液相不同方法走出来的样品纯度不同？！！

有一个项目，最终产品为3-氨基-2-甲基苯甲酸，这个产品用的中控方法是等梯度，产品出峰3.1min，异构体出峰2.8min

前不久开发出来成品的放行方法，走梯度的，产品出峰5.3min，异构体出峰约6min

但是最近第一批成品出来，实验员用中控方法走完了以后给我这边提交了成品全检申请。

我用成品的方法走了以下，发现纯度与中控的方法略有不同。

而最大的问题在于，中控方法中明显有一个2.8min的峰，这个时间是异构体保留时间的位置，占比0.3%，比例相当大。

而我这边用成品方法中走的产品6min并没有异构体的峰，是一点都没有。

这样导致纯度相差了至少3个点。

（两者波长略有不同，但是并不影响结果，因为两者吸收在210与220下基本一致）

请问这可能有什么原因导致的？

等梯度方法：A：0.1%磷酸，B：乙腈：甲醇=55%：45%，A:B=60：40等梯度

梯度方法：

流动相A：取1.38g磷酸二氢钾溶于1000ml水中，完全溶解后加入0.5ml磷酸，配制成0.01M的磷酸盐缓冲液，混匀，超声脱气。

流动相B：乙腈：甲醇=70：30

梯度洗脱程序：

以下为中控方法的图:

成品方法的图：