多配体蛋白聚糖

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多配体蛋白聚糖相关的厂商

  • 博格隆成立于2008年,是一家专注于为分离纯化提供高质量层析介质的高新技术企业,是中国较早具备大规模生产分离纯化介质能力的企业之一。博格隆所提供的产品涵盖各类分离纯化介质、预装柱、实验室及工业生产级空柱、微载体,同时提供分离纯化工艺开发服务及填料定制。经过十数年的技术沉淀和产线建设,目前公司拥有琼脂糖介质研发生产平台,葡聚糖介质研发生产平台,单分散 聚苯乙烯/二乙烯苯聚合物介质研发生产平台和高流速、大孔径、贯穿孔聚苯乙烯/二乙烯苯聚合物介质研发生产平台,蛋白配基和化学配基研发生产平台。目前单批次生产规模最大1,100L,产品批间差极小,能够保质、保量、快速稳定的供应生物制药企业所需的分离纯化介质,保证生产抗体、疫苗、基因治疗、重组蛋白、多肽、血液制品、酶制剂、天然产物等企业的介质供应链安全。 博格隆将不断开拓创新,为生物制药企业提供更加优质、稳定、使用便捷的新产品,助力客户提升核心竞争力。
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  • 厦门埃癸斯流体控制设备有限公司,公司研发、生产的多通道切换阀(多通道旋切阀)系列产品广泛应用于蛋白纯化仪、糖化血红蛋白仪、数字PCR、质谱仪(含液质联用、临床质谱)、基因测序仪、流式细胞仪等生命科学(含体外诊断IVD)领域,实验室仪器、环境监测(水质分析、VOCs)、液相分析、生物工程等领域,并可根据客户的多元化需求提供OEM配套产品和服务,是流体核心零部件高端品牌,进口替代,性价比高。
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  • 美华科技实业有限公司在美国、香港及中国设有研发基地,是集研发、生产、引进为一体的高科技产业公司。为了更好地为国内客户服务,我们在广州成立了美森自动化技术有限公司。   公司在发展过程中得到了党中央和各级政府的关心、支持和帮助。2011年,胡锦涛总书记在广州视察期间,公司CEO陈小华博士专门向总书记汇报了采用自主知识产权研发生产的自动化样品前处理仪器。  在引进国外高端专业仪器方面,美华科技与美国GWC生物技术公司合作,引进用于蛋白质/基因相互作用的表面等离子共振仪;与英国Activotec公司合作,引进其多肽合成仪、低聚糖合成仪、Accumax移液器等仪器设备。    我们的宗旨是将最先进的科技产品推广给广大的科研、实验技术人员,通过实验室的自动化,让实验结果更加可靠;让实验效率更加提高;让实验人员从繁琐的劳动中解放出来。您提出问题,我们为您提供解决方案。
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多配体蛋白聚糖相关的仪器

  • 产品参数----三肽-10瓜氨酸(核心蛋白聚糖肽) 中文名称:三肽-10瓜氨酸(核心蛋白聚糖肽)英文名称: Tripeptide-10 Citrulline, decorinylCAS号:N/A纯度:≥98%分子量 :539.55g/mol分子式 :C22H33N7O9外观:白色粉末储存条件:2 ℃~8 ℃包装规格(粉末):1g, 10g, 100g包装规格(液体):100ml/瓶,1KG/瓶应用:化妆品原料 功效与应用----三肽-10瓜氨酸(核心蛋白聚糖肽)皱纹和衰老改善皮肤质量面部护理及身体护理脸部、颈部和手护理品可添加到美容护肤品中,如乳液、早晚霜、眼部精华液等 作用机理----三肽-10瓜氨酸(核心蛋白聚糖肽)三肽-10瓜氨酸模拟核心蛋白聚糖(decorin),调控胶原蛋白纤维形成过程,保持原纤维之间适当的空间距离和尺寸大小统一性,增强原纤维在组织中的稳定性,提升肌肤弹性,增加肌肤的紧致度。云希专业研发美容多肽原料,现有蓝铜肽、二胜肽、三胜肽、四胜肽、五胜肽、六胜肽、七胜肽、八胜肽、九胜肽、十胜肽和寡肽系列等100多种美容活性胜肽,是国内、质量可靠的美容肽供应商。因为专业,所以更好!详细请咨询:罗女士
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  • 产品简介----铜肽/三肽-1铜/蓝铜胜肽 铜肽常用于美容皱纹,还具有促进头发生长、伤口愈合等作用。它不仅可以促使皮肤上皮组织再生,恢复肌肤年轻、减少粗细皱纹与疤痕、改善肌肤弹性、使角质细胞和纤维姆细胞增生,更可以让皮下组织增厚,使肌肤不再脆弱敏感,增加皮肤弹性与韧度,也让保养品在脸上能被大化的吸收利用。 