单细胞拉曼

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  • 全球首台活体单细胞拉曼分选仪问世
    近日,中科院青岛生物能源与过程研究所功能基因组团队与北京惟馨雨生物科技公司联合承担的科技部创新方法工作专项&mdash &mdash &ldquo 拉曼光钳筛选新方法在活体单细胞高通量分离中的应用&rdquo 通过了评审验收,这标志着全球首台活体单细胞拉曼分选仪在中国研制成功。   该研究是在青岛能源所研究员徐健和兼职研究员、英国谢菲尔德大学黄巍主持下,通过所企联合攻关完成的。项目组此次研发的是目前已公开文献报道的首台基于细胞拉曼指纹图谱的细胞手动和自动分选仪器。该分选仪可实现单细胞拉曼图谱快速采集,并首次将单细胞的拉曼信号采集时间缩短到1~100毫秒 还可完成基于拉曼图谱的细胞种类及生长状态快速鉴别等多项任务。   该仪器的核心优势在于,对细胞生化信息及其变化敏感,无须预知生物标识物,无须标记细胞,可进行原位和非侵害性的活体检测等。此项技术将对单细胞生物技术和单细胞基因组的研究产生积极的贡献。   项目组利用该仪器,已经在光合产油微藻生理状态识别、多环芳烃降解微生物分离等研究中取得初步成果,并建立起应用示范技术参照方法和数据分析流程。   据了解,目前该仪器已服务于国内外多个科研团队,在海洋资源挖掘、生物燃料和生物材料、生物能源种质筛选、食品微生物检测、药物研究、肿瘤监测与分选、环境微生物监控、农业生态研究等领域发挥重要作用。 青岛能源所首台&ldquo 活体单细胞拉曼分选仪&rdquo 样机通过验收   背景新闻:   日前,受科技部条财司委托,中国21世纪议程管理中心在北京组织专家对中国科学院青岛生物能源与过程研究所功能基因组团队与北京惟馨雨生物科技公司联合承担的科技部创新方法工作专项&ldquo 拉曼光钳筛选新方法在活体单细胞高通量分离中的应用&rdquo 项目进行验收,标志着研究所基于自主技术开发的首台&ldquo 活体单细胞拉曼分选仪&rdquo 通过科技部验收。   验收专家听取了项目组的工作总结汇报、审查了验收材料,认为项目组基于自主开发的&ldquo 活体单细胞拉曼分选仪&rdquo 开展的各项工作完全符合任务书下达的全部考核指标,一致同意项目通过验收。   在项目实施过程中,项目组成功研制开发了&ldquo 活体单细胞拉曼分选仪&rdquo (&ldquo Raman-Activated Cell Sorter&rdquo ,简称RACS),并在中科院青岛能源所成功搭建了首台样机。该样机(编号RACS-1)由激光器、拉曼光谱仪、落射荧光显微镜、细胞分选系统以及自动控制系统组成,是目前已公开文献报道的首台基于细胞拉曼指纹图谱的细胞手动和自动分选仪器。目前,RACS-1已可实现的功能包括:单细胞拉曼图谱快速采集,并首次将单细胞的拉曼信号采集时间缩短到1-100ms 基于拉曼图谱的细胞种类及生长状态快速鉴别 拉曼-落射荧光不可培养功能微生物鉴定 拉曼光钳单细胞操纵 基于拉曼信号的单细胞计数 单细胞拉曼数据库系统 拉曼激活单细胞分选等。   与现有的基于细胞荧光信号的荧光流式细胞分选仪(&ldquo Fluorescence-Activated Cell Sorter&rdquo ,简称 FACS)原理和方法均不同,RACS是基于对单个细胞的拉曼化学指纹图谱(细胞生化信息)的获取并与参照细胞拉曼数据库比对,从而原位、不依赖于培养、高通量地分选具有特定(或指定)生化状态的单细胞。与FACS相比,RACS的核心优势在于:对细胞生化信息及其变化敏感、不需预知生物标识物、不需标记细胞、原位和非侵害性的活体检测等。因此,RACS可有效克服&ldquo 细胞功能异质性&rdquo 、&ldquo 尚不可培养微生物&rdquo 、&ldquo 探测未知的细胞表型&rdquo 等三个共性科学与技术瓶颈。   此外,项目组利用RACS-1在光合产油微藻生理状态识别、多环芳烃降解微生物分离等方面研究取得了初步示范成果,并建立起应用示范技术参照方法和数据分析流程,为未来对细胞表型鉴定及功能微生物筛选奠定了基础。
  • 青岛能源所单细胞拉曼流式分选技术研究获进展
    日前,中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞研究中心在基于微流控的单细胞拉曼流式分选技术研究中取得新进展,相关成果于2月5日在线发表在Analytical Chemistry (Zhang PR, et al, Anal Chem, 2015)。   单细胞拉曼分选(RACS)是一种极具潜力的活体细胞功能分选技术。与目前通用的荧光激活细胞分选(FACS)相比,RACS具有直接基于细胞功能分选、无需标记、不需预知生物标识物的关键优势,因此在海洋资源挖掘、生物能源种质筛选、肿瘤监测与分选、环境微生物监控、农业生态研究等诸多领域具有广阔应用前景。但由于细胞固有拉曼信号弱所导致的细胞分选通量低这一问题限制了其应用与推广。开发高速流动细胞拉曼信号的快速采集和识别已经成为发展高通量拉曼流式细胞分选的关键技术挑战之一。   由研究员徐健和马波领导的研究团队针对上述瓶颈开发了一种基于阵列介电单细胞捕获/释放的快速拉曼识别技术。通过对高速流动单细胞的介电操控,实现了单细胞流在电极上的捕获/释放,并在细胞捕获期间(毫秒-秒)完成拉曼信号的采集识别(下图A)。通过耦合该团队同期建立的基于电磁阀吸吮的微流控细胞分离技术(Zhang Q, et al., Lab on a Chip 2014, Cover page, 2014 HOT Articles 下图B),实现了产色素工程酵母和普通酵母细胞的拉曼流式分选。