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DM图像标尺批量校正

flyer84

2014/08/08

透射电镜（TEM）

一张完美的TEM图片，不仅需要高的图像质量，还需要有准确的标尺。只有这样，我们才能精确测量，得到真实的数值。由于CCD相机的安装位置和电镜荧光屏与底片盒都不在同一高度，因而放大倍数也不一样。一般来说，对于Gatan的底装相机，其放大倍数是荧光屏的1.3到1.5倍；而对于Gatan的侧装相机，其放大倍数是荧光屏的0.25到0.35倍之间。对于每个放大倍数，这个系数略有差别，但是都会在这个范围之间。所以，我们在相机安装完之后，都会做放大倍数校正。并且理论上，我们是需要对每个放大倍数进行校正的，但实际上，由于电镜本身的放大倍数误差是5%，并且也需要用不同的标样才能完整的校正。所以我们通常只校正其中一部分倍率，其他的就用最近邻的系数来推算，这样最终得到的数据的误差也完全在电镜放大倍数的误差范围之内。Gatan的DM软件用的推算方法是：(1)更小的倍率和更大的倍率都套用最近邻的校正系数，(2)中间未校正的倍率则套用最近邻的两个校正系数平均值。比如说我们校正了2,000X，50,000X和300,000X三个倍率，那么所有小于2,000X的都用2,000X的校正系数，而大于300,000X的就用300,000X的校正系数；而中间的倍率比如100,000X则用50,000X和300,000X校正系数的平均值。

我们可以在DM软件中查看这些校正系数，方法是：菜单栏Microscope—Edit calibration…，如图一。如果我们发现里面的某个倍数的校正系数严重偏离了我们之前说的范围，那么该倍率很可能校正出错，并且其近邻的倍率也会出错。而之前我们又采集了大量的数据，那么我们该怎么来批量校正这些图像呢？

在这里，我写了一个DM脚本，用于离线批量校正DM图片的标尺。其校正方法就是按上面介绍的原理来写的。

使用方法：

（1）首先在电镜上重新标定一套放大倍数校正系数，这样便保证了以后拍的数据没有问题。同时我们也可以用这套系数来校正之前的图片。记下该套系数。

（2）将Batch_Mag_Calibration.gtk文件安装在以下文件夹中：

Win7系统：C:\ProgramData\Gatan\Plugins或者C:\Users\Lucas\AppData\Local\Gatan\Plugins

WinXP系统: :\Program Files\Gatan\DigitalMicrograph\PlugIns

然后重启DM软件，这时在菜单栏中将会发现有Custom--Batch_Mag_Calibration选项

（3）点击该脚本，将弹出图二的对话框。点击setup进入图三界面，将准确的放大倍数系数输入到左框中，通过Up, Down按键将放大倍数按从小到大依次排列。然后关掉图三，在图二中找到要校正的图像文件夹地址，点击OK即可自动批量处理完图像。

PS：如果对DM脚本感兴趣，想学会自己编写的话，就来参加我们的DM脚本培训班，免费的哦！

附件：

Batch_Mag_Calibrate.rar

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洪星二锅头

第1楼2014/08/10

谢谢楼主的分享

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小M

第2楼2020/01/29

应助达人

请问如何获取DM脚本培训班的相关信息呢

0

flyer84

第3楼2020/02/04

已经不在原公司工作了。
对脚本感兴趣的话，可以关注微信公众号DM Script。
小M(mitchell_dyzy) 发表:请问如何获取DM脚本培训班的相关信息呢

0

子兮子兮

第4楼2020/02/20

谢谢，放到我的养马场

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