【求助】求助：waters MS Tune （串连四级杆质谱，empower）

应助达人

以前问过工程师关于调谐的事，工程师说一般的用户都是建议用自动调谐，不建议自己手动调谐（设不好可能会造成不好的后果）。
不过调谐里这些参数能弄明白当然是好事，能进行手动调谐就可以让仪器更加贴近自己的实际需要，说明应用水平比较高，是用的精的表现。

你的问题让我看的有点晕，我不明白你为什么要同时使用那么多的function, 不过还是争取来回答你的问题。
1：Tune的function可以同时显示四个通道，是否每次只能针对一个function优化条件，比如product scan，可以选通道1为351-189，通道2为351-271，调节CE等找到最强碎片离子；是否可以同时选通道3为parent scan。
每次针对一个function优化条件即可。因为有时候不同function是不可能同时实现的。product scan是固定MS1,MS2扫描，parent scan正好相反，怎么同时实现？

2：function中的MS Scan，MS2 Scan是否和LC/MS/MS instrument setup中MS1 Scan，MS2 Scan一致。
是一样的，不同的是，tune时，MS参数可以随时改动，并看到信号的变化，在instrument setup中不一针一针进样，是看不到变化的。

3：Tune function中没有SIR，MRM选项，怎么确定其最佳条件，是否tune的作用就是确定MRM的条件呢（根据product scan）。
tune就是用来优化质谱条件的。根据tune的结果来设定SIR/MRM的条件。

4：在一份资料上我找到Tune常用质量分析器参数设置，包括针对MS Scan，SIR，MRM，Daughter Scan，Parent Scan, Neutral Loss/Gain Scan的参数设置，均有所不同，怎么实现分别优化呢，分别对应什么function呢，特别是SIR，MRM？对于一个物质MS Scan和SIR是否一致？MS2 Scan没有提，是怎样的作用呢，是否选Analyser选项MSMS模式？
每次设定一个function，然后在tune里面优化参数即可。感觉你对各function的功能不是十分清楚。一般来说，如果你要优化定量的条件，你最好在tune里面，用三通接上你的流动相和待测物标准溶液，用MS Scan的模式来选择母离子，优化源参数。然后用Daughter Scan来寻找子离子，并优化碰撞、打碎离子的一些参数。然后到instrument setup中，按照你优化的条件来设定SIR或者MRM的条件即可。Parent Scan, Neutral Loss等都是定性时候用到的，优化参数时也用不到。

5：优化完之后，我保存tune 的参数设置，运行LC/MS/MS（2ng），出来的结果没有MS1 Scan、MS2 Scan（杂乱的一些点）以及SIR（信号在600以下），MRM 有，但是intensity只有6000及16000，product scan提取图中两个子离子强度可达到100000及300000，precursor 有200000。是否因为当时Tune在Analyser选项为MSMS模式，function为product。其实我同时选了 product 351-189，351-271，351-351，parent 189（351）均有信号。原来不经Tune有直接做过，MS Scan 和SIR都有，不知原因是什么。这次与之前条件的区别（根据MS display 的参数显示）就是Collision energy（CE）:原来为2ev，现在为14ev，可能是因为Tune在Analyser选项为MS以及MSMS模式。参考文献检测限可到20pg。
你如果同时使用的功能越多，你的灵敏度肯定就越差，质谱怎么会忙的过来呢？一般来说扫描和选择离子检测不要同时做，不然你的灵敏度肯定不会好的。


