进行资质认定时使用的检测方法必须是标准方法吗？

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没有，也可以是非标方法等。依据RB/T214-2017中
检验检测机构应建立和保持检验检测方法控制程序。检验检测方法包括标准方法、非标准方法(含自制方法）。应优先使用标准方法，并确保使用标准的有效版本。在使用标准方法前，应进行验证。在使用非标准方法前，应进行确认。检验检测机构应跟踪方法的变化，并重新进行验证或确认。必要时，检验检测机构应制定作业指导书。如确需方法偏离，应有文件规定，经技术判断和批准，并征得客户同意。当客户建议的方法不符合或已过期时，应通知客户。

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楼主，可以是非标方法，但必须经过方法确认，比如下图生态环境监测领域要求