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【原创】XCMS-online 一个metabolomics数据分析的好软件！

  • andywangjh
    2011/06/14
    • 私聊

液质联用（LCMS）

  • 本人在这个Scripps研究所，刚刚group发布了XCMS-online beta版本。有兴趣的可以试着用用。可用于metabolomics，也对LC-MS的数据普遍可用，需要upload 两组data进行对比分析。 可在下面的网址上面注册一个用户（免费），将LC-MS的数据（如安捷伦仪器的）直接上传，等待数据分析处理后，可以在线浏览对比分析的数据，也可以下载。数据分析包括P-value，变化fold，以及方便的与代谢物小分子数据库链接等。

    Announcement:
    The Scripps Center for Metabolomics is pleasedto announce XCMS Online, a new user-friendly approach to process metabolomicsdata.
    XCMS Online provides the same high-quality metabolomic analysis that you areused to but in a user-friendly, web-based format. XCMS Online allows users to easily upload LC/MS metabolomic data that can then be processed with a few simple mouse clicks. Predefined parameter settings for differentinstruments (e.g., QTOF, Orbitrap, etc...) will be available as will be optionsfor customization. Results can be viewed online in an interactive,customizable table showing statistics, chromatograms, and putative METLINidentities. All results and images will be available for download as .zipfiles.
    You can click on the following link (or paste it into a browser address bar) toaccess XCMS Online:
    http://xcmsonline.scripps.edu
    You will need to register with XCMS Online to use the system and the softwareis currently in beta version but works quite well.
    Please direct any questions regarding this e-mail to xcmsonline [at]scripps.edu.

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  • 小猪飞飞

    第1楼2011/06/14

    软件可以下载使用吗？

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  • andywangjh

    第2楼2011/06/15

    XCMS在线是一个直观的在线应用程序，不需要下载或安装(当然如果需要，也可以下载一个老版本)。用户只需通过网站上传自己的数据集。通过网络在线可以直接看到自己的结果。你可以在主页http://xcmsonline.scripps.edu 看到更多信息，以及用户手册。

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  • xiaochi273273

    第3楼2011/07/04

    您好，可以给我一个软件下载的地址吗？另外还有一个问题，这个软件支持什么格式的文件啊，raw格式的文件支持吗？谢谢啦，如果有资料可以发给我一份吗，最近一直在研究代谢组学的第三方软件，不是很懂，谢谢啦！

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  • flytosky

    第4楼2012/07/23

    有没有使用教程？或者软件算法介绍？说明书之类的？

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  • liying2010b

    第5楼2013/01/06

    andywangjh(andywangjh) 发表:本人在这个Scripps研究所，刚刚group发布了XCMS-online beta版本。有兴趣的可以试着用用。可用于metabolomics，也对LC-MS的数据普遍可用，需要upload 两组data进行对比分析。 可在下面的网址上面注册一个用户（免费），将LC-MS的数据（如安捷伦仪器的）直接上传，等待数据分析处理后，可以在线浏览对比分析的数据，也可以下载。数据分析包括P-value，变化fold，以及方便的与代谢物小分子数据库链接等。

    Announcement:
    The Scripps Center for Metabolomics is pleasedto announce XCMS Online, a new user-friendly approach to process metabolomicsdata.
    XCMS Online provides the same high-quality metabolomic analysis that you areused to but in a user-friendly, web-based format. XCMS Online allows users to easily upload LC/MS metabolomic data that can then be processed with a few simple mouse clicks. Predefined parameter settings for differentinstruments (e.g., QTOF, Orbitrap, etc...) will be available as will be optionsfor customization. Results can be viewed online in an interactive,customizable table showing statistics, chromatograms, and putative METLINidentities. All results and images will be available for download as .zipfiles.
    You can click on the following link (or paste it into a browser address bar) toaccess XCMS Online:
    http://xcmsonline.scripps.edu
    You will need to register with XCMS Online to use the system and the softwareis currently in beta version but works quite well.
    Please direct any questions regarding this e-mail to xcmsonline [at]scripps.edu.

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  • liying2010b

    第6楼2013/01/06

    楼主：您好！
    我使用XCMS online 处理Angilent GC-MS 数据进行峰校正和峰积分，现在遇到第一个问题：没有上传数据的入口按键。
    具体叙述如下：我是按照《XCMS Online Usage Instructions》（网址是https://xcmsonline.scripps.edu/docs/usermanual.pdf）进行学习使用的，到第3步上传数据这一步找不到上传数据的入口，“Upload Compression: ”下面有个按钮，我的网页上面没有。
    小女子急切盼望能得到您的指点，因为毕业论文要处理数据，急用。还望您能不吝赐教一二呀！小女不胜感激！在此谢过了！

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  • lcx-rainbow

    第7楼2013/01/07

    估计是因为你没有下载一个JAVA的原因

    liying2010b(liying2010b) 发表:楼主：您好！
    我使用XCMS online 处理Angilent GC-MS 数据进行峰校正和峰积分，现在遇到第一个问题：没有上传数据的入口按键。
    具体叙述如下：我是按照《XCMS Online Usage Instructions》（网址是https://xcmsonline.scripps.edu/docs/usermanual.pdf）进行学习使用的，到第3步上传数据这一步找不到上传数据的入口，“Upload Compression: ”下面有个按钮，我的网页上面没有。
    小女子急切盼望能得到您的指点，因为毕业论文要处理数据，急用。还望您能不吝赐教一二呀！小女不胜感激！在此谢过了！

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  • liying2010b

    第8楼2013/01/07

    特别感谢您！我安装一个，试一下！

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  • liying2010b

    第9楼2013/01/08

    非常感谢楼主的不吝赐教！ 虽然上传的网速很慢，但终于可以上传了，特别激动。

    但又遇到问题了，可不可以再来烦请您指教一二呢：

    上传数1 和 上传数据2，二者必须分别是 代谢前后对应的1个文件吗？（比如Dataset1名为 代谢前.netcdf，Dataset2名为 代谢后.netcdf）,还是这两个Dataset 的文件之间可以没有联系？而且只要空间允许上传几个文件都可以？

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