单细胞基因组学

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  • 单细胞基因组学:通往个体化医疗之门
    图片来源:昵图网   随着第二代测序技术的普及,单细胞测序迎来了迅猛发展。   近日,南方科技大学生物学系副教授贺建奎在美国冷泉港参加了单细胞分析会议后,在科学网博客里写道:&ldquo 这是一个非常令人激动的前沿学术会议,我深深地体会到了单细胞基因组学时代的来临。&rdquo   他对《中国科学报》表示:&ldquo 单细胞基因测序技术的突破,只是开了一个很小的&lsquo 口&rsquo ,&lsquo 口&rsquo 的另外一边,就是一个非常漂亮的世界。&rdquo 他说,单细胞基因组学研究的强劲势头,昭示着人类正逐步迈进个体化医疗时代。   更重要的是,测序技术的发展使基因测序民用成为大势所趋,个人DNA测序咨询服务即是一例。美国路易斯维尔大学研究员徐鑫认为,基于个人基因组DNA信息的健康评估有潜在市场,有可能发展成为一个新兴的庞大产业。   高通量测序的推力   &ldquo 单细胞测序,就好像从太平洋里钓一条小鱼。这在以前是不可想象的,而现在我们技术上已经实现了单细胞测序,可以做很多以前不敢想象的事情。&rdquo 贺建奎表示。   耶鲁大学一篇发表在《遗传》杂志上的文章指出,单细胞基因组学研究,致力于从最小量的样品(终极目标是单细胞)获得全基因组的最大信息,即在全基因组范围内鉴定在不同水平上影响生命活动的基因群的功能和相互作用。在只有或只能用单细胞或极少量细胞的情况下,单细胞测序技术将一展身手。   贺建奎介绍说:&ldquo 高通量测序技术的发展,使单个基因组测序价格降到5000美元。&rdquo   单细胞测序在技术上实现突破,应归功于高通量测序技术。&ldquo 新一代基因分析平台Ion Torrent巴掌大小的芯片上就有上千万个测序微孔&rdquo ,据深圳华因康基因科技有限公司研发部负责人金虹介绍,类似于半导体集成芯片,高通量测序芯片的密度非常高,这样就能实现一次对几十万到几百万条DNA分子进行序列测定,效率非常高。   微流控技术帮了单细胞测序一个大忙&mdash &mdash 减少甚至避免基因污染。贺建奎说,微流控平台提供了一个适于单细胞基因扩增、与反应物充分接触、基因测序的&ldquo 微试管&rdquo ,可以降低单细胞测序的噪声。   他打了个很有意思的比方:&ldquo 就好像我们把小鱼从太平洋赶到小池塘,只需要很少的鱼钩(反应物)就能把它抓到,而且大大减少了&lsquo 误捕&rsquo 的机会。&rdquo   徐鑫认为,基因测序日益便捷,成本不断下降,研究人员都在努力向1000美元即可实现测序单个人基因组的目标迈进,因此基因组DNA测序有可能逐步发展为民用。   目前我国在高通量测序技术上不甘落后。金虹表示,开展研发具有自主知识产权的高通量测序技术,对于我国在这一新兴领域的发展具有重要意义,尽管这个过程可能漫长而艰辛。   基因病变的曙光   测序技术目前已在癌症的诊疗中崭露头角。金虹指出,目前基因测序技术已经在癌症的诊疗中发挥作用,尤其是在靶向药物作用靶点的基因表达水平的检测,能给癌症患者实质性的帮助。   &ldquo 然而,基因测序作为一种工具,目前在民用方面的受惠面还很窄,远远没有发挥它的作用,现阶段主要的用途还是在科研方面。&rdquo 金虹话锋一转,说:&ldquo 不过我们有理由相信,基因测序将会越来越多地向临床应用方向发展。&rdquo   据了解,癌症基因组的最新研究进展表明,癌症本身是一种多基因相互作用和影响的疾病,这正是癌症难以治愈的原因。