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【资料】生化新技术(共2讲)

事件聚焦

  • 蛋白质组分析


    缩写: 2DE:双向蛋白质电泳 ESI :电喷雾离子化 IPG :固定pH梯度 MALDI :基质辅助的激光解吸电离 MS :质谱 PTM :翻译后修饰 SDS-PAGE :十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳   技术概述: 尽管"蛋白质组学"这个在1996年最早形成,监控基因组-广泛蛋白质表达的主要实验工具-2DE自1975年就已经有了。2DE首先使用等电聚焦通过电荷分离蛋白质,然后通过十二烷基硫酸钠-聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)通过分子大小分离。 建立在2DE基础上的分析蛋白质混合物的一个关键性例子是同时在分析水平和微制备水平上进行分析,而没有实验方案、步骤或设备的显著改变。在初始实验中,微克级的蛋白质可以被研究鉴定表达或PTM以有趣的方式改变的蛋白质。在此水平上,可以从单一混合物中分辨到11,200个蛋白质(J Klose, 个人通讯)。随后,同一样本可以在毫克级纯化以进一步进行分析,如氨基酸分析、质谱、氨基末端或内部氨基酸测序和其它技术。固定pH梯度(IPG)胶条的出现在此领域特别重要。IPG胶条通过将pH梯度共价迁移到聚丙烯酰胺支持的基质上(几乎消除了pH偏移),增强了等电聚焦的可重复性,并增强了毫克量蛋白质混合物的分辨能力。另外一个IPG胶条的益处是能够将pH分离范围调到任何所需范围内的能力。 其它2DE的重要技术进展包括敏感的蛋白质染色方法的发展,诸如氨基银染色,其在钠克或低于钠克量能够检测到蛋白质,以及凝胶内样品上样到IPG梯度凝胶条的使用。凝胶内样品上样,与在凝胶阳极或阴极端上样相比,允许应用更大体积和量的蛋白质,并减少观察到的与蛋白质沉淀相关的聚焦问题。 分析性2DE应用局限,因为所得的结果(通过电荷和分子大小分离蛋白质的表达模式)在蛋白质的实际身份和起源基因或基因之间不能建立联系。确实,不能够完全定性兴趣蛋白的改变可能是为什么原先的技术不能够普及的原因。向此技术的一些简单的延伸,如Western blotting和凝集素亲和层析,只提供蛋白质信息的缓慢的增长,这些技术通常用来确定所怀疑的蛋白质身份。 Aebersold等的工作是创新性的,他们证实氨基末端和蛋白质内部的序列信息可以从印迹到膜上的2DE分离的蛋白质获得。直接氨基酸测序提供了蛋白质组学和基因组学信息之间的重要连接,为未定性的蛋白质提供了遗传基础;然而,设备和试剂费用以及直接测序有限的敏感度一直限制了发展。最近,多肽(从2DE凝胶或印迹获得的消化后的蛋白质)通过质谱(MS)来定性。两个蛋白质的常见离子化技术是电喷射电离(ESI)(或更小颗粒的纳米喷射)和基质辅助的激光解吸电离(MALDI)。这些技术与不同的质谱分析仪配合,它们都有各自的优缺点。总的来说,MALDI-飞行时间MS对于分析高分子量的蛋白质更为有效,而ESI离子捕获MS 提供更好的检测敏感性,可以达到飞摩尔(10-15摩尔)水平。跟详细的ESI和MALDI技术的综述参见一篇技术方面的综述。凝胶分离蛋白质和多肽的MS分析的一个关键特点是能够产生关于一个特殊的兴趣肽的结构信息。比如,质谱仪能够直接提供一个肽的质量的信息,并又能够被用来从用源后衰变或碰撞诱导的解离获得的串联质谱生成从头氨基酸序列信息。另外,质谱仪可以通过检测肽段的质量偏移提供糖基化模式、磷酸化或其它PTM的资料。这种灵活性以及研究其它非蛋白质小分子的能力促成了目前对质谱的兴趣。下面我们将讨论具体应用于蛋白质组学研究的MS技术的进展。 近来串联MS已经被用来识别大分子复合物中的蛋白质。该步骤利用双向层析分离、肽裂解和随后的氨基酸序列和基因组序列的比较。这是一个快速蛋白质鉴定的方法,它依赖于整个基因组序列准确性和预计的能力。另外,另外一种串联质谱力图取代对 SDS-PAGE的需求。此方法提供了亚皮摩尔的敏感度(0.3-3pmol),质量测量的准确性达到+/-0.05%而且减少了样本处理的损失;但是在蛋白质定量上能力有限。 