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topas 的str 和cif格式是不是不一样。

  • Ins_146cc68a
    2021/01/20
    • 私聊

X射线衍射仪（XRD）

  • str1
    LVol_FWHM_CS_G_L( 0.89, 0, 0.89, 0,,,@, 100 min =40;)
    r_bragg 0
    phase_MAC 0
    phase_name "Al2O3"
    MVW( 0, 254.92, 0)
    space_group R-3cH
    scale @ 1e-005
    Phase_LAC_1_on_cm( 0)
    Phase_Density_g_on_cm3( 0)
    Trigonal(@ 4.7598 min =4.739; max =4.779;,@ 12.9924 min =12.95; max =13.03;)
    site O1 num_posns 0 x 0.3068 y 0 z 0.25 occ O-2 1 beq 0.26

    site Al1 num_posns 0 x 0 y 0 z 0.3521 occ Al+3 1 beq 0.26

    str2
    phase_name al2o3
    spiked_phase_measured_weight_percent 20
    a @ 4.760109`
    b =Get(a);: 4.760109`
    c @ 12.995015`
    al 90.
    be 90.
    ga 120.
    volume 255.001`
    space_group "R-3cH"
    site Al1 x 0. y 0. z 0.352 occ Al+3 1 beq @ 0.91435`
    site O1 x 0.694 y 0. z 0.250 occ O-2 1. beq @ 0.65815`

    我想问一下str1是不是bruker公司自己的str文件？求教各位大佬
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  • iangie

    第1楼2021/01/20

    应助达人

    str是DIFFRAC.TOPAS 和 TOPAS-Academic 软件的格式, 比cif更简洁

    cif不包含精修flag, str能标明那些参数精修 哪些参数固定

0
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  • Apri2

    第2楼2021/01/21

    借楼请教一下，最近用TOPAS-Academic中导入物相的cif文件总会出现的两个问题。

    cif文件是由findit软件和COD官网找到，但是导入后TOPAS里结构文件中Site里的值是空的（见附件1），但是文件里确实有各元素的参数啊，可以自己一个个输入么？

    同时有时候导入cif文件时会弹出附件2的提示，这种情况该怎么办？

    iangie(iangie) 发表:str是DIFFRAC.TOPAS 和 TOPAS-Academic 软件的格式, 比cif更简洁

    cif不包含精修flag, str能标明那些参数精修 哪些参数固定

0
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  • iangie

    第3楼2021/01/21

    应助达人

    你cif都没贴 谁知道你的cif什么问题.....

    Apri2(Insp_3af65199) 发表:借楼请教一下，最近用TOPAS-Academic中导入物相的cif文件总会出现的两个问题。

    cif文件是由findit软件和COD官网找到，但是导入后TOPAS里结构文件中Site里的值是空的（见附件1），但是文件里确实有各元素的参数啊，可以自己一个个输入么？

    同时有时候导入cif文件时会弹出附件2的提示，这种情况该怎么办？

0
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  • Apri2

    第4楼2021/01/21

    抱歉，这是我的cif文件..

    iangie(iangie) 发表: 你cif都没贴 谁知道你的cif什么问题.....

0
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  • iangie

    第5楼2021/01/22

    应助达人

    很明显你这个cif不规范 不管你在哪里下载的

    cif中用_atom_site_label表示"占位名" 而用_atom_site_type_symbol表示"原子或离子名"

    你的cif中连_atom_site_type_symbol都没有

    该物相正确的cif应该是:

    loop_
    _atom_site_label
    _atom_site_type_symbol
    _atom_site_fract_x
    _atom_site_fract_y
    _atom_site_fract_z
    _atom_site_U_iso_or_equiv
    _atom_site_symmetry_multiplicity
    _atom_site_Wyckoff_symbol
    _atom_site_occupancy
    Si1 Si 0.415 0.113 0.182 . 4 e 1.0
    Si2 Si 0.908 0.87 0.16 . 4 e 1.0
    Al3 Al 0.097 0.113 0.17 . 4 e 1.0
    Al4 Al 0.59 0.867 0.149 . 4 e 1.0
    Ca5 Ca 0.72 0.077 0.354 . 4 e 1.0
    O6 O 0.078 0.154 -0.001 . 4 e 1.0
    O7 O 0.262 0.075 0.212 . 4 e 1.0
    O8 O 0.438 0.145 0.026 . 4 e 1.0
    O9 O 0.246 0.407 0.303 . 4 e 1.0
    O10 O 0.0 -0.017 0.215 . 4 e 1.0
    O11 O 0.044 0.242 0.261 . 4 e 1.0
    O12 O 0.463 0.224 0.276 . 4 e 1.0
    O13 O 0.511 -0.005 0.226 . 4 e 1.0
    O14 O 0.257 0.107 0.505 . 4 e 1.0
    O15 O 0.59 0.127 0.539 . 4 e 1.0
    O16 O 0.911 0.119 0.501 . 4 e 1.0
    O17 O 0.77 0.21 0.17 . 4 e 0.5
    O18 O 0.74 0.18 0.895 . 4 e 0.5

    或者你直接在导入后的TOPAS中添加

    Apri2(Insp_3af65199) 发表: 抱歉，这是我的cif文件..