产品参数----铜肽/三肽-1铜/蓝铜胜肽 中文名称:铜肽/三肽-1铜/蓝铜胜肽英文名称:Copper PeptideCAS号:49557-75-7纯度:≥98%分子量 :340.37g/mol分子式 :C14H24N6O4Cu外观:蓝色粉末储存条件:2 ℃~8 ℃包装规格(粉末):1g, 10g, 100g应用:化妆品原料 功效与应用----铜肽/三肽-1铜/蓝铜胜肽 作为强有力的组织保护和消炎剂,保护受伤组织免受氧化进一步损害发出信号,转移受损蛋白质和疤痕组织,而以正常组织取代,促使巨噬细胞流入到受伤部位,释放生长银座蛋白刺激毛囊,生长头发同样具备多肽GHK的作用,促进I型胶原蛋白合成。适用于消炎和修复,促进伤口愈合,减少疤痕促进毛发生长,减少脱发减轻皱纹,提高皮肤弹性 作用机理----铜肽/三肽-1铜/蓝铜胜肽 铜肽最初于1973年从人的血浆中分离得到,并于1985年发现其具有伤口修复功能,1999年研究者认为铜肽及其铜复合物可以作为组织重塑的激活剂,其也是一个信号肽,促进伤疤外部大量胶原蛋白集聚物的降解,皮肤正常胶原蛋白的合成、弹力蛋白、蛋白聚糖和葡萄胺聚糖的生成、不同细胞类型的生长速度和迁移、抗炎、抗氧化反应。 云希专业研发美容多肽原料,现有蓝铜肽、二胜肽、三胜肽、四胜肽、五胜肽、六胜肽、七胜肽、八胜肽、九胜肽、十胜肽和寡肽系列等100多种美容活性胜肽,是国内质量可靠的美容肽供应商。因为专业,所以更好! 详细请咨询:罗女士
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  • 多功能蛋白稳定性分析仪—PSA-16 技术原理:蛋白质是生物体中广泛存在的一类生物大分子,具有特定立体结构的和生物活性以及诸多功能,根据这些功能我们可以将其应用于蛋白质的分子设计、蛋白质功能的改造、疾病的基因治疗以及新型耐抗药性药物的开发与设计甚至是发现生物进化的规律等先进科研领域上。因此,蛋白质具有非常重要的研究价值。进行蛋白质性质和功能研究的前提是获得稳定的蛋白质样品,而由于蛋白质自身性质的复杂性,难以保证获得的蛋白质样品是否具有正确的三维结构以及功能,因此急需一种技术手段或设备,对蛋白质的稳定性进行分析,确定获得蛋白质最ZUI适宜的缓冲液条件、蛋白质的长期储存稳定性等。另外在进行蛋白质-配体小分子相互作用研究时,因为需要筛选的小分子配体数量巨大,因此也急需一种技术手段或设备,可以高通量的对配体结合进行筛选。蛋白中的色氨酸和酪氨酸可以被280 nm的紫外光激发并释放出荧光,其荧光性质与所处的微环境密切相关。蛋白变性过程中,色氨酸从疏水的蛋白内部逐渐暴露到溶剂中,荧光释放的峰值也从330 nm逐渐转移到350 nm。差示扫描荧光法(differential scanning fluorimetry, DSF)是一种方便快捷的高通量药物筛选及靶标发现的方法,通过荧光染料或蛋白内源荧光信号监测升温过程中蛋白构象的变化计算其熔解温度Tm(折叠蛋白与去折叠蛋白相等时的温度)。该方法具有蛋白样品损耗少、通量高、温度变化范围广及数据准确等优点,被广泛用于蛋白质稳定性(蛋白质热稳定性参数及其影响因素)、蛋白结构和构象、蛋白-配体相互作用及蛋白质稳定剂、抑制剂、辅助因子等领域的研究。染料法DSF最常用的是SYPRO Orange染料,SYPRO Orange 是一种环境敏感的疏水染料,当温度升高时,蛋白去折叠,疏水部分暴露出来,染料与蛋白质的疏水部分特异性结合,荧光增强。在有特定化合物或配体结合的情况下,蛋白稳定性会上升,表现为熔解温度的上升。内源DSF(intrinsic DSF)则是基于蛋白去折叠过程中色氨酸发射光谱的位移进行检测。通过检测温度变化/变性剂浓度变化过程中蛋白内源紫外荧光(350 nm/330 nm比值)的改变,获得蛋白的热稳定性(Tm值)、化学稳定性(Cm值)等参数。相比传统的方法,无需添加染料,通量高,样品用量少,数据精度高。 产品介绍:多功能蛋白质稳定性分析仪PSA-16是一款无需加入荧光染料、高通量、低样品消耗量检测蛋白质稳定性的设备。该设备基于内源差示扫描荧光技术(intrinsic fluorescence DSF),通过检测温度变化/变形剂浓度变化过程中蛋白内源紫外荧光的改变,获得蛋白质的热稳定性(Tm值)、化学稳定性(Cm值)等参数。可应用于蛋白缓冲液条件筛选及优化、小分子与蛋白结合情况的定性测定、蛋白质修饰及改造后的稳定性测定、蛋白变/复性研究、不同批次间蛋白稳定性对比等多个方面。基于内源差示扫描荧光技术(intrinsic fluorescence DSF),在无需添加外源染料的条件下,对蛋白进行升温变性,通过内源荧光和散射光的变化与三级结构变化的关系,PSA-16可用于测定不同buffer中蛋白的Tm值变化,获得蛋白质正确折叠的最ZUI优buffer条件;测定不同detergent条件下膜蛋白Tm值,进行detergent筛选;测定不同添加剂对蛋白稳定性的影响;测定添加配体后Tm值变化进行配体结合筛选;测定蛋白中变性部分的比例,进行质量控制;测定蛋白Tm值与浓度的相关性,获得最ZUI优蛋白浓度进行后续结晶等实验;测定蛋白去折叠过程,进行蛋白复性条件筛选;测定蛋白folding enthalpy,研究蛋白的长期稳定性;测定不同批次和存储后的蛋白的稳定性,并进行相似性评分,对蛋白进行质量控制。