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结构生物学是用物理学方法在原子水平阐明生物大分子的三维结构,进而诠释生物大分子的生物学功能及其分子机制的科学。近几年,冷冻电镜在生物物理,特别是结构生物学领域掀起了一轮新的革命。冷冻电镜技术包括单颗粒技术和原位冷冻电镜技术,2017年单颗粒技术已获得诺贝尔奖,放眼未来,冷冻电镜更多的是要应用于获取细胞和组织样品的原位信息,尤其是利用冷冻电镜电子断层扫描成像技术(Cryo-ET)获得三维图像,将细胞内的生命过程可视化,在原位对生物大分子的结构进行解析,并进一步分析其与所处周围环境之间的相互作用关系,进而阐明其发挥功能的分子机制。蛋白质聚集是许多神经退行性疾病的典型症状,包括帕金森病(Parkinson’sdisease)、亨廷顿病(Huntington’sdisease)、以及肌萎缩侧索硬化症(amyotrophiclateral sclerosis)等,至今为止还没有针对这类疾病的有效治疗方案,因此了解这类疾病的致病机理尤为重要。在细胞内表达这些疾病相关的蛋白会导致细胞毒性以及形成大的胞内包涵体,然而这些包涵体的具体致病机理还不清楚,而且这些包涵体的组成以及其精细的细胞原位结构信息也无人知晓。为了回答这一科学问题,德国马克斯普朗克生物化学研究所Baumeister教授组的研究人员利用先进的冷冻电镜光电关联技术(Cryo-CLEM)、冷冻聚焦离子束切割技术(Cryo-FIB)、以及冷冻电子断层扫描三维重构技术(Cryo-ET),在小鼠原代神经细胞原位解析了亨廷顿基因1号外显子中衍生的多聚谷氨酰胺(polyQ)所形成的包涵体及其微环境的原位精细结构,相关结果发表在2017年9月的Cell杂志。他们发现polyQ包涵体是由淀粉样肽的纤维构成,与细胞的内膜系统特别是内质网相互作用,使内质网膜发生形变并扰乱其组成,还改变了包涵体周围的内质网膜的动态性。该研究结果暗示淀粉样肽的纤维和内质网的异常相互作用导致了蛋白质聚集物所产生的细胞毒性。[align=center][img=,690,424]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2018/11/201811271518599236_8463_3224499_3.jpg!w690x424.jpg[/img][/align]2018年3月,该研究组在PNAS杂志发表在酵母系统内的polyQ原位分子的结构解析,他们发现在酵母细胞内polyQ蛋白聚集体形成了无定形的包涵体以及少量的纤维丝,并使线粒体和脂滴的形态发生变形。对比这两种不同的机体系统下的差异,我们可以看到同样的polyQ蛋白聚集体在不同的环境中采用了不同的构像并利用特定的机制来靶向不同的细胞结构,从而产生细胞毒性。[align=center][img=,690,770]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2018/11/201811271519325828_4209_3224499_3.jpg!w690x770.jpg[/img][/align]另外,2018年2月的Cell杂志报道了该研究组在大鼠神经细胞原位解析了一种重复短肽(poly-GA)蛋白聚集体及其微环境的结构,不同于polyQ形成的纤维状结构,poly-GA聚集体是由平面扭曲的长短不一的丝带状结构组成。poly-GA聚集体大量募集了26S蛋白酶体复合物,而其他生物大分子如核糖体或分子伴侣却被排除在聚集体外部。与poly-GA的直接相互作用使蛋白酶体处于失活状态,虽然在整体水平上细胞内的蛋白酶体表达量没有变化,但有功能的蛋白酶体的数量大幅减少,揭示了蛋白质聚集物所产生细胞毒性的另一原因。[align=center][img=,690,378]https://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2018/11/201811271519469883_8555_3224499_3.jpg!w690x378.jpg[/img][/align]Baumeister教授组是Cryo-CLEM、Cryo-FIB以及Cryo-ET等关键技术方法发展的开拓者和领航者。