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【TOPAS】青蒿素的分子结构及其粉晶XRD的模拟

iangie

2015/10/08

X射线衍射仪（XRD）

青蒿素因能有效治疗疟疾，拯救了发展中国家上百万人的生命。它的发现者和提取方法发明者屠呦呦女士获得了2015年诺贝尔生理学或医学奖。

在TOPAS中可以直接用键长键角来定义青蒿素的分子结构：

用旋转操作和位移操作将整个青蒿素分子放进晶胞中

根据这样做成的晶体结构， TOPAS可以直接模拟出青蒿素的粉晶XRD花样

得益于直接定义键长键角的分子模型，TOPAS可以直接精修键长键角以及整个分子的旋转方向以使计算XRD花样与实验测得的青蒿素粉晶衍射花样最一致。更重要的是，基于键长键角的分子模型定义可以很方便的添加各种基团以修改分子的结构。在分子工程，化工，药物合成，晶体工程等领域的研究者可以很方便地设计并验证分子结构，再也不用在原子分数坐标XYZ，晶胞参数，原子实际坐标，以及键长键角之间繁杂地转换了。
如果你还在用Materials Studio来计算粉晶衍射花样，那么你所有的工作都可以在TOPAS中完成。从分子模型的建立，到晶体结构的搭建，到粉晶衍射花样模拟，到与实测XRPD花样的最优化拟合以精修键长键角，都可以在TOPAS中完成。：）

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大陆

第1楼2015/11/04

我一贯喜欢用diamond模拟，但精修是要分开手工导入。
请问topas里的建模与精修操作之间的参数如何传递？

0

iangie

第2楼2015/11/04

应助达人

图2图3是TOPAS的刚体编辑器
图3建完模后把这段str结构粘贴到inp文件中去精修，精修完后再粘贴到刚体编辑器看图
靠Ctrl+C Ctrl+V传递
大陆(handsomeland) 发表:我一贯喜欢用diamond模拟，但精修是要分开手工导入。
请问topas里的建模与精修操作之间的参数如何传递？

0

iangie

第3楼2015/11/09

应助达人

重点是TOPAS可以直接精修键长键角。所以可以给键长参数加限制加关系等式。
一般软件只能精修原子坐标x y z，很难给键长加精修边界，或柔性精修边界。
大陆(handsomeland) 发表:我一贯喜欢用diamond模拟，但精修是要分开手工导入。
请问topas里的建模与精修操作之间的参数如何传递？

0

大陆

第4楼2015/11/12

明白了，就是间接参量精修。
iangie(iangie) 发表: 重点是TOPAS可以直接精修键长键角。所以可以给键长参数加限制加关系等式。
一般软件只能精修原子坐标x y z，很难给键长加精修边界，或柔性精修边界。

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iangie

第5楼2015/11/12

应助达人

如果要用户自己写出用键长和键角表示每个原子x y z的表达式，可是很麻烦的一件事情~
大陆(handsomeland) 发表: 明白了，就是间接参量精修。

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