【求助】蛋白组学的LC-MS选择

anna_nrgrl

2008/09/16

私聊

液质联用（LCMS）

我们单位要做蛋白组学，可是自己又是新手，最近一直在联系几个公司想买一台LC-MS, 但是又不知道哪个厂家的最合适。现在可以供考虑的就是：

1）Thermo-fisher （和finnigan是不是一家啊？）
2) varian
3) waters
4) agilent
5) shimadzu

其实如果不考虑品牌，不考虑预算，主要想知道哪一种mass analyser（或者串联的）最适合于做蛋白组学（定性，定量），哪位大虾知道的话告诉我吧。

还有就是：obitrap这种mass analyser的应用主要在哪些方面呢？好像是比较新的技术，成熟么？谢谢了

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风之彩

第1楼2008/09/16

Thermo Fisher和Finnigan就是一家。
蛋白质组学没有做过，但是我想如果你们要做的话，可以查阅相关文献（国外近几年的），看看人家做蛋白质组学用的主导仪器是什么，据我所知用于蛋白质组学的mass analyser有TOF、FT等，如果还要兼顾定量，TOF是不太好的。
Thermo Fisher的obitrap不是很熟悉，不过07年分析化学杂志上有一篇文章不知你看过没有，如果没有，我上传了。
Obitrap国内也已经有了，如果你真有兴趣，可以让Thermo的销售给你他们客户的联系方式，你自己问问看好了，用的好不好，客户是最有发言权的。

分析化学
anna_nrgrl 发表:我们单位要做蛋白组学，可是自己又是新手，最近一直在联系几个公司想买一台LC-MS, 但是又不知道哪个厂家的最合适。现在可以供考虑的就是：

1）Thermo-fisher （和finnigan是不是一家啊？）
2) varian
3) waters
4) agilent
5) shimadzu

其实如果不考虑品牌，不考虑预算，主要想知道哪一种mass analyser（或者串联的）最适合于做蛋白组学（定性，定量），哪位大虾知道的话告诉我吧。

还有就是：obitrap这种mass analyser的应用主要在哪些方面呢？好像是比较新的技术，成熟么？谢谢了

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maldiguy

第2楼2008/09/16

LC-MS还是LC/MS/MS？如果只是LC/MS，是不可以做蛋白质组学的
LC/MS/MS分3种，一种是LC 离子阱型的，一种是Q-TOF，还有就是FT型(包括Orbitrap)
LC 离子阱型的有
Thermo LCQ/LTQ
Bruker HCT
Agilent
ABI Q-TRAP (更适合于定量）
真不记得Waters有类似的仪器，如果忘记，就对不起了
无论哪类仪器，都不不是主流产品，分辨率太差，假阳性率很高

LC-Q-TOF型
ABI Qstar
Bruker micrOTOF-Q
Agilent 6520, ....
Waters Q-TOF
仪器各有千秋，不过更适合做小分子，iTRAQ结果不错，label free也可以
直接那样品去试，比较结果
该类仪器比较适合做精细研究，如基于de novo sequencing的PTM等

LC-FT
Thermo Orbitrap/FT
Bruker FT
Varian FT
Orbitrap没有性价比不错。但也有致命问题，不能做ECD (Top down proteomics)，二级的分辨率和离子阱一模一样，所以de novo 效果不好。
所有的FT都不适合做Label free

关于定量，现在没有比较好的方法，SILAC最稳定，但只能做细胞，Label free最有前途，但对LC的稳定性有较高的要求

anna_nrgrl 发表:我们单位要做蛋白组学，可是自己又是新手，最近一直在联系几个公司想买一台LC-MS, 但是又不知道哪个厂家的最合适。现在可以供考虑的就是：

1）Thermo-fisher （和finnigan是不是一家啊？）
2) varian
3) waters
4) agilent
5) shimadzu

其实如果不考虑品牌，不考虑预算，主要想知道哪一种mass analyser（或者串联的）最适合于做蛋白组学（定性，定量），哪位大虾知道的话告诉我吧。

还有就是：obitrap这种mass analyser的应用主要在哪些方面呢？好像是比较新的技术，成熟么？谢谢了