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OpenChrom软件使用介绍2_核对检索结果

symmacros

2023/09/01
Chromcycle

气质联用（GCMS）

OpenChrom软件使用介绍2_核对检索结果

上次说过OpenChrom是一款用于色谱，质谱，光谱等数据处理开源软件。可以处理不同仪器厂家的数据格式，支持通用格式。可以用于不同的电脑操作系统，例如windows，macOS，Linux。介绍了初步使用的流程和方法。https://bbs.instrument.com.cn/topic/8254675

本次介绍核对检索结果。

1. 设置NIST数据库

要使用质谱图对比功能，需要一些相应的设置。点击工具栏的Preference或Window菜单下面Preference，进入个性化设置。先把使用NIST search检索设置好，需要事先安装NIST Search软件。在电脑上面找到MSSEARCH Folder文件夹的位置放入。质谱图对比还需要把NIST数据库文件放入（参考上篇）。

路径：

Chromatography/Spectrometry----Identifier>Identifier (MSD)>NIST(extern)-Installation> NIST MSD Import Converter，在NIST文件夹中找到nist.db，打开(O)，apply。

图1 设置NIST数据库

2. 调用Scan Comparison

在工具栏点击Scan，选择Show Scan Comparison。

图2 调用Scan Comparison

或者在工具栏点击Peaks，选择Show Peak Scan Comparison。

图3 调用Scan Comparison

这样Comparison Scan就在右上角显示，数据文件未知色谱峰的质谱图和库里的质谱图对比就出来了。

图4 质谱对比

3. 校验检索结果

点击左上面的peak list的第一个peak峰，则在右上面的质谱图对比出现，可以观察是否匹配良好。同时在左下角可以看到检索的结果，包括化合物名称Dodecane，CAS号码112-40-3，正向匹配度（94.8）及反向匹配度（94.9）等信息。

假如通过对比质谱图，认为dodecane不合适，可以右键点击，选targets>Verity targets uncheck，则这个选项被移去。同样方法移去另外两个dodecane，后面的undecane在第一位，同时在peaks list的best target也改变为undecane。

图5 校验质谱检索结果

图6 校验质谱检索结果

4. 未检索到的峰标记

第四个小峰9.187，没有鉴定出来。可以从中下部scan chart看到有离子m/z43，44，57，71，84等离子，可能是个烷烃类化合物。

图7未检索到的峰标记

启动edit，输入未知烷烃化合物来标记。

图8 编辑化合物

按输入（Enter键）。在Peaks List和上部中间的色谱图上面都变成未知烷烃化合物了。

图7 编辑化合物

5. 编辑peaks list

如果要删去第三个小峰的结果，右键点击此小峰>选择Peaks/Scan>Peak/scan(Delete identification)，即可删掉。

图8 删去结果
Yes，执行操作。

图9 删去结果
这样就删掉了这个结果。

图10 删去结果

6. 导出结果表

右键点击，选select all

图11 选择化合物

然后Export Table Selection>Copy to Clipboard，就可以在excel等软件上面黏贴了。

图12 导出peak list

第二部分完。

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第1楼2023/09/01

应助达人

这是第二部分，第一部分参考https://bbs.instrument.com.cn/topic/8254675。

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