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一则荧光PCR双标准曲线的问题

  • 省部重点实验室
    2013/01/11
  • 私聊

生命科学仪器综合讨论

  • 各位大侠,我刚开始做荧光PCR,用的双标准曲线法,我首先跑了目的的标准曲线,10倍的浓度稀释PCR产物,从10的一次方到六次方,共六个梯度,有几个问题:
    1,其标准方程是Y=-3.431X+18.99,R平方=0.999,这样的标准曲线合适吗?
    2,但是我的扩增曲线感觉平台期不稳定,有的稍微有些往下倾斜,是怎么回事?


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    3。 这是我这次的数值,请各位大侠帮我看一下吧,10倍稀释,A4为稀释10倍,依次F4为稀释10的六次方倍,扩增效率那么大可以吗?双deltCt法要求扩增效率80%-120%,双标准曲线还用看这个扩增效率吗?能给我分析一下吗?

    扩增效率 Ct值 copy值
    A4 SBG1 Standard 10(1) 146.85% 2.02 1e+005
    B4 SBG1 Standard 10(2) 180.09% 4.66 1e+004
    C4 SBG1 Standard 10(3) 150.06% 8.47 1000
    D4 SBG1 Standard 10(4) 197.62% 11.98 100
    E4 SBG1 Standard 10(5) 204.18% 15.59 10
    F4 SBG1 Standard 10(6) 138.77% 19.12 1
    G4 SBG1 Blank 空白对照 186.41% 27.76 0.002765

    4,如上表的CT值符合要求吗?我是做的目的基因的标准曲线,2.02会不会太小啊?
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  • 省部重点实验室

    第1楼2013/01/11

    对于你的问题我有如下几点回答,可能有不对的地方,请大家指教:
    1、判断标准曲线的好坏最直接的办法就是看R方要大于0.98,越接近于1越好,扩增效率大于80%小于120%,越接近1越好,根据你的A值得出的扩增效率在90%左右可以判断标准曲线是可信的。
    2、平台期有下降的趋势可能是机器到后期不稳定造成的,跟体系没关系,不影响最后的结果定量。
    3、每个曲线的扩增效率是不准确的,要根据最后得出的标准曲线算出扩增效率,有的机器直接给出,有的需要自己算。
    4、你前面几个浓度大的出现CT值太早了,整个梯度稀释的标准品CT尽量控制在15~35之内,待测样品的CT值落在其范围内,这样的结果才会可信。建议前期多做几个浓度梯度,然后舍去不好的点。
    另外有个疑问:用双deltCt法有扩增效率么?或者得出扩增效率有意义么?用这种方法的前提就是内参和目的基因扩增效率一本一致就行了,没有标准曲线哪里来的扩增效率呢?

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  • 省部重点实验室

    第2楼2013/01/11

    谢谢你的回复,我用双delt做过一次,应该保证每个样本的扩增效率都一致吧在80%-120%之间吧,只有一致才能用双delt呢。我还有疑问,希望咱讨论一下
    1,根据你的A值得出的扩增效率在90%左右可以判断标准曲线是可信的,是不是需要保证每一个孔的扩增效率要保持80%-120%呢?还是根据标准曲线算出来的扩增效率在80%-120%呢?

    2,我是用的双标准曲线法,我也觉得前面几个浓度的CT值太小,是我的样品问题,还是浓度太大了?只要保证标准品的CT值在15-35之间就可以吗?

    省部重点实验室(gl19860312) 发表:对于你的问题我有如下几点回答,可能有不对的地方,请大家指教:
    1、判断标准曲线的好坏最直接的办法就是看R方要大于0.98,越接近于1越好,扩增效率大于80%小于120%,越接近1越好,根据你的A值得出的扩增效率在90%左右可以判断标准曲线是可信的。
    2、平台期有下降的趋势可能是机器到后期不稳定造成的,跟体系没关系,不影响最后的结果定量。
    3、每个曲线的扩增效率是不准确的,要根据最后得出的标准曲线算出扩增效率,有的机器直接给出,有的需要自己算。
    4、你前面几个浓度大的出现CT值太早了,整个梯度稀释的标准品CT尽量控制在15~35之内,待测样品的CT值落在其范围内,这样的结果才会可信。建议前期多做几个浓度梯度,然后舍去不好的点。

    另外有个疑问:用双deltCt法有扩增效率么?或者得出扩增效率有意义么?用这种方法的前提就是内参和目的基因扩增效率一本一致就行了,没有标准曲线哪里来的扩增效率呢?

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  • 省部重点实验室

    第3楼2013/01/11

    1、我不是很了解你的扩增仪是那个牌子的,我用的机器没有每个孔的扩增效率,只有根据扩增曲线得出的整个反应的扩增效率,可信的结果需要保证扩增效率在80%-120%,所以对于你说的每个孔的扩增效率需要保证在哪个范围内我确实没有什么概念。
    2、我觉得是浓度大的问题,你可以尝试多稀释几个点从浓度最大开始稀释,比如稀释7个点或者更多,选择在15~35循环之内的出现CT值的浓度作为标准品,其他直接舍去,这样做出的结果才可信

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  • 省部重点实验室

    第4楼2013/01/11

    谢谢1.我用的伯乐的机子。
    2.我明白了目的的标准曲线,内参标准品的Ct值范围保证12-18吧,如果满足目的15-35,内参12-18的话,在同一块板上扩增的话,程序条件必定一样,能得出所想要的目的15-35,内参12-18吗?
    3.双标准曲线的公式有什么要求吗?比如斜率接近-3.4

    省部重点实验室(gl19860312) 发表:1、我不是很了解你的扩增仪是那个牌子的,我用的机器没有每个孔的扩增效率,只有根据扩增曲线得出的整个反应的扩增效率,可信的结果需要保证扩增效率在80%-120%,所以对于你说的每个孔的扩增效率需要保证在哪个范围内我确实没有什么概念。

    2、我觉得是浓度大的问题,你可以尝试多稀释几个点从浓度最大开始稀释,比如稀释7个点或者更多,选择在15~35循环之内的出现CT值的浓度作为标准品,其他直接舍去,这样做出的结果才可信

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  • 省部重点实验室

    第5楼2013/01/11

    至少CT值的范围是这样规定的,而且好的扩增曲线还有其他的因素,比如标准品的曲线间距的满足条件、平行样的CT相差不能超过1个循环、基线、阈值的设定、NTC是否有扩增、曲线是否为S型等等。自己多看下相关资料吧。有的自己实验室有具体的要求,这个多问下你的老师。
    双标曲线的公式斜率是根据扩增效率计算出来的,所以只要扩增效率满足80%-120%之间,斜率就没有问题。具体多少我没有算过,大概在2.9~3.5之间吧。这个数字不是很准,你可以根据计算公式自己导出范围。


    1、你用的模板浓度太高了
    2、平台期不稳,有下降趋势和试剂有关系。
    3、扩增效率算法选择一种即可。

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