信息学: 蛋白质组学分析在许多水平上需要信息学工具。首先,需要发展蛋白质表达分布图的在线数据库。这样的数据库应该与核酸序列和表达序列标签的数据库无缝链接和整合。一个优秀的可进入的因特网蛋白质组数据库资源是Expert Protein Anlysis System(ExPASy),现在可以在http://www.expasy.ch在线获得。另外,需要发展能够接受多个蛋白质表达分布图并自动识别兴趣蛋白量变的软件包。一些模式识别软件可以从许多商家商业购买,其中的一个例子是Melanie 3(瑞士生物信息学研究所, Swiss Institute for Bioinformatics)。Melanie 3的主要特点包括能够对数据进行多变量统计学分析,与在线数据库进行比对,并与MS谱交互界面作用。 目前急切需要发展其它软件工具,能够将从不同实验获得的未识别的肽的生物化学数据(比如等电点、分子量和串联质谱)和蛋白质序列、核酸序列和表达序列标签数据库的搜寻结合起来,进行最可能的遗传基础识别。 一套蛋白质组学工具现在可以在ExPASy网点获得。瑞士生物信息研究所持有该数据库,近来公布了蛋白质序列数据库的一个优秀的概要。 应用: 差异蛋白质组分析比较一个细胞、组织或生物体的任意一个参考状态的2DE分离的蛋白质分布图和一个非标准状态,如疾病状态或者在系统中加入毒素后,的分布图。两个蛋白质组之间的差异表明系统在扰乱后的反应机制。差异蛋白质组学分析应用到有兴趣的问题上的种类不断增多。比如肾脏暴露于铅后,皮质中76种和髓质中13种蛋白质的量发生了改变。这项工作突出了蛋白质组学在鉴定毒理学研究的标记物中的应用。细胞膜表面受体在血小板衍生的生长因子刺激下的磷酸化状态和温度对中国仓鼠卵巢 (CHO)细胞生成能力的影响是应用蛋白质组分析突出在对环境刺激作用下对蛋白质PTM 作用的两个例子。低温CHO细胞实验是特别值得注意的,因为它提供了哺乳类细胞对冷刺激反应,包括PTM改变,尤其是两个蛋白质的酪氨酸残基的磷酸化。差异蛋白质组分析也能够帮助识别转录后/翻译前水平的调控。通过测量翻译控制的肿瘤蛋白质和其 mRNA丰度的水平,已经表明在Cos-7细胞中钙的水平在转录水平和转录后步骤调节蛋白质表达。建立在一个关键调节子和其蛋白质基础上的蛋白质组分析已经提供鼠伤寒沙门氏菌发病机制的线索[28]。鼠伤寒沙门氏菌在早期和晚期的指数生长期的差异研究已经识别了一系列与生长调控相关的蛋白质。 未来前景: 我们在蛋白质组学的目的是蛋白质的快速的和定量的特征描述。使用质谱和同位素标记的新进展很有前景。15N的同位素代谢标记能够帮助从纯化的蛋白质亚群中识别和定量蛋白质,包括它们的修饰。此技术对不同的质谱分析仪和离子化技术都是适用的。但是此技术对于测量低丰度蛋白质有困难,这是因为样品的上样对分析性2DE的限制。近来发展了另外一个没有这种限制的方法。此新方法不局限于与代谢标记相容的细胞,使得它广泛应用于几乎任何细胞或者组织类型。在一个还原蛋白质样品侧链半胱氨酸残基从一个化学试剂的同位素轻(细胞状态1)或重(细胞状态2)型衍生出来。细胞聚集、酶解、用亲和层析分离并最后用串联质谱分离。LCQTM离子捕获质谱(Finnigan MAT, San Jose, CA)以双模式操作同时允许不同细胞状态下肽的定量和序列识别,这是由于它们使用了不同的标签。此方法与在DNA芯片上结合分析两个不同状态细胞的mRNA样品类似。这个新的蛋白质方法提供了定量比较细胞和组织的蛋白质的一个广泛适用的方法。仍然,在研究低丰度的蛋白质有一个重大的局限性,因为缺少一个类似核酸的聚合酶链反应的扩增策略。 一个特别激动人心的进展是Denis Hochsstrasser和同事研制的分子扫描仪(Molecular Scanner)。此新技术利用2DE凝胶,并结合蛋白酶消化和电印迹到膜上为单一步骤,随后生成电印迹"凝胶"的单个区域的MS指纹图(用MALDI-MS)。此方法理论上可以在一个凝胶上完全定性所有蛋白质。蛋白质组学中自动化的深入讨论,读者可以参见澳大利亚蛋白质组学分析机构和瑞士联邦技术研究所的文章。
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  • yhl-87_

