w4m0330
第8楼2012/06/18
我的做法是,用建立一个大的单胞,P1空间群,每个原子的坐标位置自己用excel等表格工具算出来。(这个方法其实JEMS的web help文档里头有提到,以及它支持的文件说明都有,自己耐心找找吧)有些小麻烦,不过可以大概看看拿来用。这个方法简单,但是要研究界面的话就没有太大作用了,因为所有原子的位置都是你自己手动输入的,界面模型也是你假定的。
要精确一些的,可以找Molecular Dynamic (MD)的合作者,帮你建大的单胞,然后弛豫结构。要是复杂一些的结构,MD没有现成经验参数的,某些参数可能还需要DFT之类的ab initio方法先算出来。
yihuiiii
第9楼2012/06/18
是这样么,那就麻烦的多了。以前用过crystalkit,建两个单胞,然后interface,可以手动设定弛豫,然后从大的范围内选定包含界面上下信息的二维单胞另存为一个超原胞,直接就可以导入mactempsx模拟了,对于原子的坐标信息没有直接的认识,导致了理解不深入,楼上提到的方法我也有想过,但是对于每个原子的位置都手动输入,这个有点头疼。你所说的坐标位置能计算出来,是根据方法,能详细说说么,另外一般界面为二维的,z方向的坐标怎么设置,要不要特殊考虑。
w4m0330
第10楼2012/06/18
z方向就是电子穿透的方向。比如Si[110]方向投影,简化到P1群的话,就是4个原子:
x y z
1 | 0.0000000 | 0.0000000 | 0.0000000 |
2 | 0.0000000 | 0.2500000 | 0.5000000 |
3 | 0.5000000 | 0.7500000 | 0.5000000 |
4 | 0.5000000 | 0.7500000 | 0.0000000 |