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据新华社电 经贵州省政府批复同意,施秉县恒盛有限公司重大职业危害事故23名责任人最近分别受到了移送司法机关追究刑事责任、留党察看、行政记大过、行政记过等处分。这起事故中患病的工人多数获得治疗并获得了当地人事劳动社保部门一次性工伤保险赔付。[b]缘起 污染企业成“好典型”[/b]今年6月28日,新华社“新华视点”栏目以《“[url=http://news.qq.com/a/20100628/001600.htm][color=#0b3b8c]污染企业成为‘好典型’的背后——贵州施秉县重大矽肺病事故追踪[/color][/url]”》为题进行报道后,进一步引起了相关领导和有关部门的重视。记者从贵州省安委会办公室获悉,贵州省施秉县恒盛有限公司自1999年底投产以来,从业人员长期受工业硅冶炼产生的粉尘危害,截至7月2日,这家公司先后共有1343名职工进行职业健康检查和职业病诊断,确诊矽肺患者200例,另外,半年后需复查胸片的职工还有262人。[b]探因 吸入粉尘致矽肺病[/b]据调查,恒盛公司这起职业危害事故是一起群发性、社会影响较大的责任事故。这起事故发生的主要原因,是公司工业硅冶炼过程产生的粉尘中游离二氧化硅含量较高,这些物质进入空气中成为可吸入颗粒物能直接进入人体肺部,长期吸入导致矽肺病。事故的发生与公司厂区布置不合理,生产设备较简陋,企业对职业卫生工作不重视,有关部门监管不力等有直接关系。[b]赔付 191患者获赔2914万元[/b]在工伤赔付方面,当地人事劳动社保部门按规定对199名矽肺病患者进行了工伤认定和劳动能力鉴定,另有1人已与公司自行解除劳动合同。根据患病职工的申请,对191名患者进行了一次性工伤赔付共计2914.05万元,其中工伤保险金2070.39万元,企业支付843.66万元;另外8名患者工伤保险待遇正在协商办理。[b]部分被处理人员名单[/b]恒盛公司安委办主任张安洲、公司副总经理徐昌杏、公司副总经理宋绪军,已涉嫌构成犯罪 已移送司法机关追刑责恒盛公司董事长、总经理刘振荣,并由贵州省安全监管局依照有关法律法规给予经济处罚 留党察看一年施秉县疾控中心主任游群惠、县卫生监督局局长吴大荣、县卫生局局长张智文、县安全监管局局长吴长青、县环保局局长李绍荣等人 行政记大过或记过处分施秉县政府分管卫生工作的副县长王作飞、县人民政府分管安全生产工作的副县长刘华雪 行政警告施秉县政府县长敖琼,县委书记彭世平,黔东南州卫生局党组书记金鸣昌,州安全监管局长易承黔等人,被责成向黔东南州政府写出书面检查 给州政府写书面检查黔东南州政府副州长刘晓春、张仕福,被责成向贵州省政府写出书面检查 给省政府写书面检查[b]贵州施秉195工人患矽肺病 企业系当地先进典型[/b]新华网贵阳6月28日电(新华社“新华视点”记者 刘文国)贵州省施秉县恒盛有限公司195名工人不久前被确诊为矽肺病,这一数字创下了企业一次性检出矽肺病人数全省之最。令人意想不到的是,这家高污染企业竟是当地“学习和实践科学发展观”的典型。这个风景秀丽的地方为何出现如此重大的职业危害事故当地政府、安监等部门为何容忍这样的企业“带病”运行十年之久记者就此问题进行了追踪。[b]高污染企业竟成“学习和实践科学发展观”典型[/b]施秉县是贵州省黔东南州一个旅游业比较发达的县,舞阳河国家级风景名胜区所勘定的9个景区当中,在施秉县境内就有上舞阳、下舞阳等5处。然而,这个县的工业企业相对较少。据了解,恒盛公司始建于1999年,是当地政府通过隆重的招商仪式从湖南省请来的企业。公司最初成立时只有两台冶炼炉,在当地党委、政府和有关职能部门全方位扶持下,到2004年,冶炼炉已达34台,年设计生产能力达12万吨。公司有关负责人说,恒盛公司是以生产工业硅为主的民营企业,公司这一生产规模在亚洲单个生产企业中产能最大,公司的理想是把施秉建成“亚洲硅城”。据了解,1999年至2004年,恒盛公司就为当地实现利税1.4亿多元。近年来,这家公司每年给当地政府缴纳税收三四千万元不等,因此,恒盛公司不仅多年被贵州省授予“先进企业”称号,还被省国税局、省工商局评为“诚信纳税企业”“重合同守信用单位”等。去年10月,在施秉县“学习和实践科学发展观”活动中,这个企业还成了当地“学习和实践科学发展观”的好典型。然而记者采访发现,这个在当地政府眼里“学习和实践科学发展观”的好典型,实际是个不仅以牺牲职工生命健康,也以牺牲当地资源、环境为代价畸形发展的高耗能、高污染企业,企业每生产一吨工业硅,平均耗电1.3万度,电费成本占公司生产成本的比重通常都在50%以上。不仅能耗高,污染严重也是贵州恒盛公司一大特色。来自贵州余庆县的工人何国爱说,公司只要正常生产,厂区里就是灰尘弥漫,冶炼炉台上的积灰,“一星期就能没翻脚背”。与公司仅一墙之隔的施秉县南门村小河二组村民罗显群说,恒盛公司只要正常生产,村民们就基本看不清天上有没有太阳,厂里飘来的粉尘,有时简直像下雪一样,菜怎么洗,盆底下还是有积灰,家里门窗都关上了,这些细粉也能钻进屋来。