邮箱:zhoumei@tri-ibiotech.com.cn手机:13811582314 座机:010-62521016-812

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