前述工作首次建立起基于介电单细胞捕获/释放的单细胞拉曼流式分选原理和装置,为下一步发展高通量拉曼流式细胞分选仪器奠定了原理和关键技术基础。   单细胞中心前期建立的单细胞弹射分选方法(Wang Y, et al, Anal Chem, 2013)适用于贴壁生长的细胞、微生物生物膜等固相细胞的分选。而该研究开发的单细胞流式分选方法针对于流动相细胞的分选。这两种方法学的建立和相互结合,为研制广谱性适用于自然界各种细胞存在状态的单细胞拉曼分选装备提供了可行性。   该研究得到了科技部创新方法专项、国家自然科学基金面上项目、微进化重大研究计划及中科院重点部署方向项目等的支持。   原文链接:   1. Raman-activated Cell Sorting based on dielectrophoretic single-cell trap and release, Anal. Chem., 2015, doi: 10.1021/ac503974e.   2. On-demand control of microfluidic flow via capillary-tuned solenoid microvalve suction. Lab Chip, 2014 Dec 21 14(24):4599-603. doi: 10.1039/c4lc00833.   3. Raman activated cell ejection for isolation of single cells, Anal. Chem., 2013. doi: 10.1021/ac403107p.      (A)基于阵列介电单细胞捕获/释放单细胞拉曼分选示意图 (B)基于电磁阀吸吮的微流控细胞分离技术(Cover Article)。
  • 单细胞拉曼分选仪(RACS):探索微观世界的利器
    马波*,籍月彤,刘阳,徐健*  摘要:  单个细胞是地球上生命活动的基本单元,单细胞精度的科学研究能够揭示生命科学的本质问题,已经成为国际研究热点。拉曼激活细胞分选(Raman-activated Cell Sorting,RACS)能够利用“单细胞拉曼图谱”这一细胞内在、免外源标记的“生化指纹”进行功能分选,突破“细胞功能异质性原理”、“大多微生物尚难培养”等共性科学问题与重大技术屏障。本文介绍了拉曼光谱在单细胞功能识别方面的研究进展,详述了基于拉曼光谱的单细胞分选技术和核心器件研制的产业化过程。同时,介绍了近期推出的第一代商品化的RACS仪器,并且讨论了这些国产仪器装备为医药、海洋、土壤/环境、工业生物技术领域提供的原创解决方案。这些拥有自主知识产权的国产高端仪器装备将广泛服务于工业过程在线实时监控、细胞工厂筛选、工业/土壤/海洋种质资源挖掘、临床精准用药及新能源开发等。  关键词:拉曼组,单细胞表型组,拉曼激活细胞分选,国产仪器装备,单细胞分选技术与核心器件  单个细胞是地球上生命活动的基本单元,因此单个细胞精度的生命系统研究能够揭示“细胞功能异质性机制”这一生命科学的本质问题1。传统的、基于细胞群体水平性状测量的信息并不能真实反映细胞内部的生物过程及机制2,3,这是因为,在细胞种群中,即使是基因组信息完全一致的不同单个细胞之间,其表型也具有极为显著的差异,而这些差异往往具有重要的生物学意义4,5。因此,单个细胞的研究能够带来生物技术在能源、环境、健康、农业、海洋等广泛应用领域的突破。2018年,利用单细胞测序技术完成的胚胎发育初期单细胞命运追踪被Science杂志评为2018年最重要的十大科学进展之首。近两年来,世界顶级学术期刊《科学》《自然》分别有43篇和38篇文章聚焦于单细胞分析。  (一)拉曼组技术是单细胞功能识别的创新工具和有力武器。  自上个世纪以来,研究人员主要通过荧光标记与流式细胞术的结合实现单细胞功能分选,即荧光激活细胞分选(Fluorescence-activated Cell Sorting,FACS)6。然而,FACS一般需要针对特定的生物标识物对细胞外加荧光标记,因此在单细胞分选方面存在如下瓶颈:(1)细胞适用性有限。不论在干细胞发育的机理研究、肿瘤细胞的诊断,还是微生物群落中功能组分的识别中,关键的细胞表型经常仅有粗放认识或完全未知(即“未知”的细胞表型),也没有其生物标记。因此,FACS通常难以分选那些生物标识物通常未知或难以外加活体荧光标记的细胞体系(如微生物群落等)。(2)难以开展“原位”研究。进入细胞的荧光标记经常会改变细胞的原位状态,有时甚至影响细胞活性,因此该方法通常仅限于能够进行外加荧光标记的细胞,而且难以进行真正意义上的“原位”研究。(3)难以获取全方位的代谢表型。FACS在单位时间只能获得与区分很有限的细胞信息数据,如形态、折光率、反射率或荧光强度等有限指标,难以表征单细胞全方位的“代谢表型组”,因此通常不易获得尚难培养微生物与其生态功能之间的原位联系。  拉曼光谱是一种非标记的散射光谱,每个单细胞拉曼光谱由分别对应于一类化学键的超过1500个拉曼谱峰组成,反映了特定细胞内化学物质的成分及含量的多维信息。因此,特定时空状态下一个细胞群体的单细胞拉曼光谱的集合称为“拉曼组”7。由于细胞内化合物的组成对于细胞生理状态和微环境的变化等因素敏感,因此单细胞拉曼图谱或拉曼组不仅潜在能区分不同物种的细胞,还可以静态或动态地表征该细胞的生理状态及所处微环境8。  业界研究表明,利用拉曼组可实现较为广泛的细胞类型及功能的表征8。例如,Forrester和Deng等分别利用拉曼光谱成功地对多株芽孢杆菌属细菌的生化特性进行了鉴定,发现根据拉曼光谱信息可实现菌株水平的鉴定,并分析了各菌株之间可能的遗传进化关系9,10。在细胞功能识别方面,Samek和Singh等分别通过检测拉曼图谱分析了不同微藻的油脂产量,并建立了通过分析特定峰位比值来估测脂类不饱和度的方法11,12。