① 没有真核转录后加工的功能,不能进行mRNA的剪接,所以只能表达cDNA而不能表达真核的基因组基因;
② 没有真核翻译后加工的功能,表达产生的蛋白质,不能进行糖基化、磷酸化等修饰,难以形成正确的二硫键配对和空间构像折叠,因而产生的蛋白质常没有足够的生物学活性;
③ 表达的蛋白质经常是不溶的,会在细菌内聚集成包涵体,尤其当表达目的蛋白量超过细菌体总蛋白量10%时,就很容易形成包涵体。生成包涵体的原因可能有是蛋白质合成快速太快,多肽链相互缠绕,缺乏使多肽链正确折叠的因素,导致疏水基因外露等。细菌裂解后,包涵体的离心后的沉淀中,虽然有利于目的蛋白的初步纯化,但无生物活性的不溶性蛋白,要经过复性,使其重新散开、重新折叠成具有天然蛋白构象和良好生物活性的蛋白质,常常是一件很困难的事情。也可以设计载体使大肠杆菌分泌表达出可溶性目的蛋白,但表达量往往不高。