上样量多少应该由你的实验目的决定。。比如你是想利用SDS-PAGE进行大规模的分级,然后鉴定尽可能多的蛋白,那么就能多上点就多上点,毫克级都没问题;如果你就想鉴定某一个条带是什么蛋白,那么就根据那个蛋白的表达量适度上样,基本上条带肉眼可见就行,这和考染的灵敏度有关系。。
一般是根据条带的深浅决定的,条带深就切少点,条带浅就切宽点。。
我们一般也这么做,但是离心速度可以更高一些,10000RPM,为了出去一些细小的胶颗粒,不用担心肽段损失。。
coffee424907 发表:最近在做1D-SDS PAGE+RP LC+MS/MS,有些问题没整明白:
1-1D-SDS PAGE
1.1 一般用于LC-MS/MS的一维胶上样量大致在什么范围,我看有的文献就上样10微克?关于上样量的多少,需要做完整的PAGE+LC+MS/MS实验流程来看对比效果,最终决定上样量吗?
1.2 考染后切胶时,是按均匀宽度切胶还是根据胶条呈色深浅决定胶条宽度(深色切窄些,浅色切宽些)?
2 RP LC
2.1在色谱上样前一般怎么处理?我是在酶切、冷冻干燥后,得到回收酶切产物,用Loading Buffer溶解酶切产物,3000rpm离心(这个速度足够分离肽段和杂质吗?),取上清(但是一般观察不到沉淀),不知是否有更好的办法?
2.2我按2.1操作后上样,用的柱子是75微米内径、15厘米长、C18、3微米、100埃的RP柱(在RP柱之前有一个2微米的过滤器和一个trap柱),进行样品分析时总是频繁的堵(最长坚持了十几小时,最短的就2、3小时),流动相中水经过0.22微米过滤,有机相用的是Merck原装进口的,我自己估计问题还是在样品方面,不知各位有何建议?