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timsTOF Pro 2由平行累积连续碎裂技术（ PASEF ）驱动，使得 4D-蛋白质组学和 4D-脂质组学为无偏向性细胞和血浆蛋白质组学、液体活检多组生物标志物发现，以及整合基因组学、蛋白质组学和表观蛋白质组学拓宽了道路。4D-组学时代 —— 解锁第四维度的价值4D-组学的重大突破速度：PASEF 技术实现了在不影响分辨率情况下达到超过 120 Hz 扫描速度。深度：额外一维离子淌度提高了数据完整性。高通量：超快数据采集速度使其可以使用短梯度实现生物样本的高通量分析。耐用性：独特的仪器设计使得其可以连续分析数千个样品，仪器保持稳定的性能而无需清洁。4D-Proteomics&trade 的新标准：更快速度实现蛋白质组全覆盖基于质谱（ MS ）的蛋白质组学一次可实现样本里成千上万蛋白的定性和定量。然而，受到目前质谱仪的扫描速度、灵敏度和分辨率的影响，实现蛋白质组的全覆盖仍然具有挑战性。timsTOF Pro 2 使用平行累积连续碎列（ PASEF ）的技术可实现极高的扫描速度和灵敏度，只需要少量样本就可以达到蛋白质组学鉴定新深度。双 TIMS 和 CCS 的分析捕集离子淌度谱（ TIMS ）首先是一项重要的气相分离技术，它是在高效液相色谱（ HPLC ）和质谱分离的基础上，带来额外一个维度的分离，可大大降低样品分析复杂度，极大提高峰容量和分析物鉴定可靠性。同样重要的是，TIMS 离子淌度管能对离子实现时间和空间上的聚焦，从而独特地提高灵敏度和扫描速度。双 TIMS 技术可以实现近乎 100% 的离子利用率，离子在前一根淌度管内累积，在后一根淌度管内根据离子淌度值分批释放。这种平行累积连续碎裂（ PASEF ）的过程能够实现碰撞横截面（ CCS ）的分析。CCS 额外一个维度信息能够提供很多进一步的分析可能性，可以从复杂数据库实现化合物的高可信度库匹配以及更低的错误发现率（ FDRs ）。4D-Proteomics&trade 的新标准：更快速度实现蛋白质组全覆盖基于质谱（ MS ）的蛋白质组学一次可实现样本里成千上万蛋白的定性和定量。然而，受到目前质谱仪的扫描速度、灵敏度和分辨率的影响，实现蛋白质组的全覆盖仍然具有挑战性。timsTOF Pro 2 使用平行累积连续碎列（ PASEF ）的技术可实现极高的扫描速度和灵敏度，只需要少量样本就可以达到蛋白质组学鉴定新深度。双 TIMS 和 CCS 的分析捕集离子淌度谱（ TIMS ）首先是一项重要的气相分离技术，它是在高效液相色谱（ HPLC ）和质谱分离的基础上，带来额外一个维度的分离，可大大降低样品分析复杂度，极大提高峰容量和分析物鉴定可靠性。同样重要的是，TIMS 离子淌度管能对离子实现时间和空间上的聚焦，从而独特地提高灵敏度和扫描速度。双 TIMS 技术可以实现近乎 100% 的离子利用率，离子在前一根淌度管内累积，在后一根淌度管内根据离子淌度值分批释放。这种平行累积连续碎裂（ PASEF ）的过程能够实现碰撞横截面（ CCS ）的分析。CCS 额外一个维度信息能够提供很多进一步的分析可能性，可以从复杂数据库实现化合物的高可信度库匹配以及更低的错误发现率（ FDRs ）。极高的稳定性和通量无需清洗许多用于蛋白质组学应用的 MS 仪器需要每月清洁一次，在大样本组中每天 24 小时运行。仪器性能下降即使在较短的时间段内也是显而易见的。timsTOF Pro 2 卓越稳定性意味着仪器可以全天运行很多周，而没有明显的信号和其它性能下降。PaSER Run & Done —— 加快4D-蛋白质组学的鉴定速度PaSER（ 实时平行搜索引擎 ）是一个结合硬件和软件的解决方案，能够实现基于样本序列管理的实时数据库搜索引擎。PaSER 以很快的速度就能提供结果，包括 PTM 搜索。通过使用基于 GPU 的搜索，PaSER 在实时或离线模式下可以提供相同的结果，而无需使用简化的算法或中间步骤。