Cryo-CLEM-FIB-ET即是在整个细胞内定位荧光标记的特定目标分子,观察其动态变化并在感兴趣的时刻进行快速冷冻,然后转移到冷冻扫描电镜利用冷冻聚焦离子束进行光电关联匹配,精确定位目标分子位置并进行聚焦离子束切割产生一层100-200nm厚的切片,最后利用冷冻电子断层扫描成像从原子分辨率上解析其未被破坏的天然原位结构信息。目前冷冻光电关联的一大瓶颈是光镜的分辨率较低,虽然超分辨光电关联技术在飞速发展,但是其缺点如高强度激光照射可能使样品升温,成像速度慢等还需要一一克服。超分辨光电关联令人振奋的一大潜在应用是来精确指导冷冻聚焦离子束切割,使得大的细胞样品中的任何感兴趣目标分子都能被精确定位切割,进而进行高分辨率数据收集。另外,随着技术进一步发展,用高电子密度标签来标记目标分子并在电镜下直接成像也将会成为可能。结构生物学的终极目标是了解细胞生命过程中每一个分子的结构、功能以及它们之间的相互作用,Cryo-CLEM-FIB-ET则是在结构生物学与细胞生物学之间架起的一座桥梁,让细胞内的微观生命动态过程可视化![b]参考文献[/b]1. Bauerlein,F. J. B., et al. 2017. In Situ Architecture and Cellular Interactions of PolyQInclusions. Cell 171(1): 179-187.2. Guo, Q., etal. 2018. In Situ Structure of Neuronal C9orf72 Poly-GA Aggregates RevealsProteasome Recruitment. Cell 172(4): 696-705.3. Gruber, A.,et al. 2018. Molecular and structural architecture of polyQ aggregates inyeast. Proc Natl Acad Sci U S A. .4. Wolff, G.,et al. 2016. Towards correlative super-resolution fluorescence and electroncryo-microscopy. Biol Cell 108(9): 245-258.Oikonomou, C. M. 2017. Cellular ElectronCryotomography: Toward Structural Biology In Situ. Annu Rev Biochem 20(86):873-896.来源:【生物成像中心】
2018年11月19日,南方科技大学冷冻电镜中心揭牌仪式在南科大生物楼举行。2017年诺贝尔化学奖获得者、冷冻电镜技术开创者之一Richard Hendersen,深圳市发改委副主任蔡羽,南方科技大学校长陈十一,中国科学院院士隋森芳等出席仪式。[align=center][img=1.png]https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/b83644de-356d-4e5f-9341-72a1a5e4725a.jpg[/img][/align][align=center]揭牌仪式现场[/align]南科大冷冻电镜中心是深圳市政府出资、我校牵头建设的重大基础科学设施平台,旨在支撑深圳市、粤港澳大湾区及中国南方在生物医药、精准医学、新能源新材料方面的科学研究及产业升级。南科大冷冻电镜实验室拟安装300千伏冷冻电镜6台,200千伏冷冻电镜2台,120千伏电镜2台,共计10台冷冻透射电子显微镜及其它71台/套相关辅助仪器和样品制备设备,全部建成后,将是我国配套最齐全、最先进的冷冻电镜实验室。经过一年多的前期准备工作,目前项目一期的2台300kv冷冻电子显微镜已经完成安装调试,投入使用。冷冻电镜技术改变了许多生物领域的研究方式,使得诸多研究能够快速取得重大突破。冷冻电镜技术已成为结构生物学研究的利器,这项技术克服了生物分子结构解析中的许多难点,被诺贝尔奖官方称为“使得生物化学进入一个新时代”。[align=center][img=2.