【原创】实验室信息化之电子记录和科研

lby213

2010/11/10

私聊

实验室管理/LIMS

做了些年LIMS，现在也在做实验室信息类的工作，不由得有感而发，谢谢斑竹将昨天的帖子置为精华帖。
现在一些跨国的医药公司使用电子记录本，类似日常我们使用的笔记本，不过电子化了，他与LIMS有很大区别，但相符相乘。就想我昨天所说，LIMS在于管理目的，而电子记录系统在于实验室应用与研发，并且对于QA流程，科研论文书写，研究数据整理等等都有好处。
下面我比较下电子记录本（Electronic Laboratory Notebook,后面简称ELN)和LIMS的区别与关系。
ELN，电子记录本，功能是获得实验室数据、谱图、以及你需要的任何实验室数据，文章，图片，然后，在不同的工作需求中，完成我们所需要的文档，并完全电子化，举个例子，编写SOP，完成仪器定期的Validation，方法开发。
编写SOP，SOP的标准流程来源于实验室需要遵循的标准和体系，还有实验室内部的需求，编写过程需要相同的格式，和一些标准话的数据，那么在我们撰写这些实验室文档的时候，LIMS就不擅长完成此类工作了，而电子记录本的话就非常方便，数据库中拥有众多实验室原始数据，谱图等资料，你可以依托这些数据来完成你的工作。
定期的Validation，这种数据也被ELN收集，并作为文档撰写“题材”，直接调取实验室Validation的模板文件，调用需要的数据，完成，简单方便，关键这些系统的数据库存储方式，使以往的数据更易被检索。
研究型实验室的方法开发，也如同上面一样，撰写任何论文和开发报告，都不用各个仪器跑来跑去，截屏，调数据。
试想一下，LIMS是不能完成这些工作的，他的功能在于数据管理，提高效率，通过统计信息增进实验室效益和管理水平。
LIMS：
Order - Testing Job - Create sample - Select Methods - Weight - Create Batch - Instrument analysis - Data capture - Check data - Review data - Create analysis reports - check reports - review reports - finish testing - Send the reports - finish order
以上是一个比较常见的LIMS流程，自己写的，只做一个基本例子。
其中Data capture这一步，LIMS采集的是原始数据中的results，比如说，Aglient gc 的Chemstation 能够导出txt 或csv格式的数据，LIMS一般通过脚本采集这些文件中的component name 并对应结果，记得是amount字段，也可以采集results的单位，以及数据产生时间等。然后将采集后的结果存入数据库，并由相应的report template提取数据于报告中。而ELN中，不会有什么order的概念，只会有一些分类，如测试项目分类，分析方法分类，课题分类，在Datacapture这一步，在以Chemstation的数据为例，ELN的系统，一般会把Chemstation中的每针样品产生的数据都提取到数据库中，包括任何一个原始数据文件，谱图文件。是不适用脚本循环搜索特定采集字段的。当在ELN浏览和使用的时候，通过JCAMP DX（谱学数据交换的国际标准）转换，浏览来自不同品牌仪器的数据和色谱图。撰写报告的时候，多数是按需逐步编写报告，不想LIMS流水线式的报告出具方法。
有些ELN也加入了部分流程管理的功能，其复杂程度远远不及LIMS，毕竟系统应用方面各有侧重。
ELN和LIMS相得益彰，有效结合，正如我前篇帖子所说，现在的LIMS关注仪器原始数据管理太少了，那么通过以上的分析，ELN对于仪器原始数据的采集和管理正好可以弥补了多数LIMS的缺陷。并且QA的相关记录和文档也可以通过ELN来完成，ELN也能够使LIMS的实验室无纸化进程加快，比如说，数据采集后我们需要check data ，这个过程中，是需要浏览对比谱图的，LIMS不会去采集，而ELN系统却可以，以后check data可以同时在电脑上完成，没有必要再LIMS实施很久的情况下，没个样品的谱图还要通过纸张打印出来。
ELN侧重于研究型实验室领域，对流程管理要求不高的小型实验室。
而LIMS侧重于商业性高效率实验室领域，需要的是规模化，流程化管理实验室的许多角落。
今天暂且说这么多，有空再与大家讨论其他信息化工具

分
该帖子已被版主-加10积分，加2经验;加分理由:很久没有看到关于lims主题的原创了。