多功能蛋白质稳定性分析仪PSA-16,无需对蛋白进行荧光标记,可以直接测定蛋白在不同缓冲液条件中的Tm值,进行缓冲液筛选和优化;同时还可以测定添加不同配体化合物对蛋白稳定性的影响,通过Tm值变化进行配体结合筛选。PSA-16满足我们目前对于蛋白质稳定性分析的迫切需求。主要功能:多功能蛋白质稳定性分析仪PSA-16可用于评估蛋白(抗体或疫苗)热稳定性、化学稳定性、颗粒稳定性等特性,实现非标记条件下的高通量的抗体制剂筛选、分子结构相似性鉴定、物理稳定性、长期稳定性、质量控制、折叠和再折叠动力学研究等功能。★ 蛋白热稳定性分析★ 蛋白化学稳定性分析★ 蛋白等温稳定性分析★ 蛋白颗粒稳定性分析★ 免标记热迁移实验(dye-free TSA)★ 蛋白去折叠、再折叠、结构相似性分析★ 蛋白质量控制分析 主要特点:多功能蛋白质稳定性分析仪PSA-16基于内源差示扫描荧光(ifDSF)技术,广泛应用于蛋白质稳定性研究、蛋白质类大分子药物(抗体)优化工程、蛋白质类疾病靶点的药物小分子筛选和结合力测定等领域,具有快速、准确、高通量等诸多优点。蛋白质中色氨酸/酪氨酸的荧光性质与它们所处的环境息息相关,因此可以通过检测蛋白内部色氨酸/酪氨酸在加热或者添加变性剂过程中的荧光变化,测定蛋白质的化学和热稳定性。PSA-16采用紫外双波长检测技术,可精准测定蛋白质去折叠过程中色氨酸和酪氨酸荧光的变化,获得蛋白的Tm值和Cm值等数据;测定时无需额外添加染料,不受缓冲液条件的限制且测试的蛋白质样品浓度范围非常广(10 µ g/ml - 250 mg/ml),因此可广泛用于去垢剂环境中的膜蛋白和高浓度抗体制剂的稳定性研究。此外,PSA-16具有非常高的数据采集速度,从而可提供超高分辨率的数据。同时PSA-16一次最多可同时测定16个样品,通量高;每个样品仅需要15 uL,样品用量少,非常适合进行高通量筛选。PSA-16操作简单,使用后无需清洗,无维护成本。主机参数:★ 测定参数:Tm、Cm、ΔG等;★ 样品通量:16个;★ 样品体积:≤20 uL;★ 检测器:检测330+/-5 nm和350+/-5 nm两个波长的信号;★ 检测模式:快速逐个扫描,1秒钟采集一次信号;★ 激发光源:LED,波长280 nm;★ 蛋白检测浓度范围:0.01-200 mg/ml;单次实验即可涵盖此浓度范围;★ 测定过程无需外源染料,无需标记;★ 温控范围:15-110度;★ 变温速度:0.1-15度/分钟;★ 温度准确性:+0.05度;★ Tm重复性:同一台机器16个重复样品CV小于1%;★ 对缓冲液条件无限制,可测定去垢剂环境中的膜蛋白;★ 能够实现热稳定性、化学稳定性、胶体稳定性、等温稳定性、质量控制等测定;★ 仪器无需定期更换配件,实验完成后无需对仪器进行清洗维护; 耗材参数:★ 耗材:一次性耗材,无需清洗;成本小于10人民币/样品;★ 样品管采用高纯度石英材质,紫外透过率高,可检测低浓度的蛋白样品★ 一次性耗材样品管,样品不接触仪器内部,无需清洗和再生★ 八联排设计,使用灵活,适配多通道移液器进样★ 可密封式设计,防止实验过程中的样品蒸发应用领域:多功能蛋白质稳定性分析仪PSA-16应用涵盖植物、生物学、动物科学、动物医学、微生物学、工业发酵、环境科学、农业基础、蛋白质工程等多学科领域。蛋白质是最终决定功能的生物分子,其参与和影响着整个生命活动过程。现代分子生物学、环境科学、动医动科、农业基础等多种学科研究的很多方向都涉及蛋白质功能研究,以及其下游的各种生物物理、生物化学方法分析,提供稳定的蛋白质样品是所有蛋白质研究的先决条件。因此多功能蛋白质稳定性分析系统在各学科的研究中都有基础性意义。 1. 抗体或疫苗制剂、酶制剂的高通量筛选2. 抗体或疫苗、酶制剂的化学稳定性、长期稳定性评估、等温稳定性研究等3. 生物仿制药相似性研究(Biosimilar Evaluation)4. 抗体偶联药物(ADC)研究5. 多结构域去折叠特性研究6. 物理和化学条件强制降解研究7. 蛋白质变复性研究(复性能力、复性动力学等)8. 膜蛋白去垢剂筛选,膜蛋白结合配体筛选(Thermal Shift Assay)9. 基于靶标的高通量小分子药物筛选(Thermal Shift Assay)10. 蛋白纯化条件快速优化等 抗体蛋白16次平行测定结果样品Tm值(℃)样品Tm值(℃)176.9976.0276.81076.1376.61176.3476.21276.2576.11376.5676.51476.8776.71576.7876.81677.5Tm平均值(℃)76.5CV0.58%l 仪器无需定期更换配件,仪器使用时无需预热及预平衡,实验完成后无需对仪器进行清洗维护 l 整机为一体化设计,内置仪器控制和数据分析电脑 l 样品管采用高纯度石英材质,紫外透过率高,可检测低浓度的蛋白样品 l 一次性耗材样品管,样品不接触仪器内部,无需清洗和维护 l 八联排设计,使用灵活,适配多通道移液器进样 l 可封闭设计,防止实验过程中的样品蒸发软件具备数据比对功能,可通过热变性曲线对蛋白进行相似性评分完善的数据管理功能 账户及权限管理功能 用户操作记录功能实际案例:多功能蛋白稳定性分析仪PSA-16推出市场后,在短短时间内测试过各种不同类型的样本,在多个客户实验室进行现场DEMO,数据显示测试结果良好,重复性优异,相关参数达到甚至超过国外同类产品的水平。
