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[转帖]常用化学软件综述篇,经典再现，看了不后悔

ahwyq

2006/06/12

气相色谱（GC）

常用化学软件综述篇,经典再现，看了不后悔（转载）
化学结构式
，有关它们的资料可以查阅各自的网站http://www.camsoft.com/ 和 http://www.sadtlersuite.com/ ，最新版本分别为6.0和6.5。后两个对教育界及家用为免费软件，可以在它们各自的网站http://www.mdli.com/ 和 http://www.acdlabs.com/ 上下载，最新版本分别为2.2和4.0。
ChemDraw为当前最常用的结构式编辑软件，除了以上所述的一般功能外，其ultra版本还可以预测分子的常见物理化学性质如：熔点、生成热等；对结构按IUPAC原则命名；预测质子及碳13化学位移等。
ChemWindow的一个最突出的特点是与光谱的结合，它的6.5 Spectroscopy 版本
三维结构
比较有名的化学三维结构显示与描绘软件有：Chem3D, WebLab Viewer Pro, RasWin, ChemBuilder 3D, ChemSite等，它们都能够以线图(wire frame), 球棍(ball and stick), CPK及丝带(ribbon)等模式显示化合物的三维结构。其中的RasWin和WebLab Viewer的Lite版只能显示而无法编辑三维分子模型，为免费软件，RasWin可以在几乎所有的化学软件站点找到，WebLab Viewer的下载地址为http://www.msi.com/。
Chem3D同ChemDraw一样，是ChemOffice的组成部分，它能很好地同ChemDraw一起协同工作，ChemDraw上画出的二维结构式可以正确地自动转换为三维结构。它的ultra版本还包括了一个很好的半经验量子化学计算程序MOPAC 97，并能与著名的从头计算程序Gaussian98连接，作为它的输入、输出界面。能够以三维的方式显示量子化学计算结果，如：分子轨道、电荷密度分布等。
WebLab Viewer的pro版本表现生物分子和晶体结构的能力比较强。可以从下图看出：
数据处理
Origin的最新版本为6.0，其演示版可以从http://www.originlab.com/下载，SigmaPlot的最新版本为2000, 其评估版可以从http://www.spss.com/下载。
由Origin生成的二维及三维图形：
核磁数据处理软件有：NUTS、MestRe-C、Gifa等，NUTS可以处理一维及二维核磁，其演示版可以在http://www.acornnmr.com/下载；MestRe-C为处理一维核磁数据的免费软件，功能完善。其最新版本为2.3，有兴趣者可以在http://qobrue.usc.es/jsgroup/MestRe-C/MestRe-C.html处查看有关信息即下载；Gifa可以处理一至三维核磁数据，为运行在LINUX操作系统中X-Window上的免费软件，有关信息可查看http://www.cbs.univ‑;montp1.fr/GIFA/。
由Nuts生成的一维及二维NMR图谱：　　
色谱及红外、Raman等实验数据的处理可以使用GRAMS/32, 有关信息可查阅该公司的网页http://www.galactic.com/ , 亦可索取免费的trial CDROM.
文献管理
可以在http://www.niles.com/ (EndNote)和http://www.risinc.com/ (Reference Manager 9.5, ProCite 5.0)找到。
图谱解析
解析有机化合物的红外、核磁及质谱有时是一件非常困难的工作，特别是复杂化合物的图谱解析更是这样。
行比较，有关该程序的信息及演示版可以查阅http://www.cherwell.com/，二在的功能团，有关的演示版可以在ftp://ftp.softshell.com/pub/上下载。MassSpectra Simulator为质谱模拟程序，其有关信息可以查阅以下网址http://members.aol.com/gjlinker .此外，在ChemWindow 6.0 Spectroscopy版本中也有丰富的质谱分析辅助工具。
称，更增加了对立体化学的支持。该软件的演示版可以在http://www.beilstein.com/站点下载。
量子化学计算
WinMOPAC为著名的半经验分子轨道(AM1, PM3, MINDO, MNDO/3等)计算程序MOPAC的商业版本，同共享版相比，界面更友好，方法更多。计算出的分子轨道及电荷密度等可以用三维图形表示出来。最新版本的2000。有关信息可查阅http://www.winmopac.com/站点。
http://www.winmopac.com/站点; 此外，该公司还有一个Titan程序，在本文的后面有所介绍。
其网站在http://www.hyper.com/, 可以下载测试版。
Gamess为一免费的从头计算程序，其速度快，并提供源程序。但其界面为DOS界面，必须用手工输入分子结构及计算相关的命令，比较繁琐。有关信息可查阅http://www.msg.ameslab.gov/GAMESS/GAMESS.html。另外，有一个专门为Gamess设计的用户界面Visualize，使得结构与命令的输入更简单，计算的结果可以三维图形方式表现出来。该软件亦为免费程序，可以在http://www.compbio.net/上下载。
Gaussian在量子化学界非常有名，支持常用半经验方法、从头计算法及密度泛函理论，其用户界面不够友好。但可以在Chem3D加入CS Gaussian Client插件后简化用户的操作。其站点在http://www.gaussianinc.com/。
Jaguar为Schrodinger公司给使用工作站(如SGI, HP, DEC)及LINUX操作系统的PC所设计的从头计算及密度泛函计算程序，其速度特快，用户界面一般。其站点为http://www.schrodinger.com/。
Titan为设计PC Spartan的WaveFunction公司与设计Jaguar的Schrodinger公司合作的结晶，该产品支持半经验方法、从头计算法及密度泛函计算，用户界面友好。但功能相对较薄弱。
另外，由原Oxford Molecular Ltd开发，现被曰本的Fujitsu公司收购的CAChe程序时专为实验化学家所设计，使用简单的量子化学程序，功能强大。但价格相对较贵

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