而了解癌细胞如何在肿瘤内变化以及每个细胞内&ldquo 定居&rdquo 着多少版本的基因,这将有助于癌症诊断。   &ldquo 肿瘤的演化过程是复杂的。&rdquo 贺建奎认为,单细胞基因组学的研究,使人们能够认识癌细胞进化过程的更多细节,&ldquo 比如我们有望通过研究从血液中分离出来的单个游离癌细胞,实现癌症的超早期诊断和治疗的实时监测。&rdquo 他说,借此了解癌症的形成、扩散,可以为癌症的治疗提供更多的借鉴。   例如,近日深圳华大基因的研究人员揭示了癌症并非由常见的突变基因导致,在病人群体中所鉴定的频发突变可能与肿瘤个体无关。因此,在癌症分析和诊断过程中进行个性化治疗十分重要。   不仅对癌症,许多基因病变也可为鉴。贺建奎说,单细胞基因组学的一个功能就是揭示基因病变的根本原因,解开基因治疗的密码,对不同患者对症下药。   2012年,美国科学院院士谢晓亮课题组与北京大学生物动态光学成像中心研究员李瑞强课题组等合作,首次实现了高覆盖度的单个精子的全基因组测序。谢晓亮表示,这项工作构建了迄今为止重组定位精度最高的个人遗传图谱,这一技术方法在男性不育症研究和肿瘤早期诊断及个体化治疗等生物医学领域有着广泛的应用前景。   重新审视生命   &ldquo 尽管单细胞基因组学前景广阔,但并不意味着我们要改造生命。&rdquo 贺建奎说,&ldquo 帮助人们更深刻地观察、重新审视生命的奥秘,是单细胞基因组学研究的要义。&rdquo   一直以来,人体干细胞都被认为是单向地从不成熟细胞发展为专门的成熟细胞,生长过程不可逆转。   而2012年诺贝尔生理学或医学奖获得者,日本科学家山中伸弥和英国发育生物学家约翰· 戈登关于细胞核重编程的研究,彻底改变了人们对细胞和器官生长的理解:他们发现,成熟的、专门的细胞可以重新编程,成为未成熟的细胞,并进而发育成人体的所有组织。   贺建奎认为,通过单细胞测序技术对每个细胞的测序,对比细胞间的差异,就有可能有新的发现,诸如&ldquo 为什么有的干细胞发育成了心脏,有的发育成了手足?&rdquo 此类命题,单细胞基因组学可能会给出不同的答案。   &ldquo 我们通过对人体不同部位的单细胞的测序和基因比对,就有可能解开发育之谜。&rdquo 贺建奎说,单细胞基因测序将取代基因组测序的平均法则,&ldquo 对于每一种疾病,也可以从单个细胞的水平重新认识,从而揭示病变的根本原因。&rdquo   《自然》杂志网站这样评价单细胞基因组学:测序技术的飞速发展和成本大大降低,使得基因组测序成为常规技术。然而,大多数的人类基因组、癌症等研究仍然通过多个细胞抽提DNA进行测序,其中所忽略的细胞间的差异对于控制基因表达、细胞行为和药物反应的问题却有可能是至关重要的。单细胞测序有望成为个体化医疗的重点领域。
  • 单细胞测序,你这么火大家知道吗?---记2015基因组学前沿研讨会之单细胞组学
    最近几年,关于单细胞测序的报道日益增多。事实上,单细胞测序是一个新兴的领域。据了解,单细胞测序萌芽于2010年,13年左右才真正发展起来。2014年,单细胞测序的应用被列为《自然—方法学》(Nature Methods)年度最重要的方法学进展。2015基因组学前沿研讨会将单细胞组学单独列为一个单元,可见单细胞测序在当前基因组学前沿研究中的热度。  本次研讨会上,报告主题涉及单细胞组学领域的报告人,包括美国哈佛大学终身教授谢晓亮博士,美国德克萨斯大学达拉斯分校张奇伟博士,厦门大学杨朝勇博士,中国科学院重庆绿色智能技术研究院王德强博士,北京大学汤富酬博士,美国贝勒免疫研究所林巍博士,华中科技大学宁康博士,南方科技大学贺建奎博士,华中农业大学李响同学等。  