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/7a1b61e0-a88d-4542-9e00-fb3cdc96a122.jpg[/img][/align][align=center]陈十一致辞[/align]陈十一在仪式上致辞,他代表南科大对与会嘉宾的到来表示欢迎,对深圳市委市政府对南方科技大学冷冻电镜中心的支持表示感谢,同时也对冷冻电镜中心负责人王培毅和工作人员前期的辛勤工作表示肯定。他表示,未来几年,冷冻电镜中心将致力于把基础知识和药物开发结合起来,在深圳的工业发展中扮演重要角色。南科大将以此为契机,秉承和发扬“敢闯敢试、求真务实、改革创新、追求卓越”的创校精神,为深圳市社会和经济的发展继续贡献力量。[align=center][img=3.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/17b55b90-20aa-4b77-85b2-0fddf9d79466.jpg[/img][/align][align=center]Richard Henderson致辞[/align]Richard Henderson在致辞中对南科大冷冻电镜中心的落成表示祝贺,并表示为这个优秀的冷冻电镜中心的建立感到由衷高兴。他指出,南科大冷冻电镜中心落成之后,将会成为全球最大的三个冷冻电镜中心之一,另外两个分别在美国和英国。目前,世界上大概有100个类似的研究机构,南科大冷冻电镜中心落成之后,其研究能力将会达到全球的前5%,对相关科研领域的研究产生更大的影响。[align=center][img=4.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201811/uepic/524b4e7f-e049-43a5-8cb4-e08283ee6ed4.jpg[/img][/align][align=center]蔡羽致辞[/align]蔡羽表示,南科大冷冻电镜中心是生命科学、新材料、新能源领域基础性、关键性的重大科研设施,填补了深圳市、广东省、中国南方地区在该领域的空白,为我市及地区相关领域内的科学研究及产业升级转型提供了支撑平台,希望冷冻电镜中心为深圳市、粤港澳大湾区的产业升级及进一步经济社会全面发展提供新的动力源泉。随后,冷冻电镜中心负责人王培毅、Richard Henderson、蔡羽、隋森芳共同为南方科技大学冷冻电镜中心揭牌。Thermofisher Scientific亚太区材料与科学事业部总经理Marc Peeters、Thermofisher Scientific公司代表Jonathan Jing、中国航天科工深圳航天工业技术研究院董事长崔玉平、中国国际金融集团董事总经理陈十游也在仪式上致辞。南方科技大学第二附属医院、深圳市第三人民医院院长刘磊,加州大学洛杉矶分校教授周正洪,加州大学旧金山分校教授程亦凡,牛津大学教授章佩君等参加了揭牌仪式。冷冻电镜发展国际研讨会也于同日在南科大图书馆111报告厅举行。
“It is very easy to answer many fundamental biological questions you just look at the thing!”——1965年诺贝尔物理学奖得主理查德费曼教授正如费曼教授所言,结构生物学的核心正在于“看清事物”。只要分辨率足够高,能看清诸多生物分子在原子层面上的细节,它们的工作方式也就不言自明了。也正是由于这个原因,从历史上看,结构生物学领域做出的发现,带来了许多生物学突破,也推动了不少创新疗法的开发。[align=center][img=1.png]https://img1.17img.cn/17img/images/201809/uepic/627d0364-d802-4ff4-aedb-9ab7041c7ce9.jpg[/img][/align]在诸多让人类“高清看世界”的技术里,X射线晶体学是生物学家们使用最多的技术之一,也让人类获得了大量生物大分子的结构。但这种方法需要事先获取这种大分子的晶体。尽管许多蛋白质和一些稳定的复合体能产生质量足够高的晶体,但对于膜蛋白或动态的复合体来说,获取晶体就不是那么容易。