多糖结构（肝素，依诺肝素，硫酸软骨素）

多糖分析还是挺容易的，毕竟样品多。我做的糖肽就TMD太矫情了，比多糖多一个维度的复杂，连离子都打不出来。。。

依诺肝素钠由分子量不同的糖链组成，是一种“混合物”，有没有可能在把某些特征糖链标记出来，然后挨个分析每条特征糖链的组成：组成糖链的单糖的结构及单糖排列顺序？

混合物的话LC能分的呀

楼主的意思是分析多糖的单糖组成和这些单糖的连接顺序与方式？
提供质谱分析蛋白质氨基酸组成和氨基酸连接顺序的分析思路，希望对你有帮助。
对蛋白质的鉴定和氨基酸连接顺序采用多级质谱MSn技术。
大体是蛋白质或者多肽经过一级质谱过程被选定后经过一些碰撞过程（CID,HCD或者ECD）后变成更小的碎片离子，这些碎片离子经过2级质谱过程检测，从二级质谱选定的碎片离子再次经过碰撞诱导解离过程（CID)变为更小的离子，经过3级质谱检测。。。。依次类推，一般2级质谱就可以分析肽段的氨基酸组成了。
在肽段中的氨基酸与氨基酸在多级质谱中碰撞断裂一般在肽键附近。根据断裂位置，肽段碎片有a-x，b-y，c-z三对六种离子。解析的过程就是在二级质谱或者更高级质谱中识别这些离子（非常变态的活），对照氨基酸的分子量表格（解析的时候要减去18），把这些碎片离子一个个拼起来，这个过程非常耗费时间和感情。不过蛋白质组学现在有现成的搜索和计算软件，比对解析非常快！
所以生物质谱除了考虑一般质谱的性能要素外，一般要还要考虑多级质谱能力和扫描速度。
多糖中单糖之间糖苷键断裂方式应该更复杂，希望楼主好运。有好的结果可以和大家分享啊。

谢谢啊，有空多交流。

JACS AC上有不少这方面的文章啊，楼主可以去看看。。。

eg.
Analysis of Heparan Sulfate Oligosaccharides with Ion Pair-Reverse Phase Capillary High Performance Liquid Chromatography-Microelectrospray Ionization Time-of-Flight Mass Spectrometry
http://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/ja0178867?prevSearch=Analysis%2Bof%2Bheparan%2Bsulfate%2Boligosaccharides%2Bwith%2Bion%2Bpair-reverse%2Bphase%2Bcapillary%2Bhigh%2Bperformance%2Bliquid%2Bchromatography-microelectrospray%2Bionization%2Btime-of-flight%2Bmass%2Bspectrometry&searchHistoryKey=

我公司也做依诺肝素钠 各种做不出来啊 ，那个结构label 不出来啊 怎么办

小分子肝素都不好做的，比想象的复杂多了
如果不做衍生，根本无法用常规LC分离，用石墨柱分离的效果不好
如果做AA或者AB衍生，又怕有副反应
而且，要知道糖型，需要很深厚的糖化学基础