森另覆盖率

p 　　今年11月30日，美国食品及药品管理局(FDA)宣布批准了Foundation Medicine公司针对多种实体瘤的NGS体外诊断检测产品——FoundationOne CDx(F1CDx)。这款产品除了可检测324个基因的突变，还可以检测TMB和MSI两个基因组特征，是FDA批准的首款获得突破性认定的癌症NGS体外诊断检测产品，引起了业内人士的极大关注。就在同一天，美国医疗保险和医疗补助服务中心(CMS)还同期颁布了一项针对晚期癌症NGS检测的医疗保险覆盖率(NCD)草案，并发布了相关的拟议决策备忘录，从当日起开始为期30天的公众意见征询。 /p p 　　该草案针对晚期癌症患者进行NGS基因检测的医保范围分为三种途径进行覆盖，包括FDA批准的伴随诊断基因检测 获得FDA批准而没有CDx指示的基因检测，但可以提供生物标志物结果以帮助管理患者的癌症 没有FDA批准，但属于国家临床试验网络研究的基因检测。 /p p 　　对此，行业人士担心，如果针对F1CDx等FDA批准NGS检测的医疗保险覆盖率草案最终确定，很可能会为临床实验室自建项目(LDT)带来不利影响，甚至严重限制晚期癌症患者获得关键检测的机会。 /p p 　　可能大家会产生疑问：为何NGS检测产品的医疗保险覆盖率草案可能成为实验室开展LDT的“绊脚石”?这还要从美国对LDT的监管说起。 /p p 　　作为一种体外诊断(IVD)产品，美国临床病理学会和临床实验室改进咨询委员会对临床实验室自建项目(LDT)的定义为实验室内部研发、验证和使用的体外诊断项目。因此，LDT仅能在研发的实验室使用，可使用购买或自制的试剂，但不能销售给其他实验室、医院或医生。此外，更关键的是，LDT的开展不需要经过FDA的批准。 /p p 　　在美国，临床实验室自建项目由FDA和CMS，分别依据《医疗器械修正案(Medical Device Amendments，MDA)》和《临床实验室改进修正案(Clinical Laboratory Improvement Amendments of 1988，CLIA’88)》共同监管。简单地说，双方分别负责LDT的“放”和“管”，各司其职并协调配合，历经长期探索逐渐形成了高效的“放、管结合”管理模式。 /p p 　　近年来，临床实验室自建项目问题在美国一直处于舆论的风口浪尖。随着LDT的发展，美国FDA开始希望对LDT进行直接监管。这也获得了兄弟机构和国会成员的“鼎力支持”，但却遭到来自美国临床化学协会(AACC)、美国临床病理学会(ASCP)等权威学术组织强烈的反对。 /p p 　　学术组织认为，如果FDA对LDT进行监管，很可能会阻碍具有重大价值的新项目开展，扼杀个体化医疗的创新发展。同时，FDA的监管模式对基因组检测的适用性等问题也是学术组织争议的焦点，因为很多罕见病的基因检测受众太少，很难达到临床性能验证要求而得不到批准，而基因组检测的LDT临床应用和安全性评估因为耗时太长，也无法按照FDA传统的监管模式在上市前完成。 /p p 　　对于近日颁布的草案，目前多个学术机构及LDT开发商已经表示了不满，CMS虽然建议对CLIA认证实验室中的NGS检测进行全面的医疗保险覆盖，但实际上大多NGS检测产品并没有得到FDA的批准或许可，所以该政策的适用对象将非常有限。同时，他们表示，如果将NCD草案与FDA许可相结合，将极度扩大FDA对LDT的监管，最终限制LDT的发展和使用。为此，实验室行业和病理学家组织正在积极地与之抗衡。 /p p 　　一位评论者甚至表示，CMS的医疗保险覆盖标准似乎是为支持Foundation Medicine公司的产品而专门设计的。其他业内人士也表示，如果这些限制性的标准最终确定下来，就会在行业内形成垄断，大大影响那些依赖于当地实验室LDT产品的患者。尽管今年FDA批准了多个基于癌症NGS体外诊断产品，但更多的检测产品还没有得到FDA审批。此外，Foundation公司是利用并行审查路径，使F1CDx同时获得CMS和FDA全国覆盖率的批准。然而，CMS在发布NCD草案时，表示要为整个NGS类别的检测推进“公平”和“可预测”的覆盖范围。 /p p 　　除了怀疑医疗保险的覆盖范围狭窄之外，业界人士也对CMS的三种覆盖途径要求如何与FDA的NGS肿瘤panel中制定的框架保持一致感到困惑。此外，CMS对FDA审批的格外强调已经引起了实验室的注意：当病人或检测不符合NCD中提出的标准时，该草案明确声明，将不涉及NGS检测。 /p p 　　赛默飞世尔科技临床NGS和肿瘤学部门总裁Joydeep Goswami表示：“NCD草案实质上是关闭了作为患者接受NGS检测枢纽的LDTs。基于FDA的批准，以前由医疗保险承包商确定的当地覆盖范围并没有限制NGS检测的覆盖面，但在这份草案中，CMS几乎是在表示完全不覆盖了，对患者来说，对LDT覆盖范围的限制是一个错误决定。” /p p 　　MSK病理科主任David Klimstra也说道：“这实际上剥夺了学术实验室的权利，而学术实验室的大部分研究都用来改善患者护理。CMS可能在提出这些要求时，并不完全了解当前肿瘤研究中进行了多少NGS检测及其标准程度。” /p p 　　美国分子病理学协会专业关系委员会主席Roger Klein也谈道：“我期望CMS能够在草案评论期内听到从业者、专业协会及其他人士的声音，并澄清这些问题。” /p p 　　也许是关注到了这些评论，CMS已经将原定于12月29日截止的公众意见征询延长至2018年1月17日。 /p p 　　满足临床需求是医学检验的存在基础，医学检验的发展离不开LDT，我国卫生管理部门对LDT的监管较国外更为严格。对“萌芽”中的LDT试行过于严格、过度的监管，将可能极大的阻碍了医学检验实验室新方法和新技术的应用及发展 而全面放开LDT注册审批制度和收费管理制度，可能引发各种乱象。或许，我们能够从美国的监管中获得经验，为我国相关的监管部门提供参考信息，制定更为有效的基因检测的监管政策，最终推动个体化医疗的创新发展。 /p p 　　参考资料 /p p 　　1. Lab Industry Says CMS Draft National Coverage Decision for NGS Cancer Tests Bad for Patients /p p 　　2. Proposed Decision Memo for Next Generation Sequencing (NGS) for Medicare Beneficiaries with Advanced Cancer (CAG-00450N) /p p /p

“屏幕上的这些数字是什么意思？”3月4日，在渤海钻探库尔勒公司BHZ80001钻井队施工的博孜101-4井现场，一个个安装在钻井液循环罐上的直读屏引起了记者的注意。“这是渤海钻探自主研发的钻井液位智能监控仪。直读屏上显示的数字是罐内钻井液体积，它不仅可以实时监测采集液量变化数据，而且能自动进行数据分析，判断是否发生井漏和溢流情况，实现声光报警功能。”BHZ80001钻井队泥浆工宋俊青解释。塔里木油区地层压力高、井控风险大。渤海钻探公司为库尔勒公司优先配备钻井液位智能监控仪，实现了由单一人工坐岗向“数字化+人工”坐岗方式的转变。截至目前，渤海钻探公司已在各施工现场推广应用钻井液位智能监控仪172套，应用覆盖率达85%以上。

大家好，本周为大家分享一篇发表在Anal. Chem.上的文章，Alkynyl -Enrichable Carboxyl-Selective Crosslinkers to Increase the Crosslinking Coverage for Deciphering Protein Structures，该文章的通讯作者是中国科学院大连化学物理研究所的赵群和张丽华研究员。化学交联结合质谱技术 (CXMS) 的交联覆盖范围对于决定其破译蛋白质的结构的能力具有重要意义。目前，交联质谱技术中最常用的交联剂的类型为针对赖氨酸侧链的N-羟基琥珀酰亚胺 (NHS) 酯基交联剂。然而，此种交联剂存在一定的局限性，尤其是对于含有赖氨酸数目较少的蛋白质；其他类型的氨基酸残基，如羧基等，也可以进行交联反应，以补充赖氨酸残基的局限性并提高 CXMS 的交联覆盖率，然而，羧基的低固有化学反应活性损害了羧基选择性交联剂在复杂样品中的应用。