    第1楼2009/10/30

    基因药物的前沿技术(上)


    广义的基因治疗是指利用基因药物的治疗,而通常说的狭义的基因治疗是指用完整的基因进行基因替代治疗,一般用DNA序列,主要的治疗途径是ex vivo(间接体内法),即在体外用基因转染病人靶细胞,然后将经转染的靶细胞输入病人体内,最终给予病人的疗效物质是基因修饰的细胞,而不是基因药物。除间接体内法外,还可以用基因药物进行直接体内途径治疗,这些基因药物可以是完整基因,也可以是基因片段(包括DNA或RNA);可以是替代治疗,也可以是抑制性治疗(包括DNA转录水平和 mRNA翻译水平)。基因药物不但可用于治疗疾病,而且可用于预防疾病。这类基因药物治法简单易行,发展迅速,新型基因药物不断产生。本文将着重对效果比较肯定的基因疫苗、反义RNA药物、三链DNA药物进行讨论。 1 基因疫苗      地球上彻底消灭的第一种人类疾病��天花是靠牛痘疫苗来实现的。疫苗已帮助人类抵抗了多种传染性疾病的侵袭。但是,死疫苗不能提供内源性抗原,需多次接种才能起到一般的免疫效果;减毒活疫苗往往存在毒力回升的危险;亚单位疫苗免疫性差;重组疫苗存在安全性等问题。基因疫苗在这种情况下于1993年应运而生。基因疫苗指的是DNA疫苗,即将编码外源性抗原的基因插入到含真核表达系统的质粒上,然后将质粒直接导入人或动物体内,让其在宿主细胞中表达抗原蛋白,诱导机体产生免疫应答。抗原基因在一定时限内的持续表达,不断刺激机体免疫系统,使之达到防病的目的。   1.1 基因疫苗的免疫方法     基因疫苗的免疫方法即基因疫苗的给药途径,目前使用的方法有以下几种:     1)裸DNA直接注射:将裸质粒DNA直接注射到机体的肌肉、皮内、皮下、粘膜、静脉内。这种方法简单易行。     2)脂质体包裹DNA直接注射:包裹DNA的脂质体能与组织细胞发生膜融合,而将 DNA摄入,减少了核酸酶对DNA的破坏。注射途径同裸DNA直接注射。     3)金包被DNA基因枪轰击法:将质粒DNA包被在金微粒子表面,用基因枪使包被 DNA的金微粒子高速穿入组织细胞。     4)繁殖缺陷细菌携带质粒DNA法:选择一种容易进入某组织器官的细菌,将其繁殖基因去掉,然后用质粒DNA转化细菌,当这些细菌进入某组织器官后,由于不能繁殖,则自身裂解而释放出质粒DNA。 1.2 基因疫苗的优越性与问题      基因疫苗被称之为第三代疫苗,自1993年问世后,在短短的5年中发展迅速。它与传统的疫苗相比,具有以下显著的优越性:     1) 抗原基因在体内持续表达产生抗原,不断刺激机体免疫系统产生长程免疫,免疫效果更可靠。     2) 对于易变异的病毒,可以选择各亚型共有的核心蛋白保守DNA序列作基因疫苗,产生跨株系的免疫保护反应,从而避免易变异病毒产生的免疫逃避问题。      3) 一个质粒可插入多个抗原基因,即组成多价基因疫苗,故一种基因疫苗可免疫多种疾病。   4) 基因疫苗具有减毒活疫苗的免疫原性,但不会存在活疫苗的毒力回升的危险。     5) 基因疫苗的质粒DNA无免疫原性,不会像重组疫苗那样诱发针对载体的自身免疫反应,故可重复使用。另外,基因还不会受机体已有抗体的影响,可用于带母体抗体的婴儿。      