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【求助】请教用质谱的方法进行DNA点突变的分析

生物质谱

  • 大家好

    最近在做DNA点突变的研究,由于基因很大,有七十几个外显子,如果一一扩增测序的话成本和时间上都不划算.

    所以在考虑能否用质谱的方法,或者其他什么分析的方法先进行下初筛。

    和标样比较,如果看到了某个峰有异常的话,再专门扩增这个外显子去测序

    外显子一般200-300bp。

    想请教大家,不知道用质谱的方法可不可以?另外,国内有哪里用质谱进行DNA序列的研究的吗?

    我知道用MALDI-TOF-TOF这个进行SNP的研究,但是对于我们这个200-300bp来说量程上就太小了。

    期待大家的回答~~~~
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  • 去年冬天

    第1楼2011/05/25

    国内有哪里用质谱进行DNA序列的研究的吗?
    复旦大学有这方面的研究。

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  • xxqu0516

    第2楼2011/05/25

    谢谢您的回复~~ 不知道具体是复旦哪里呢?

    另外这种方法到底可行吗?没有人做过这方面的尝试吗?

    去年冬天(7336167) 发表:国内有哪里用质谱进行DNA序列的研究的吗?
    复旦大学有这方面的研究。

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  • 去年冬天

    第3楼2011/05/25

    http://bbs.instrument.com.cn/shtml/20110525/3326550/
    可看看上面资料。

    xxqu0516(xxqu0516) 发表:谢谢您的回复~~ 不知道具体是复旦哪里呢?

    另外这种方法到底可行吗?没有人做过这方面的尝试吗?

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  • monod

    第4楼2011/05/25

    查下相关文献就知道大致哪些人在做了。应该还是蛮多的。不过这个分子量太大了,8k以下还可以试着做。可以考虑在其他的平台上尝试下。和ABI(不是AB Sciex)联系下看看。

    xxqu0516(xxqu0516) 发表:大家好

    最近在做DNA点突变的研究,由于基因很大,有七十几个外显子,如果一一扩增测序的话成本和时间上都不划算.

    所以在考虑能否用质谱的方法,或者其他什么分析的方法先进行下初筛。

    和标样比较,如果看到了某个峰有异常的话,再专门扩增这个外显子去测序

    外显子一般200-300bp。

    想请教大家,不知道用质谱的方法可不可以?另外,国内有哪里用质谱进行DNA序列的研究的吗?

    我知道用MALDI-TOF-TOF这个进行SNP的研究,但是对于我们这个200-300bp来说量程上就太小了。

    期待大家的回答~~~~

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  • maldiguy

    第5楼2011/05/26

    如果只想找SNP位点,一般的MALDI-TOF就可以了
    现在sequenom在国内推广得不错
    其他MALDI-TOF平台也可以做,但数据分析上有麻烦
    但200个BP,分子量60k以上,做起来就麻烦了

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  • xxqu0516

    第6楼2011/05/27

    对于ESI-FTICR模式呢?我看了文献貌似是可以的

    另外,请问对于核酸来讲,质荷比怎么计算呢?LC-MS的量程在2000一下,我们可否多加些电荷而达到量程要求呢?
    附件中有两篇这方面的文章,不知道哪位有兴趣帮我再探讨探讨~~~

    monod(monod) 发表:查下相关文献就知道大致哪些人在做了。应该还是蛮多的。不过这个分子量太大了,8k以下还可以试着做。可以考虑在其他的平台上尝试下。和ABI(不是AB Sciex)联系下看看。

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  • xxqu0516

    第7楼2011/05/27

    我们不是找SNP,是找未知的点突变,所以Sequenom貌似是不可以的
    听说LC-MS可以试试,理论上讲是可以的,但是操作起来貌似还有些问题......

    maldiguy(maldiguy) 发表:如果只想找SNP位点,一般的MALDI-TOF就可以了
    现在sequenom在国内推广得不错
    其他MALDI-TOF平台也可以做,但数据分析上有麻烦
    但200个BP,分子量60k以上,做起来就麻烦了

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  • maldiguy

    第8楼2011/05/27

    LC-MS除盐太难了(PCR反应用到很高浓度的盐,对质谱很高)
    而且PCR产物在一般C18柱上保留很差,需要用三乙胺或者其他离子对试剂等来增加保留时间,这些东西的存在,会影响核酸的电离

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