仪器信息网APP
选仪器、听讲座、看资讯

外源基因在大肠杆菌中的表达

  • 省部重点实验室
    2012/10/02
  • 私聊

生命科学仪器综合讨论

  • 一、通过聚合酶链式反应(PCR)将靶基因亚克隆到质粒载体上

    (一)PCR引物设计的基本原则与PCR反应组分和条件

    1. PCR引物设计的基本原则

    1)引物与靶基因间配对的碱基一般为15-20

    2)引物碱基尽可能随机分布,避免出现嘌呤、嘧啶堆积现象,引物G + C含量宜在45-55%左右。

    3)引物内部不应形成二级结构,两个引物之间尤其在3’末端不应有互补链存在。

    4)引物的碱基顺序不应与非扩增区域有同源性。可用计算机进行辅助检索分析。

    5)引物3’末端一般以单个CG结尾。



    2. PCR反应组分和条件

    PCR反应体系一般选用50 μl体积,其中含有:

    10×Reaction buffer5 μl

    2个引物,各12.5-25 pmol (终浓度各0.25-0.50 μmol/L)

    4种底物(dATP + dCTP + dGTP + dTTP),各200μmol/L

    模板DNA100 ng左右

    Taq DNA聚合酶,2.5-3 U



    PCR反应条件一般为:

    194,5分钟

    294变性30-60秒

    (3)50-55℃退火30-60秒

    (4)70-72℃延伸30-60秒

    (5)72℃5-10分钟

    共进行25-35次循环。循环是步骤2)和(4)
  • 该帖子已被版主-zhang8826857加1积分,加2经验;加分理由:鼓励在本版块发帖交流
    +关注 私聊
  • 省部重点实验室

    第1楼2012/10/02

    (二) 质粒DNA的小量制备

    1、传统方法

    1)用灭菌牙签挑单菌落于3 ml LB培养液中,37℃培养过夜。

    2)在每个EP管中倒入1 ml 左右的过夜培养物,6,000 rpm 离心1分钟以收集菌体。

    3)将菌体重悬于100 μl 4℃预冷的溶液I中,并加入200 μl新配制的溶液II, 盖紧管口,快速颠倒离心管6-7次,然后,冰浴5分钟。

    4)加150 μl 4℃预冷的溶液III, 倒置5-6次以混合内容物,然后,冰浴5分钟。

    512,000 rpm 离心10分钟后,小心吸取上清至另一EP管中。

    6)加2倍体积的无水乙醇,振荡混合,并在室温放置5分钟。

    712,000 rpm离心5分钟后,移去上清,并用70%乙醇漂洗DNA沉淀。DNA沉淀自然干燥,并溶于20 μl 双蒸水或1×TE缓冲液 (10 mmol/L Tris, 1 mmol/L EDTA, pH 8.0) 中。

    2. Promega公司Wizard Plus小量DNA纯化方法-离心方案(适用于产品A1330A1340A1460A1470

    112,000 rpm离心1分钟,以沉淀1-10 ml过夜培养物。

    2)用250μl Cell Resuspension Solution充分悬浮大肠杆菌细胞。

    (3)加250μl Cell Lysis Solution,倒置5-6次混合。

    (4)加10μl Alkaline Protease Solution,倒置5-6次混合,室温放置5分钟。

    (5)加350μl Neutralization Solution,倒置5-6次混合。

    (6)室温,最高转速离心10分钟,回收上清。

    (7)将离心柱插入收集管中。

    (8)将上清倒入离心柱中。

    (9)室温,最高转速离心1分钟,倒掉流穿液,将离心柱重新插入收集管中。

    (10)加750μl Wash Solution(加乙醇),最高转速离心1分钟,倒掉流穿液,将离心柱重新插入收集管中。

    11)重复步骤(10)(用250μl Wash Solution)。

    (12)室温,最高转速离心2分钟。

    (13)将离心柱插入一个无菌的1.5 ml微量离心管中。

    (14)在离心柱中加50-100μl Nuclease-Free Water,室温,最高转速离心1分钟。

    (15)DNA溶液保存在-20℃备用。

0
    +关注 私聊
  • 省部重点实验室

    第2楼2012/10/02

    () 质粒DNA的中量制备

    1. 100 ml 100 μg/ml 氨苄青霉素的LB培养液中加入1 ml pET-15b/Novablue甘油菌,37培养过夜;