[b]黑幕曝光:督查组、调查组进驻公司[/b]按照有关规定,恒盛公司这样的粉尘高污染企业,从建厂之初就该采取综合防尘措施和无尘或低尘的新技术、新工艺、新设备,作业场所粉尘浓度不得超过国家卫生标准;公司在可行性论证阶段,要向卫生行政部门提交职业病危害预评价报告,“未提交预评价报告或者预评价报告未经卫生行政部门审核同意的,有关部门不得批准该建设项目建设。与此同时,公司职业病防护设施要与主体工程同时设计,同时施工,同时投入生产和使用。然而,记者采访发现,由于是当地政府招商请来的重点企业,这些法律法规到了恒盛公司这里,都没有得到执行。在某些领导的庇护下,恒盛公司职业卫生的安全监管完全被丢在一边。由于长期在粉尘环境中作业,这个公司的工人早在2006年就出现头晕、气闷、乏力等症状,有的工人不能继续上班,只好辞职回家,但公司并未给予应有的重视。2008年至2009年间,这个公司给部分职工开具了31份职业危害接触史证明,经贵州省疾控中心进一步诊断,这些工人中姜仁生、刘克喜等5名工人被确诊为矽肺病,另有部分职工被要求进行半年或一年医学观察。诊断结果出来后,贵州恒盛公司仍未给予重视,诊断要求进行半年或一年医学观察的部分工人希望公司一次性补偿2万元,自己回家种地,与公司再无任何关系,公司也只同意给1万元。今年3月,一些网友将恒盛公司可能上千工人患职业病这一情况在百度贴吧、天涯社区等网站上发布,引起了中央领导重视,国家有关部门和贵州省有关部门分别组成督查组和调查组进驻公司,恒盛公司大量工人患矽肺病的黑幕才最终被揭开,企业首次被责令停产。今年4月,在上级部门的督促下,恒盛公司对公司目前在岗在册和部分已离厂的工人总共1337人进行了职业健康检查,最终确认其中195人为矽肺病人,工人矽肺病检出率竟高达14.58%。这些工人中,还有261人X胸片有不能确定的尘肺影像学改变,需半年后进行复查。据了解,已经确诊为矽肺病的190多名工人,目前仍在施秉县人民医院和当地一家酒店临时改成的医院里接受治疗和等待伤残鉴定结果。这些矽肺病患者因病情的轻重不同,可能分别获得10万元至30万元的赔偿。要求矽肺病复查的261名工人,部分与恒盛公司达成协议,每人领取了2.3万元的补偿款。[b]然而,让人担忧的是,类似恒盛公司这样的高耗能、高污染企业,在黔东南州还有多家。[/b]
据美国食品安全网站报道,近日美国俄勒冈州爆发了由草莓引发的大肠杆菌O157:H7疫情,目前疫情已造成1人死亡9人染病,染病人数也可能高达16人。 俄勒冈州公共卫生部门8日表示,问题草莓产自一家名为贾奎斯(Jaquith)的农场,草莓出产后被售至路边小贩与农贸市场,该农场中的草莓已于7月末被售出,目前这些草莓已不在市场上流通。 然而令卫生官员担忧的是,这些草莓可能已将被冷藏或者制成了新鲜草莓果酱,对此俄勒冈州公共卫生局官员西斯列克告诫民众,如果已购买了该农场中的冷冻、生鲜草莓酱或者任何其它的生鲜草莓加工品,那么需要尽快处理掉。 原文链接:
[align=center]短柄草全基因组密码子用法分析分析[/align]摘要:本研究运用CodonW程序分析了短柄草全基因组的密码子使用特性,并且通过对应分析探讨了若干重要因子对短柄草全基因组序列密码子用法的影响。结果表明短柄草基因组存在高[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量和低[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量的基因,它们在密码子使用上差异较大。Nc-plot曲线表明基因组的密码子组成受到碱基组成的影响;对应分析显示,在DNA水平上发生的核苷酸突变可能是造成短柄草基因组密码子使用偏好的主要因素;同时,基因长度和蛋白质疏水性对密码子的使用也存在一定偏性,但影响程度不大。确定了UUC等27个以G或C碱基结尾的密码子为“最优密码子”,研究结果可为短柄草基因的鉴定、表达、结构、功能等的深入研究提供参考。关键词:同义密码子偏好性,短柄草基因组,对应分析近年来,随着分子生物学的快速发展,许多小基因组的低等生物和高等模式生物的全基因组序列均被测定,为利用生物信息学方法挖掘海量基因组数据提供了便利。密码子是生物体内遗传信息传递的基本环节,是核酸携带信息和蛋白质携带信息间对应的基本规则。在长期进化过程中,任一物种的基因都会逐渐适应宿主的基因组环境,而形成特定的且符合宿主基因组的密码子用法,因此不同生物具有不同的密码子使用模式。以生物基因组数据为基础,研究其密码子使用模式,为深入研究基因的结构、功能和基因组进化,以及指导基因转化等具有重要意义。密码子具有简并性,生物在同义密码子的使用上并不是完全随机的,而是具有一定的偏向性,对有的密码子使用频率高,有的使用频率低,甚至避免使用,这种不均衡使用密码子的现象普遍存在于原核和真核生物中。早在20世纪70年代,人们在研究基因的异源表达时,就已经意识到密码子偏性的重要性[1],随着不同生物基因组数据的获得和各种数据库的构建,更多的研究者对密码子偏性的研究产生了浓厚的兴趣,尤其在分子进化,翻译调控等研究领域,通过对不同物种的密码子使用偏性的大量研究[2~4],发现不同物种的基因在密码子使用上存在着明显的偏性。 