PaSER 极快的搜索速度使得在数据采集结束后数秒就能同步拿到搜库结果，真正实现运行并完成！ PaSER 有效地打破了大队列样本数据分析通量壁垒。此外，实时蛋白组学的非标记定量也可以跨越 PaSER 获得的数据结果集，使其瞬间能过渡到定量蛋白质组学。通过 TIMS Viz 使得淌度偏移质量对齐（ MOMA ）变得可视化 ，从而用户可以鉴定和识别只有 4D-Omics 才能看到的共洗脱多肽。 dia-PASEF 增加鉴定可信度dia-PASEF比传统的 DIA 方法有更高灵敏度和选择性，是因为它将 PASEF 原理也应用进来，结合了 DIA 的优点和 PASEF 离子利用率高的优势。TIMS 分离提高了选择性，而且可以将单电荷母离子排除掉，从而降低本底噪音干扰。利用分子量和碰撞横截面 CCS 值的相关性，dia-PASEF 能够实现高可信度化合物鉴定。在 LC-MS/MS分析中， dia-PASEF 能够采集包含 m/z，离子淌度值（ CCS ），保留时间和离子强度的 4D 数据。前所未有的蛋白质覆盖深度凭借强大的 SRIG（ 不锈钢堆叠环形离子向导 ）装置和新优化的 dda-PASEF 方法 ，timsTOF Pro 2 单针能够达到前所未有的蛋白组学覆盖深度。使用自制 HEK 酶切样本， 上样 200 ng，使用 Aurora - 25cm 色谱柱，在 60 分钟梯度下能够鉴定 超过 7,000个 蛋白和 60,000 条多肽。因此 timsTOF Pro 2 可以通过数据库搜索和运行之间的匹配，无需任何谱图库，在一些日常细胞系蛋白组定量实验中实现很高的蛋白覆盖深度。超高灵敏度的高通量靶向蛋白质组学和常规的靶向蛋白组学分析技术（ SRM 和 PRM ）相比，prm-PASEF 在单针中可极大提高监测多肽数目，同时不影响仪器选择性或灵敏度。靶向质谱（ MS ）技术是蛋白质组学实验中一种强大的技术，用来验证大队列样本中的候选生物标志物。与数据依赖采集（ DDA ）和数据非依赖采集（ DIA ）相比，这可以增加检测灵敏度。可是该技术受到在单针中监测离子数目和液相分离出峰时长以及整体灵敏度间的折中限制。只有通过更长的色谱分离时长或降低质谱的灵敏度和选择性，才能获得大量目标肽的完整数据。prm-PASEF 可以极大地提高单针中靶向监测的多肽数目，这得益于布鲁克 timsTOF Pro 2 的第四维分离可以极大提高选择性和灵敏度， PASEF 技术带来的速度可以增加靶向分析离子数量。超高灵敏度应对最困难的分析挑战随着某些特定细胞、少量细胞群或生物穿刺样本的生物研究越来越重要，低样本量蛋白组定量变得至关重要。而如此低的样本量对于质谱灵敏度提出了很高要求。使用高灵敏度的质谱仪对如此低的样本量进行原型定量至关重要。timsTOF Pro 2 上样 200 ng HeLa 样本，使用 Aurora - 25cm 色谱柱，在 30 分钟梯度下使用 PaSER 能够鉴定超过 74,200 个蛋白和接近 30,000 条多肽。dia-PASEF —— 高通量定量蛋白质组学中实现无与伦比的数据完整性和分析深度使用标准 dia-PASEF 方法多针测试结果有着很高重复性。三种不同的 dia-PASEF 窗口设置下使用 Aurora-25cm 柱在 60 分钟梯度下可实现接近 8,000 个蛋白定量和超过 70,000 条多肽，而且有极高的定量准确性。高灵敏度磷酸化蛋白组学分析和同分异构体分离支持 CCS 的近邻位磷酸化位点定量dia-PASEF 在 timsTOF Pro 2 上的高灵敏度、扫描速度和重现性甚至可以实现低样本量的磷酸化蛋白质组学分析。例如可以实现小鼠脑样本起始总蛋白仅为 25 μg 的磷酸化蛋白质组的非标记定量。使用 Evosep 每天 30 个样本的分析方法，三次重复可鉴定出多达 4,473 个 unique 磷酸化多肽。这些结果为针刺活检的应用带来了希望，可以用信号转导的信息补充癌症蛋白质基因组学数据。这些结果为针刺活检的应用带来了希望。此研究结果由 Stefan Tenzer 教授提供。分析样本量有限时的细胞信号传导当肽段在色谱上发生共洗脱时，由于等重性和信号重合，不能测量 CCS 值的传统蛋白质组学是不能实现磷酸化肽异构体的定量的。PASEF 技术使得基于 TiO2 富集时，使用 150 ug 蛋白富集起始量就能够鉴定 27,768 个磷酸化肽，展现了淌度偏离质量对齐（ MOMA ）的优点。1,946 条鉴定的共洗脱异构体中，20% 的异构体可以被TIMS 完全分离，这可以使得我们可以更好地理解邻位蛋白磷酸化位点信息。

