蛋白质组学是中心法则的下游，因此它要比基因组学更加复杂。和以相对稳定的方式存在的基因组比较，蛋白质组会由于蛋白质和基因的多种生化反应以及环境的影响而发生多种改变。首先计算并比较两组中三种样品之间蛋白质的差异表达状况，然后计算每组样品中蛋白质差异表达的显著性P值，选定表达差异倍数大于1.5倍或小于0.67倍且P-value（significance A）小于0.05的蛋白质界定为差异表达蛋白质。通过基因本体数据库（Gene Ontology，GO）分析和京都基因与基因组百科全书（Kyoto encyclopedia of genes and genomes，KEGG）通路富集分析进行相关生物信息学分析。
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