Heraud等通过检测细胞拉曼图谱,对微藻细胞所处的营养状态(缺氮与否)进行判别和预测13。在临床方面,2011年Dochow等通过微流控芯片结合拉曼光镊技术,成功对人体白细胞、红细胞、急性髓性白血病细胞以及两种乳腺癌细胞进行了鉴别14。利用癌细胞的生化表型与正常细胞的区别,Barman15, Surmacki16和Haka17分别独立地证实了单细胞拉曼可用于乳腺癌早期诊断。此外,中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心等也证明,单细胞拉曼光谱可以区分或定量表征细菌细胞的种系发生18、药物应激反应与耐药性19,20、分解代谢(综合细胞代谢活性21、分解特定底物的活性22)、合成代谢(甘油三酯含量及油脂饱和度23,24、淀粉含量25)、不同物种之间的代谢互作26等。  (二)基于拉曼光谱的单细胞分选技术和核心器件是单细胞组学研究获得突破性进展的关键。  拉曼激活细胞分选(Raman-activated Cell Sorting,RACS)能够利用“单细胞拉曼图谱”这一细胞内在、免外源标记的“生化指纹”进行功能分选,建立单细胞功能表征和单细胞组学分析之间的桥梁,突破“细胞功能异质性原理”、“大多微生物尚难培养”等共性科学问题与重大技术瓶颈27,28。随着微流控技术的进步,一系列基于拉曼光谱的单细胞分选技术和核心器件先后面世,其中包括在静止或者相对静止系统中进行的拉曼光镊分选21,29,30、单细胞拉曼弹射分选(RACE)18,31和拉曼激活光镊重力驱动微液滴分选技术(RAGE)32,以及在液相流动态细胞中进行的拉曼激活微流分选(RAMS)33、拉曼激活单细胞微液滴流式分选(RADS)34、介电迟滞拉曼激活单细胞微液滴流式分选(pDEP-RADS)。  RACE适用于静置或贴壁细胞的单细胞分选。该技术在风干的芯片上对细胞逐一测量拉曼信号后,用脉冲激光弹射出具有目标拉曼信号的细胞18。通过改进弹射基片材料,RACE可以在背向直接采集拉曼信号,降低了操作的繁琐性并大幅提升了全流程的速度和通量35 同时,“All-In-One”RACE芯片的面世,让测量、弹射、细胞裂解与核酸扩增都在同一与空气隔绝的封闭体系内进行,从而降低了环境DNA对目标单细胞核酸扩增的污染35。近期油相震荡乳化单细胞MDA方法的开发,使RACE分离的纯培养E. coli(每个MDA体系含5个细胞)基因组覆盖度由通常的青岛星赛生物科技有限公司依托于中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心的原创技术与知识产权,自主研发了一系列基于拉曼组原理的原创单细胞拉曼分选仪器装备。  单细胞拉曼分选-测序耦合系统(Raman-Activated single-Cell Sorting RACS-Seq)克服了单个细胞拉曼分离可靠性低、核酸扩增容易污染、全基因组测序覆盖度不均等关键技术难点,具备样品预处理、显微拉曼成像、RAGE/RADS拉曼分选、单细胞微液滴细胞裂解和核酸扩增、拉曼组分析软件等功能,实现了单细胞功能检测、分选、测序与培养之完整流程的仪器化。RACS-Seq带有配套的RAGE、RADS、pDEP-RADS等芯片和相应试剂盒(环境样品中微生物单细胞提取与制备、稳定同位素饲喂细胞、单细胞核酸裂解与扩增等),能够满足不同实验目的所需的单细胞识别、分选和测序文库构建,并且适用于任何大于0.5 μm的细菌、古菌和真菌细胞(也适用于微藻、植物、动物及人体细胞)。  临床单细胞拉曼药敏快检仪(Clinical Antimicrobial Susceptibility Test Ramanometry CAST-R)是临床样品之病原鉴定、药敏性表型测量及耐药基因解析的一体化装备。它基于重水饲喂单细胞拉曼光谱技术,不需分离培养而直接鉴定病原种类,并测量基于代谢活性抑制的药敏性表型(及其在细胞之间的异质性),全流程可在3小时内完成,将目前检测时长缩短至1/10 20。进而通过单细胞微液滴光镊拉曼分选与核酸扩增技术,完成低偏好性、高覆盖度、与耐药表型关联的单细胞基因组测序。最新论文证明,该系统能从临床菌群中直接、精准地获取一个细菌细胞的药敏表型及其完整基因组(以往未有先例) 32。CAST-R在单个细菌细胞精度同时追踪“药敏表型-完整基因组”的独特能力,预期将为临床感染诊断和用药、耐药性传播监控、微生态监控等提供新一代解决方案。  单细胞拉曼表型监测系统(Raman-Activated Phenotyping System RAPS)是基于拉曼复合表型对细胞工厂进行单细胞水平高通量、低成本、非入侵式的快速表型监测装备。现有发酵过程的监控方案存在三大问题:1)时间精度,目前只能通过离线方式对各表型分别进行测定,由于样品处理和测量时间带来的滞后性,使得微生物发酵过程的控制比一般的工业生产难度更大 2)表型精度,由于缺乏综合表型表征手段,只能通过胞外产物尽量刻画细胞状态 3)测量精度,现有表型的测量均基于群体水平大量细胞的平均性状,在高压、高浓、高密度、且营养物质不均一的发酵过程中,细胞之间的差异被累积并级联放大,而群体水平的平均性状掩盖了这种差异的发生/发展和变化规律,无法反映细胞的真实状态。RAPS克服了现有方法的滞后性、可检测表型有限,以及无法反映细胞异质性等局限,为细胞工厂研究提供了一个高效、全景式的表型鉴定和过程监测方案。  模块式单细胞微液滴分离系统(EasySort)是一款拥有自主知识产权的小型台式仪器。它小巧灵活,操作简便,能够自由地与各种型号的显微镜搭配组装,轻松将明场/荧光/拉曼显微镜升级为“所见即所分”、保持原位状态与活性的细菌单细胞精准功能分选装置。