短柄草是一种广泛分布于温带地区的禾本科植物,与小麦,大麦和燕麦同属早熟禾亚科,原产于非洲北部,欧洲南部和亚洲中部,包含约10个亚种。该植物为一年生,自花授粉,植株高度15~20cm,生育期70~80d,柄草植株较小,适应性强,不象种植水稻那样需要严格的生长条件。生育期短,籽粒产量较高,一年可以繁殖4~5代,繁殖系数达140左右。未成熟胚和成熟胚愈伤组织诱导率高,农杆菌介导和基因枪介导的转化体系已经建立,胚性愈伤组织分化率90%以上,转化效率最高可达55%左右。基因组小,染色体少,DNA重复序列低,获得突变体容易,突变性状容易显现,具备了模式植物的所有基本特征。加之短柄草基因组序列与黑草麦,小麦,大麦等早熟禾亚科植物高度相似,很多重要农艺性状与温带禾草类植物相似,如株型,穗型,粒型,抗逆性,生长习性和病原菌等,其中麦类作物白粉病菌,条锈病菌和稻类作物瘟病菌都可侵染短柄草植株,引起相应症状[7]。其籽粒不含高分子量麦谷蛋白亚基,低分子量麦谷蛋白亚基也很少,并与小麦一样具有二倍体,四倍体和六倍体,因此短柄草是小麦等基因组庞大的重要农作物理想的模式植物,借此来获得目前小麦等早熟禾类植物中尚缺少的遗传信息和基因共线区,进而对小麦等重要植物进行基因定位,克隆,突变,测序和功能等方面的研究[8]。 目前,在短柄草的生物学、细胞学和遗传学特性方面开展了大量研究,并且其全基因组测序也基本完成[9],为深入研究其密码子用法提供了便利。因此本研究将以短柄草全基因组序列为基础,分析其基因的密码子用法特性和影响密码子使用的因素等,其研究结果将对指导转基因及对基因进行特定分子改造,提高其在短柄草中的表达效率和完善基因预测软件,提高基因预测和基因组注释准确性等均具有重要的参考价值,同时也为深入开展基因结构和功能,分子进化等研究提供理论基础。1.实验材料与方法1.1材料 短柄草全基因组DNA序列来源于短柄草官方数据库(http://www.brachypodium.org/node/8),根据基因组序列的注释信息,获得蛋白编码基因序列,为了减少长度较短的基因变异带来的样本误差,根据国际惯例,去除小于300bp的基因,去除中间不表达的密码子,终止密码子。编写程序提取剩下的蛋白编码基因的CDS(coding sequence)序列。1.2方法用codonw软件计算短柄草全基因组的密码子用法相关参数,主要包括有效密码子数(Effective Number of Codon,ENC)、基因的G+C含量([url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]%)、[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]3s%、相对同义密码子使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)、氨基酸组分指数(平均亲水性值(gravy))、基因长度即氨基酸数(L_aa)。其中,有效密码子数(Effective Number of Codon,ENC)描述密码子使用偏离随机选择的程度,能反映密码子家族中同义密码子的非均衡性的偏好;其取值范围在20到61之间,即如果每种氨基酸只使用一种密码子则有效密码子数为20,如果各种同义密码子的使用机会完全均等,则有效密码子数为61,数值越小偏性越强。此值是以描述密码子使用偏离随机选择的程度,能反映密码子家族中同义密码子的非均衡性的偏好。基因密码子偏爱程度越大,ENC值越小。RSCU是指对于某种特定的密码子在编码对应氨基酸的同义密码子间的相对频率;[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]3s%表示同义密码子第三位碱基的G+C的含量。为进一步了解该家族基因密码子使用特征和影响密码子使用的因素,对7个基因的相对同义密码子使用度进行了对应性分析(correspondence of analysis,COA)。2 结果与分析2.1 基因的碱基组成对密码子使用的影响图一 短柄草基因NC值散点图[img=,515,409]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/10/201910311236371230_3093_3295053_3.png!w515x409.jpg[/img]2.2短柄草基因密码子使用特性的对应性分析[img=,690,535]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/10/201910311237226440_1452_3295053_3.png!w690x535.jpg[/img][img=,690,534]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2019/10/201910311237233450_935_3295053_3.png!w690x534.jpg[/img]2.3 