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多配体蛋白聚糖相关的资讯

  • 自上而下质谱揭示SARS-CoV-2 Omicron变异体棘突蛋白RBD的独特核心聚糖和O-糖型
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Chemical Science上的文章,Distinct Core Glycan and O-Glycoform Utilization of SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Protein RBD Revealed by Top-Down Mass Spectrometry1,通讯作者是美国威斯康星大学的Ying Ge教授。  SARS-Cov-2的快速变异为全球抗疫带来了极大的挑战。Delta和Omicron等新变种的传染性更强、病症更严重、显著逃避康复者或疫苗的中和抗体,并且逃避检测的风险更高。与野生型(WT)毒株相比,Omicron变体具有数量惊人的突变(30),包括棘突蛋白受体结合域(S-RBD)中的15个位点突变。S-RBD是中和抗体和其他疗法的主要靶点,病毒的细胞感染性、保护表位免受抗体中和及与人类受体ACE2结合的能力与S蛋白的糖基化密切相关。S蛋白O-聚糖具有巨大的微观异质性和结构多样性,因此对其O-糖基化的表征仍具是极大的挑战。作者在本文中报道了一种自上而下的混合质谱方法,能够同时表征分子结构、位点特异性、各种糖类的相对丰度,以及不同共现蛋白型的整体翻译后修饰(PTM)。  与WT相比,Delta和Omicron变体固有的突变差异在其RBD中尤其明显(图1A)。为了阐明各种S-RBD的分子序列和O-聚糖,作者使用PNGase F从S-RBD中完全去除N-聚糖,以最小化N-聚糖异质性造成的干扰(图1B)。与完全糖基化的S-RBD相比,N-聚糖的去除产生了10 kDa的分子量损失。通过超高分辨率12T FTICR-MS可实现各种S-RBD的基线同位素分离。自上而下的MS分析显示,各种O-糖型的化学计量比和相对丰度存在显著差异,其中Omicron变体显示出最大的O-糖型结构异质性(图1C)。  图1 由WT、Delta和Omicron变体产生的S-RBD的蛋白质突变图谱和高分辨率自上而下MS。(A)SARS-CoV-2基因组结构和S-RBD变体蛋白质序列变化的说明。(B)PNGase处理前(-)后(+)的S-RBD的SDS-PAGE。(C)在对WT、Delta和Omicron变体进行PNGase F处理后,完整S-RBD蛋白型的原始MS1。所有确定的O-糖型在插图中用红色圆圈注释。  为了实现深入的糖型和糖位点分析,作者利用捕获离子迁移谱(TIMS)-MS,通过timsTOF Pro仪器分离和分析各种S-RBD O-聚糖结构(图2)。为了表征Omicron变体的聚糖结构和占比,作者对单个S-RBD O-糖型进行了特异性分离。以最丰富的O-聚糖(26+,1069.4.3 m/z)为例,从Bruker数据分析软件输出由CAD获得的MS/MS片段离子,并使用MASH Explorer16在靶向蛋白质分析模式下进行分析,以进行全面的蛋白型表征。获得了自上而下的MS/MS谱以及各种O-聚糖结构的离子迁移率分离,以克服O-聚糖分析固有的质量简并性和微观异质性(图2B)。足够软的TIMS淌度池活化参数能够对分离的S-RBD蛋白型进行详细的中性缺失图谱绘制,并揭示了具有GalNAcGal(NeuAc)2结构的核心1(Galβ1-3GalNAc-Ser/Thr)O-聚糖(图2C)。这种TIMS-MS方法允许对聚糖结构进行直接表征,以揭示在三种S-RBD变体中具有核心1和核心2(GlcNAcβ1-6 (Galβ1-3) GalNAc-Ser/Thr)O-聚糖结构的多个S-RBD糖型。  图2 S-RBD O-糖型的TIMS-MS分析。(A)经PNGase F处理后的特定S-RBD糖型(z=26+, 1069.4 m/z)的TIMS-MS分离示意图。插图为前体离子分离后对应的离子迁移率热图。(B) 分离的蛋白型经CAD碎裂后,Omicron S-RBD O-聚糖的自上而下MS/MS。