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结构文件相关

X射线衍射仪（XRD）

  • 请问从Findit导出的cif文件load进Topas时，弹出如下提示：

    Error loading sstring. in

    at { H }, unknown or misplaced keyword at LINE: 65

    See log file .

    结构文件中缺少H的位置信息，去COD网站上却也找不到相应的结构文件，这样的物相碰到好多个了，放了几个在附件1中；

    还有一些结构文件中有这样的位置信息，例如附件2：

    Wat11 0.15300 0.10100 0.19400 1.00000 0.03300
    Wat12 0.17100 0.63900 0.19200 1.00000 0.03500
    Wat13 0.65800 0.38500 0.19500 1.00000 0.03800
    Wat14 0.65900 0.86100 0.19000 1.00000 0.03800

    这里的Wat代表什么？

    分析数据时我一般用Jade和HighScore Plus，但有时某些物相找不到对应的结构文件，例如附件3。

    以上这些情况是不是只能自己去编写结构文件？我编写结构文件用的是VESTA，其中Structure parameters我能从一些文献中找到，但是在编辑Bonds时却不知道怎么办了，编辑界面见附件4。

    数据分析时被这些问题困扰了好久，虽然也找了一些资料去看，但自己做的时候总被它们卡住，本版的大多数帖子我都看了，解决了我先前工作中的很多问题，但我提到的这几个还未见有相关的讨论贴，在此希望各位大神能施以援手，不胜感激！
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  • iangie

    第1楼2021/07/14

    应助达人

    你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题 就是把S 6 选成S 就可以算了
    wat 明显就是water 呐

0
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  • Apri2

    第2楼2021/07/14

    我就是google下载的Topas academic。

    iangie(iangie) 发表:你用的什么版本的TOPAS? 你这几个cif导入TOPAS v6没问题 就是把S 6 选成S 就可以算了wat 明显就是water 呐

0
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  • iangie

    第3楼2021/07/15

    应助达人

    既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
    有没有H 离子对XRD的影响不大
    TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

    bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的


    不然就花钱买更完整的数据库

0
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  • Apri2

    第4楼2021/07/15

    学到了！H离子对最终定量分析的结果没有影响，这我就放心了，谢谢版主！

    iangie(iangie) 发表:既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
    有没有H 离子对XRD的影响不大
    TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

    bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

    不然就花钱买更完整的数据库

0
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  • Apri2

    第5楼2021/09/03

    版主您好，能否麻烦您根据我上传的这篇文章帮我制作一个文中对应物质的cif结构文件，我按照您告诉我的方法在软件中一个个输入原子的位置信息，但是运行时候提示我“Error reading to char "”

    iangie(iangie) 发表:既然是提醒了没有H 离子的位置 你就把cif里面第65行删掉就行了嘛
    有没有H 离子对XRD的影响不大
    TOPAS 也允许你直接手动输入文章种的晶胞参数和原子位置, 根本不用VESTA转化成CIF.

    bonds是键长, 是软件根据你填的原子位置算出来的, 不是让你去填的

    不然就花钱买更完整的数据库

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  • Apri2

    第6楼2021/09/04

    已解决

    版主的方法没问题，我操作错了，导致输入的物相不被识别！

    Apri2(Insp_3af65199) 发表: 版主您好，能否麻烦您根据我上传的这篇文章帮我制作一个文中对应物质的cif结构文件，我按照您告诉我的方法在软件中一个个输入原子的位置信息，但是运行时候提示我“Error reading to char "”

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