关于离子阱质谱的Iso Width参数

Iso Width这个参数是各品牌的通用参数还是某个品牌的特定称呼？

一般意义上，没有同位素的话设定宽度为1就好了，有同位素的情况下，可设定3或者5甚至7个 质荷比宽度

应助达人

Iso Width 的全称应该是 Isolation Width 即“隔离宽度”。

要做二级质谱，首先要选择母离子，然后才能使母离子碎裂得到子离子。
在选择母离子的时候，就需要明确“选择”的宽度，是为隔离宽度。
举个例子，一级质谱全扫描发现一个 m/z 300 的东东，想看看它的二级质谱。
那么在选择 m/z 300 这个母离子的时候是选择 299.5-300.5 宽度是 1 ，还是选择 299-301 宽度是 2 ，还是选择 298-302 宽度是 4 ？这里的 1、2、4就是隔离宽度。

一般的单位质量分辨的质量分析器（例如四级杆、离子阱），由于分辨率的关系，设置隔离宽度为 1 或者更大的数值。对于高分辨的质量分析器，可以设置隔离宽度小于 1 ，例如 0.1、0.01，实现精确的质量选择。

我是不是可以理解为，如果是离子阱与FT的串联质谱，我应该设为1或者更大的数值？

前面解释得很好。最后一段有问题。
isolation width的设置是根据样品分子量来决定的，分子量越大，这个width越宽，因为分子量大的时候，其他同位素峰的含量越来越高(主要是C13引起的)。比如，分子中含有10个C原子(不计算其他元素)，质合比121的峰的强度是质合比120的10倍，如果width设置为1，灵敏度下降10%以上。如果含有50个碳原子，质合比601的峰的强度是质合比600的2倍，如果width设置为1，灵敏度下降60%以上。

将宽度设为1，只让单同位素的峰过去，图谱比较简单
设为2或者3，二级灵敏度比较高

我的经验是，对于四级杆质谱，包括线性离子阱，Iso Width小于1太多会极大的降低灵敏度，如果你有用0.1 Iso width的经验，欢迎分享
即使是高分的质谱仪，在做母离子分离的时候，仍然是用电场激发的，而不是一个计算机控制的精准切割，类似于一个模拟信号，iso width设置成1，不代表1.1处的杂峰一定不会被选中。Iso width选得太低，基本没有母离子能被选中激发。0.5的时候的灵敏度比1.0要低好多，很容易就可以用实验证明。。
有些仪器，可能比1更高才能达到比较好的效果，比如Orbitrap的HCD..

应助达人

我没有用过 0.1 Iso width 的经验。我只是说高分辨的质量分析器可以提供更小隔离宽度的选择（至少是可能性），至于真的选择了很小的隔离宽度会怎样，我想不同的质量分析器会有不同的结果。

对于四级杆或者离子阱这类利用四级电场选择和过滤离子的质量分析器来说，选择母离子的确不是一个精确的切割，你的说法是对的，这从马修方程的稳定图上就可以看出来，我在仪器上也确实验证了这一点，Iso width 选得低会显著降低灵敏度。

对于你说的Orbitrap，我有一点疑问：Orbitrap是高分辨的质量分析器，但是，Orbitrap里面可以做碎裂的吗？我所知道的是LTQ-Orbitrap，碎裂是在LTQ里面实现的，而LTQ是单位质量分辨的。在我看来LTQ-Orbitrap有点像IT-TOF，一个单位质量分辨的离子阱加一个高分辨的质量分析器。

高分辨的质量分析器，举个例子：扇形磁场质量分析器，如果两个扇形磁场串联，我觉得很容易就可以实现母离子的精确质量选择，当然，灵敏度是要受影响的。再举个例子：飞行时间质量分析器，只要离子聚焦足够好，门控时间足够短，实现母离子的精确质量选择也不是难事。

我只是一个质谱的使用者，而不是研究者和开发者。我的希望是：能够在不降低灵敏度的前提下，实现精确的质量选择。

我悄悄地告诉你们，做discovery的时候，选1amu的window会导致灵敏度非常低。Nature method经常使用的是2~5u的窗口，才能保证离子被选择进来。

如果要使用high resolution，往往需要使用slow heating的技术，也就是很慢的分离过程。

而且更加搞笑的是，通过生物信息学分析，我们发现很多window之外的母离子在高通量的设置下也会像鬼一样的进入到MS2的谱图中。。。有的会超出 窗口几个Da