    2. 4, 4,000 rpm离心10分钟以收集菌体;在菌体用3 ml 溶液 I (50 mmol/L 葡萄糖,25 mmol/L Tris, pH 8.0, 10 mmol/L EDTA, pH 8.0) 充分悬浮后,加入6 ml 溶液II (0.2 mol/L NaOH, 1% SDS),并倒置混合,冰浴5-10分钟;

    3. 加入4.5 ml 溶液III60ml 5 mol/L 乙酸钾,11.5 ml 冰乙酸和28.5ml水),轻摇混合,冰浴10分钟;

    4. 4℃,12,000 rpm 离心20分钟,小心吸取上清至另一个50 ml离心管中;加入0.6倍体积的异丙醇,混匀,室温放置10分钟;

    5. 室温,10,000 rpm离心10分钟以沉淀DNA

    6. 在沉淀用70%乙醇漂洗,自然干燥,并溶于0.3 ml TE (10 mmol/L Tris, 1 mmol/L EDTA, pH 8.0) 缓冲液中,然后转入EP管中;

    7. 加入等体积的5 mol/L LiCl, 室温,10,000 rpm离心10分钟以沉淀大分子RNA分子;

    8. 回收上清,加入等体积的异丙醇,室温放置10分钟,12,000 rpm 离心5分钟以沉淀DNA

    9. DNA沉淀用70%乙醇漂洗,然后,自然干燥;

    10. DNA沉淀溶于200 μl50-100 μg/ml RNA酶的TE缓冲液中,在37℃保温30分钟;

    11. 加入等体积的13% PEG8000/1.6 mol/L NaCl, 室温放置5分钟;12,000 rpm 离心10分钟以沉淀DNA

    12. 小心移去上清,DNA沉淀溶于200 μl TE (pH 8.0) 缓冲液中,并用酚-氯仿-异戊醇(25:24:1)抽提一次;小心将上层溶液转移到一个干净的EP管中,并加入0.1体积的3mol/L NaAc (pH 5.2)2倍无水乙醇,混匀,-40℃放置30分钟;

    13. 12,000 rpm 离心5分钟以沉淀DNADNA沉淀用70%的乙醇漂洗,自然干燥,并溶于100 μl TE 缓冲液中。最后,用1%的琼脂糖凝胶电泳对DNA进行定量和纯度鉴定。

0
    +关注 私聊
  • 省部重点实验室

    第3楼2012/10/02

    (四)DNAPCR产物或质粒)的酶切

    1. 一般在15-20 μl体积中酶切0.2-1 μgDNA,可根据实际情况,按比例放大酶切反应的体积和DNA的量。

    2. 一般用7-8 u的限制性内切酶酶切1 μgDNA,酶:DNA的比率应小于25u/μg,以防止star activity

    3. 限制性内切酶一般保存在50%的甘油中,而大于5%的甘油可能会引起star activity或抑制酶切反应。因此,在酶切反应体系中,甘油的浓度一般应小于5%,也就是说,限制性内切酶的体积应小于酶切反应总体积的1/10

    4. 对于双酶切反应,可考虑在同一种缓冲液中进行,一般要求任一一种限制性内切酶的活性不低于其最大活性的50%

    5. 酶切反应的时间一般为2-3小时。如果酶切不完全,可适当延长酶切反应的时间。



    五)从琼脂糖凝胶或PCR反应物中回收DNA (用Promega公司的Wizard SV Gel and PCR Clean-Up System—适用于产品A9280A9281A9282

    1. 从琼脂糖凝胶中切下含DNA的胶条,并放入一洁净的EP管中。按每10 mg胶条加10 μlMembrane Binding Solution,漩涡震荡,并在50-60保温直到胶条完全溶解;对于PCR反应物,可直接加等体积的Membrane Binding Solution混合。

