数据非依赖采集（DIA）的应用前景

商业噱头而已，到这会儿，计算能力发展到足够高，可以解析DIA的数据，DIA就应运而生了，这个想法在串联质谱诞生不久后大概就有了吧，只是那时候解析能力跟不上
另外，DIA的窗口选择也面临着灵敏度和扫描速率的均衡取舍，而且，目前基本上只能适用用蛋白组，虽然代谢组的DIA也开始发展了，但要困难得多
最后，Reudi不是AB公司的，他是ETHZ的一个教授，iTRAQ也没成组学通用研究方法

多谢大神指出文章中的漏洞，不过iTRAQ难道不是现在最受认可定量蛋白质组学研究方法吗？

而且，公司可以拿很多东西来做噱头，夸大它们的作用，误导用户，但是文章实打实的啊，三篇nature method，而且出自两家不同的公司，这本杂志的论文有这么好发？

额，我不是神马大神。。。

iTRAQ为代表的同位素标记法确实很简便易用，但是技术角度来讲，毕竟多了一个步骤，而且最严重的问题是，不是所有人用得起，Thermo收购Life Tech之后，iTRAQ和TMT的竞争随之消失，对用户不一定是件好事。Label free才越来越流行，但是还有很长的路要走，特别是仪器公司没有钱赚，工业界的研究就少了

文章是铁打的，但是宣传超出文章范围的部分，我就认为是噱头了，特别是相互攻击，觉得自家很牛，别人都是垃圾的部分

当然，我没有要唱衰DIA的意思，只是觉得它没有像某些公司宣称的如何划时代。

很同意您的意见！Natrue method确实非常难以发表，全中国一年发表的量不超过5篇！是Nature系列期刊最难发表的！Reudi教授是

蛋白质组最著名的科学家！AB跟他合作可能也考虑了市场的因素！SWATH确实对于定量蛋白质组是个很好的工具，但是文章的发表绝不是仅仅因为这个方法！SWATH的出现主要是为了防止传统DDA或IDA丢失数据，但是我同样认为不是一个划时代的技术！SWATH确实如剑老师所说只能在灵敏度和速度间取舍，且速度一般最高只能在10Hz！多年前，waters就推出了MSe的方法！在防止数据丢失上SWATH不如MSe！依然存在数据信号丢失的可能！但是MSe产生的数据量实在太大了！近年来对于蛋白质组最具创新的可能就是Orbi技术包括ETD等的出现了！

我觉得SWATH数据处理最大的难点在于母离子与子离子归属问题，需要有一定的参考信息！

为什么SWATH得到的数据量不如MSE呢？分段打碎为什么会丢失数据？为什么扫描速度小于100ms会影响结果？

为什么我总觉得Orbitrap的高分辨率很鸡肋呢？250000分辨率时扫描速度只有1.2Hz，可以说只能做一级谱图扫描，完全不能做DDA。分辨率80000的时候速度只有5Hz多一点（可能有记错），1托4的DDA扫描完全不够用啊，扫描速度增加到8-10Hz的时候，分辨率就已经跟TOF没区别了。现在的代谢组和蛋白质组分析，只有一级结构是远远不够的吧？

其实我的感觉是DIA本质上是一个数据后处理方法，前面怎么做大家都能想得到，关键是数据怎么处理。如果你对比一下2012年那篇MCP和2013年底那篇nature method，就会发现一年多的时间，他们的进步真的不小。

楼上老师说的挺好的！
但Orbi出的三大期刊的文章CNS太多了，呵呵！
当全球主要的蛋白质组科学家很多都去选择Orbi的时候，我想肯定有一定道理！Orbi做蛋白质组也并不是完全以分辨率取胜的！好像没有哪款Orbi的分辨率是25万的，只有Elite是24万，Fusion是45万！
当然，没有哪台仪器是完美的，Orbi，waters，AB，Bruker都有自己的优点和特色！都有一些列发表在CNS的文章！仅仅从几篇文章去判断一个机型的好坏，太片面了！文章与仪器有一定关系，但更重要的是idea！
另外，SWATH是25Da范围内同时采集所有MS/MS数据（四级杆还是需要做选择，选择的过程就会产生数据丢失的可能），MSe是全质量数范围采集MS与MS/MS数据，到底哪个丢失信号的概率大我想很清楚了！waters的这个MSe专利其实是在数据处理方法上，不是仪器硬件本身！SWATH如果用在定量蛋白质组，是个不错的工具！

据我了解，SWATH是同时采集MS&MSMS数据，MSe也是。只不过前者是采取多频段全覆盖的思路，而后者因为技术出来比较早，所以采取了全覆盖的思路。也算是为别的仪器设计思路做了不少的贡献。

存在疑问的是，AB的四级杆存在所谓的“选择的过程就会产生数据丢失的可能”，其他家的为何不存在呢？

其实各家的机器确实各有所长，只是看使用人员的关注度罢了。

应助达人

这个概念头一次听说