确定最优密码子Phe UUU 0.05 (323) 1.23 (19733) Ser UCU 0.22 (990) 1.60 (23834) UUC* 1.95 (13527) 0.77 (12294) UCC* 2.55 (11715) 0.64 (9499) Leu UUA 0.02 ( 93) 0.83 (11755) UCA 0.14 (629) 1.52 (22651) UUG 0.16 (1003) 1.37 (19558) UCG* 1.53 (7023) 0.35 (5159) CUU 0.14 (847) 1.55 (21987) Pro CCU 0.22 (1306) 1.57 (17584) CUC* 3.38 (20676) 0.61 (8661) CCC* 1.35 (7940) 0.47 (5299) CUA 0.07 (452) 0.70 (9983) CCA 0.20 (1184) 1.62 (18078) CUG* 2.23 (13637) 0.94 (13401) CCG* 2.22 (13058) 0.34 (3792) Ile AUU 0.12 (398) 1.41 (21216) Thr ACU 0.10 (401) 1.46 (16515) AUC* 2.76 (9124) 0.70 (10557) ACC* 1.75 (7291) 0.66 (7397) AUA 0.12 (380) 0.89 (13461) ACA 0.12 (509) 1.56 (17636) Met AUG 1.00 (8512) 1.00 (20892) ACG* 2.03 (8478) 0.32 (3563) Val GUU 0.10 (693) 1.67 (23852) Ala [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]U 0.14 (1914) 1.65 (26184) GUC* 1.71 (12491) 0.63 (9025) [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]C* 1.98 (27398) 0.58 (9131) GUA 0.05 (349) 0.75 (10713) [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]A 0.13 (1802) 1.48 (23459) GUG* 2.14 (15605) 0.95 (13562) [url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]G* 1.75 (24170) 0.29 (4678) Tyr UAU 0.05 (229) 1.28 (14480) Cys UGU 0.06 (194) 1.10 (9360) UAC* 1.95 (8126) 0.72 (8075) U[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]* 1.94 (6645) 0.90 (7595) TER UAA 0.42 (172) 0.82 (335) TER UGA 1.63 (665) 1.30 (530) UAG 0.94 (384) 0.87 (356) Trp UGG 1.00 (4992) 1.00 (10053) His CAU 0.15 (598) 1.42 (16785) Arg CGU 0.16 (750) 0.85 (6945) CAC* 1.85 (7568) 0.58 (6825) C[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]* 2.75 (12565) 0.49 (4043) Gln CAA 0.15 (627) 1.05 (20215) CGA 0.11 (500) 0.64 (5273) CAG* 1.85 (7975) 0.95 (18259) CGG* 1.92 (8761) 0.55 (4527) Asn AAU 0.12 (465) 1.31 (26650) Ser AGU 0.05 (235) 1.13 (16754) AAC* 1.88 (7141) 0.69 (13985) A[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]* 1.52 (7002) 0.77 (11441) Lys AAA 0.11 (552) 0.98 (27077) Arg AGA 0.10 (445) 1.94 (15854) AAG* 1.89 (9406) 1.02 (28423) AGG 0.96 (4387) 1.53 (12516) Asp GAU 0.15 (1344) 1.44 (39136) Gly GGU 0.11 (882) 1.34 (18423) GAC* 1.85 (16539) 0.56 (15322) G[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]* 2.53 (20795) 0.71 (9826) Glu GAA 0.17 (1437) 1.13 (36292) GGA 0.19 (1522) 1.26 (17423) GAG* 1.83 (15812) 0.87 (27746) GGG* 1.18 (9700) 0.69 (9476) 注:Number of codons in high bias dataset 372333 Number of codons in low bias dataset 915109标注*的密码子是(p 0.01)3 讨论密码子使用偏好是突变偏好、自然选择和遗传漂变等共同作用的结果,与碱基组成、翻译选择压力、基因表达水平、基因长度、蛋白质氨基酸组成、碱基突变频率和模式、mRNA二级结构稳定性等很多因素有关[17]。张晓峰[18]等研究表明,单子叶植物基因组的[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量在同义密码子使用偏性的产生过程中起着决定性的作用,同义密码子使用偏性强烈的基因往往偏爱使用C或G结尾的密码子,且第三位密码子突变往往是密码子偏好性发生变化的决定原因。短柄草基因密码子使用模式的调查表明其中有高含量的[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url],并且[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]3的含量高于[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]1和[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]2。这表明相对于以A和T结尾的密码子而言,这些基因偏好于使用以G或C结尾的密码子。从原核生物到真核生物的基因中,密码子使用偏好是一个被广泛研究的重要进化现象。研究发现,许多因素,比如碱基组成,基因表达水平,蛋白质疏水性等影响着密码子的使用。为了解释密码子使用偏好的起因,也有许多假设被提了出来。其中被广为接受理论是“选择——突变——漂移”模型。该模型认为在对偏好密码子的选择和通过突变-漂移对非偏好密码子的保留之间,同义密码子的使用偏性存在一种平衡。本文的研究结果显示,[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]3s值与ENC值密切相关,并且基因也位于第一轴线,揭示了碱基组成是影响短柄草基因组中的密码子使用偏好的主要因素。碱基组成是影响短柄草基因密码子使用的主要因素,基因长度和蛋白质的疏水性在短柄草基因密码子使用中也起到了一定的作用,相似的结果在水稻、小麦中被发现[15,19]。本研究发现,在基因长度和[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]之间存在很强的负相关性。这表明,高[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量的基因越短,密码子偏好就越大。可能的原因是富含AT基因的翻译效率比富含[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]基因的翻译效率更高,这种效率的差异对长的基因更为重要。通常,全基因组的基因表达值在许多多细胞真核生物中并不能得到,特别是基因表达水平在不同的组织和不同发育阶段不一样时。因此,要定量相当困难。在短柄草基因组中,目前还缺少相当数量的基因表达的准确数据。另外,我们发现[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量特别是在第三个碱基位置的[url=https://insevent.instrument.com.cn/t/Mp]gc[/url]含量较大的影响着密码子的偏好时,暗示着碱基突变可能是重要因素,同时,碱基突变又受控于翻译选择。所以,尽管基因表达水平影响着密码子的使用,但这影响还是远远小于核苷酸组成对密码子使用的影响。因此,我们没有进一步分析基因表达的影响。通过优化密码子,提高外源基因在微生物、植物、动物中的表达已有不少成功报道,而确定最优密码子可为合理有效进行密码子改造提供可靠信息。本文确定了UUC等27个密码子为短柄草全基因组的最优密码子。分析结果可为指导转基因及对基因进行特定分子改造,提高其在短柄草中的表达效率和完善基因预测软件,提高基因预测和基因组注释准确性等提供重要的参考价值。参考文献[1] 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