生物信息

日前，中国科学院植物研究所成立了“生物多样性信息学重点实验室”，并与地理信息系统(GIS)技术提供商ESRI公司联合成立“中国科学院植物研究所与ESRI中国(北京)有限公司联合GIS实验室”，双方拟从生态监测、植被制图、GIS生态模型开发、标本信息数据库与信息系统建设以及植物园管理与展示等方面开展合作研究。 　　中国科学院植物研究所马克平所长在出席揭牌仪式时指出，生物多样性信息学是正在兴起的一个新方向，其核心是将信息技术和生物多样性研究结合起来，开发具有互操作性与知识综合能力的信息系统，使相关领域的研究者能够充分利用生物多样性的研究成果，并促进生物多样性保护的发展。 　　植物研究所此次成立的实验室乃国内第一个生物多样性信息学重点实验室。其除了需进一步建立与完善相关数据库和共享平台以外，还将在物种濒危程度评估、物种保护、植物资源的野外调查和利用规划、海量数据挖掘、集成和可视化表达、生物多样性e-Science平台构建等方面发挥积极作用。 　　ESRI中国(北京)有限公司何宁总裁则指出，关注生态环境、关注社会发展是ESRI与生俱来的传统，作为地理信息系统技术提供商，这也是ESRI的“地理责任”。GIS作为一种新的语言，希望能为生物多样性的研究、保护和促进工作提供相关决策支持。

新一轮科技进程给现代农业科学带来深刻变革。基因组、代谢组、表型组、表观遗传组、生物信息学和信息科学的深度融合，为农林业科学研究带来新思路、新技术、新装备，推动农业大数据研究蓬勃发展。为进一步加强我国农林生物信息学领域研究人员的学术交流，促进各单位间的合作，推动全国农林生物信息学的发展，拟定于2023年10月13日至15日在江苏省扬州市召开“第一届全国农林生物信息学学术会议暨中国生物信息学学会（筹）农林信息学专业委员会成立大会”。会议将邀请农林生物信息学及相关领域的著名专家学者作特邀和专题学术报告，组委会诚挚邀请相关领域同行和相关高校、科研院所专家和研究生参加本次大会。瀚辰光翼参加此次大会设立展位，并做学术报告，诚邀各位专家、学者、行业伙伴莅临交流指导！大会信息大会时间地点 ▼2023年10月13-15日扬州会议中心大会主题▼生物信息学与现代农业发展主办单位 ▼中国生物信息学学会（筹）承办单位 ▼农林信息学专业委员会、扬州大学协办单位 ▼植物功能基因组学教育部重点实验室江苏省作物基因组学和分子育种重点实验室生物育种钟山实验室扬州大学智慧农业研究院瀚辰光翼报告信息时间地点 ▼10月14日 11:30-11:50群贤楼（3 号楼）阶梯教室报告内容 ▼《基因分型的工程化实现》大会日程

安捷伦科技生物信息学套装新增整合生物学分析功能 GeneSpring 现可实现通路水平的多组学及新一代测序数据分析 2012 年 3 月 27 日，加利福尼亚州圣克拉拉市&mdash &mdash 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）今日发布了其广受欢迎的生物信息学软件的重要扩展版本 GeneSpring 12.0，该软件的推出使医学研究水平达到一个新的高度。使用新版 GeneSpring，用户可以在熟悉的软件环境中分析新一代测序数据，并可以在通路水平进行跨多组学平台数据的联合分析。 这些新功能是在GeneSpring 之前已有的转录组学、基因组学、代谢组学和蛋白组学的数据分析模块上的进一步扩展。 安捷伦副总裁生物系统事业部总经理 Gustavo Salem 谈到：&ldquo 随着GeneSpring 12.0 的发布，安捷伦再次实现了一直以来的承诺，提供先进的仪器和功能强大的软件，帮助系统生物学研究人员取得研究成果。GeneSpring 生物信息学软件套装集复杂分析、可视化和数据管理于一体，让新一代整合生物学研究成为现实。&rdquo 从现在起到 8 月 17 日截止，所有客户均可免费测试集成了新型通路构建模块（Pathway Architect module）的 GeneSpring 12.0 。 GeneSpring 12.0还包含可以用于新一代测序数据分析的 NGS 模块。NGS 模块经过设计和测试，可与安捷伦 SureSelect 靶向序列捕获平台联用，也可用于不采用靶向序列捕获的新一代测序实验。质量控制（QC）管理工具是 NGS 模块的一个重要组成部分，为研究人员提供了针对靶向序列捕获结果图形化、测序碱基质量、序列比对以及拼接等环节质量控制的工具。GeneSpring NGS 模块中的 DNA-SEQ 工作流程，包括可以用于已知和未知变体鉴定和特征图谱分析、SNP标注、SNP 效应预测、结构变异检测的工具。RNA-SEQ 工作流程，则支持在绝对和相对空间进行 mRNA 特征图谱分析，可以实现基因和剪切变异体的检测和差异表达分析。该工作流程包括用于新基因和外显子检测、基因融合分析以及复杂的统计和通路分析的工具。 安捷伦的全新生物信息学软件GeneSpring 12.0，能够帮助对新一代测序生物信息学没有经验的的生物学家，通过工作流程向导轻松实现测序数据的管理和分析。生物信息学中心也可以使用该软件，简化数据的分组、分类和研究过程。GeneSpring 12.0 还可以结合安捷伦免费的 eArray portal 使用，用户通过简便易用的界面就可以完成定制实验。 整合来自不同组学技术的数据是系统生物学研究的重要组成部分，涉及在相同或非常相近的生物样品中检测不同生物学组分的丰度。研究人员可使用 GeneSpring 通路构建模块对几乎所有的生物学组分进行通路水平的联合分析。这些生物学组分包括转录本、剪切变异体、变异分析得出的受影响基因组合、代谢物以及蛋白质。 GeneSpring 通路构建模块，能够帮助科学家观察和分析人工注释的通路内容。该功能通过WikiPathways公众数据库，来完善建立、注释和查询生物通路方面的信息。用户还可以通过连接另一个公众数据库 BridgeDB ，实现在多个公开和专有注释数据库中进行生物标记物的比对分析。任何单组学实验的原始数据都可以合并到多组学实验当中，通过联合分析，找出在许多生物学过程中均涉及的具备显著统计学意义的通路，例如信号传导、疾病恶化或毒性等。 GeneSpring 12.0 的定制化功能现已支持 Jython 和 R 编程语言。通过嵌入式脚本编辑器，生物信息学科学家可在 GeneSpring 12.0 的编程框架中编写、执行和保存自己的算法和工作流程。 GeneSpring 12.0 由安捷伦与 Strand Scientific Intelligence 公司联合研发，基于 Strand 的 Avadis技术平台，该平台专门为科学家简化和应对复杂的生命科学挑战而设计。 要了解更多有关 GeneSpring 12.0 的信息，包括要参加一系列的免费在线研讨会，请访问 www.genespring.com.cn。 关于安捷伦科技 安捷伦科技公司（纽约证交所：A）是全球领先的测量公司，同时也是化学分析、生命科学、电子和通信领域的技术领导者。公司的 18,700 名员工为 100 多个国家的客户提供服务。在 2011 财政年度，安捷伦的业务净收入为66 亿美元。要了解安捷伦科技的信息，请访问：www.agilent.com.cn 编者注：更多有关安捷伦科技公司的技术、企业社会责任和行政新闻，请访问安捷伦新闻网站：www.agilent.com.cn/go/news。