事实上,即使是来源相同的单个细胞,由于随机生物过程和环境扰动的原因,彼此在许多方面也存在差异,即细胞的异质性。常见的基因组测序技术避免不了这一现象带来的影响,基于这一原因,研究人员开启了单细胞测序技术的探索之路。此次研讨会的单细胞组学单元中也有多个报告涉及了单细胞/单分子测序技术的最新进展。  其中,谢晓亮教授,于2012年在Science发表的论文中推出了一项新技术,多重退火和成环循环扩增技术(Multiple Annealing and Looping-Based Amplification Cycles, MALBAC)。这项技术能从一个细胞的基因组中,分离出DNA。据了解,这种技术能降低PCR扩增偏倚,使得单细胞中93%的基因组能够被测序。从而使得检测单细胞中较小的DNA序列变异变得更容易,也能够发现个别细胞之间的遗传差异。这样的差异可以帮助解释癌症恶化的机制,生殖细胞形成机制,甚至是个别神经元的差异机制。目前,这项技术已经应用到体外受精以及肿瘤的个性化治疗中。谢晓亮  来自厦门大学的杨朝勇教授,运用液滴微流控技术进行高通量的单细胞检测,包括分离,处理和分析DNA、RNA和蛋白质,这种技术是在微流控芯片上发展起来的一种操纵微小体积液体的全新技术。在传统的液滴微流控技术基础上,将“油包水”改成“油包琼脂糖”,同时杨教授提出了一种琼脂糖液滴微流控技术。这项技术已经成功应用到蛋白结晶、酶分析、化学合成、单分子/单细胞研究等分子与细胞生物学及分析化学研究领域中。杨朝勇  据了解,上世纪90年代已有关于利用纳米孔进行核酸序列识别的报道,该方法存在DNA易位速率过快的问题。中国科学院重庆绿色智能技术研究院王德强博士,正在研发新一代单分子测序技术,在直径小于双螺旋的固态纳米孔中,通过拉伸双链DNA,减慢单个分子的双链DNA的易位速度。王德强  目前,单细胞的RNA或DNA测序方法不允许同时分析转录组和基因组序列。来自深圳南方科技大学的贺建奎博士介绍到,他们利用基于新一代测序技术的策略解决了这一问题。以小鼠卵母细胞为例,这种将单个卵母细胞DNA和RNA测序合并的方法可以达到基因组的高覆盖率和低偏好性转录组的可重复性。这项技术将有助于实现生物学和医学的核目标,即将生理或病理条件下单个细胞的基因型和表型完美地联系起来。贺建奎  从此次研讨会上单细胞组学的热烈讨论中,我们可以感受到,现在是单细胞测序的蓬勃发展阶段,相信在不久的将来,科学工作者们能解释更多的诸如遗传性疾病的成因、癌症恶化机制等问题,为精准医学和个性化医疗等临床应用提供更坚实的理论基础。 编辑:史秀明
  • 中科院基因组学研究揭示膀胱癌干细胞起源
    肿瘤干细胞在肿瘤细胞的发生、自我更新、耐药性和转移中扮演着重要角色。作为泌尿系统最常见的恶性肿瘤——膀胱癌干细胞(Bladder Cancer Stem Cells)的起源和遗传学基础目前仍不明确。  中国科学院生物物理研究所蛋白质科学研究平台抗体工程实验室李翀与中国科学院微生物研究所、深圳大学的研究人员合作,采用单细胞测序技术对肿瘤干细胞进行基因组学层面的探索,并进行了功能性实验验证。  科研人员采用膀胱癌特异性抗体BCMab1与CD44抗体组合,从3份新鲜的膀胱癌组织中分选膀胱癌干细胞(Bladder Cancer Stem Cells)、膀胱癌非干细胞(Bladder Cancer Non-Stem Cells)、膀胱上皮干细胞(Bladder Epithelial Stem Cells)和膀胱上皮非干细胞(Bladder Epithelial Non-Stem Cells),共计59个细胞进行了单细胞MALBAC扩增和全外显子测序。  