质谱的子离子扫描打出来的碎片是不是都是[M+1]

这个应该不叫碎片峰。

看不同的源。
EI 源，对于本身电荷总和为零的分子，打出来的分子离子峰为M+. 但EI源由于使用电子轰击，分子离子峰比较难见。

ESI 源，对于本身电荷总和为零的分子，正离子模式下，检测到的分子离子峰为[M+H]+,其实就是proton adduct, 或者Na adduct, 得到的分子离子峰为 [M+23], 依次类推，还可以得到Li+, Cu+...........不过H, Na, K, Li是较为常见的。
因为大部分的后处理中可能使用Na, K 盐，而Li主要来源于丁基 Li的反应。

而做MS时，一般来说正离子模式会添加0.1%的HCOOH, 这就使得最主要的 ESI源分子离子峰主要是[M+H]+，从计算角度来说是[M+1].

负离子模式则反之，主要用于检测带负电荷的离子.最常见的是去质子化。[M-H]-. 一般分析的时候会添加0.5%NH4OH, 使不带电荷的分子脱质子带负电荷。

同时，添加或本身溶液中已经含有负离子，比如Cl-, Br-, 待检测分子又容易与这些负离子行程adduct,那么就有可能检测到[M+Cl]-. 比如某些药物的盐酸盐。

对于本身就已经带正负电荷的离子，那么检测到的就是正（或负)的那部分分子量。

还有一类是化合物本身脱掉某个官能团后，比较容易形成正负离子的，那么ESI源质谱就比较容易检测到脱官能团后的离子。比如三苯基甲醇， 比较容易检测到脱OH后形成碳正离子，观测到的碎片峰就是[M-OH]+。

ESI源还有溶剂效应，有某些类的分子还比较容易形成溶剂adduct.

所以检测什么样结构的分子，溶液中有什么离子，使用什么溶剂对于ESI离子源的检测影响还是非常大的。

CI源介于ESI 与EI 之间，也可以检测到正负离子，只不过多一个脱H的正离子峰，多一个轰击气体adduct的峰。

MALDI 与ESI 类似，只不过因为需要添加matrix, 1000以下的区域大部分被matrix的dimer, trimer所饱和。所以，做1000以下分子量的化合物，尽量少添加或不添加matrix.

对于1000以上分子量的peptide, protein, DNA, carbonhydrate, 会优先考虑使用MALDI,因为它对样品含盐量的要求更低，需要的样品也更少。