我们能不依赖于晶体获取,直接“观察”这些大分子吗?自上世纪70年代起,许多先驱尝试使用基于电子显微镜的方法来解决这个问题。最初,它的分辨率并不尽如人意。但经历了40年的发展,冷冻电镜技术取得了突破,一跃成为了结构生物学的主流工具之一,与X射线晶体学形成了完美的互补。单粒子冷冻电镜的诞生事实上,想通过电子显微镜来看清生物大分子,并不是一件容易的事。首先,和通常的照片一样,电子显微镜获取的图像是二维的,而生物大分子的结构是三维的。这一问题通过一个巧妙的方法得到了解决:对于同一个生物大分子,我们可以从不同的角度获取它的二维图片。将这些图片整合到一起,就可以重建出三维的结构。而电子显微镜遇到的另一个问题,曾一度被认为是它的致命硬伤——为了达到最佳效果,电子束必须处于真空环境之中。于是,这些样本也必须位于同样的真空里。对于生物大分子来说,这就造成了严重问题:真空导致的脱水会对样本的结构完整性带来破坏性的影响。从机制上看,用电子显微镜来观察生物大分子就好像是个不可能完成的任务。[align=center][img=2.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201809/uepic/6c051d14-a901-4d11-af98-b62ce330a6df.jpg[/img][/align]▲将样品“冻起来”,可以保留生物大分子的完整性(图片来源:By Vossman , from Wikimedia Commons)1974年发表在《科学》杂志上的一项研究彰显了人类的智慧。在加州大学伯克利分校,还是在读研究生的Kenneth Taylor与其导师Robert Glaeser教授表明,生物大分子的结构完整性,可以通过将它们“冻起来”而得到保留。这一发现在上世纪80年代被Jacques Dubochet教授及其同事们发扬光大,基于这一发现开发的样本制备技术时至今日都没有出现很大的改动。研究人员们也指出了电子显微镜的第三个问题——高能电子束带来的辐射可能会对生物学样本造成破坏,从而限制了电子束的强度。而电子束较弱的结果,便是过低的信噪比。Richard Henderson教授等人提出的一个解决方案,将晶体学中的技术应用到电子显微镜成像过程中。利用电子晶体学(electron crystallography)技术,人们取得了一系列进展,解析出的结构分辨率最高达1.9 埃。[align=center][img=3.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201809/uepic/6ff80f52-36a4-48ec-8bdf-d85e7527975f.jpg[/img][/align]▲三位在冷冻电镜领域做出开拓性贡献的科学家共享了2017年的诺贝尔化学奖(图片来源:The Nobel Prize in Chemistry 2017. NobelPrize.org. Nobel Media AB 2018. Wed. 12 Sep 2018.)而Joachim Frank教授则希望能够规避结晶这一手段来确认蛋白质的结构。他提出,通过对同一种蛋白粒子进行大量的独立拍摄,再通过计算机来整合这些图片,有望能获得高清的结构。这一创新的想法与样本的冷冻制备相结合,成为了如今我们熟悉的“单粒子冷冻电镜”(single-particle cryo-EM)。Frank教授、Dubochet教授、以及Henderson教授三人也共享了2017年的诺贝尔化学奖。[b]结构生物学的新纪元[/b]单粒子冷冻电镜技术为结构生物学带来了新的突破,使其迈入了新纪元。原本难以结晶的目标,其结构也能展现在人类面前,膜蛋白就是这样的例子。在这篇综述中,加州大学旧金山分校的程亦凡教授介绍了冷冻电镜如何协助我们获得了瞬态受体电位(TRP)离子通道的结构。[align=center][img=4.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201809/uepic/b4af6e2b-a106-47b7-bc95-779b43e3ee4a.jpg[/img][/align]▲本篇《科学》综述的作者程亦凡教授(图片来源:程亦凡教授实验室官网)TRP通道超家族分为7大类,在人类中总共有27个成员,每一个通道都有着特定的生理功能,其中一些也有望成为治疗人类疾病的靶点。