通过进化分析发现:膀胱癌干细胞起始于膀胱上皮干细胞或膀胱癌非干细胞。对膀胱癌干细胞中发生突变的21个关键基因进行鉴定后发现,有6个基因未曾在膀胱癌中报道(ETS1,GPRC5A,MKL1,PAWR,PITX2,RGS9BP)。ARID1A,GPRC5A和MLL2联合突变可显著增强“膀胱癌非干细胞”转化成“膀胱癌干细胞”能力。  这一研究成果利用单细胞MALBAC扩增技术结合全外显子测序技术详细描绘了膀胱癌干细胞的基因组学概况,实验性证实了“膀胱癌干细胞”起源于“膀胱癌非干细胞”这一科学问题,揭示了人类膀胱癌干细胞起源的遗传学基础,阐明了癌变细胞中关键突变(Driver mutation)如何调控膀胱癌干细胞的自我更新机制,对于人类膀胱癌的防治具有重要意义。  这一研究成果分别以Single-cell sequencing reveals variants in ARID1A, GPRC5A and MLL2 driving self-renewal of human bladder cancer stem cells 和Reply from Authors re: Xue-Ru Wu. Single-cell sequencing reveals variants in ARID1A, GPRC5A and MLL2 driving self-renewal of human bladder cancer stem cells 为题发表在国际泌尿科学学术刊物《欧洲泌尿学》(European Urology)上。前者的第一作者是中科院生物物理所李翀和微生物所杨昭,深圳大学教授吴松是通讯作者。后者的通讯作者是李翀和杨昭。  该研究得到了国家自然科学基金资助。       图示:膀胱癌单细胞水平的系统进化分析。图A:膀胱癌干细胞与膀胱癌非干细胞的进化分析。图B:体细胞突变关键基因。图C:单个细胞体细胞突变频率。

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  • 药物基因组学的应用前景

    药物基因组学是上世纪九十年代末发展起来,基于药理学和基因组学,将传统的药物科学与基因、蛋白、单核苷酸多态性等知识结合起来的一门科学。正因为药物基因组学是研究基因序列变异及其对药物不同反应的科学,所以它是研究高效、特效药物的重要途径,通过它为患者或者特定人群寻找合适的药物,药物基因组学强调个体化;因人制宜,有重要的理论意义和广阔的应用前景。一、促进新药研发 由于药物基因组学规模大、手段强、系统性强,开辟了医药工业研究的新领域,可以直接加速新药的发现。首先药品制造商不仅把注意力放在可能引起疾病的基因上,而且对药物效应基因产生了兴趣,这些药物效应基因为新药研究提供依据。由于新一代遗传标记物的大规模发现,以及将其迅速应用于群体,流行病遗传学也可以大大推进多基因遗传病和常见病机理的基础研究。还可以帮助制药厂商在一些与基因和疾病相关的蛋白质、酶和RNA分子等基础上开发新药,这样不仅促进了药物的发现,还有利于开发出针对某一特定疾病的药物,从而增强疗效,并减少对健康细胞的损伤。对于每一个药物来说大约都有10-40%的人没有疗效,又百分之几的或更多的人有副作用。如果制药公司利用药物基因组学理论可以实现预见结果或筛选人群的话,可以大大增加新药的通过率,也可以对未通过药检的新药重新估价,这些药物中一个经常引用的例子是第一个非典型性抗精神活性药氯氮平(clozapine),在氯氮平的使用过程中,由于1%的病人服药后出现严重的粒细胞缺乏症,因而只有当其它药物使用后无效才使用。