2005/12/19
关于二维谱处理，资料中心有一篇ROESY实验参数，可以参照处理COSY、NOESY 不过有个指令dpn10没搞明白，我用的dconi显示图谱
2006/01/12
[quote]原文由 [B]xiangziholy[/B] 发表: 我的常用参数及步骤 COSY: 作氢谱，选好谱宽输入movesw,gCOSY,改ni=200or256,设定nt NOESY:作氢谱，选好谱宽输入movesw,测90度脉冲，输入NOESY, ni=400, gain=38,nt? HSQC:作氢谱，选好谱宽输入movesw,测90度脉冲，输入HSQC, ni=256, gain=38, d1=2, nt=? HMBC: 作氢谱，选好谱宽输入movesw,测90度脉冲，输入HMBC, ni=400, gain=38, d1=2, nt=?[/quote] 1. 以下两种应该也有梯度场, 输入: gHSQC, gHMBC 2. 注意 以上两者所测 90 度脉冲是 H 而不是 C. 3. 另外, 有时可以考虑给仪器热身一下, 例如定 ss=32
2006/08/23
很多时候取决于具体的样品吧。 以小蛋白为例，~10kDa, 1mM。 HSQC: 首先你要保证一维谱图足够清晰。nt>4, 一般你要保证s/n足够大。dsn会告诉你sn的值。我用的是500MHz, sn>70, 300MHz, sn=70*(300/500)^3/2. 对于溶剂峰，可以考虑用watergate除去。 j1xh可以去查，N-H ~95Hz, Ca-Ha 140Hz, 剩下的自己google一下吧。 混合时间=ni/sw1, 如果你需要indirect dimension很精确的话，就要设置ni比较大。 一般蛋白的混合时间〉10ms, 大蛋白由于驰豫的原因，混合时间更短。 拿到数据后，我一般用nmrPipe去处理，linux下的免费软件，很好用。通过zero filling 和 应用 window function, 可以有效的增加解析度。另外如果你只进行F1维FT变换，可以看到你在F2维，fid是否衰减到0。根据这个你可以决定增减ni.
第4楼2005/12/19
忘了几个参数
我的常用参数及步骤
NOESY:作氢谱，选好谱宽输入movesw,测90度脉冲，输入NOESY, ni=400, gain=38,nt? mix=0.5-0.8(根据论坛里的文章，分子量小于400或600的小分子设定mix=0.8左右，大分子mix=0.5or0.6)
HSQC:作氢谱，选好谱宽输入movesw,测90度脉冲，输入HSQC, ni=256, gain=38, d1=2, nt=?
j1xh是根据分子结构查参考文献的，默认值140，我一般不改的，对于五元芳杂环设定j1xh=160-200，如果氨基酸之类修改j1xh等于H-N耦合常数和其他参数可以得到H和N的HSQC图
第7楼2006/01/12
1. 以下两种应该也有梯度场, 输入: gHSQC, gHMBC
2. 注意 以上两者所测 90 度脉冲是 H 而不是 C.
3. 另外, 有时可以考虑给仪器热身一下, 例如定 ss=32
第8楼2006/08/23
很多时候取决于具体的样品吧。
以小蛋白为例，~10kDa, 1mM。
HSQC: 首先你要保证一维谱图足够清晰。nt>4, 一般你要保证s/n足够大。dsn会告诉你sn的值。我用的是500MHz, sn>70, 300MHz, sn=70*(300/500)^3/2. 对于溶剂峰，可以考虑用watergate除去。
j1xh可以去查，N-H ~95Hz, Ca-Ha 140Hz, 剩下的自己google一下吧。
混合时间=ni/sw1, 如果你需要indirect dimension很精确的话，就要设置ni比较大。 一般蛋白的混合时间〉10ms, 大蛋白由于驰豫的原因，混合时间更短。
拿到数据后，我一般用nmrPipe去处理，linux下的免费软件，很好用。通过zero filling 和 应用 window function, 可以有效的增加解析度。另外如果你只进行F1维FT变换，可以看到你在F2维，fid是否衰减到0。根据这个你可以决定增减ni.
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