在显微镜的视野下,具特定表型的直径大于0.5 μm的单细胞均能够被迅速包裹成单液滴,并通过独有的重力驱动专利技术迅速移动到孔板或者EP管中,对接下游实验。因其兼具超高的性价比、便携的外形、灵活的适配度、简易的用户界面以及优秀的细胞活性保持等众多优势,EasySort将广泛应用于各类单细胞的分离、分选、培养及测序实验。  高通量流式拉曼分选仪(High-throughput RACS:FlowRACS)搭载了具自主知识产权的pDEP-RADS技术,通过在高速液流中基于介电迟滞来精确捕获和采集单细胞拉曼信号,克服了单细胞拉曼分选的通量限制,以及微液滴对于拉曼表型鉴定的影响,巧妙地集成了单细胞拉曼信号采集与单细胞微液滴发生。同时它利用全光谱实时判别算法,实现了活体单细胞超高通量拉曼分选的高度自动化。  (四)原创国产单细胞拉曼分选装备将服务于医药、土壤/环境、海洋和工业生物技术等广阔领域。  上述介绍的这些拥有自主知识产权的原创仪器装备已经支撑着临床精准用药、生物资源挖掘、环境微生态机制、细胞工厂筛选、工业过程监控等广阔领域。  在医药领域,细菌耐药性蔓延是临床感染面临的严重危机。当前基于培养原理的病原鉴定和药敏仪器检测一般需要花费2-3天。而CAST-R不再需要培养,而是基于重水标记单细胞拉曼光谱,在3小时之内即可完成针对代谢活性抑制的药敏性实测,而且将具有耐药表型的目标耐药菌单细胞分离出来,直接耦合细菌单细胞基因组测序,实现了在单个细菌/真菌细胞的精度,挖掘耐药基因及突变、追踪病原传播和考察耐药微进化机制。利用CAST-R针对临床尿液样品的初步分析显示,基于单细胞拉曼的菌株鉴定准确率达到93%,药敏测试与培养法的一致性达到90%。同时,从临床尿液样本中直接识别和分选出耐受特定抗生素的临床E. coli,并进行了精确到一个细菌细胞的全基因组测序,覆盖度可达99.5%32,保证了基因组上所有耐药基因突变均得以全面、精确地揭示。  在海洋和土壤/环境领域,“99%的微生物难培养”、“异质性普遍存在”、“原位功能难以测量”等因素均对环境功能基因研究、种质资源挖掘、生态环境监测等提出了严峻的挑战。借助RACE技术,研究人员以中国黄海近海真光层的新鲜海水为模式,用13C-NaHCO3饲喂其微生物组,然后通过测量海水拉曼组中各个单细胞拉曼图谱上13C峰的动态特征,分辨出在海水中活跃固定与代谢无机碳的单细胞群。同时,分选这些原位固碳单细胞群(30个细胞混合)并测定其DNA序列,可重构出基因组草图35。后续研究表明,利用搭载RAGE-Seq芯片的RACS-Seq系统,可以分选获取海水中单个原位固定CO2的目标细菌细胞,并且对1个细胞的基因组即可获得超过95%的基因组覆盖度。对于土壤样品,则可以基于重水孵育、针对代谢活性进行菌群中功能细胞的识别、分选和测序,单个细胞的基因组覆盖度可达90%。  在工业生物技术领域,新兴的合成生物学需要对细胞工厂进行人工设计并构建具新功能的生物系统,从而建立药物、材料或能源替代品等的生物制造途径36。其中细胞表型的测试筛选工作是合成生物技术发展的“限速步骤”之一。代谢物是细胞中基因表达的最终产物,因此对细胞代谢物组或代谢状态的检测是细胞功能检测最直接有效的手段之一。利用RACS-Seq,可以快速、非侵入性、不须标记地以单个活体细胞中淀粉含量这一特定表型对莱茵衣藻和小球藻进行快速表型鉴定,为富含淀粉的种质资源选育提供了一种崭新手段25。在莱茵衣藻和微拟球藻中,利用RACS-Seq可针对单个细胞中淀粉、蛋白质、甘油三酯含量和脂质不饱和度等表型对目标细胞进行快速筛选24。利用RACS-Seq,还能够针对CO2利用速率这一特定表型对海水中难培养微生物进行分选和测序,从而完成功能基因及种质资源挖掘35。  此外,在酶活筛选方面,将未知功能的酶基因库转化入酵母底盘中,利用FlowRACS基于拉曼光谱、不需酵母培养和纯化而直接识别和定量其单细胞精度的目标代谢物,进而高通量流式拉曼分选目标单细胞,并利用下游测序快速识别其中表达的目标化合物合成酶。因此,FlowRACS大大节约了时间、耗材和人力的成本,可将酶的筛选效率提高100到1000倍。  总之,拉曼组和单细胞拉曼分选基于细胞本征性的生化指纹图谱来识别与分选特定“代谢表型组”的目标细胞,具有不需预知生物标识物、不需标记、非侵入性、可全景式识别细胞代谢表型等核心优势8。因此,包括RACS-Seq,CAST-R,RAPS,EasySort以及FlowRACS等在内的单细胞分析仪器系列(青岛星赛生物科技有限公司),将在精准医疗、大健康、生物资源挖掘、生态监测、生物安全、工业生物技术等领域得以广泛应用,同时为单细胞研究提供全新的科学思路、技术路线和仪器装备。  参考文献:  1 Schubert, C. Single-cell analysis: The deepest differences. Nature 480, 133-137, doi:10.1038/480133a (2011).  2 Eldar, A. & Elowitz, M. B. Functional roles for noise in genetic circuits. Nature 467, 167-173, doi:10.1038/nature09326 (2010).  3 Spiller, D. G., Wood, C. D., Rand, D. A. & White, M. R. Measurement of single-cell dynamics. Nature 465, 736-745, doi:10.1038/nature09232 (2010).  