6) 对于毒性大、危险的病毒,以及难以提取抗原的疫苗,基因疫苗的制备相对安全,容易得多。   7) 基因疫苗制备简单,容易大量生产,且成本低。质粒DNA非常稳定,易于贮存和运输。   8) 使用方便,可以经多种途径给药,不需免疫佐剂等。   基因疫苗作为一类新型疫苗,还有一些方面不完善,在实际应用中还存在一些问题有待解决:     1) 安全性问题:基因疫苗一般不会整合到染色体基因组上,但不能排除少数质粒DNA 插入到染色体上,引起插入突变的可能性。不过目前的动物实验尚未发现发生插入突变的证据。   2) 免疫效率有种属个体差异:各动物之间的免疫效率不一样,这可能与不同动物细胞需要不同启动子有关。同种动物之间也有个体差异,免疫效率往往不能达到百分之百,这可能与抗原基因、给药方法途径、给药量有关。   3) 基因疫苗体内持续表达产生抗原蛋白,可能引发免疫耐受。      4) 基因疫苗的免疫应答机制仍不清楚。   1.3 基因疫苗的应用     基因疫苗目前主要应用于传统疫苗无法对付的病毒性疾病和恶性疾病,如艾滋病、乙型肝炎、癌症等疾病的治疗和预防。     1)病毒性疾病:世界上第一例基因疫苗是用于治疗艾滋病的HIV基因疫苗。1996 年批准在健康人身上进行预防艾滋病的基因疫苗的I期临床试验。流感病毒不同株间保守性抗原基因疫苗对不同株的流感病毒可产生抵抗力,以防止易变异流感病毒的免疫逃避。乙肝病毒表面抗原基因疫苗、包膜蛋白基因疫苗均可诱发机体产生免疫应答。基因疫苗还被用于其他病毒性疾病的预防,如单纯疱疹病毒 、狂犬病毒、丙肝病毒感染等。     2)癌症:有人用癌胚抗原基因疫苗诱导细胞毒性T淋巴细胞反应来治疗癌症。 Plautz等也将MHC-I抗原基因疫苗治疗腺癌或纤维肉瘤也引发了对肿瘤的细胞毒性作用。      3)免疫调节:在注射针对疾病的基因疫苗的同时,注射编码细胞因子或辅助因子的基因疫苗,有助于增强免疫应答,调节免疫反应方向或免疫反应类型。 2 反义RNA      反义RNA指与mRNA互补后,能抑制与疾病发生直接相关基因的表达的RNA。它封闭基因表达,具有特异性强、操作简单的特点,可用来治疗由基因突变或过度表达导致的疾病和严重感染性疾病。 2.1 反义RNA治疗的基本方法   1) 反义寡核苷酸(反义ON):体外合成10至几十个核苷酸的反义ON或反义硫代磷酸酯寡核苷酸序列,用脂质体等将反义ON导入体内靶细胞,然后反义ON与相应mRNA 特异性结合,从而阻断mRNA的翻译。      2) 反义RNA表达载体:合成或PCR扩增获取反义RNA的DNA,将它克隆到表达载体,然后将表达载体用脂质体导入靶细胞,该DNA转录反义RNA,反义RNA即与相应的 mRNA特异性结合,同样阻断某基因的翻译。    2.2 反义RNA的特点与问题     反义RNA用于基因治疗具有以下特点:      1) 具有特异性强:只阻断靶基因的翻译表达。      2) 安全性好:反义RNA只与特定mRNA结合,不改变基因结构,最终会被RNase水解,不残留。   3) 操作简单:反义ON可大量合成,反义RNA的DNA既可合成又可PCR扩增获得。     4) 靶基因范围广:适应于多种疾病,亦可同时用多个反义RNA封闭多个基因,有可能应用于多基因病。

