GCMS数据分析

问题1解决了，我下载的GMD植物代谢组数据库txt格式的，先导入到NIST search 2.0，然后在ADMIS中 转移库中的msi文件到自建的.msl库中，共1100条，花了15分钟，然后AMDIS就可以直接调用自建库了，直接target，不用在发送到NIST库检索。

遇到问题：
target到的质谱太多了，在0.1min内，好多都是重复的，连续重复的，是什么原因？是不是设置的原因？
还有我是用安捷伦6890N-5975B做的，请问这个仪器提供保留指数的结果吗？还是需要自己计算？

不吝赐教

我的设置是：
最小匹配因子(Minimum Match Factor) 设为60 (该软件中匹配因子最高为100) ;每个化合物的多重鉴定(Multiple Identifications Per Compound) 设为选中;检出信号阈值(Threshold) 选为Low;质荷比范围(m/ z) 选为Auto ;离子阱离子数( Ion Trap Ions) 设为50000 ;组分峰宽(Component Width) 设为20 ;相邻峰减除(Adjacent Peak Subtraction) 选为Tow; 去卷积分辨率(Deconvolution Resolution) 选为High ;去卷积灵敏度(Deconvolution Sensitivity) 选为High 或Very High ;峰形要求(Shape Requirement) 先选为Low作分析,再选为High 重复分析。这样的设置有利于从复杂基质成分中探测目标化合物。

我想用保留指数RI做校准，饱和脂肪酸脂作为标准校准品。

不知道 安捷伦6890N-5975B 是否提供保留指数的结果？？

是否可以根据保留时间自己计算？

文献上是将RI标准品（37种饱和脂肪酸脂）融进MSTFA，与样品一起衍生化，这样会不会干扰我的样品结果啊？FAME标准品是混标，有37种物质。。

请问，怎样做保留指数校正是合适的？

问题2：
有些常见的衍生物，谱库里是有的，楼主可以先搜一下。
如果没有的话，也可以自己推算一下，一般化合物衍生前后，裂解的规律是相似的。

应助达人

重复出现，可以选择适当的Amdis参数来减少。6890N-5975B同其它任何气质一样都可以测定保留指数。可以自己计算或用软件来计算。

灵敏度选中，不要选高，复杂峰太多，数据处理量太大，除非你要想检查到非常痕量的物质。

应助达人

我想用保留指数RI做校准，饱和脂肪酸脂作为标准校准品。可以，但Amdis是利用正构烷来计算保留指数。

不知道 安捷伦6890N-5975B 是否提供保留指数的结果？？ 可以在安捷伦的仪器上测定，但须自己计算。

是否可以根据保留时间自己计算？ 可以

应助达人

不会干扰，因为混标和样品的测定是分别两次进行的。