4 Elowitz, M. B., Levine, A. J., Siggia, E. D. & Swain, P. S. Stochastic gene expression in a single cell. Science 297, 1183-1186, doi:10.1126/science.1070919 (2002).  5 Yoon, H. S. et al. Single-cell genomics reveals organismal interactions in uncultivated marine protists. Science 332, 714-717, doi:10.1126/science.1203163 (2011).  6 Bonner, W. A., Hulett, H. R., Sweet, R. G. & Herzenberg, L. A. Fluorescence activated cell sorting. Rev Sci Instrum 43, 404-409, doi:10.1063/1.1685647 (1972).  7 Xu, J. et al. Emerging trends for microbiome analysis: from single-cell functional imaging to microbiome big data. Engineering 3, 66-70 (2017).  8 He, Y., Wang, X., Ma, B. & Xu, J. Ramanome technology platform for label-free screening and sorting of microbial cell factories at single-cell resolution. Biotechnol Adv 37, 107388, doi:10.1016/j.biotechadv.2019.04.010 (2019).  9 Forrester, J. B., Valentine, N. B., Su, Y. F. & Johnson, T. J. Chemometric analysis of multiple species of Bacillus bacterial endospores using infrared spectroscopy: discrimination to the strain level. Anal Chim Acta 651, 24-30, doi:10.1016/j.aca.2009.08.005 (2009).  10 Deng, A. H., Sun, Z. P., Zhang, G. Q., Wu, J. & Wen, T. Y. Rapid discrimination of newly isolatedBacillaleswith industrial applications using Raman spectroscopy. Laser Phys Lett 9, 636-642, doi:10.7452/lapl.201210052 (2012).  11 Samek, O. et al. Raman microspectroscopy of individual algal cells: sensing unsaturation of storage lipids in vivo. Sensors (Basel) 10, 8635-8651, doi:10.3390/s100908635 (2010).  12 Wu, H. et al. In vivo lipidomics using single-cell Raman spectroscopy. Proc Natl Acad Sci U S A 108, 3809-3814, doi:10.1073/pnas.1009043108 (2011).单细胞中心合影  中国科学院青岛生物能源与过程研究所单细胞中心(徐健、马波、籍月彤、刘阳 所在单位)简介:中国科学院青岛生物能源与过程研究所是由中国科学院、山东省人民政府、青岛市人民政府于2006年7月启动筹建,2009年11月30日通过共建三方验收并纳入中国科学院“知识创新工程”管理序列的国立科研机构。单细胞中心的核心使命是以基因组工程、工具酶开发、先进成像、微流控器件、大数据等为主要方法学支撑,围绕细胞工厂构建、微生物组快检及机制等领域的关键科学和技术瓶颈,开发单细胞分析、分选、测序与培养技术,研制与产业化单细胞分析仪器系列,从国产装备的角度支撑单细胞大数据网络和微生物组天网等原创大数据系统,服务于工业生物技术、大健康、海洋资源挖掘、环境保护与修复、生物安全等应用领域。  青岛星赛生物科技有限公司(籍月彤所在单位):青岛星赛生物科技是一家专注于单细胞分析科研设备及临床诊断仪器研发与产业化的创新型高新科技企业。竭诚为科学研究人员、工业生物技术人员、以及临床工作者提供高效、可靠、一体化全方位的单细胞水平解决方案,着力打造国产高端生命科学仪器品牌。产品应用于工业过程监控、工业及海洋种质资源挖掘、临床精准用药、微生物组研究、生物安全及新能源开发等领域。

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  • 【讨论】测单细胞的拉曼光谱

    各位朋友: 您们好! 我最近在使用Renishaw公司的拉曼光谱仪,是共聚焦的,来测试单细胞的拉曼光谱,采用785nm光源,但每次测试的效果都非常不好! 我是将细胞种在盖波片上,或者直接将细胞溶液滴在载波片上,直接用显微镜看到细胞之后,再打光测试,但每次总是打在载物台上,而且基本上测不到细胞的拉曼光谱... 请问有哪位朋友能为在下指点迷津啊,我这也试了许多次了,但总是没有效果...

