全基因组

http://img.dxycdn.com/trademd/upload/userfiles/image/2013/01/B1357710940_small.jpg梅花因其独特的花香，在很多诗词中成为人们吟诵的对象。那么，它的花香到底来自何处呢？我国科学家从基因组水平，揭示了合成梅花花香中重要成分乙酸苯甲酯的BEAT基因家族34个成员，并构建完成了首张梅花全基因组精细图谱。其研究论文在2012年12月27日《自然—通讯》亮点论文在线发表。我国梅花基因组项目首席专家、北京林业大学教授张启翔率领项目组，选取位于梅花起源中心的西藏野生梅花进行基因组测序，从基因组水平，揭示了合成梅花花香中重要成分乙酸苯甲酯的BEAT基因家族34个成员，在梅花基因组中显著扩增并且其中12个成员串联重复分布，从而使梅花具有独特的花香；推测梅花基因组中6个串联重复的DAM基因和其上游过多的CBF结合位点是梅花提早解除休眠的关键因子，从而解释“踏雪寻梅”之说。张启翔告诉记者，梅花全基因组测序的完成以及高密度遗传图谱构建，有助于揭示梅花花期早、花香独特等重要观赏性状的遗传基础，有助于挖掘与诸多重要性状相关的功能基因，为今后进一步揭示梅花花期、抗病调控机制、梅花及相关种属的分子育种奠定基础。研究中，项目组还揭示了蔷薇科植物进化规律。张启翔说，通过分析梅花的进化发现，梅与苹果发生分化后，并没有出现近期的全基因组复制事件，同时结合已完成的苹果和草莓基因组序列，成功重建了蔷薇科9条原始染色体，揭示了蔷薇科植物进化规律，为开展蔷薇科物种比较基因组学研究奠定重要的理论基础。据介绍，该科研成果由北京林业大学、深圳华大基因研究院及北京林福科源花卉有限公司等多家单位合作完成。目前，转录组数据组装及基因功能注释数据已在相关网站对外公开。

由来自中国、美国、荷兰、以色列等14个国家的300多位科学家组成的“番茄基因组研究国际协作组”，历时8年多的艰苦努力，于近日完成了对栽培番茄全基因组的精细序列分析。今天，国际权威学术期刊《自然》以封面文章发表了这项重大科学成果。　　番茄是研究果实发育的经典模式植物，我国科学家在这项国际番茄基因组研究中作出了重要贡献。作为中方协调人，中科院遗传与发育生物学研究所研究员李传友和薛勇彪负责第3号染色体的测序工作，中国农科院蔬菜花卉研究所研究员黄三文和杜永臣负责第11号染色体的测序工作。番茄基因组有12条染色体，中国科学家高质量地完成了番茄基因组测序总任务的1/6，标志着我国成为番茄基因组学研究的强国之一。　　8年来，国际协作组采用“克隆连克隆”和“全基因组鸟枪法”相结合的测序策略，在解码的番茄基因组中，共鉴定出约34727个基因，其中97.4% (33840个)的基因已经精确定位到染色体上。番茄基因组的解读，是科学家通过国际合作完成的又一个高质量的模式植物的基因组序列分析，对于不同物种之间的比较基因组学研究具有重要价值，这项工作将极大推动番茄乃至包括马铃薯、辣椒、茄子等在内的茄科植物的功能基因组研究，为培育具有高产、优质、抗病虫害、抗逆等优良性状的番茄新品种打下了良好的基础，对推动全世界的番茄生产具有重要意义。　　有关专家表示，我国蔬菜种业面临着强大的国际竞争。中国在国际蔬菜基因组研究领域具有优势地位，而如何把基础科研的优势转化为产业优势，是目前面临的主要挑战。科学家建议，应在进一步巩固蔬菜基因组研究优势的基础上，加强蔬菜作物分子设计育种体系的建设，并与常规育种相结合，加速有自主知识产权优良品种的培育，这对于支撑我国蔬菜产业可持续发展、提升我国蔬菜种业的国际竞争力具有重要意义，也是不可错过的历史机遇。

由中国科学家领衔的白菜、甘蓝和油菜全基因组测序项目取得阶段性重大成果,获得了白菜全基因组的精细图,甘蓝和油菜全基因组的框架图。　　研究表明，白菜、甘蓝和油菜的基因组大小分别约为5亿、6.5亿和11亿个碱基对,白菜和甘蓝含有的基因总数目分别约4.2万和4.5万个,油菜基因覆盖度85%以上。该项成果是国际上首次对三个近缘作物物种进行的整体测序,并且油菜是迄今首个全基因组测序的异源四倍体植物,这不仅对研究作物进化和遗传改良有着重大意义,也对其他多倍体物种的全基因组测序具有重要的参考价值。　　该项目分为白菜子项目和甘蓝、油菜子项目,前者由中国农业科学院蔬菜花卉研究所主持,参加单位有中国农业科学院油料作物研究所和深圳华大基因研究院,后者由中国农业科学院油料作物研究所主持,参加单位除上述两个单位外,还有国内湖南农业大学、西南大学、华中农业大学等和国外韩、英、加、澳、美等国家的相关研究机构。该项目得到了农业部、科技部以及国家自然科学基金委的大力支持。　　白菜、甘蓝和油菜同属于芸薹属作物,油菜由白菜和甘蓝杂交后进化而来,它们的基因组分别命名为A、C和AC。白菜和甘蓝是我国主要的蔬菜作物,占全国蔬菜种植面积和产量的近五分之二 油菜是我国的主要油料作物之一,其食用油供给事关国家的食物安全。其全基因组序列测定将大大加速重要农艺性状控制基因的克隆和应用,从而给作物的产量、品质和抗病抗逆等重要农艺性状的改良提供基因资源和理论研究平台。