6：在LC/MS/MS instrument设置部分的一些参数也会影响数据采集，首先数据格式选择centroid（棒状图）还是continuum（轮廓图）？其次扫描速度，500-5000Da/sec, 怎么选合适的值呢,过大过小有什么问题？
一般扫描都会选择centroid（棒状图），也是我们见得最多的质谱的扫描图谱，就像一根一根棍子一样，是不连续的，一般在发表文章的时候使用较多。但是continuum（轮廓图）不一样，出来的图是连续的，就像色谱图一样，有一个个的峰，可以看出质谱峰的峰形，如是否有分叉等，优化条件的时候可以用。
500-5000Da/sec,应该是最快的扫描速度吧，就是每秒4500Da,如果扫描的速度快，那么在每个m/z上停留的时间就短，相反停留时间就长，那么信号强度就大。在定量时，选择合适扫描速度，其实就是要保证你的样品峰有足够的点数且灵敏度高，当然，质谱扫描速度快的时候，你可以同时检测的离子（对）就多。这也通常是各质谱公司吹嘘自己质谱时的一个亮点。


7：LM/HM resolution的设置在不同function中不同，要调整，但最后参数保存只会有一组数据，LM/HM resolution 1，2怎么同时满足各个不同function的每个peak的FWHM的要求呢？是否不一定为15，浮动范围可为多少呢？
一般是在做校正的时候，通过LM/HM resolution 1，2的设置，使得从低质量端到高质量都满足peak的FWHM的要求，所以LM/HM resolution 1，2可能都不相同，校正后，基本都能满足各个质量数的peak的FWHM的要求了，LM/HM resolution 1，2也可以不必改动了。除非一些特殊情况，如灵敏度太低，可以降低resolution，而如果需要用同位素作为内标的时候，有时候又需要增加esolution，一般是从13-15.

非常感谢您的回答，帮助很大！同时又想到了新的问题。
1.工程师讲解过，讲的听的都糊涂。他同时用了几种function，似乎希望所有值能同时满足不同function要求。比如collision energy不能过，最好parent、daughter都有。不知是否有道理。
2.Scan和SIR\MRM最好不同时做么？想做那么多因为检测生物样品中活性物质，样品难得，量少，希望得到更多信息。如果影响大还是要分开做了，因为活性物质含量也很低。是不是Scan后有部分离子被“拉”去检测了，也会影响SIR，再影响MRM的intensity？
3.把$$lc流动相和标准品溶液combine，再tune，应该是更准确吧，我发现这样出来的峰飘来飘去，不很稳定（syringe 10ul/min, $$lc 200ul/min）,不知道是不是有问题。
谢谢您！比较惭愧，不是学分析或化学的，不懂得很多。

1.工程师讲解过，讲的听的都糊涂。他同时用了几种function，似乎希望所有值能同时满足不同function要求。比如collision energy不能过，最好parent、daughter都有。不知是否有道理。
这种情况也是有的,就是要在证明你的子离子是由这个母离子产生的时候,比如做一些结构鉴定的时候,同一张图谱上面,既要有母离子又要有子离子,特别是在写文章的时候,所以collision energy能量不能太过.当然这只是我个人的理解.

2.Scan和SIR\MRM最好不同时做么？想做那么多因为检测生物样品中活性物质，样品难得，量少，希望得到更多信息。如果影响大还是要分开做了，因为活性物质含量也很低。是不是Scan后有部分离子被“拉”去检测了，也会影响SIR，再影响MRM的intensity？
首先你要明白scan和SIR/MRM的区别在哪里.质谱在某一个时间点只能通过一个m/z的离子通过,scan是一段时间内,依次允许你设定的扫描范围的m/z的离子通过,SIR时只允许一个m/z的离子通过,MRM时允许你设定的几对离子通过.你想,检测的离子越多,某一个m/z允许通过的时间就少,自然灵敏度就会收到影响了.

3.把$$lc流动相和标准品溶液combine，再tune，应该是更准确吧，我发现这样出来的峰飘来飘去，不很稳定（syringe 10ul/min, $$lc 200ul/min）,不知道是不是有问题。
那是你的喷雾条件没有设定好,导致喷雾不稳定,加了流动相后,源温和雾化气温度/流量等都要适当提高,当然你在优化这些参数的时候,不仅要看信号的强度,还有看信号的稳定程度.

非常感谢您！