iangie
第1楼2022/10/01
第二步完全没必要,甚至是长期祸害衍射数据分析的毒瘤!
造成众多文章中的衍射图谱全是经过这一系列粉饰操作过的衍射谱。实乃“天下苦秦久矣!”
IUCr(国际晶体学联合会)的Journals投稿必须发表原始数据! 上传原始数据的CIF。
最近ACS(美国化学学会)的Journals也要求投稿必须要求上传原始XRD数据的CIF。
寻相,必须用原始数据!寻相,必须用原始数据!寻相,必须用原始数据!重要的事情说三遍!
如果你用的软件不能对原始数据寻相, 那是你用的软件没本事!
如果这个软件不能在寻相的时候识别Kα2, Kβ, WLα, 那是这个软件没本事!
所有对原始数据的平滑、去背景操作都是学术不端,无异于用Photoshop修改SEM TEM照片。
丘狐
第2楼2022/10/02
你说的有一定道理,但也不要这样极端吗,做晶体结构分析和理论研究自然需要原始数据,甚至需要对样品的粉末、测量数据质量都有要求,软件自动寻相也是根据这个条件来的;但现实中遇到的生产问题非常复杂,有的含物相在七八个以上,甚至更多,有的非晶较多、噪音很强,有的是无法研磨的块体材料或薄膜,存在择优、固溶、应力等影响,这个时候是需要对噪音、本底等进行适当处理的,老一辈人从50年代一直研究这个到现在,你倒好一棒子打死了所有人;XRD虽然是用来研究晶体的,但物相定性却不是只针对少量物相的简单体系的,复杂体系时时需要用到对数据的提取处理方法的,所以对于XRD定性的评价不能只从学术出发,复杂体系时软件的自动分析真的常常太“傻瓜”了,甚至完全不能信,而且任何自动的寻相方法得到的PDF卡片都是用来做参考的,目前XRD逐渐扩展到各行各业的生产中了,这样的复杂体系会越来越多的
iangie
第3楼2022/10/03
错了就是错了,错了几十年的事情多了去了。还不认错就注定被时代淘汰。
IUCr 2023在墨尔本会讨论更完善的CIF格式定义,越来越多的杂志会要求上传原始数据CIF。那些改数据的文章没有多少生存空间了。
对原始数据的平滑扣背景无法增加样品信息,有百害而无一利。
是峰还是噪声有严格定义的,高于3σ的多数据点强度才被认为是峰。不需要用户手动去做平滑。
就是某H开头的软件这样写教程,造成小白对原始数据无脑平滑去背景。客观上造成所发表的文章里的XRD面目全非。我还见过无良学者用扣背景功能隐藏无定形相的。。。
你要的复杂工业XRD数据的例子: 水泥样品光是clinker就有十几二十个物相,有些物相的判定就是靠有没有peak shoulder。平滑后的数据完全抹去了这些痕迹,更不要说定量了。物相复杂就可以改数据吗?改了数据可以方便你分析数据吗?
P.S. 看到这贴的版友请注意了,对平滑后的数据进行Rietveld分析会得到完全错误的Rwp和GOF!!!精修结果的误差也是完全错误的!!!
此外对XRPD数据的手动预处理还会造成数据分析的不一致:不同分析人员的处理不一致,同一分析人员对不同样品的分析不一致。。。
综上,原始数据的一切feature都只能解释,不能修改!
以上
丘狐
第4楼2022/10/04
还是那句话,你说的有一定道理,但太绝对。
以平滑处理为例,各类杂志上要求原始数据是应该的,但并非所有高端杂志都这样要求,当然这可能是个趋势,但至少现在并未大面积这样做,而且即便论文作者上传的所谓“原始数据”,就真的能保证没做“任何”处理吗?很多处理眼睛是看不出来的,P.S. 这里的处理不是修改,是为了提取有效信息从而摒弃掉一些干扰,这基本是所有光电信号处理的基本方式,不限于XRD,当然如果你非要寻找极为精细的信息,就像你说的,一丁点的处理都有可能造成问题,但能否平滑得因问题而论是不,遇到精细的问题自然得另当别论。
修改和处理是连个不同的概念,这里的修改是贬义,但处理是带有一定积极意义的,不能一概而论。
此外,目前XRD应用不仅仅局限于搞十分精细的物相分析研究,还有很多很多的科研活动是利用XRD来表征各方面信息,都不允许处理会影响XRD应用范围的,在生产上XRD的应用范围更是常常不针对所有物相,例如只需要3%左右的物相就足够了,不在乎更微量的,正常的平滑处理不仅不影响测量结果,反而能更清晰的辨认背景和强度,有利于提高测量效率节约计算成本。
所以是否对数据进行适当处理,是需要根据实际情况而定,至于小白的胡乱处理,尤其是现在发表论文中的乱象,我也深有体会,很多发表在一区二区的论文,结论都是错的,原因在于对XRD数据结果的认识不够,当然也有一些是胡乱对数据进行处理导致,这方面值得大力呼吁和警戒。
对XRD数据的适当处理是适应时代需要的,我同样相信随着仪器精度的越发提高,软件分析能力的大幅度提升,所谓信号处理会变得一文不值,但未来可期,也得活在当下啊。
P.S. “高于3σ的多数据点强度才被认为是峰”不一定正确,这方面值得深入研究。(P.S.的应用是跟你学的哈哈)
iangie
第5楼2022/10/06
正确与否跟大多数人怎么做没有关系。 我们论坛需要引导正确的数据分析方向。
谁说了用眼睛看了? CIF格式会检查XRD数据的噪声是否符合泊松分布。scaled 和 background substrated 的数据 噪声不再符合泊松分布,无法再精修了。
[div]原文由 丘狐(v3137938) 发表:例如只需要3%左右的物相就足够了,不在乎更微量的,[/div]
哈哈哈,看起来你需要平滑去除那些<3%的小峰。
[div]原文由 丘狐(v3137938) 发表:正常的平滑处理不仅不影响测量结果,反而能更清晰的辨认背景和强度,有利于提高测量效率节约计算成本。[/div]
Again,你从根本上就认为工业分析不需要很精确。。。。这是错误的认识。去除人工扣背景人工平滑的步骤,去除人工干预才是节省成本,提升自动化的方向。高级精修软件例如TOPAS同时精修100+ XRD谱的时间小于一分钟。
[div]原文由 丘狐(v3137938) 发表:这方面值得大力呼吁和警戒。[/div]
呼吁并没有什么卵用。IUCr或ASTM标准直接禁了数据修改(“处理”)才有用。
[div]原文由 丘狐(v3137938) 发表:对XRD数据的适当处理是适应时代需要的,我同样相信随着仪器精度的越发提高,软件分析能力的大幅度提升,所谓信号处理会变得一文不值,但未来可期,也得活在当下啊。[/div]
我们不在一个时代,你看的是历史,我看的就是现在~
P.S.你发的6点心得体会,我只反对其中第2点,其他差不多都是正确的。