maldiguy
第4楼2011/03/22
现在的生物质谱包括:
1. MALDI-TOF MALDI-TOF/TOF
主要用于蛋白质组学,是蛋白质组学平台的首选。优势为高通量,劣势为混合蛋白的鉴定能量比较差,翻译后修饰(尤其是磷酸化)鉴定能量差。所以一般要和2D电泳联用。
2 Ion-Trap (包括FT, Orbitrap)
主要用于蛋白质组学、生物制药QC/表征等。优势为分析混合蛋白的能力比较强,最多一个3小时的LC-run能检测到数千个蛋白(假阳性可能比较高)。缺点是通量低(这个通量低的瓶颈的LC部分)。和ETD技术联用,是做磷酸化修饰的利器。
3. QTOF
总的来说,和离子阱功能类似,主要用于蛋白质组学、生物制药QC/表征等。但仪器结构的不一样,决定了其性能不一样。离子阱一级质谱二级质谱都是低分辨的(基本上是同位素分辨),LTQ-Orbitrap一般工作模式下,一级是高分辨,二级是低分辨(MSMS在离子阱里完成),如果一级二级MSMS都在Orbitrap里完成,其灵敏度,扫描速度,分辨率严重下降。而QTOF一级二级都是高分辨,灵敏度差,但对含量较低的离子,其MSMS图谱很差,表现为同样一个混合蛋白样品,离子阱能鉴定到更多的蛋白,而QTOF鉴定到的蛋白比较少,样品复杂程度越高,越明显。所以,个人建议,不要用QTOF作复杂蛋白样品(500个蛋白以上的)和浓度很低的样品。但在生物制药QC和表征方面,QTOF的功能比Ion Trap/Orbitrap强大很多,是蛋白药物表征的首选。
4. QQQ/Q-TRAP
QQQ基本上不能做蛋白鉴定。Q-TRAP蛋白鉴定的功能不及Ion Trap/QTOF。但QQQ/QTRAP定量功能强大。蛋白质组学前期找到了很多所谓的生物标识物,要对这样生物标识物定量,还是需要QQQ/QTRAP。现在QQQ/Q-TRAP在小分子上定量很好,但对蛋白/多肽的定量还有待开发。