省部重点实验室
第1楼2013/01/11
对于你的问题我有如下几点回答,可能有不对的地方,请大家指教:
1、判断标准曲线的好坏最直接的办法就是看R方要大于0.98,越接近于1越好,扩增效率大于80%小于120%,越接近1越好,根据你的A值得出的扩增效率在90%左右可以判断标准曲线是可信的。
2、平台期有下降的趋势可能是机器到后期不稳定造成的,跟体系没关系,不影响最后的结果定量。
3、每个曲线的扩增效率是不准确的,要根据最后得出的标准曲线算出扩增效率,有的机器直接给出,有的需要自己算。
4、你前面几个浓度大的出现CT值太早了,整个梯度稀释的标准品CT尽量控制在15~35之内,待测样品的CT值落在其范围内,这样的结果才会可信。建议前期多做几个浓度梯度,然后舍去不好的点。
另外有个疑问:用双deltCt法有扩增效率么?或者得出扩增效率有意义么?用这种方法的前提就是内参和目的基因扩增效率一本一致就行了,没有标准曲线哪里来的扩增效率呢?
省部重点实验室
第2楼2013/01/11
谢谢你的回复,我用双delt做过一次,应该保证每个样本的扩增效率都一致吧在80%-120%之间吧,只有一致才能用双delt呢。我还有疑问,希望咱讨论一下
1,根据你的A值得出的扩增效率在90%左右可以判断标准曲线是可信的,是不是需要保证每一个孔的扩增效率要保持80%-120%呢?还是根据标准曲线算出来的扩增效率在80%-120%呢?
2,我是用的双标准曲线法,我也觉得前面几个浓度的CT值太小,是我的样品问题,还是浓度太大了?只要保证标准品的CT值在15-35之间就可以吗?
省部重点实验室
第4楼2013/01/11
谢谢1.我用的伯乐的机子。
2.我明白了目的的标准曲线,内参标准品的Ct值范围保证12-18吧,如果满足目的15-35,内参12-18的话,在同一块板上扩增的话,程序条件必定一样,能得出所想要的目的15-35,内参12-18吗?
3.双标准曲线的公式有什么要求吗?比如斜率接近-3.4
省部重点实验室
第5楼2013/01/11
至少CT值的范围是这样规定的,而且好的扩增曲线还有其他的因素,比如标准品的曲线间距的满足条件、平行样的CT相差不能超过1个循环、基线、阈值的设定、NTC是否有扩增、曲线是否为S型等等。自己多看下相关资料吧。有的自己实验室有具体的要求,这个多问下你的老师。
双标曲线的公式斜率是根据扩增效率计算出来的,所以只要扩增效率满足80%-120%之间,斜率就没有问题。具体多少我没有算过,大概在2.9~3.5之间吧。这个数字不是很准,你可以根据计算公式自己导出范围。
1、你用的模板浓度太高了
2、平台期不稳,有下降趋势和试剂有关系。
3、扩增效率算法选择一种即可。