但是在粒细胞缺乏症的药物效应基因被确定后,极大地改善了氯氮平的使用,除极少数敏感的病人不能服用此药外,对于99%的病人来说,这一药物是一线治疗药物。在新药的临床试验研究中,如果事先知道人群可能对药物反应的话,如代谢酶的基因型,可以减少参试人群,试验的时间表也可以大大缩短。对药物有效或毒性变异的预测试验中,可用于筛选病人。经过药物效应基因突变筛选的受试者,可以加强临床试验的统计学意义,可以用更少的病例数达到所需的统计学意义,这样可以大大节约时间和费用。 二、用药个体化合理用药的核心是个体化用药。药物基因组学通过对患者的基因检测,如对一些疾病相关基因的单核苷酸多态性(SNP)检测,进而对特定药物具敏感性或抵抗性的患病人群的SNP差异检测,指导临床开出适合每个个体的“基因处方”,使患者既能获得最佳治疗效果,又能避免药物不良反应,真正达到“用药个体化”的目的。 医生在疾病的首次治疗过程中,往往需要临床实验来确定适合病人的药物,而药物基因组学则可以通过分析病人的遗传组成来确定最合理的治疗药物。这样就免去了先期用于药物选择的临床过程及由此带来的可能的副作用,并缩短了病热的康复期。更准确的用药剂量 通过基因组分析可以判断药物在体内的作用效果及代谢时间,并以此来确定不同个体的用药剂量,对比依据体重和年龄的方法,其具有更好的治疗效果,降低了过量服药的可能性。一些临床上经常出现的现象,例如两患者诊断相同、一般症状相同、血药浓度相同,但疗效却大相径庭,这些用传统的药代动力学原理是无法解释的。这时应考虑到与药物作用相关的位点(如受体等)是否发生了变异?是什么水平的变异?药物作用的位点的变异可能发生在基因水平,也可能发生在转录、翻译等水平,基因水平的变异相对比较容易鉴定,研究也表明基因的变异与药物效应的差异是更具相关性。研究基因突变与药效关系的药物基因组学正是适应了这一要求,因此药物基因组学在临床合理用药中的应用前景是非常之好的。将基因功能学用于合理用药,利用药物基因组学的技术和方法增加药物的有效性和安全性,减少不良反应,实现个体化、可预测及可预防的医疗,这就称之为临床药物基因组学。药物基因组学应用到合理用药中,弥补了只根据血药浓度进行个体化给药的不足,惟以前无法解释的药效学现象找到了答案,为临床个体化给药开辟了一个新的途径。这样药物基因组学原理为特定人群设计最为有效的药物,不仅提高了药效,缩短了病程,而且减少了毒副反应和成本,真正达到了“物美价廉”的要求。目前,已经有人将药物基因组学知识应用于高血压、哮喘、高血脂、内分泌、肿瘤等的药物治疗中。如原发性高血压是多因素诱发的疾病,对于许多患者,高血压药物的不同药效和耐受性与遗传变异有关。Ferrari发现,一种细胞骨骼蛋白(cytoskeletalprotein)、内收蛋白(adducin)的基因多态性与高血压的发病、对钠敏感性以及对利尿剂的效果相关。因此在抗高血压治疗需要用利尿剂时,可以对患者预先进行基因检测,以确定是否选择使用此药。通过对β2肾上腺素受体的基因多态性及其对β2肾上腺素受体激动剂的敏感性关系的研究,发现β2肾上腺素受体的基因多态性影响β2肾上腺素受体激动剂福莫特罗(formoterol)的脱敏效果,β2肾上腺素受体激动剂改善肺通气的作用对Gly纯合子个体明显比Arg纯合子个体要强,杂合子个体介于两者之间。 载脂蛋白E(APOE)的基因多态性,影响绝经后妇女用雌激素替代疗法(ERT)时的血脂和脂蛋白的浓度。