扩展高通量 4D-蛋白质组学的功能速度：timsTOF HT 使用的 PASEF 技术能够实现在不影响分辨率和灵敏度的情况下达到超过 150 Hz 的扫描速度；耐用性：独特的仪器设计使得其可以连续分析数千个样品，仪器保持稳定的性能而无需清洁；灵敏度：第四代 TIMS-XR 的超大离子容量极大提升了分析深度；选择性：在四极杆和飞行管之前提供额外一维淌度分离，大大提升了峰容量。捕集型离子淌度分离，支持 CCS 值分析全新的 timsTOF HT 质谱仪整合了第四代超高离子容量的 TIMS-XR 分析器和更先进的数字转换技术。新的设计为无与伦比的蛋白质组学分析深度和高通量定量分析提供了更宽的动态范围。timsTOF HT 提供全面的 CCS 值辅助分析，并支持所有基于平行累积连续碎裂技术（ PASEF ）的数据采集模式，PASEF、dia-PASEF 和 prm-PASEF 使得 4D-蛋白质组学分析拥有更高的灵活性，轻松实现蛋白质组的全覆盖。PaSERPaSER 是一款 “ 运行即完成 ”（ run and done ）的实时数据库搜索平台，能够最大限度的提升鉴定深度和分析通量。内嵌 TIMScore&trade 和 TIMS DIA-NN 模块使得其能充分利用 CCS 值辅助分析，使得蛋白质鉴定更可靠。dia-PASEF 实现更快速的组织样本蛋白质组学分析针对心脏组织样本的快速蛋白质组学分析示例。通过 dia-PASEF 和 30 分钟短梯度色谱分离，对不同样本量的小鼠心脏组织蛋白酶解液进行三次重复分析。在进样量为 800ng 时，能鉴定到 4700 个蛋白，蛋白相对丰度跨越 5 个数量级。原始数据使用 DIA-NN 的非建库模式进行数据检索，蛋白拷贝数通过 ‘proteomics ruler’ 方法进行估算。dia-PASEF 和 TIMS DIA-NN、PaSER 的强大组合使细胞系蛋白质组获得前所未有的深度覆盖加大蛋白酶解液的进样量能够提高鉴定量，获得更高的蛋白覆盖深度。如图为使用 Aurora-25 cm 色谱柱，在 250nL/min 的流速下，通过 60 分钟色谱梯度洗脱，结合 timsTOF HT 质谱仪的 dia-PASEF（ 100 毫秒淌度分离 ）数据采集模式对人类细胞系 K562 的胰酶消化液进行质谱分析结果。采集后的数据通过 TIMS DIA-NN 搜库分析，数据库为 uniprot 人源已注释蛋白。靶向血浆蛋白质组学：30 分钟梯度定量超过 550 个蛋白timsTOF HT 的 dia-PASEF 采集方式与 Biognosys 公司的 PQ500 稳定同位素标肽技术结合，对血浆蛋白质组进行靶向分析。在 30 分钟色谱梯度下，可以实现对 578 个蛋白（ 对应 804 条多肽 ）的准确定量，数据完整性超过 99%。该方法通过一个简单快捷的采集设置将传统 SMS/MRM 技术的选择性和灵敏度结合起来，并能够根据经验后续再进行新靶标的选择。适用于更高进样量的纳升流速液相色谱柱PepSep 25cm 系列色谱柱（ 内径 150 um，粒径 1.5 um ），对于上样量达到 1600ng 的 K562 酶解肽段进行分析时，依然能够保持平均峰宽小于 5 秒。41 分钟的色谱梯度足够支持有效的肽段分离，即便是更高的上样量，也能够获得同源性多肽的分离。