(C) Omicron S-RBD蛋白型中性缺失O-聚糖图谱。  随后,作者进一步描述了S-RBD WT、Delta和Omicron O-糖基化模式,以揭示变体之间的所有O-糖基化结构改变(图3)。有趣的是,与WT或Delta变体相比, Omicron中主要的O-聚糖微观异质性发生变化。特别是Omicron的核心2 O-聚糖结构丰度显著增强,多重唾液酸化GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalNeuAc)和岩藻糖基化GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalFuc)结构显著表达。表1总结了Omicron与WT或Delta变体相比所观察到的显著分子丰度差异。  图3 S-RBD变体的O-糖型表征。S-RBD蛋白型的去卷积谱显示了WT(绿色)、Delta(蓝色)和Omicron(粉色)变体的所有主要O-聚糖分配。理论同位素分布由红点表示。聚糖结构在用插图所示的图形表示。  表1 S-RBD变体O-糖型相对丰度总结  Omicron变体的核心1与核心2 S-RBD O-聚糖结构的相对丰度比约为71:29,核心1 GalNAcGal(NeuAc)2是最丰富的O-糖类(~69%相对丰度)。有趣的是,WT和Delta变体显示出对核心1型O-聚糖结构的强烈偏好,其O-糖型丰度的80%以上对应于核心1结构 含核心2 GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalFuc)结构的O-聚糖占其总O-糖型组成的13%以上。在WT和Delta S-RBD变体中也发现了这些特殊的核心2结构,但相对丰度要低得多(5-7%)。图3所示的高分辨率完整S-RBD糖型表征表明,与基于糖肽的自底向上MS方法相比,这种自上而下的MS方法具有明显的优势。  作者进一步研究了S-RBD变体之间的糖基化位点及其微观异质性。对S-RBD O-糖型的详细自上而下MS/MS分析显示,存在一种新的O-糖位点(Thr376),这是Omicron变体所特有的(图4A)。令人感兴趣的是,所有检测到的WT和Delta变体的S-RBD O-聚糖都被自信地单独分配给Thr323(图4B-C),这与之前关于WT S O-糖基化的研究一致。鉴于Delta上的突变数量比Omicron少,因此O-糖位点Thr323在Delta和WT变体之间保持保守也就不足为奇了。另一方面,Omicron变体产生了熟悉的Thr323 O-糖位点和一个新的Thr376 O-糖位点(b6012+和b525+),对应于核心1 O-糖型(图4D)。该Thr376 O-糖位点在残基373处与脯氨酸相邻,这与先前关于脯氨酸附近O-糖基化频率增加的报道一致。这种特殊的Pro373是Omicron变体特有的位点特异性突变,很可能是产生这种新O-糖位点的原因。实验还发现,与T323相比,Thr376位点的占有率较低(30%),并且仅被可靠地分配给丰富的核心1 O-糖基。此外,尽管为变异体指定的O-糖型是HEK293细胞表达的S-RBD特有的,但已知HEK293表达模型可反映病毒体预期的糖基化位点。  图4 通过自上而下的MS/MS进行S-RBD O-糖定位。(A)对应于WT、Delta和Omicron S-RBD变体的核心1型聚糖的片段映射。蓝色N表示PNGase F处理后的脱酰胺作用。特定的Omicron残基突变用粉红色表示。(B-D)代表性的自上而下MS/MS CAD片段离子,包括完整的(B)WT(b71+和b17311+)、(C)Delta(b71+和b22312+)和(D)Omicron(b51+、b182+、b71+、b17311+)变体。WT和Delta变体在Thr323处显示完全的O-糖苷占据。发现Omicron变体同时具有Thr323(b51+和b182+)和Thr376(b71+和b17311+)。  本文首次阐明了SARS-CoV-2 Omicron和Delta变异体中发现的O-糖型结构异质性。与WT或Delta相比,Omicron变体的核心2型O-糖型的利用率显著提高。此外还鉴定了一种新的Omicron S-RBD特有的Thr376 O-糖位点。这种自上而下的MS方法是对传统结构方法的补充,并为SARS-CoV-2 S-RBD蛋白形式的表征提供了无与伦比的分辨率。  撰稿:夏淑君  编辑:李惠琳  文章引用:D.S. Roberts, M. Mann, B.H. Li, et al., Distinct core glycan and O-glycoform utilization of SARS-CoV-2 Omicron variant Spike protein RBD revealed by top-down mass spectrometry, Chemical Science (2022).