人群中的APOE有3个等位基因:E2、E3、E4,ERT能使具有E2型基因的妇女血中总胆固醇含量大大高于E3、E4型。提示医生在绝经期妇女中使用ERT时,可事先检测患者的APOE基因,对具有E2型基因的妇女在治疗过程中密切监测甘油三酯浓度。如此,通过对不同个体的药物代谢相关酶、转运因子、药物作用靶点的基因多态性的研究,对突变的等位基因进行分离和克隆,在分子诊断水平上建立以聚合酶链反应(PCR)为基础的基因型分析方法,在治疗患者各种疾病前检测其基因型,更精确地选择适当的治疗药物和合适的剂量以减少不良反应的发生,对患者的治疗具有很大的意义。 随着基因分析技术的飞速发展,越来越多的药物效应的个体差异与基因多态性的关系被阐明,药物基因组学将更广泛地指导和优化临床用药。

  • 【讨论】于军:中国基因组学需加快自主研发和科普教育

    “10年前,我们参与人类基因组计划,完成了1%的工作,其实是‘搭了别人的车’。现在,面对即将到来的基因组学新时代,我们不能再搭别人的车了。”当年曾参与人类基因组计划承接1%测序工作、如今已是中科院北京基因组研究所副所长的[url=http://sourcedb.big.cas.cn/zw/zjrc/brjh/200907/t20090724_2194384.html][color=#800000]于军[/color][/url],对中国未来基因组学的发展和应用前途有点担心。2010年6月26日是人类基因组图谱公布10周年,国内外的一些研究机构都在这一天举行了纪念会。中国科协普及部、中科院北京基因组研究所、遗传与发育学研究所、中国遗传学会等单位也在北京举行了纪念会。会上,于军兴奋地回忆起当年他那个义无反顾的决定:1998年4月一天的早晨4点左右,他正在美国西雅图的家中睡觉。忽然自动传真机响了起来,“我爬起来一看,是邀请我回国工作的,我拿起笔签上自己的名字就传了回去”。这是于军回国工作的起点,也是中国参加人类基因组计划的起点。正是于军带回国内的技术和人才奠定了完成1%任务的基础。他是“1%计划”的“始作俑者”之一。与那时的热血沸腾相比,今天的于军更多了一份冷静与思考。“10年前,测定一个人的基因组,大约花了近10亿美元,用了13年的时间;而现在测一个人的基因组也就1万美元、一周左右的时间。美国现在已研制出第三代基因测序仪,用它测定一个人基因组的费用可降到1000甚至100美元,用时仅需15分钟。”于军说,当第三代基因测序仪广泛应用时,大规模应用基因组技术的“个体化基因组时代”就到来了。“个体化基因组时代”为人类描绘了一个美好的未来:那时,我们可以知道某一种药物为什么会对一部分人有治疗作用而对另一部分人不起作用,甚至起负作用;那时还会针对个体疾病的状态和遗传基础的独特性对症下药;也会针对个体化的药靶研制出个性化的治疗药物和治疗手段……这将是一个巨大的医疗市场。而测定每一个人的基因组本身也是一个大市场。“对于有十几亿人口的中国来说,假如使用美国研制的第三代基因测序仪来工作的话,那要进口多少台?按一个人测序需100美元计算,又要花费多少钱?”于军向记者言及此事,表现出了一种内心深处的忧虑。“中国一定要加快研制自己的DNA测序仪。”据了解,于军团队正与有关单位合作研制第二代和第三代测序仪器。“但我们的力量仍然有限,应该有更多的团队和单位加入到这个行列中来。这是我们迎接基因组学新时代的必要准备。”还有一种必要的准备,那就是做好有关基因、遗传学、基因组学等相关科学的科普宣传工作。“美国人十分重视基因组学的科普宣传。”于军回忆说,当年,美国立项测定人类基因组图谱时,就把这项工作的科普宣传列入了计划。