鉴于此，本文开发了三种具有不同反应基团（如酰肼、氨基和氨氧基）的富含炔基的羧基选择性交联剂，以此提高针对酸性残基的交联效率并实现复杂样品的深入交联分析。文章要点：（1）本工作系统地评估了三种交联剂的交联效率，给出了氨基功能化交联剂 BAP 的最佳反应性。此外，结合BAP交联剂于高效的交联富集策略对大肠杆菌裂解物进行交联分析。在 ≤1% 的错误发现率 (FDR) 下，共鉴定出 392 种蛋白质中涉及到的 1291 个 D/E-D/E 交联。（2） 研究结果显示，BAP 与赖氨酸靶向交联剂具有明显的结构互补性，这提高了CXMS 进行蛋白质结构解析的能力。本工作是羧基选择性交联剂首次实现全细胞裂解物的全蛋白质组交联分析。总的来说，这项工作不仅扩展了一个针对酸性残基的十分具有前途的 CXMS 工具包，同时还为提高羧基选择性交联剂的性能提供了有价值的指导。图1 三种交联剂BHP、BAP和BOP的化学性质。(A) 三功能交联剂的化学结构：两个反应性基团用红色表示，一个可修饰的手柄用橙色表示。三种交联剂的Cα原子之间的最大距离约束利用软件Chem3D 19.0计算得出。(B) 利用软件pLink 2.0分析三种交联剂与蛋白质进行交联质谱实验的MS/MS谱。(C) 三种交联剂的反应效率直方图。(D) 酰胺化反应的机理。图2 三种交联剂BHP、BAP和BOP在BSA蛋白质、六蛋白混合物和E. coli 70S ribosome结构分析中的性能。(A) 三种交联剂与BSA的反应中鉴定出的交联的维恩图。(B) 交联的Cα−Cα 距离分布的直方图，通过映射到BSA的晶体结构来验证。(C) BSA中交联残基分布的二维 (2D) 热图。颜色插入表示交联的距离分布。(D) 六蛋白混合物的环形二维交联图。黑线表示蛋白质内的交联，红线表示蛋白质间的交联。(E) 将交联映射到TXN2 (UniProtID：Q99757，PDB：1W4V)、CA2 (UniProtID：P00921，PDB：6SKS)和E. coli 70S ribosome (PDB：5KCS)的X射线晶体结构上，由BAP（红线）和BSP（黄线）鉴定。图3 基于BAP的交联平台，用于大肠杆菌裂解液的全蛋白质组分析，包括蛋白质复合物交联、点击化学、链霉亲和素富集、分馏和LC-MS/MS分析。图4 通过BAP对大肠杆菌裂解液的全蛋白质组分析。(A)富集前后鉴定的谱图数目的比较。黑色和红色分别对应于常规肽和交联肽的谱图。(B)将由BAP（红线）和BSP（黄线）鉴定的交联映射到蛋白质的X射线晶体结构上。(C)将交联映射到由BAP专门鉴定的蛋白质的X射线晶体结构上。 (D)使用Xplor-NIH软件包对hns (UniProtID：P0ACFID) 和grcA (UniProtID：P68066) 的AF2预测结构进行细化。用BAP和BSP鉴定出的交联分别用红色和黄色标记。在本工作中，作者开发并表征了三种新的可富集的羧基选择性交联剂，它们具有不同的反应基团酰肼、氨基和氨基氧基。其中，氨基功能化交联剂 BAP 对于所有不同复杂度的蛋白质样品均表现出最佳的交联反应活性和鉴定覆盖率。此外，BAP扩展到大肠杆菌裂解液的交联分析与高效的交联富集相结合。本工作首次使用羧基选择性交联剂，以实现全细胞裂解液的全蛋白质组范围内的交联分析。因此，以上所有结果表明，本工作开发的 BAP 是一个很有前途的工具包，可以提高蛋白质结构分析的交联覆盖率。此外，本项工作还可以为提高羧基选择性交联剂的性能提供有价值的指导。参考文献：Gao H, Zhao Q, Gong Z, et al. Alkynyl-Enrichable Carboxyl-Selective Crosslinkers to Increase the Crosslinking Coverage for Deciphering Protein Structures [published online ahead of print, 2022 Aug 29]. Anal Chem.2022 10.1021/acs.analchem.2c02205. doi:10.1021/acs.analchem.2c02205