以超快扫描速度和超高分辨率持续引领蛋白质组学研究超高灵敏度：TIMS PASEF 扫描模式可以获得近乎 100% 的离子利用率，提供卓越灵敏度和 300 Hz 扫描速度下蛋白深度覆盖最大化离子传输效率：优化的 CaptiveSpray Ultra 2（CSI Ultra 2）离子源全新的涡流设计，无需手动调整，即可实现超高离子传输和稳定喷雾。增强专属性：MOMA（ Mobility Offset, Mass Aligned ）利用淌度实现同重共洗脱离子的鉴定与分离，增强鉴定结果的清晰度和可信度。提升置信度：通过 CCS 值加持的 TIMScore&trade 、TIMS DIA-NN 或者 Spectronaut 19 软件，极大提高低丰度肽段鉴定的置信度。仪器特点仪器设备升级，实现持续创新我们认识到科研投资固有的两面性：机遇与风险。持续拥抱创新，我们提出可升级的质谱研究平台。这一方式促进了可持续发展，并使研究人员有能力适应不断变化的科研环境。我们的可升级平台无缝集成了最新的技术，使您的研究始终处于探索的最前沿。可升级平台确保研究者有灵活的选择来升级成最新款仪器，最大限度地提升他们的工作并助力他们实现研究目标。无与伦比的灵敏度推动革新性组学研究新一代 timsTOF Ultra 质谱仪 timsTOF Ultra 2，与强大的 CaptiveSpray Ultra 2 离子源相结合，这一动态组合释放出无与伦比的灵敏度，使您能够征服具有挑战性的样本，检测低丰度肽段，为组学研究的突破性提供助力。深入探索：从微小样本到看不见的肽段timsTOF Ultra 2 和 CaptiveSpray Ultra 2 强强联手，揭示样本的全部潜力。即使是最小量的样本也能进行分析，发现全新肽段。PASEF 采集使您能够深入探索低丰度肽段，提取曾经无法检测到的重要信息。此外，捕集离子淌度技术无需借助化学标记，简化了新肽段的鉴定流程。随着这些进步，timsTOF Ultra 2 与 CaptiveSpray Ultra 2 重新定义了实验室的可能性，将您的研究提升到新的高度。timsTOF Ultra 2突破了传统限制，开启了新的科学可能性。无论是单细胞蛋白质组学、免疫肽组学还是血浆蛋白质组学，timsTOF Ultra 2 与 CaptiveSpray Ultra 2 都能提供研究人员所需的速度和灵敏度，打破边界，取得突破性成果。仪器优势Bruker ProteoScape&trade 助力实现更深层次的蛋白质鉴定通过 Bruker ProteoScape&trade 的新功能，最大限度地提高鉴定深度和通量。我们的 Run & Done 数据库搜索平台利用 TIMScore&trade 和 TIMS DIA-NN 发挥 CCS 的强大功能，实现更准确的实时蛋白质鉴定。此外，Bruker ProteoScape&trade 与 Spectronaut 19 无缝集成，提供 DirectDIA+ 访问权限，并支持强大 diagonal-PASEF 的工作流程。应用方向1）深度蛋白质组分析：timsTOF Ultra 2 无与伦比的性能第二代 timsTOF 专注于在不牺牲稳健性的前提下提高灵敏度。利用具有优化涡流设计的 CSI Ultra 2，以及 diagonal-PASEF 工作流程和第二代离子电荷控制 ( ion charge control, ICC 2 ) 的支持，timsTOF Ultra 2 将灵敏度提升到新的高度。体验 timsTOF Ultra 2 的强大能量稳定且高灵敏度的 timsTOF Ultra 2 质谱仪是您在异质细胞环境中表型研究不可或缺的工具，帮助您解锁癌症的秘密以及通过单细胞基因组学和转录组学的补充信息了解其他疾病，帮助您破译细胞异质性以加深对生命活动过程和细胞间通路的理解，增加治疗的选择。探索单细胞蛋白质组学的新纪元用 timsTOF Ultra 2 释放单细胞蛋白质组学强大探索能量。以前所未有的方式认识细胞复杂性，全面了解不同细胞群中的独特表型，并彻底改变对疾病及其潜在机制的认识。照亮科学研究的道路利用先进的质谱技术，驱动蛋白质组学的变革性突破，推动您的研究发展，timsTOF Ultra 2 将成为您的有力助手。