10年前图谱完成时,时任美国总统克林顿发表致辞,电台、电视台现场直播,上万名美国人参加了当时各种各样的庆祝活动。“关于科普的作用,一个明显的例子是对待转基因食品的态度。”于军说,美国人就不像中国人那样对转基因食品“过分惶恐”。因为他们知道转基因食品并不像有人说的那样可怕和有危害。中国在面对转基因食品的问题上,好像是由大众的好恶来决定,而不是由对转基因的科学认识来决定。未来的基因组学时代、个性化基因组时代,我们可能会遇到比转基因食品更棘手的问题:法律问题、伦理道德问题、个人隐私问题等等。“从现在起我们就应该做好基因组新时代的科普宣传,未雨绸缪,为基因组学的发展和应用提供更加广阔的发展空间。”于军如是说。(转自科技日报)

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  • 一直以来,肿瘤免疫治疗致力于如何克服肿瘤免疫逃逸机制,重新唤醒免疫细胞来清除 癌细胞,其中如何帮助 T 细胞克服肿瘤诱导的免疫抑制并实现活化是治疗研究的关键, Berkeley Lights公司开发的LIGHTNING实时单细胞免疫学研究系统针对T细胞表型和细胞因子检测工作流程为研究者们提供了一套全面的单个细胞水平的 T 细胞研究方法。1、结合 MHC Tetramer 技术,该系统上可在微流控环境单细胞水平上标记目标 T 细胞,相对于传统的 FACS 检测对细胞活性的损伤,LIGHTNING 上提供了一种快速、温和的进行抗原 特异性的 T 细胞 MHC Tetramer 筛选方法。2、可以直接检测单个细胞毒 T 细胞表面标志物(CD8+/CD4+/CD137+等)表达水平以及实时分泌的细胞因子(IFN-γ/ TNFα/IL2 等)。3、可以实时对激活状态的细胞毒 T 细胞进行肿瘤细胞杀伤性试验,从而对 T 细胞的细胞毒活性进行在线评估。4、提供了一种简化高效的高亲和力和特异性的 T 细胞受体开发流程,仅仅利用 2 天时间即可在线一体化的完成原来 1-3 个月时间里面完成的特异性 T 细胞高效分选(TCR 筛选)及克隆和功能验证试验,帮助研究者们在最短的时间里面找到理想的可有效结合靶抗原的T细胞抗原受体。5、在免疫基因组学相关的研究方面,该系统可帮助研究者将分析评估后的目的 T 细胞/单个 T 细胞克隆群体选择性的导出用于进行后续的下游测序等实验操作。总的来说,在 T 细胞修饰及 CAR-T/ TCR-T 等细胞治疗技术的相关应用中, LIGHTNING 以单细胞水平研究的方式帮助研究者们将 T 细胞及其受体的改造后的活性功能分析、培养、克隆等工作流程实时高效的开展完成,以数字细胞学的方式大大的加速了整个细胞免疫治疗研究的进程。应用举例LIGHTNING助力 CAR-T,TCR-T 等 T 细胞相关研究转基因 T 细胞靶向治疗肿瘤研究中常见的两种方法是围绕在基因工程 T 细胞中引入 新的 T 细胞受体(TCR)或嵌合抗原受体(CAR)两项。LIGHTNING 实时单细胞免疫学研究系统, 帮助研究者们在单个细胞水平上研究和快速高效的助力 CAR/TCR 载体构建,加速 了 T 细胞基因改造流程。 T 细胞受体改造的 T 细胞过继疗法 TCR-T 在传统的仅增加效应细胞数量的免疫过继治 疗的方法上,是将肿瘤抗原特异性 TCR 基因导入 T 细胞中,从而直接改造 T 细胞结合肿瘤抗原的“接头”TCR,增加效应细胞的特异性使得效应细胞与肿瘤细胞结合的亲和力也大大提高,最终在体外扩增后回输到患者体内进行靶向抗肿瘤治疗的技术。这种通过输注能够识 别特异靶标的基因修饰 T 淋巴细胞,赋予免疫系统以新的自然免疫活性,不仅可以快速杀灭肿瘤,还可以避免传统疫苗和 T 淋巴细胞检查点治疗方法的延迟效应。