  • 葛瑛团队新成果:自上而下质谱揭示SARS-CoV-2 Omicron变异体棘突蛋白RBD的独特核心聚糖和O-糖型
    大家好,本周为大家分享一篇预发表的文章,Distinct Core Glycan and O-Glycoform Utilization of SARS-CoV-2 Omicron Variant Spike Protein RBD Revealed by Top-Down Mass Spectrometry1,通讯作者是美国威斯康星大学的葛瑛教授。SARS-Cov-2的快速变异为全球抗疫带来了极大的挑战。Delta和Omicron等新变种的传染性更强,其中Delta病情严重,但Omicron症状很轻。与野生型(WT)毒株相比,Omicron变体具有数量惊人的突变(30),包括棘突蛋白受体结合域(S-RBD)中的15个位点突变。S-RBD是中和抗体和其他疗法的主要靶点,病毒的细胞感染性、保护表位免受抗体中和及与人类受体ACE2结合的能力与S蛋白的糖基化密切相关。S蛋白O-聚糖具有巨大的微观异质性和结构多样性,因此对其O-糖基化的表征仍具是极大的挑战。作者在本文中报道了一种自上而下的混合质谱方法,能够同时表征分子结构、位点特异性、各种糖类的相对丰度,以及不同共现蛋白型的整体翻译后修饰(PTM)。与WT相比,Delta和Omicron变体固有的突变差异在其RBD中尤其明显(图1A)。为了阐明各种S-RBD的分子序列和O-聚糖,作者使用PNGase F从S-RBD中完全去除N-聚糖,以最小化N-聚糖异质性造成的干扰(图1B)。与完全糖基化的S-RBD相比,N-聚糖的去除产生了10 kDa的分子量损失。通过超高分辨率12T FTICR-MS可实现各种S-RBD的基线同位素分离。自上而下的MS分析显示,各种O-糖型的化学计量比和相对丰度存在显著差异,其中Omicron变体显示出最大的O-糖型结构异质性(图1C)。图1 由WT、Delta和Omicron变体产生的S-RBD的蛋白质突变图谱和高分辨率自上而下MS。(A)SARS-CoV-2基因组结构和S-RBD变体蛋白质序列变化的说明。(B)PNGase处理前(-)后(+)的S-RBD的SDS-PAGE。(C)在对WT、Delta和Omicron变体进行PNGase F处理后,完整S-RBD蛋白型的原始MS1。所有确定的O-糖型在插图中用红色圆圈注释。为了实现深入的糖型和糖位点分析,作者利用捕获离子迁移谱(TIMS)-MS,通过timsTOF Pro仪器分离和分析各种S-RBD O-聚糖结构(图2)。为了表征Omicron变体的聚糖结构和占比,作者对单个S-RBD O-糖型进行了特异性分离。以最丰富的O-聚糖(26+,1069.4.3 m/z)为例,从Bruker数据分析软件输出由CAD获得的MS/MS片段离子,并使用MASH Explorer16在靶向蛋白质分析模式下进行分析,以进行全面的蛋白型表征。获得了自上而下的MS/MS谱以及各种O-聚糖结构的离子迁移率分离,以克服O-聚糖分析固有的质量简并性和微观异质性(图2B)。足够软的TIMS淌度池活化参数能够对分离的S-RBD蛋白型进行详细的中性缺失图谱绘制,并揭示了具有GalNAcGal(NeuAc)2结构的核心1(Galβ1-3GalNAc-Ser/Thr)O-聚糖(图2C)。这种TIMS-MS方法允许对聚糖结构进行直接表征,以揭示在三种S-RBD变体中具有核心1和核心2(GlcNAcβ1-6 (Galβ1-3) GalNAc-Ser/Thr)O-聚糖结构的多个S-RBD糖型。图2 S-RBD O-糖型的TIMS-MS分析。(A)经PNGase F处理后的特定S-RBD糖型(z=26+, 1069.4 m/z)的TIMS-MS分离示意图。插图为前体离子分离后对应的离子迁移率热图。(B) 分离的蛋白型经CAD碎裂后,Omicron S-RBD O-聚糖的自上而下MS/MS。(C) Omicron S-RBD蛋白型中性缺失O-聚糖图谱。随后,作者进一步描述了S-RBD WT、Delta和Omicron O-糖基化模式,以揭示变体之间的所有O-糖基化结构改变(图3)。有趣的是,与WT或Delta变体相比, Omicron中主要的O-聚糖微观异质性发生变化。特别是Omicron的核心2 O-聚糖结构丰度显著增强,多重唾液酸化GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalNeuAc)和岩藻糖基化GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalFuc)结构显著表达。表1总结了Omicron与WT或Delta变体相比所观察到的显著分子丰度差异。图3 S-RBD变体的O-糖型表征。S-RBD蛋白型的去卷积谱显示了WT(绿色)、Delta(蓝色)和Omicron(粉色)变体的所有主要O-聚糖分配。理论同位素分布由红点表示。聚糖结构在用插图所示的图形表示。表1 S-RBD变体O-糖型相对丰度总结Omicron变体的核心1与核心2 S-RBD O-聚糖结构的相对丰度比约为71:29,核心1 GalNAcGal(NeuAc)2是最丰富的O-糖类(~69%相对丰度)。有趣的是,WT和Delta变体显示出对核心1型O-聚糖结构的强烈偏好,其O-糖型丰度的80%以上对应于核心1结构;含核心2 GalNAc(GalNeuAc)(GlcNAcGalFuc)结构的O-聚糖占其总O-糖型组成的13%以上。在WT和Delta S-RBD变体中也发现了这些特殊的核心2结构,但相对丰度要低得多(5-7%)。