一次失败定性的起死回生
（气质扫描范围设置不合理对组分谱库检索定性的影响）
前几天前面做另外一些项目样品，是另外一种分析条件，但随后做日化香精时候忘记改到合适分析条件。直到数据采集后发现日化香精样品采集的方法不对，检索匹配不好，甚至有些化合物完全无法匹配。主要问题是设置的扫描范围不对。在处理数据时候犹豫了，重新做就可以避免匹配度不好的问题，但是恰在周末，有点不方便。如果不重做，匹配度不好，对有些组分检索有困难。但时间比较紧，是个问题。但还是先处理了现有数据，先给出结果报告。后来有时间再重新进样在合适的扫描范围采集，做个对比。
两种方法的程序升温，流量都相同。只是扫描范围不同：
方法1：scan range: 50-500m/z
方法2：scan range: 30-300m/z
举例：
下面是9.013分钟的色谱峰和质谱图（方法1）
图 1. 9.013分钟的色谱峰和质谱图（方法1）
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用PBM谱库检索结果如下：
图2. 9.013分钟的色谱峰的质谱图检索结果（方法1）
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从图2可以看出来，根本无法得到理想的检索结果，匹配度太差，几乎无法用。
试试NIST search:
图3. 9.013分钟的色谱峰的质谱图NIST检索结果（方法1）
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看来NIST search结果也是不行，一塌糊地，无法用。因为BPM检索和NIST检索相类似，不奇怪。那还要别的方法吗？放弃？想到还有Amdis，不妨也试试。下面是Amdis检索的结果：
图 4 9.013分钟的色谱峰的质谱图amdis检索结果（方法1）
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没想到得到很好的匹配度：
Net----94
Weighted----94
Simple-----94
Resvers----99
匹配异丙醇（isopropylalcohol）
可以看到反向检索结果居然99。真是没有想到Amdis能得到这样的好结果。
再看看用方法2运行的结果的检索结果。
PBM检索：
图5. 9.013分钟的色谱峰的质谱图PBM检索结果（方法2）
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可以看到较好的匹配异丙醇。
再看看Amdis检索的结果：
图6. 9.013分钟的色谱峰的质谱图amdis检索结果（方法2）
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Net----99
Weighted----97
Simple-----97
Resvers----99
当然匹配异丙醇（isopropylalcohol）结果更好。
从上面看到由于方法1从50m/z开始扫描，损失了50m/z以下离子，导致PBM减少和NIST检索无法使用。但Amdis检索仍然表现优异，得到很高匹配结果。TIC如下图：
图7 TIC标注图
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方法2由于扫描范围比较合适，不论哪种检索结果都比较满意。
因为异丙醇的分子量小，低端离子的丢失对检索结果影响较大。而分子量大的化合物检索，因为大的离子的比例多，而对检索影响较小。例如后面36.1min的dimethyl malonate方法1和方法2的PBM检索结果相差不大。
图8 方法1的PBM检索结果
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图9方法2的PBM检索结果
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从上面看到，对于dimethylmalonate，方法1的PBM检索匹配结果为91，而方法2的PBM检索匹配结果为95，两者相差不大，影响较小。
如果对于较低分子量的化合物，就应该采集到小的离子，以利于得到较好的检索匹配度。大的分子量化合物问题不大。当然对于大分子量的化合物，也要注意分子离子和大的离子足够能够采集到，高端离子采集不到，也会影响检索匹配度，设置不当会得到不准确的结果。
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