  • WITec共聚焦拉曼快检技术在单细胞表型及生物医学领域的前沿应用

    [align=center][b][size=14pt]WITec共聚焦拉曼快检技术在单细胞表型及生物医学领域的前沿应用[/size][/b][/align][align=center][size=11pt]会议时间[/size][size=11pt]:[/size][size=11pt]2020年[/size][size=11pt]4[/size][size=11pt]月[/size][size=11pt]2[/size][size=11pt][font=等线]日[/font]1[/size][size=11pt]0[/size][size=11pt]:00[/size][/align][b][size=12pt]内容[/size][size=12pt]介绍:[/size][/b][size=10.5pt]德国[/size][size=10.5pt]WITec的高分辨率、高灵敏度、共聚焦快速拉曼成像系统能够实现多种成像技术联用以满足客户的多样化、个性化需求,广泛应用于材料、地质及生命科学等领域。[/size][size=10.5pt]本次会议将带来上海氘峰医疗科技有限公司针对单细胞表型的拉曼数据分享以及德国[/size][size=10.5pt]WITec公司共聚焦拉曼快速成像在生物医学领域的前沿应用,欢迎关注![/size][b][size=12pt]讲师[/size][size=12pt]介绍:[/size][size=11pt]罗艳君[/size][size=11pt]:[/size][/b][size=11pt][font=等线]上海氘峰医疗科技有限公司总经理,负责公司曰常运营及市场销售。硕士期间师从于单细胞拉曼技术的前沿研究者黄巍教授(现为牛津大学工程系教授,主要研究方向:合成生物学、单细胞拉[/font][font=等线]曼)。氘峰致力于单细胞拉曼技术在生物医学领域的推广和应用,提供专业的第三方单细胞拉曼表型数据解决方案,服务于生医领域科学家。[/font][/size][b][size=11pt]胡海龙[/size][size=11pt]:博士[/size][/b][size=11pt]:[/size][size=11pt][font=等线]毕业于新加坡南洋理工大学物理系。[/font]2005起年在吉林大学超分子结构与材料国家重点实验室攻读硕士学位,主要研究半导体纳米材料的表面增强拉曼效应。2008起在南洋理工大学攻读博士学位,研究方向涉及近场拉曼光谱,针尖增强拉曼光谱及金属表面等离子体光学等多领域,工作先后在Nano Letter, ACS Nano与Nanoscale等杂志发表。同时与高校及科研机构展开广泛合作,共同发表文章超过15篇。2013年度荣获中国自费留学生优秀奖(新加坡区) ,同年加入德国WITec公司,现负责中国区应用技术支持[/size][size=11pt]。[/size][size=10.5pt]报名地址[/size][size=10.5pt]:[/size][url=https://www.instrument.com.cn/webinar/meeting_12843.html][u][color=#0000ff]https://www.instrument.com.cn/webinar/meeting_12843.html[/color][/u][/url]

  • 单细胞转移分离系统特点

    [b][url=http://www.f-lab.cn/cell-analyzers/puncher.html][b]单细胞转移分离系统[/b][/url]是可用于单细胞转移,单细胞分离和单细胞隔离,单细胞成像应用的多功能单细胞分离操作仪器,它可以实现从微孔芯片转移单细胞到细胞收集管中。单细胞转移分离系统[/b][color=#666666]集单细胞成像,单细胞隔离,单细胞选择功能于一体,自动聚焦成像。[/color][b]单细胞转移分离系统转移单细胞到Eppendorf微管,PCR微孔板或其它反应微管中,[/b][color=#666666]在隔离单细胞后,它可以对选定收集的细胞进行扫描并成像。[/color][b]单细胞转移分离系统[/b][color=#666666]采用Nikon Ti-2倒置荧光显微镜,配备自动扫描显微镜载物台,自动聚焦器件,高灵敏度荧光CCD相机和LED激发光源组建而成。[/color][img=单细胞转移分离系统]http://www.f-lab.cn/Upload/single-cell-isolation.JPG[/img][b]单细胞转移分离系统[/b]特点完全自动化,步进系统高质量单细胞荧光成像单细胞分离的效率超过90% 超过70%分离的细胞增殖 分离后兼容所有的单细胞的WGA工具包(放大器的‐1,picoplex,复制‐G)实惠微Wells基于硅微孔微腔。由薄膜封闭70µ m,井底直径(1µ m),包含一个单孔。样品流体进入威尔斯并从底部的孔隙中流出。单个细胞被拖着走。一旦单个细胞降落到孔隙上,流动停止,其他细胞就不会进入井内。有用的细胞被识别出来。选定的细胞穿孔从微孔到384孔PCR板或离心管等等。单细胞转移分离系统:[url]http://www.f-lab.cn/cell-analyzers/puncher.html[/url]

