原子吸收光谱分析法有如下缺点:
原则上讲,不能多元素同时分析。测定元素不同,必须更换光源灯,这是它的不便之处。原子吸收光谱法测定难熔元素的灵敏度还不怎么令人满意。在可以进行测定的七十多个元素中,比较常用的仅三十多个。
当采用将试样溶液喷雾到火焰的方法实现原子化时,会产生一些变化因素,因此精密度比分光光度法差。
现在还不能测定共振线处于真空紫外区域的元素,如磷、硫等。
标准工作曲线的线性范围窄(一般在一个数量级范围),这给实际分析工作带来不便。
对于某些基体复杂的样品分析,尚存某些干扰问题需要解决。在高背景低含量样品测定任务中,精密度下降。