问一个很菜的问题：透射电镜能否测出试样的厚度？

透射电镜原位测量样品厚度很困难，如果不是有特别重要的意义，建议你不必尝试。主要有下面几种方法
（1）CBED 可以测量无畸变晶体材料的厚度。参照Spence和左健民编的Electron Microdiffraction。
（2）EELS 但EELS估算电子的自由程可能会带来误差。
（3）EDS 此方法比较复杂，需要薄样品，需要标样，也许还需要考虑吸收和二此荧光，通过Cliff-Lorimer因子计算。
（4）TEM 此法不是很准确。

先超薄切片再看，不知道可不可

操作是否很困难？

如果是晶体材料，建议你用CBED或者EELS。如果是非晶体材料，用EELS。操作不是很复杂，但导出厚度需要一些测量和计算。具体方法看看相关的书籍，有很详细的叙述。