单细胞拉曼相关的资料

单细胞拉曼相关的仪器

  • 拉曼单细胞分选仪 400-860-5168转4836
    一、产品介绍PRECI SCS-R300拉曼单细胞分选仪是一款集共聚焦拉曼光谱检测系统与单细胞可视化分选系统为一体的细胞识别与分离设备,基于拉曼光谱技术对目标菌进行识别,并在单细胞水平上进行测序、培养等研究,搭建单细胞表型与基因型的桥梁,为各领域单细胞研究提供新策略。此外,拉曼分选技术还可用于微塑料等微小颗粒的识别与分离研究。PRECI SCS-R300的单细胞分选原理二、微生物单细胞研究意义单细胞研究是目前生物学研究热点前沿领域。过去十年来,在动物学研究中利用单细胞技术重新理解了细胞分化、细胞周期和细胞免疫等重要的生命过程。然而对微生物单细胞的研究目前尚处于起步阶段,所以实现微生物单细胞鉴定、功能菌快速筛选、微生物鉴定、可视化单细胞分离和高通量筛选,将为微生物的研究提供技术突破。传统群体研究方法:对微生物群落的整体检测,得到的是平均值无法反应不同细胞在群落中的功能;宏基因测序虽然能反应群落的组成与丰度,但仍无法准确找到哪种微生物发挥关键作用。单细胞研究新技术:能够绕过培养阶段,在单细胞水平上建立表型与基因型的联系,有效解决群体研究存在的问题,为功能微生物、突变株、耐药菌、未/难培养微生物等研究提供新策略。三、微生物单细胞研究策略四、研究领域细胞生物学(细胞种类鉴定、细胞代谢检测等)、植物发育学(遗传育种、遗传机制研究等)、遗传学(干细胞生长、分化、成熟的动态监测等)、微生物学(微生物种属鉴定、药敏检测等)、病理学(肿瘤精准分选、肿瘤术中导航、快速病理分析等)、药代动力学(药物在细胞中的代谢监测等)、免疫学(免疫微环境等)、食品学(食品安全、发酵工程菌等)等。五、实验方案1. 基于形态的微生物单细胞分离根据微生物细胞的长度、宽度、长径比、规则度等形态学指标,进行识别、定位与编号,自动将目标形态的微生物单细胞分离出来。微生物单细胞智能图像识别功能单细胞分选结果 2. 基于拉曼光谱的微生物单细胞识别与分离2.1 耐药菌/功能微生物(如有机物降解菌)的拉曼识别重水标记:对于有代谢活性的微生物细胞,D2O会经代谢进入碳骨架,形成C-D键,使峰位红移至静默区。使用此方法可以检测细菌/细胞在压力环境下(如抗生素、高温、高压等)的代谢活性,从而鉴定耐药菌或极端微生物。13C或15N稳定同位素标记:13C或15N同位素探针能够通过底物完成对生物标志物的标记,带有重同位素的生物标志物,其拉曼特征谱线因同位效应将发生红移动(同位素结合率>10%时),采用光谱对比分析很容易鉴别出来,进而确定目标微生物单细胞。功能菌拉曼识别流程 2.2 研究样品中的“未知菌”(无法确定目标菌的种属、功能等信息)微生物单细胞内所有化合物的拉曼信号构成的“单细胞拉曼图谱”可作为其“化学指纹”,进行细胞种属的区分和鉴定,具有快速、灵敏、非破坏性等优势,开辟了微生物鉴定的一个全新领域。首先,使用形态特征对细胞进行初筛,再应用拉曼光谱聚类分析法,将样品中的微生物划分为不同类别,应用可视化弹射分选的方式,将各类别的微生物细胞分离出来,进行全基因组扩增及高通量测序分析。“未知菌”单细胞研究方案 3. 基于荧光的微生物单细胞分离根据目标菌的荧光信号(自发荧光、荧光染料、探针标记、FISH等),将单细胞识别并分离出来。荧光菌单细胞分离 六、应用案例1.肠道耐药微生物研究本文应用结合同位素-拉曼光谱、单细胞分选与mini-meta测序分析技术,对人肠道微生物中的耐药菌群进行研究,揭示肠道耐药菌与个人用药史之间的相关性。文献:Raman-activated sorting of antibiotic-resistant bacteria in human gut microbiota2.D2O探针追踪耐药基因的水平转移单细胞拉曼光谱结合逆向D2O标记(Raman- rD2O)是一种灵敏、快速的表型工具,可用于跟踪质粒携带抗生素耐药基因(ARGs)从土壤通过转化向临床细菌的传播。Raman-rD2O敏感地从大量受体细胞中识别出低丰度的表型耐药转化子,随后结合单细胞分选技术获得目标转化菌,并进行基因鉴定,从而探索耐药基因的水平转移。文献:Phenotypic Tracking of Antibiotic Resistance Spread via Transformation for Environment to Clinic3. 嗜冷电活性微生物的mini-metagenome分析采用拉曼单细胞分选技术,层次聚类分析、宏基因组测序相结合的方法,深入研究了嗜冷菌的基因与代谢功能。文献:Mini-metagenome analysis of psychrophilic electroactive biofilms based on single cell sorting 4. 铁还原菌的荧光识别与单细胞分离培养本文合成了一种Fe2+特异性荧光化学探针(FSFC),应用荧光检测与单细胞分选技术,将铁还原菌(FeRM)从群落中识别并分离出来,而且实现了分离单细胞的培养,成功获得了功能菌株。文献:Visualizing and isolating iron-reducing microorganisms at single cell level5. 工程菌筛选使用拉曼技术分别检测产菊粉酶酵母和对照样品的胞体及培养基代谢物,确定产菊粉酶的工程菌拉曼光谱存在差异,用其构建的数据库,结合可视化单细胞分选培养,提高工程菌筛选效率。