图3所示的高分辨率完整S-RBD糖型表征表明,与基于糖肽的自底向上MS方法相比,这种自上而下的MS方法具有明显的优势。作者进一步研究了S-RBD变体之间的糖基化位点及其微观异质性。对S-RBD O-糖型的详细自上而下MS/MS分析显示,存在一种新的O-糖位点(Thr376),这是Omicron变体所特有的(图4A)。令人感兴趣的是,所有检测到的WT和Delta变体的S-RBD O-聚糖都被自信地单独分配给Thr323(图4B-C),这与之前关于WT S O-糖基化的研究一致。鉴于Delta上的突变数量比Omicron少,因此O-糖位点Thr323在Delta和WT变体之间保持保守也就不足为奇了。另一方面,Omicron变体产生了熟悉的Thr323 O-糖位点和一个新的Thr376 O-糖位点(b6012+和b525+),对应于核心1 O-糖型(图4D)。该Thr376 O-糖位点在残基373处与脯氨酸相邻,这与先前关于脯氨酸附近O-糖基化频率增加的报道一致。这种特殊的Pro373是Omicron变体特有的位点特异性突变,很可能是产生这种新O-糖位点的原因。实验还发现,与T323相比,Thr376位点的占有率较低(30%),并且仅被可靠地分配给丰富的核心1 O-糖基。此外,尽管为变异体指定的O-糖型是HEK293细胞表达的S-RBD特有的,但已知HEK293表达模型可反映病毒体预期的糖基化位点。图4 通过自上而下的MS/MS进行S-RBD O-糖定位。(A)对应于WT、Delta和Omicron S-RBD变体的核心1型聚糖的片段映射。蓝色N表示PNGase F处理后的脱酰胺作用。特定的Omicron残基突变用粉红色表示。(B-D)代表性的自上而下MS/MS CAD片段离子,包括完整的(B)WT(b71+和b17311+)、(C)Delta(b71+和b22312+)和(D)Omicron(b51+、b182+、b71+、b17311+)变体。WT和Delta变体在Thr323处显示完全的O-糖苷占据。发现Omicron变体同时具有Thr323(b51+和b182+)和Thr376(b71+和b17311+)。本文首次阐明了SARS-CoV-2 Omicron和Delta变异体中发现的O-糖型结构异质性。与WT或Delta相比,Omicron变体的核心2型O-糖型的利用率显著提高。此外还鉴定了一种新的Omicron S-RBD特有的Thr376 O-糖位点。这种自上而下的MS方法是对传统结构方法的补充,并为SARS-CoV-2 S-RBD蛋白形式的表征提供了无与伦比的分辨率。撰稿:夏淑君编辑:李惠琳文章引用:doi.org/10.1101/2022.02.09.479776
  • 了解糖蛋白结构异质性和相互作用:来自native Mass的见解
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Current Opinion in Structural Biology上的文章,Understanding glycoprotein structural heterogeneity and interactions: insights from native mass spectrometry,通讯作者是英国牛津大学化学系的Carol V . Robinson教授。  蛋白质糖基化的过程会产生具有多种组成、连接和结构的聚糖,这些聚糖具有多种生物学功能。哺乳动物的主要两类糖基化修饰为 N糖和粘蛋白型O糖(图1 a,b)。N-聚糖的分支结构、单糖延伸、岩藻糖基化和唾液酸化是主要特征 粘蛋白型O-聚糖根据其核心结构分为四类。解读聚糖异质性对于了解糖蛋白的结构和功能至关重要。高分辨率nMS在完整水平上提供聚糖组成的全景图,并且将糖蛋白结构的异质性与相互作用的化学计量和功能联系起来。这篇文章集中讨论了利用nMS阐明糖蛋白结构异质性和生物分子功能的最新进展。  图1 糖基化特征可以用native MS方法表征  一、描绘糖型组成异质性  糖蛋白的主要特征包括聚糖占据、N-聚糖分支/延伸、岩藻糖基化和唾液酸化。通过native MS 和糖蛋白组学的方法表征人胎球蛋白糖型,native MS确定全局宏观和微观异质性,而糖蛋白组学描述了位点特异性糖基化信息,可以根据特定于位点的信息对蛋白native MS谱中每种糖型的详细组成进行注释(图1c)。  使用凝集素的亲和纯化质谱(AP-MS)有助于靶向分析糖蛋白上具有感兴趣结构的糖型。例如,特异性识别α1-3岩藻糖残基的凝集素 (AAL),揭示了人类α1-酸糖蛋白(AGP)上的 α1-3岩藻糖残基的化学计量 使用与糖基β1-6分支相互作用的凝集素PHA-L,表明 β1-6 分支在所有 AGP 糖型上的普遍存在。  外切糖苷酶处理在糖组学中广泛用于区分具有不同键的单糖残基。一项最近的工作使用了α-神经氨酸酶、β-半乳糖苷酶、β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶和α-岩藻糖苷酶的组合外切糖苷酶,揭示了 AGP 在完整糖蛋白水平上核心和触角岩藻糖基化的化学计量。对于同时具有 N-连接和 O-连接聚糖的高度糖基化生物治疗药物,例如依那西普、使用外切糖苷酶、内切糖苷酶和蛋白酶的综合酶处理对于全面了解糖蛋白的整体异质性至关重要(图2)。  图2 (a) 依那西普的结构 (b) 唾液酸酶(一种外糖苷酶)和PNGase F(一种内糖苷酶)处理的依那西普的native MS。  2、描绘结构异质性  蛋白质O-糖基化在许多细胞表面蛋白质中普遍存在,如 SARS-CoV-2 刺突蛋白受体结合域 (S-RBD),该蛋白具有核心 1 和核心 2 粘蛋白型O糖。