能否介绍一下做mri时常用的软件及使用方法？

这个问题恐怕要操作过医用核磁的人才能帮你解答，我用的是普通核磁，下面这个网页介绍的MRI的成像原理，希望对你有所帮助。
http://www.xqhospital.com.cn/edu/edu0702.asp?filename=047/04701026.htm

普通核磁上如果有合适的探头也可以作成像

哪有没有处理三维图像的，三维坐标的软件？

那个网址打不开呀？？？

能打开呀，实在不行就看下面的附件吧。
相关附件

http://www.cis.rit.edu/htbooks/mri/

我们实验室用于MRI的软件是paravision，是\医用MRI的，不过拿来作化学的也挺好用