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  • Apri2

    第6楼2021/01/22

    明白了！感谢！请问您的cif是在哪找的？

    iangie(iangie) 发表: 很明显你这个cif不规范 不管你在哪里下载的cif中用_atom_site_label表示"占位名" 而用_atom_site_type_symbol表示"原子或离子名"你的cif中连_atom_site_type_symbol都没有该物相正确的cif应该是:loop__atom_site_label_atom_site_type_symbol_atom_site_fract_x_atom_site_fract_y_atom_site_fract_z_atom_site_U_iso_or_equiv_atom_site_symmetry_multiplicity_atom_site_Wyckoff_symbol_atom_site_occupancySi1 Si 0.415 0.113 0.182 . 4 e 1.0Si2 Si 0.908 0.87 0.16 . 4 e 1.0Al3 Al 0.097 0.113 0.17 . 4 e 1.0Al4 Al 0.59 0.867 0.149 . 4 e 1.0Ca5 Ca 0.72 0.077 0.354 . 4 e 1.0O6 O 0.078 0.154 -0.001 . 4 e 1.0O7 O 0.262 0.075 0.212 . 4 e 1.0O8 O 0.438 0.145 0.026 . 4 e 1.0O9 O 0.246 0.407 0.303 . 4 e 1.0O10 O 0.0 -0.017 0.215 . 4 e 1.0O11 O 0.044 0.242 0.261 . 4 e 1.0O12 O 0.463 0.224 0.276 . 4 e 1.0O13 O 0.511 -0.005 0.226 . 4 e 1.0O14 O 0.257 0.107 0.505 . 4 e 1.0O15 O 0.59 0.127 0.539 . 4 e 1.0O16 O 0.911 0.119 0.501 . 4 e 1.0O17 O 0.77 0.21 0.17 . 4 e 0.5O18 O 0.74 0.18 0.895 . 4 e 0.5或者你直接在导入后的TOPAS中添加

0
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  • iangie

    第7楼2021/01/24

    应助达人

    自己写的

    Apri2(Insp_3af65199) 发表:明白了！感谢！请问您的cif是在哪找的？

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  • leiws

    第8楼2021/02/14

    可以用脚本转换，TOPAS的inp还是比较好理解

0
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  • leiws

    第9楼2021/02/15

    我也来贴一个~~~
    str

    scale @ 1.0
    r_bragg 1.0

    PV_Peak_Type(
    ha, 0.02,
    !hb, 0.0,
    !hc, 0.0,
    lora, 0.5,
    !lorb, 0.0,
    !lorc, 0.0)

    'Simple_Axial_Model(axial, 0.0)

    Phase_Density_g_on_cm3( 1.0)

    view_structure

    'fourier_map 1
    ' fourier_map_formula = Fobs - Fcalc;

    space_group "P121/c1(c,a,b)"

    a @ 9.84300
    b @ 10.02300
    c @ 10.61600
    al 90.0
    be 90.0
    ga @ 92.417

    volume 1046.40

    prm beqCa 2.0 min 1.0 max 5.0
    prm beqO2-(H2O) 2.0 min 1.0 max 5.0
    prm beqSi 2.0 min 1.0 max 5.0
    prm beqO 2.0 min 1.0 max 5.0
    prm beqAl 2.0 min 1.0 max 5.0

    site CA num_posns 4 x 0.35370 y 0.71920 z 0.07640 occ Ca 1.0 beq =beqCa;
    site SI1 num_posns 4 x 0.18142 y 0.41470 z 0.11288 occ Si 1.0 beq =beqSi;
    site SI2 num_posns 4 x 0.16038 y 0.90820 z 0.87012 occ Si 1.0 beq =beqSi;
    site SI3 num_posns 4 x 0.16921 y 0.09656 z 0.11329 occ Si 1.0 beq =beqSi;
    site AL1 num_posns 4 x 0.16921 y 0.09656 z 0.11329 occ Al 1.0 beq =beqAl;
    site AL2 num_posns 4 x 0.14900 y 0.59053 z 0.86690 occ Al 1.0 beq =beqAl;
    site O1 num_posns 4 x 0.99960 y 0.07870 z 0.15620 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O2 num_posns 4 x 0.21250 y 0.26240 z 0.07630 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O3 num_posns 4 x 0.02540 y 0.43610 z 0.14850 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O4 num_posns 4 x 0.30370 y 0.24500 z 0.40270 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O5 num_posns 4 x 0.21360 y 0.99940 z 0.98610 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O6 num_posns 4 x 0.25950 y 0.04490 z 0.24370 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O7 num_posns 4 x 0.27770 y 0.46450 z 0.22880 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site O8 num_posns 4 x 0.22530 y 0.51070 z 0.99440 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O1 num_posns 4 x 0.50230 y 0.25960 z 0.10480 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O2 num_posns 4 x 0.54100 y 0.59140 z 0.12620 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O3 num_posns 4 x 0.50200 y 0.91130 z 0.11740 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O4 num_posns 4 x 0.23060 y 0.77320 z 0.23690 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O5 num_posns 4 x 0.40280 y 0.74070 z 0.31800 occ O 1.0 beq =beqO ;
    site H2O6 num_posns 4 x 0.13260 y 0.76200 z 0.17940 occ O 1.0 beq =beqO ;

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