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【求助】关于DNA合成及OPC纯化

  • 宁夏恋冰
    2010/03/14
  • 私聊

分离/萃取

  • 本个刚接触DNA合成方面和工作,不太了解合成原理以及OPC纯化,哪位高手帮助解答下!
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  • rigmarole

    第1楼2010/04/06

    难得分析论坛里有做DNA合成的
    DNA合成原理:现在已经发展出来的oligo DNA的化学合成方法有:磷酸二酯法,磷酸三酯法,亚磷酸三酯法,固相合成法,自动化法等。目前引物合成基本采用固相亚磷酰胺三酯法。亚磷酰胺三酯法合成DNA片段,具有高效、快速偶联以及起始反应物比较稳定的特点。该方法是在固相载体上完成DNA链的合成的,合成的方向是沿待合成引物的3‘端向5‘端合成,相邻的核苷酸通过3‘→5‘磷酸二酯键连接。
    第一步 脱保护作用:三氯乙酸(TCA)处理,脱去预先连接在固相载体(CPG)上核苷酸5’-OH的保护基团DMT,获得游离的5’-OH;
    第二步 偶联反应:合成DNA的原料(亚磷酰胺保护的核苷酸单体)与活化剂四唑混合,得到核苷亚磷酸活化中间体,它的3’端被活化,5’-OH仍然被DMT保护,与溶液中游离的5’-OH发生缩合反应;
      第三步 带帽(capping)反应:缩合反应中可能有极少数5’-OH没有参加反应(少于2%),用乙酸酐(AC)和N-甲基咪唑终止其后继续发生反应,这种短片段可以在纯化时分离掉;
    第四步 氧化作用:在氧化剂碘的作用下,亚磷酰形式转变为更稳定的磷酸三酯。
    经过以上四个步骤,一个脱氧核苷酸被连接到固相载体的核苷酸上。再以三氯乙酸脱去它的5’-OH的保护基团DMT,重复以上步骤,直到所有要求合成的碱基被接上去。合成过程中可以观察TCA处理阶段的颜色判定合成效率。通过氨水高温处理,连接在CPG上的引物被切下来,通过OPC, PAGE等手段纯化引物,成品引物用C18浓缩、脱盐,测定OD260定量
    OPC纯化: OPC纯化是根据DNA保护基(DMTr基)和Cartridge柱中树脂间的亲合力作用的原理进行纯化目的DNA片段。OPC法纯化的DNA纯度大于95%(个资料提供的数值并不均一)。适用于40mer以下引物的纯化
    想必这些楼主现在对DNA合成与纯化这块了解应该都很多了吧。

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  • rigmarole

    第2楼2010/04/06

    我也是刚刚接触这行不久的,希望以后有机会交流学习

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