但除了这些通道里的少数小型结构域外,人们对这些通道的结晶尝试往往以失败而告终,这也限制了对这些靶点的进一步开发。2013年,这一困境迎来了终结。当年,《自然》上的两篇论文利用单粒子冷冻电镜技术,获取了TRPV1离子通道位于三种不同状态下的结构,让我们更好地理解了其“感受热量,激活疼痛通路”的作用。TRPV1结构的获得再次强调了冷冻电镜的巨大潜力——当“获取晶体”这一限速步骤被移除后,我们能够以极快的速度获得膜蛋白的原子结构。据统计,在不到5年的时间里,每一类TRP通道,均有至少1个成员的结构得到了解析。对于大型的动态复合体来说,冷冻电镜更是让原本无法通过结晶获取的结构呈现在了人类面前,剪接体就是极佳的例子。过去,人们要么只能获得其中片段的原子结构,要么只能获得分辨率较低的整体结构。而在单粒子冷冻电镜的协助下,在几年里,我们就获得了剪接体在不同工作状态下的结构,从而拼接出了它工作的完整画面。这在过去是难以想象的。冷冻电镜领域前所未有的发展速度,也吸引了诸多医药企业的关注。它们期望能够应用这一技术,优化药物的发现过程。[b]医药企业的尝试[/b]在去年11月的一篇《Nature Reviews Drug Discovery》综述中,作者Mark Peplow博士为我们盘点了药企在冷冻电镜领域的布局与尝试。对于大型药企来说,在公司内部的建立冷冻电镜能力是其布局的主要方向——基因泰克在组建内部的冷冻电镜团队;辉瑞斥资500万英镑使用新款的冷冻电镜;诺华通过与Friedrich Miescher研究所的合作也构建了自己的冷冻电镜中心。诺华生物医药研究所(NIBR)的蛋白质科学负责人Christian Wiesmann说,他们的冷冻电镜中心已经初见成效。利用冷冻电镜技术,他们获得了一款蛋白与一种小分子结合时的结构,这能指导药物化学的开发。对于另一些药企或生物技术公司来说,他们决定组成联盟,共同使用冷冻电镜工具。这一方面是出于成本的考量,但更重要的是,这种联盟能够促进经验的交流。在英国,剑桥医药冷冻电镜联盟(Cambridge Pharmaceutical Cryo-EM Consortium)就是这样的例子——在5家药企的合作下,这一联盟获得了超过300万英镑的资金,于2016年正式启动。[align=center][img=5.jpg]https://img1.17img.cn/17img/images/201809/uepic/5e19607c-c0eb-4bf4-98ae-c487fb8216b8.jpg[/img][/align]去年5月,该联盟的成员之一阿斯利康发表了一篇论文,揭示了人类突变ATM蛋白的结构。ATM蛋白是一类大型激酶,与DNA的修复有关,在癌症发病中有潜在的作用。而研究人员们获得的结构,其分辨率为4.4埃,足以看清其两个构象,其中一个处于“打开”状态,可以结合底物;另一个则处于“关闭”状态。这些发现带来了该蛋白的首个高清结构,也表明它作为分子开关的重要作用。该联盟的另一个成员Heptares则在探索GPCR的结构。作为一类膜蛋白,它们通常会因为分离过程而失去正常的结构与活性,因此难以通过常规的结晶手段制备样本。但冷冻电镜技术则没有这样的困扰。目前,我们获得的GPCR结构已能让我们看清它们与大型多肽相结合时的结构。它们与小分子结合时的高清结构,会是研究人员们未来的研究方向。[b]冷冻电镜的未来[/b]冷冻电镜领域在过去40年里发生了重大的改变,而这一技术还有不少可以提高的空间。其中的一大关键在于进一步提高分辨率,达到2埃左右,另一大关键在于提高使用的效率。如果我们能够快速获得大批样品的高清结构,无疑将加速这项革命性技术在医药领域的应用。此外,硬件与软件的升级,也将提升冷冻电镜的能力。更好的光学系统、更好的检测器、更好的算法软件,都能让冷冻电镜在现有的基础上如虎添翼。正如一些业内资深人士指出的那样,要实现这样的功能迭代,让冷冻电镜成为新药发现的常规工具,或许还需要5到10年的时间。但对于诸多医药与生物技术公司而言,目前或许是将这一工具整合至研发系统中的最佳时机。