解锁细胞的奥秘，超越传统认知，开创未来，使改进的疗法成为现实。以全新的视角解读细胞。彻底改变您的蛋白质组学方法，解开细胞复杂性的秘密。 2）分子医学的动力源泉：FFPE 组织中的单细胞分析想要提升您的单细胞分析水平吗？那就接受FFPE组织单细胞分析的挑战吧探索 timsTOF Ultra 在转化治疗领域的强大能力。即使样本量有限，timsTOF Ultra 卓越的性能依旧能够将 FFPE 组织中的蛋白精确定位到特定的癌症区域。timsTOF Ultra 中更高性能的 dia-PASEF 扫描模式将彻底改变低上样量组织蛋白质组学，为分子医学实验室提供重要的解决方案选择 timsTOF Ultra，释放分子医学的潜力，解决 FFPE 组织中单个细胞分析复杂的难题，踏上推进患者治疗的变革之旅。3）挖掘 TIMS 和 PASEF 在微生物研究中宏蛋白质组学的潜力微生物在地球可持续性发展中发挥着至关重要的作用，对人类、动物和植物生存发展具有重要影响，并能影响全球性的问题。随着微生物组广泛的研究和对立法、经济和社会行为的影响，必须超越分类学特征，深入研究微生物群落的功能动态和与环境的相互作用。宏蛋白质组学已成为该方面研究的有力方法。突出优势：出色的肽段和蛋白质鉴定：利用 TIMS 和 PASEF 的离子淌度维度，以极高的准确度（ CV 20% ）和无与伦比的深度，鉴定和定量小鼠肠道微生物和宿主中的肽段和蛋白质。全面的分类和功能分析：实现可与常规基因组方法相媲美或超过的分析深度，全面了解微生物群落的分类及其功能。灵敏度和效率：灵敏度的显著提升，允许以最少的样品量进行分析。同时 PASEF 令人难以置信的扫描速度使得通过短梯度来加速分析成为可能。4）更高的流速推动血浆蛋白质组学血浆蛋白质组学提供蛋白质组的全面认识，在疾病诊断和治疗中起着至关重要的作用。为了在大队列研究中可靠地识别和监测生物标志物，必须利用人群筛查技术。常规微升液相色谱，VIP-HESI 离子化技术和 timsTOF Ultra 2 质谱仪的结合，提供了无与伦比的稳定性、超快的扫描速度、超高的重现性、高灵敏度和高通量。主要特点：耐用的电喷雾离子化技术可实现多达 5000 次 LC/MS 运行，提供出色的使用寿命使用 50 μm 喷雾针、 50 μL/min 的流速，获得 3 倍的信号提升，确保最佳的灵敏度使用插入式喷雾针替换标准的 VIP-HESI 喷雾针，毫不费力地实现无缝衔接使用我们的 4D-蛋白质组方法，10 分钟内实现样品肽段的高效检测和定量更长的色谱柱寿命，更低的维护成本布鲁克先进的解决方案针对更高流速进行了优化，加快血浆蛋白质组学的研究。卓越的稳健性、高灵敏度和高通量帮助您解开血浆蛋白质组的复杂性难题，加速疾病诊断和治疗的发现。5）超高灵敏的细胞脂质组学，获得前所未有的视野脂质的诊断潜力及其在细胞过程中的关键作用推动了下一代脂质组学对高灵敏度的需求。在细胞水平上分析脂质可以深入了解细胞异质性，为单细胞生物学、癌症病理学和临床研究的突破性发现铺平道路。结合布鲁克 nanoElute 2 纳升液相和 CaptiveSpray Ultra 离子源，超高灵敏度的 timsTOF Ultra 可以实现无与伦比的鉴定深度，使研究人员能够深入研究细胞层面脂质组学的复杂世界，揭示脂质与细胞功能之间的复杂关系。发现：MS/MS 全覆盖：PASEF 扫描模式的单次进样可全面覆盖 MS/MS 谱图，深入探索脂质类型提高 MS/MS 谱图质量： 利用 MOMA 淌度分离获得高质量的 MS/MS 谱图，提高脂质注释的准确性和可靠性准确的 CCS 值提高置信度： TIMS 测试得到准确的 CCS 值，增强脂质鉴定的可靠性布鲁克超灵敏度解决方案释放细胞脂质组学的潜力，获得脂质组成和功能前所未有的见解，彻底改变您在单细胞生物学、癌症病理学和临床研究等不同领域的研究。 timsTOF Ultra 和 MetaboScape 分析软件将您的脂质组学研究的灵敏度和准确性提升至一个新的高度，为脂质相关研究的变革性发展铺平道路。