SCIEX QTRAP 5500 BenchMarker标准操作规程

zhangyongmei

2024/10/03

私聊

液质联用（LCMS）

1. 目的

利用BenchMarker做好机器日常状态的监测。

2.实验原理

BG可以监测质谱仪的灵敏度以及LC的分离效率。

3.操作步骤

3.1 MRM-EPI实验

3.1.1 进样2μl,20fmol BG on column，有效梯度45min；

3.1.2 确认方法无误，

nanoflex下选择方法：BG_benchmarker_20f_MRM_nanoflex ch.dam，

ultra下选择方法：BG_benchmarker_20f_MRM_ultra.dan；

3.1.3 建立batch，以日期_20f_MRM_nanoflex(or ultra).wiff文件命名；

3.1.4 提交batch，点击

，开始方法采集。

3.2 EMS-EPI实验

3.2.1 进样2μl,20fmol BG on column，有效梯度45min；

3.2.2 确认方法无误，

nanoflex下选择方法：BG_benchmarker_20f_EMS_nanoflex.dam，

ultra下选择方法：BG_benchmarker_20f_EMS_ultra.dan；

3.1.3 建立batch，以日期_20f_EMS_nanoflex(or ultra).wiff文件命名；

3.1.4 提交batch，点击

，开始方法采集。

4.质量标准与评估

质量指标名称	质量指标	测量方法
MRM最高峰信号强度	Xe5	MRM-EPI实验
MRM峰型	基本对称	MRM-EPI实验
MRM峰宽	15~25S	MRM-EPI实验
最亲水肽段保留时间		MRM-EPI实验
最亲水和最疏水肽段保留时间差	6min以上	MRM-EPI实验
Conf>95%肽段数量		EMS-EPI实验
50%Conf下的序列覆盖度		EMS-EPI实验

5.参考文献及资料

AB SCIEX QTRAP

5500 System Installation Guide

6．注意事项

6.1仪器正常运行时，禁止接触离子源和打开离子源盖，避免受到高温、高压和激光伤害；

6.2 操作过程中根据《华大基因化学品安全手册》（BGI-PI-SOP02-001）要求做好防护措施，防止有机试剂造成危害；

7. 附录

附录A：实验仪器设备

附录B：实验试剂和耗材

附录C：试剂配制方法

附录D：修订记录表

附录A.实验仪器设备

仪器名称	型号	厂家
QTRAP5500	QTRAP5500	AB SCIEX

附录B.实验试剂和耗材

试剂

试剂名称	型号	厂家
乙腈	HPLC 4L	Fisher Chemical
纯水		millpore
甲酸	HPLC 50ml	迪马
Beta-Galactosidase,Digested	72.8μg/vail	AB SCIEX

耗材

耗材名称	型号	厂家
离心管	1.5ml	爱思进
枪头	10μl、200μl、1000μl	爱思进

附录C试剂配制方法

附录1.1储液：向72.8μg Beta-Galactosidase,Digested的瓶内加入625μl的标准稀释液（0.1% 甲酸水），浓度为1pmol/μl,涡旋震荡至少30s，稍微离心使液体至管底，2μl/tube分装后，-80℃保存；

附录1.2终溶液：2μl/tube储液取出后，稍微离心，加入198μl 0.1%FA，涡旋震荡至少30s，离心至少10s使液体至管底，4℃使用，使用时间为3天。