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  • 单细胞拉曼分选仪(RACS-Seq,国家基金委科学仪器基础研究项目、中国科学院科研装备研制专项等支持)是菌群样品之单细胞代谢表型测量、单细胞拉曼分选、单细胞基因组解析和单细胞培养的一体化仪器系统。它基于稳定同位素标记底物饲喂单细胞拉曼光谱技术,不需分离培养、在单细胞精度直接鉴定微生物种类,并测量各种代谢相关表型(及其细胞间异质性)。进而通过单细胞微液滴光镊拉曼分选与低偏好性核酸扩增技术,完成高覆盖度、与代谢表型相关联的单细胞基因组测序。此外还能在复杂菌群中直接耦合单细胞分离与单细胞微液滴培养。RACS-Seq 为微生物组的代谢活性快检、种质资源挖掘和功能机制研究提供了新一代、原创的装备解决方案。
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  • 临床单细胞拉曼药敏性快检仪(CAST-R,2018年国家重大科研仪器研制项目支持(国家自然科学基金委))是临床样品之病原鉴定、药敏性表型测量及耐药基因解析的一体化装备。它基于重水饲喂单细胞拉曼光谱技术,不需分离培养而直接鉴定病原种类,并测量基于代谢活性抑制的药敏性表型(及其在细胞之间的异质性),全流程可在三小时内完成,将目前检测时长缩短了至少十倍。进而通过单细胞微液滴光镊拉曼分选与核酸扩增技术,完成低偏好性、高覆盖度、与耐药表型关联的单细胞基因组测序。病原鉴定、药敏表型和耐药机制均在单细胞精度呈现,因此CAST-R为临床精准用药和耐药机制研究提供了新一代解决方案。
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单细胞拉曼相关的耗材

  • 星海单细胞测序生信软件 scSpotilight
    星海单细胞测序生信软件 scSpotilight,这款软件致力于为用户提供高效、准确的数据分析解决方案。通过 scSpotilight,用户可以轻松解析单细胞数据,挖掘隐藏在复杂数据中的生物学洞见。scSpotilight 的发布,是我们在推动国产单细胞测序技术的普及和易用性方面做出的重要努力。最重要的是:软件我们将开源使用,不收取任何费用!https://github.com/obenno/scSpotlight
  • 单细胞测序 5' 转录组和免疫组试剂盒
    达普生物星海单细胞测序 5’转录组和免疫组试剂盒,全面地揭示基因表达的动态变化,以及免疫系统在健康和疾病状态下的反应。产品具有以下特点:【性能优】&bull 较高的细胞回收率:50%&bull VDJ 序列组装效率:50%-80% &bull VDJ 序列配对率:80%【样本多样化】&bull 可兼容人、鼠的组织及免疫细胞&bull 针对抗体发现,推出兔免疫组试剂盒
  • Single Cell Sample Introduction Kit 单细胞/单颗粒样品引入套装
    Single Cell Sample Introduction Kit 单细胞/单颗粒样品引入套装Elemental Scientific开发了一个完整的样品导入系统,专门用于单细胞和纳米颗粒应用。该产品专为高传输效率、单细胞和纳米粒子应用而设计。CytoNeb-单细胞雾化器MEINHARD高效雾化器设计用于有效雾化单细胞而不会导致细胞破裂低内部容积&死容积低背压(1-50μL/min=50 psi)用于雾化器气体和样品管线的专利惰性PFA快速接头CytoSpray-单细胞雾化器专为单电池和纳米颗粒应用而设计的喷雾室运输效率高分离补充气,提高输送效率一体式ICPMS可简单直接地连接到CytoSpray雾化器适用质谱品牌:Agilent、PerkinElmer、Thermo、NU、TOFwerk等。Part NoDescriptionSC-SI-79Single Cell Sample Introduction Kit for Agilent 7900/8900SC-SI-83Single Cell Sample Introduction Kit for Analytic Jena Plasma QuantSC-SI-97Single Cell Sample Introduction Kit for Nu VitesseSC-SI-64Single Cell Sample Introduction Kit for PerkinElmer 2000/5000SC-SI-84Single Cell Sample Introduction Kit for PerkinElmer 300/350SC-SI-73Single Cell Sample Introduction Kit for Thermo iCAP RQ/TQSC-SI-96Single Cell Sample Introduction Kit for TOFwerk

单细胞拉曼相关的试剂

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