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[RNAi&miRNA] miRNA研究中常用的软件和数据库资源
省部重点实验室
2011/12/13
私聊
生命科学仪器综合讨论
以下是常用的microRNA靶标数据库和软件资源列表,希望对microRNA的研究者有所帮助。
(1) miRbase:众所周知的microRNA基因注释数据库。目前miRBase只提供了microRNA的靶标的预测软件的链接(如:PicTar)。 网址:
http://mirbase.org/index.shtml
(2) starBase:一个高通量实验数据CLIP-Seq(或称为HITS-CLIP)和mRNA降解组测序数据支持的microRNA靶标数据库,整合和构建多个流行的靶标预测软件的交集和调控关系。网址:
http://starbase.sysu.edu.cn/
(3) Tarbase:一个收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。网址:
http://microrna.gr/tarbase/
(4) miRecords:一个整合的microRNA靶标数据库。整合多个靶标预测软件的调控关系。网址:
http://mirecords.biolead.org/
(5) targetScan: 基于靶mRNA序列的进化保守等特征搜寻动物的microRNA靶基因。是预测microRNA靶标假阳性率较低的软件。而且是microRNA领域大牛Bartel实验室开发的。网址
http://www.targetscan.org/
(6) PicTar:基于microRNA或microRNA靶标联合作用等特征开发的搜寻动物的microRNA靶基因的软件,假阳性率也较低。是microRNA领域大牛Rajewsky实验室开发的。该文章位列miRNA相关文章引用Top5。网址:
http://pictar.mdc-berlin.de/
(7) PITA:基于靶位点的可接性(target-site accessibility)和自由能预测microRNA的靶标。是著名的生物信息学家Segal实验室开发的。网址:
http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html
(8) RNA22:基于序列特征预测microRNA的结合位点。是几个流行的microRNA靶标预测软件的其中一个。IBM公司的研究团队开发的。网址:
http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html
(9) miRanda和microRNA.org:是著名的Memorial Sloan-Kettering 癌症研究中心的研究人员开发的软件和数据库。miRanda的最新版本又叫mirSVR。网址:<
http://www.microrna.org/microrna/home.do>
(10) MicroCosm:EMBL-EBI的Enright 实验室开发的microRNA靶标数据库。网址:<
http://www.ebi.ac.uk/enright-srv/microcosm/htdocs/targets/v5/>
(11) miRTarBase:整合实验证实的microRNA靶标的数据库。网址:<
http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.html>
(12) miRGator v2.0:整合microRNA表达、靶标和疾病相关信息的数据库。网址:<
http://mirgator.kobic.re.kr:8080/MEXWebApp/>
(13) MiRNAMap:动物的microRNA基因及其靶标的数据库。网址:<
http://mirnamap.mbc.nctu.edu.tw/>
(14) miRDB: 动物microRNA靶标预测和功能注释数据库。网址:<
http://mirdb.org/miRDB/>
(15) RNAhybrid:一个基于miRNA-target配对自由能预测microRNA的靶标的软件。网址:<
http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/>
(16) miRGen:microRNA基因和microRNA靶标数据库。网址:<
http://www.diana.pcbi.upenn.edu/miRGen.html>
(17) Targetfinder: 使用基于植物的靶标罚分策略预测小RNA的靶标软件。网址:<
http://jcclab.science.oregonstate.edu/node/view/56334>
(18) miRU, psRNATarget: 一个网页版的植物microRNA靶标预测工具。网址:<
http://www.plantgrn.org/psRNATarget/>
(19) CleaveLand:一个基于mRNA降解组数据预测microRNA靶标的工具。网址:<
https://homes.bio.psu.edu/people/faculty/Axtell/AxtellLab/Software.html>
(20) Target-align:一个就鉴定植物microRNA靶标的工具。网址:
http://www.leonxie.com/targetAlign.php
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该帖子已被
版主-zhang8826857
加3积分,加2经验;加分理由:鼓励发帖交流
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+关注
私聊
tangtang
第1楼
2011/12/25
很丰富的资源。
研究分工越来越细,越来越深入。
0
发表回复
分
该帖子已被
版主-省部重点实验室
加2积分,加2经验;加分理由:谢谢 交流( ⊙ o ⊙ )啊!
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