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【分享】REW软件(HRTEM像模拟与出射波函数重构软件)08.11.16改进版

  • swimingduck
    2008/10/21
  • 私聊

透射电镜(TEM)

  • 附件是我写的软件REW,具有如下功能:
    (1)CTF传递函数的一维、二维分析,
    (2)系列离焦像的波函数重构,包括IWFR和MAL的计算方法,
    (3)由晶体结构模拟HRTEM像,支持PDB格式与软件内搭建的晶体结构。

    写的不是太好,操作不慎时会出点小BUG,有的地方也没有考虑得周全,望见谅~
    不足的地方请多多指教,最好是以Email形式。谢谢。


    REW Program
    08.11.16更新的REW执行文件

    (更新说明)
    08.11.16: 像模拟中:修正Debye-Waller 衰减包络。原程序的像模拟功能中,所加的Debye-Waller因子的方式有误,若计算中将DW因子都设置为0的话倒是不影响的。
    (DW因子是与原子的热振动有关的因素,目前REW软件中的像模拟仍未考虑吸收因素)
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  • zdlkkk

    第1楼2008/10/22

    很感谢楼主,下载了。正在看menu,要是有建议的话发信给你。
    有个问题,附件中的文件没有后缀,应该是.rar?

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  • swimingduck

    第2楼2008/10/22

    那个没后缀的名字叫什么???
    我下载了下,都是正常的后缀名。
    忘记了,补充说一下:
    (1)运行的时候,只需要把REW.EXE和libfftw3-3.dll调用库放在同一个目录下即可;
    (2)A、实验像从DM中导出为REW可读的数据格式。
    读取的只能是纯数据格式,在DM软件下,使用EXPORT->DATA ONLY FORMAT的操作可以将实验像变为纯数据格式,存后的文件的字型是与在DM里面显示的图像字型是一直的。通常实验像存完后是INTEGER 2 SIGNED的字型,那么在REW中对应的也是读这样的类型。
    B、REW的计算结果在REW中的打开。
    REW中计算的结果一般是以REAL 4的字型来打开,如果算出来的是图像,就用DISPLAY->IMAGE打开,如果算的是复数图像,即波函数,用DISPLAY->COMPLEXIMAGE打开。
    C、REW计算结果在DM软件中的打开。
    在DM中打开REW的计算结果是选择IMPORT,字型通常就是REAL 4(普通图像)和COMPLEX 8(复数图像)。
    (3)如果想比较迅速的知道操作的步骤,先看OPERATION 里面的AVI。我把操作抓屏了。基本步骤按照AVI来做的话,不太容易出BUG。

    谢谢使用!

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  • iamikaruk

    第3楼2008/10/22

    彭老师的学生?上周来参加fei workshop?好像我们见过面

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  • swimingduck

    第4楼2008/10/22

    恩。不过毕业了。
    你是哪位?
    给点提示?

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  • iamikaruk

    第5楼2008/10/22

    当时麻烦你做重构来着……

    swimingduck 发表:恩。不过毕业了。
    你是哪位?
    给点提示?

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  • swimingduck

    第6楼2008/10/22

    啊……哈哈
    是那个小的吧?
    我回来后把代码改了点,你们那个结构也能模拟了,波函数的相位也是发生反转了。:(

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  • iamikaruk

    第7楼2008/10/22

    呵呵,世界真小。上次不是已经重构好了吗?是说做高分辨模拟?

    swimingduck 发表:啊……哈哈
    是那个小的吧?
    我回来后把代码改了点,你们那个结构也能模拟了,波函数的相位也是发生反转了。:(

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  • swimingduck

    第8楼2008/10/22

    恩,说的是模拟呢。你们不是说我读的PDB文件可能不是普遍文件格式嘛,所以我回来就改了下读PDB文件代码的部分。现在能够读你们的文件模拟了。^_^
    有模拟还是方便好多的。我经常模拟和重构都做的。

    你在这里混了很久吧?看你好有币币的样子。

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  • 怪味陈皮

    第9楼2008/10/22

    ,见到REW的新版本真的很高兴。我用过林芳06年底毕业前完成的那个版本,难道???,自己用模拟像重构试了试效果很不错。不过用实验像重构时,重构十次以后error忽大忽小,总是不收敛。我估计可能是由于的defocus和image shift的值不准确造成的。
    以后有问题要多向你请教了。

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  • swimingduck

    第10楼2008/10/22

    忽大忽小的话,把gammar选为optimal的就不会了。算的时间稍微长点,但是保证收敛。
    你可以试试里面的IWFR的方法,就是ALLEN的文章里面的。新加的。

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