但目标 TCR 基因治疗的有效率相对较低,研究者们一直把寻找有效的肿瘤靶抗原克隆亲和性的 TCR 受体及 优化 TCR 的转化效率作为研究重点。LIGHTNING 上的 TCR 开发流程极大的简化并改进了现有复杂繁琐的方法,仅仅利用 2 天时间即可在线一体化的完成原来 1-3 个月时间里面完成的特异性 T 细胞高效分选(TCR 筛选)及克隆和功能验证试验,帮助研究者们在最短的时间里面找到理想的可有效结合靶抗原的 T 细胞抗原受体(TCR Candidates), 最终直接关联下游测序流程帮助研究者们后直接获得特异性识别肿瘤抗原的 TCR 序列进行 TCR 药物开发或者用于疫苗研究等。 当然不仅仅是 TCR 开发,LIGHTNING 在其他 T 细胞修饰及 CAR-T 细胞治疗技术的相关应用中都以单细胞水平的研究方式帮助研究者们去将 T 细胞及其受体的改造后的活性功能分析、培养、克隆等工作流程实时高效的开展完成,以数字细胞学的方式大大的 加速了整个细胞免疫治疗研究的进程。
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单细胞基因组学相关的耗材

  • 组织/细胞基因组DNA提取试剂盒
    产品介绍本试剂盒采用具有独特分离作用的磁珠和独特的缓冲液系统,从组织样品中分离纯化高质量基因组DNA。独特包埋的磁珠,在一定条件下对核酸具有很强的亲和力,而当条件改变时,磁珠释放吸附的核酸,能够达到快速分离纯化核酸的目的。整个过程不涉及有机试剂,安全、便捷,提取的基因组DNA片段大,纯度高,质量稳定可靠,尤其适合高通量自动化设备进行自动化提取。 产品特点简便快捷:直接裂解,无需孵育时间,35-60min内即可获得超纯的基因组DNA高通量:可适用于不同通量的自动化仪器进行高通量提取实验安全无毒:无需酚/氯仿等有机试剂纯度高:获得的DNA纯度高,可直接用于芯片检测、高通量测序等实验 应用场景本试剂盒提取纯化的DNA可以直接用于PCR、Real-time PCR、SNP基因分型、STR基因分型、二代测序、文库构建和药物基因组学研究等。 实验案例
  • HS 基因组 DNA 试剂盒,500
    在片段分析仪系统上使用基因组 DNA 试剂盒可以自动评估 gDNA 分子量和完整性。这些试剂盒适用于全基因组测序、宏基因组学和大结构变异分析使用的 gDNA 提取样品的质量控制。它们也适用于降解 DNA 的分析,如福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 样品。使用基因组 DNA 试剂盒分离高浓度 (HS) 和低浓度的 gDNA 样品时,可通过消除稀释步骤简化样品前处理过程。分子量测定范围宽,研究人员可准确测定分子量高达 60 kb 的 gDNA 样品。 较宽的浓度范围 — HS gDNA 50 kb 试剂盒的浓度范围为 0.3 至 12 ng/µL,而 gDNA 50 kb 试剂盒的浓度范围为 25 至 250 ng/µL高灵敏度试剂盒和标准灵敏度试剂盒 — 最大程度减少样品稀释,并根据您的需要选择正确起始浓度范围的试剂盒可靠的分子量测定 — 分子量测定范围从 75 bp 到 60 kb,确保 gDNA 样品准确精密的分子量测定 低样品量 — 仅需 1–2 µL 样品,可最大程度减少 QC 步骤的样品损失
  • 基因组 DNA 50 kb 试剂盒,500
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