最近的一项突破将软着陆 MS 和扫描隧道显微镜 (STM) 相结合,能够对单个聚糖的构象和结构进行成像。  以前的报告表明,N-聚糖分支和核心岩藻糖基化受到糖基化位点局部构象的限制,远离蛋白质表面的唾液酸化和末梢岩藻糖基化被认为受蛋白质骨架结构的影响较小。随着 nMS 分辨率的进步,通过比较位点特异性和全局异质性直接重新审视这一假设是可行的。如果每个位点上的糖基化事件是独立的,那么全局异质性应该与位点特异性信息一致。对于核心岩藻糖基化IgG和携带简单 N糖的人胎球蛋白,位点特异性糖基化完美地解释了整体异质性。然而,最近对高度分支和唾液酸化的 rhEPO 和 S-RBD 的研究表明,糖基分支上唾液酸化打破了native MS 和糖蛋白组学数据之间的这种相关性。因此,这些情况表明唾液酸化并非完全独立于所有糖基化位点。  3、破译N聚糖生物合成途径 监测N-聚糖宏观和微观异质性提供了对其生物合成途径的见解。N-聚糖分支由一系列N-乙酰胺基葡萄糖转移酶催化,它们将单糖依次连接到糖基的不同分支上。对敲除了个别N-乙酰胺基葡萄糖转移酶基因的细胞表达的糖蛋白进行分析,可以揭示糖基的生物合成偏好。除了N聚糖的分支合成以外,岩藻糖基化过程也可以通过native MS揭示。人类AGP最多能携带11个岩藻糖, 用连续的外切糖苷酶消化和native MS来区分 AGP 上的核心和分支岩藻糖基化N-聚糖,揭示了岩藻糖基化在完整糖蛋白水平上的联系和化学计量(图3)。  图3 (a)人AGP结构。(b)外切糖苷酶处理可区分AGP上N糖的核心和分支岩藻糖基化。(c) 外糖苷酶消化的AGP的native MS揭示了在完整糖蛋白水平上岩藻糖基化的联系和化学计量学。  四、将糖的异质性与糖蛋白相互作用联系起来  通过保留完整的蛋白质与配体/药物的复合物,nMS 为蛋白质相互作用的化学计量和动力学提供了信息。AGP 与抗凝药物华法林的研究表明,单岩藻糖基化可减弱蛋白质-药物相互作用(图4)。  图4 (a)人 AGP在其疏水袋中特异性结合抗凝药物(华法林)。 (b) 将 AGP-华法林复合物的native MS绘制为华法林浓度的函数 (c)华法林浓度和与华法林结合的非岩藻糖基化AGP或单岩藻糖基化AGP的百分数的对应曲线。非岩藻糖基化为蓝色,单岩藻糖基化为红色。 (d) 不同糖型解离常数的比较表明,N-聚糖分支和岩藻糖基化降低了 AGP 对华法林的亲和力。  native MS的分辨率革命已经使糖组学、糖蛋白组学和top-down MS之间建立了联系,以揭示糖基的宏观异质性。未来,蛋白质糖基化的数学模型和多组学方法的整合将为我们理解“不可解析”的糖蛋白复合物提供新的思路。

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    糖肽是什么包含一个叫做聚糖的碳水化合物的多肽(氨基酸分子)被称为糖肽(Glycopeptides)。由于聚糖在所有生物体细胞中无所不在,并且糖肽有保持健康和防止疾病作用,糖生物学领域出现了分子等方面的研究。【合肥国肽生物】此外,还开发出治疗某些感染类型的糖肽类抗生素。糖肽是通过肽合成过程生产出来的。在此过程中,聚糖绑定多肽,并与其它聚糖结合氨基酸联系在一起,直到产生一个链。新产生的多肽随后通过糖基化绑定蛋白质和脂质。这一酶催化过程让糖肽影响细胞之间的生化沟通。因此,这些多肽在生物体生命过程中有很重要的生物学作用。细胞产生皮肤和有机组织,并有抵御疾病,帮助身体保持体内平衡等作用。糖生物学试图确定糖肽的分子结构,并进一步探索这些多肽在与人体其它相关细胞和分子中的功能。通过确定糖肽结构,进一步了解它们的机制,糖生物学领域工作者能生产出有助于促进健康和延长寿命的治疗方法。例如,糖肽包含一种特质-在癌细胞扩散前必须被分解;因此,了解糖肽结构能让科学家创造一种防止糖肽变质和抑制癌细胞扩散的方法。糖肽抗生素是一种专门开发出来用于抵御特定类型细菌(对青霉素等常见治疗形式抵抗)的抗生素。例如,万古霉素就是一种常见的糖肽类抗生素,可用于治疗肠道发炎。这种疾病通常是由肠道有害细菌导致,而万古霉素能杀死这些细菌。不过,从糖肽提取的抗生素没有抵御病毒感染的功效。这些药物通常通过静脉注射,或口服药片治疗肠道感染。由于糖肽类药物一般被视为抵抗菌株的最后治疗手段,在病人开始感觉好转的情况下也应坚持完整个疗程。否则,再次感染会加剧,并且更难治疗。糖肽抗生素并非没有副作用。如果大剂量给予,这种药会导致皮疹,或通过呼吸道肌肉收紧而干扰呼吸。糖肽连键的主要类型有两种:一,N-糖肽键,是指β-构型的N-乙酰葡糖胺异头碳与天冬酰胺的γ-酰胺N原子共价连接而成的N-糖苷键。二,O-糖肽键,是指单糖的异头碳与羟基氨基酸的羟基O原子共价结合而成的O-糖苷键。我们主要提供:多肽合成、定制多肽、同位素标记肽、人工胰岛素、磷酸肽、生物素标记肽、荧光标记肽(Cy3、Cy5、Fitc、AMC等)、目录肽、偶联蛋白(KLH、BSA、OVA等)、化妆品肽、多肽文库构建、抗体服务、糖肽、订书肽、药物肽、RGD环肽等。合肥国肽生物官网:http://www.bankpeptide.com欢迎咨询服务热线:17718122172;17718122684;17730030476;17718122397多肽及蛋白质的人工合成多肽及蛋白质的人工合成,指以氨基酸为原料,用化学方法合成多肽或蛋白质。以氨基酸为原料,用化学方法合成多肽或蛋白质。其目的是:①确证天然多肽或蛋白质的结构;②生产天然的、在生物体内含量极微但有医疗或其他生物效用的多肽;③改变部分结构,研究其结构与功能的关系,并设计更有效的药物。

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