    2. SV 微柱插入收集管中,并将上述溶液加入SV微柱,室温放置1分钟。

    3. 10,000 g离心1分钟,丢弃流穿液,重新将微柱插入收集管中。

    4. 700 μl Membrane Wash Soluton10,000 g离心1分钟,丢弃流穿液,重新将微柱插入收集管中。

    5. 500 μl Membrane Wash Solution 重复步骤410,000 g离心5分钟。

    6. 小心将微柱插入一洁净的EP管中。

    7. 在微柱中加50 μl Nuclease-Free Water,室温放置1分钟,10,000 g离心1分钟。

    8. 丢弃微柱,将DNA储存在4-20

0
    +关注 私聊
  • 省部重点实验室

    第4楼2012/10/02

    (六)PCR产物或DNA酶切片断与质粒载体的连接

    1. 常规方法

    一般在10μl反应体系中,加酶切并回收的质粒载体50-100 μg左右及1 μlT4 DNA连接酶(3-5 u/μl),按PCR产物DNA酶切片断摩尔数与载体摩尔数比约为3:1的比例进行连接。连接反应在13-16℃保温过夜。



    2. 快速连接方法

    可以通过连接Kit进行。例如,对于Takara公司的连接Kit,可在载体与插入片段的混合液(5 μl中加入5 μl Kit溶液,16 ℃保温2小时即可。



    (七)大肠杆菌感受态细胞的制备

    1. 单菌落接种于3 ml LB培养液中,37℃过夜培养。

    2. 2 ml 过夜培养物接种于200 ml LB培养液中,并且,当37℃培养至OD6000.4左右时,转移至250 ml离心管中,立即冰浴30分钟。

    3. 4℃,3,600 rpm离心10分钟,弃上清,加4℃预冷的0.1 mol/L CaCl2溶液10 ml, 轻摇以充分悬浮细胞。

    4. 转移至 50 ml 离心管中,在4℃,3,500 rpm离心7分钟,小心弃上清。

    5. 5 ml 预冷的0.1 mol/L CaCl2 ,轻摇离心管以充分悬浮细胞;冰浴2小时后,加4℃预冷的80%甘油至终浓度为15%,混匀分装,并保存于-70℃。

    (八)用质粒或连接产物转化大肠杆菌感受态细胞

    1. 常规方法

    一般用2-3 μl连接反应物与200 μl 大肠杆菌菌株感受态细胞混合,冰浴30分钟;42℃热激90秒,冰浴2分钟;加0.5-0.8 ml LB培养液,37℃,150-200 rpm振荡培养60分钟;低速离心以沉淀细胞,并移去大部分上清;用移液器吹吸混匀细胞,在9 cm 直径的平板涂布100-200 μl 细胞悬液,并在37℃保温过夜。

    2. 快速转化方法

    2-3 μl连接反应物与200 μl 大肠杆菌菌株感受态细胞混合,冰浴10分钟,42℃热激90秒,冰浴2分钟,然后涂布在含有适宜抗生素的平板上。



    (九)转化子的筛选和鉴定

    1. 通过Promega公司pGEM-T Vector System的蓝/白斑筛选

    1)在含有适当抗生素90 mm LB琼脂平板中央滴加40 μl 2% X-gal(用二甲基甲酰胺配制)和7 μl 20% IPTG.。如用150 mm平板,则加100 μl 2% X-gal 20 μl 20% IPTG

    2)用涂布棒使溶液均匀地分散在整个平板的表面。然后,在37保温1小时,使全部液体消失。

    3)将pGEM-T Vector--插入片断连接反应物转化的大肠杆菌细胞涂布在上述平板的表面,37保温过夜。其中,白色菌落表明:细胞中的质粒含有插入片断;蓝色菌落表明:细胞中的质粒不含有插入片断。



    2. 转化子质粒DNA的酶切鉴定

    用灭菌牙签挑单菌落于3 ml含有适宜抗生素的LB培养液中,37振荡过夜培养。吸取1 ml过夜培养物进行质粒DNA的小量抽提,用限制性内切酶酶切检验质粒DNA中是否有插入片断。



    3. 以菌落为模板的PCR鉴定

    用灭菌吸头挑取少许单菌落细胞,点在PCR管的底部。然后,加入其他PCR组分,进行正常的PCR反应(其中,PCR循环前的反应参数为:95保温10分钟),以检测菌落细胞质粒DNA中是否有插入片断。

0
猜你喜欢最新推荐热门推荐更多推荐
举报帖子

执行举报

点赞用户
好友列表
加载中...
正在为您切换请稍后...