【讨论】Tapping 模式下扫描出的DNA链高度低于实际值该如何解释

下面是我的理解：

最直观的原因可能是要检查你扫图的时候参数控制如何，理论上原子力测z向的尺寸非常准，但如果你使用的针尖太硬或扫图时力太大，都会影响到z向的真实尺寸。

其次可能是你制样的时候，你的样品是嵌在基底里，或者你的基底不平，或者你的样品不干净，如你的样品在分散在基底时同时在基底上形成水膜（或其它buffer溶液的薄膜），都可能导致你测出z向尺寸偏小。

多测几次看看。

以下是本人原来的工作总结,请参考.
轻敲模式原子力显微镜（TMAFM）在空气中测得的
双链DNA 分子的高度在大多数情况下只有0.7-0.8 nm[1-8]，远远低于目前普遍
接受的DNA 双链分子的直径值2～2. 2 nm[9]，在TMAFM 成像模式下，针尖
只有在很靠近样品表面时才能稳定成像，造成了针尖对样品的压力比较大，因
而使得柔软样品的表面发生较大的压力形变。

1. DNA 分子的脱水，我们的实验是在相对湿度25％－30％的条件下进行
的，由于高湿度可能会引起样品表面水膜的存在影响实验，所以必须保持低湿
度条件。由于DNA 分子的脱水可能造成DNA 分子的高度有所变低[23]；DNA
分子的高度在水合状态下是比在脱水状态下高，这也是为什么在溶液状态下的
DNA 分子高度远远大于在空气中的DNA 分子高度。
2. 所有的实验结果都是衬底和DNA 分子之间的相对值，由于衬底的吸附
作用，可能有部分DNA 分子已经陷入衬底，导致本研究无法测量，从而导致
DNA分子的测量值降低。本研究曾经在原位观察72 小时前后的DNA高度变化，
结果显示，DNA 分子刚刚制备好以后就立即测量的高度要大于72 小时后测量
得到的高度，这可能是DNA 分子和衬底吸附变得更加牢固的原因。
3. DNA 分子的部分塑性逆形变 虽然我们在TMAFM 实验中尽量保持在最
小的力作用下测量DNA 分子的高度，但是就是这个最小力可能已经造成了
DNA 分子的部分塑性形变，属于不可逆形变。

这是上面提到的参考文献,可以查一下原文读读!希望对你有帮助.
[1] Gössl L, Shu A D, Schlüter J P, et al. Molecular structure of Single DNA
complexes with positively charged dendronized polymers I. J. Am. Chem. Soc.
2002, 124: 6860-6865
[2] Pietrasanta L I, Thrower D, Hsieh W,et al. Probing the Saccharomyces
cerevisiae centromeric DNA (CEN DNA)-binding factor 3 (CBF3)
kinetochore complex by using atomic force microscopy. Proc. Natl. Acad. Sci.
1999, 96: 3757~3762.
[3] Thomson N H, Kasas S, Smith B, et al. Reversible binding of DNA to mica
for AFM imaging, Langmuir. 1996, 12:5905–5908
[4] Hansma H G, Revenko I, Kim K, et al. Atomic force microscopy of long and
short double-stranded, single-stranded and triple-stranded nucleic acids.
Nucleic Acids Res. 1996,24:713~720
[5] Lyubchenko Y L, Shlyakhtenko L S, Aki T, et al. Atomic force microscopic
demonstration of DNA looping by GalR and HU. Nucl. Acids Res. 1997,25:
873~876.
[6] Maeda Y, Matsumoto T, Kaway T, Observation of single- and double-stranded
DNA using noncontact AFM. Appl.Surf.Sci., 1999,140: 400-405
[7] Moreno-Herrero F, Herrero P, Colchero J, et al. Analysis by atomic force
microscopy of Med8 binding to cis-acting regulatory elements of the SUC2
and HXK2 genes of saccharomyces cerevisiae, FEBS Lett., 1999,459:
427~432
[8] Ye J Y, Umemura K, Ishikawa M, et al. Atomic force microscopy of DNA
molecules stretched by spin-coating technique. Anal. Biochem. 2000,281 (1):
21-25

恩， 非常感谢

个人认为对这一问题目前最主要的有两点解释
一，空气湿度，以及我们在空气中扫描脱水后的DNA；
二，如前面楼上的所说，不同刚度的探针，即悬臂较硬或较软测出来的也是不一样的。

当然，还有其它原因，不过不知道可调节的范围有多大

是否与选用的基地有关？如果作用力较大的话会不会也会有影响/

恩，个人认为如果制样熟练，与基底的关系不大，
当然，力的大小肯定很有影响，不过如何控制，
还需高手出来说说

清风侠就是高手啊[ em17]

好,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,

型号：TX　 参考价格：面议　　 产地：北京


技术参数
温度：100度-1000/1200/1400/1700度.(特殊可定制)
容积：6升 - 9 升多种可选。(特殊可定制)
型号规格多种可选，满足不同需求．
程序控温型功能马弗炉.

注：可根据用户所提的要求加工生产
容积：1-30升
最高使用温度：100℃-1700℃


主要特点
产品特点：
● 炉体智能控制器一体化设计，美观、大方，炉门采用侧开门设计
● 采用两侧衬板式加热元件，升温速度均匀，更换炉丝方便、可靠
●采用陶瓷纤维绝热，加热更快速，并减少了热能消耗，与传统的马弗炉相比重量减轻1/2,升温速度提高1倍，大大节约能源，寿命提高3.5倍；保温效果好，炉外表温度低
● 采用全新数字显示，数字设定温度，智能控制技术，可减少视读和人为操作误差，大大提高工作效率
● 设有多种保护装置，提高了安全性及可靠性
●独立控制系统，方便维修更换
●炉体上开设的空气进气口
●可根据顾客需要定做其他规格产品


仪器介绍

TX系列陶瓷纤维高温马弗炉专为高等院校、科研院所实验室样品前处理，冶金试验室熔融试验，热处理退火，淬火等而设计制造，采用先进的制造工艺和新型环保保温材料，电炉外壳全部使用优质钢材精工制作，豪华美观，内置式全纤维整体炉膛结构，由高纯氧化铝纤维材料，经制模后高温烧结成型，由于全纤维炉膛材料致密度高、热容小，因而能耗低、热效率高，能满足快速升降温的要求，并具有炉温均匀、保温效果好、重量轻、高效环保节能等特点。同时温度控制系统均配置智能温度程序控制仪，采用进口可控硅模块移相调压控制方式，超温报警自动保护，控温精度高、安全可靠，是实验室的理想设备。
北京皮尔美特科技有限公司
地址：北京市朝阳区大山子北里小5号楼402室[100015]
电话：64353151 64352762
传真：010-64353151
联系人：贾先生
E-Mail：pyramid_bj@yahoo.com.cn