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  • yhl-87_

    第2楼2009/10/30

     基因药物的前沿技术 (下)


    但是,反义RNA作为基因治疗的常规药物,还存在一些需要解决:     1) 反义RNA的选择设计难:反义RNA与mRNA亲和力、结合的特异性受结合位点两侧序列的二级或三级结构的影响。     2) 有副作用问题:副作用与反义ON的多聚阴离子性质有关,目前有人正在试图去除多聚阴离子性质,减少副作用。   2.3  反义RNA的应用     反义RNA目前主要用于恶性肿瘤、病毒感染性疾病等。     1)恶性肿瘤:用反义K-ras封闭胰腺癌、肺癌的K-ras癌基因,对癌细胞具有明显的抑制作用。用反义RNA封闭慢性粒细胞白血病的bcr-abl融合基因的表达,能抑制肿瘤细胞的生长。通过反义RNA抑制程序性细胞死亡的拮抗基因bcl-2可提高化疗药对 T淋巴细胞白血病细胞的杀伤作用。反义bcl-2亦可阻碍非何杰金氏淋巴肉瘤的生长。     2)病毒性疾病:HIV的反式激活蛋白反应顺序(TAR)与TAT蛋白结合可促使HIV 转录,当用反义TAR封闭TAR时,可终止HIV的转录,现已取得体外抗HIV的效果。反义 RNA对麻疹病毒也有显著的拮抗作用。     3)其他疾病:用胞间粘着分子的反义ON治疗肠炎病人,70%的病人其症状得到控制。针对CMV的反义ON也用于治疗CMV-视网膜炎病人。针对血管平滑肌细胞增殖的生长因子的反义ON能预防血管成形术后的再狭窄。   3 三链DNA      脱氧寡核苷酸能与双螺旋双链DNA专一性序列结合,形成三链DNA,来阻止基因转录或DNA复制,此脱氧寡核苷酸被称为三链DNA形成脱氧寡核苷酸(TFO)。为了与作用在mRNA翻译水平的反义RNA的反义技术相区别,将三链DNA技术称之为反基因技术。   3.1 基本方法与机理     设计合成15~40个碱基的脱氧寡核苷酸,按T.AT、C+.GC、G.GC、A(AT三碱基体规律与双链DNA结合,通常结合在蛋白识别位点处,形成三链DNA,干扰DNA与蛋白质的结合,如转录激活因子,从而阻止基因的转录与复制。     3.2 TFO的优点与问题     TFO用于基因冶疗时将有以下优点:     1) TFO所需剂量小,因为TFO是针对转录水平的DNA序列,而反义RNA作用的mRNA 是DNA信息的放大,故TFO作治疗时的剂量较反义RNA大为减少。   2) 具有较强的特异性,因为1~2个碱基的错配将导致三链DNA稳定性大大降低。     但是,TFO还有一些问题需要解决:     1) 稳定性不够,半衰期较短。   2) TFO必经与同聚嘌呤同聚嘧啶片段结合,但这样DNA片段在真核细胞很少。   3.3 TFO的应用研究     由TFO的稳定性问题没解决,故其应用研究尚处于实验阶段,如抑制淋巴瘤的 bcl-2基因、乳腺癌的HER2基因、肿瘤多抗药MDR-1基因的表达,也有人将TFO用于抑制HIV的整合。     总之,在ex vivo法基因治疗举步艰难之际,用基因药物进行直接体内治疗取得了实际性进展,为基因治疗带来了新的曙光。

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