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  • 总结人类基因组计划的经验教训
    p   人类基因组测序,在今天看来是小菜一碟,但放在25年前,实在是一个大胆的计划。人类基因组计划(HGP)在1990年启动,并在13年的时间内完成了人类基因组测序的创举。近日,三位顶级科学家在《Nature》杂志上撰文,谈论了人类基因组计划的经验和教训。 /p p   这三位科学家分别是:Eric Green,美国国家人类基因组研究所的所长 James Watson,冷泉港实验室的名誉主席 以及Francis Collins,美国国立卫生研究院的院长。想当年,这三个机构联合国际上多个机构开展了人类基因组计划。他们在文中总结了HGP的六个经验教训。 /p p   首先,这种工作鼓励研究人员去接受伙伴关系,而打破了研究人员单独工作的常态。HGP汇集了来自不同国家、不同学科的2000多名研究人员。Green、Watson和Collins指出,成功来源于强大的领导、对任务重要性的认知,以及研究人员愿意放弃个人成就而实现集体利益。 /p p   人类基因组计划也最大限度地提高了数据共享。在大量的基因组图谱和序列数据生成之后,势必要迅速建立政策,以缩短数据生成和发布之间的时间。这些努力最终促成了1996年百慕大原则的通过。不过,他们认为,广泛的数据共享也面临一些新的挑战,包括分析和移动大量数据的困难,以及如何保护参与者的隐私等。 /p p   与此相关,三位科学家认为HGP的一个缺陷在于对数据分析的计划不够。第一个人类基因组序列是零零碎碎地产生的,需要拼在一起。在项目后期,这种计算过程的需求就变得愈加明显。对于千人基因组计划和癌症基因组图谱等近期项目,他们吸取教训,尽早计划。 /p p   Green、Watson和Collins指出,HGP强调了技术开发。事实上,这个项目催化了众多关键基因组技术的开发,也带来了分子生物学、化学、物理学等学科的创新。多个改进相结合,实现了革命性的进步,如基于毛细管的DNA测序仪。从一开始就培育技术创新,这对今天的大型项目同样重要。 /p p   HGP计划也考虑了科学进步的社会影响。它的发起人认为,绘制和测序人类基因组所获得的信息可能对社会产生深远的影响。因此,HGP成为首个大型研究项目,包含了专门研究社会问题的部分,比如怎么保护人们的隐私以及防止歧视。 /p p   最后,Green、Watson和Collins表示,HGP的成功在于领导者开明的态度和定期的调整。他们认为,那些有着大胆目标的大型项目也能获得成功,只要整体目标是建立在明确的阶段性目标、质量指标和评估之上的。 /p p   在90年代初期,人们根据没有预料到,HGP的主要遗产是以一种全新的方式来开展科学研究。“人类基因组计划的故事带来了一些宝贵的提醒,其中一些进展无疑会触发研究方式的根本改变,”这三位科学家写道。 /p
  • Nature:三位大牛谈人类基因组计划的经验教训
    p style=" text-align: center " img src=" http://img1.17img.cn/17img/images/201510/noimg/0a068669-3925-447b-80f5-d579e4b0b620.jpg" title=" 合影.jpg" / /p p   人类基因组测序,在今天看来是小菜一碟,但放在25年前,实在是一个大胆的计划。人类基因组计划(HGP)在1990年启动,并在13年的时间内完成了人类基因组测序的创举。近日,三位顶级科学家在《Nature》杂志上撰文,谈论了人类基因组计划的经验和教训。 /p p   这三位科学家分别是:Eric Green,美国国家人类基因组研究所的所长 James Watson,冷泉港实验室的名誉主席 以及Francis Collins,美国国立卫生研究院的院长。想当年,这三个机构联合国际上多个机构开展了人类基因组计划。他们在文中总结了HGP的六个经验教训。 /p p   首先,这种工作鼓励研究人员去接受伙伴关系,而打破了研究人员单独工作的常态。HGP汇集了来自不同国家、不同学科的2000多名研究人员。Green、Watson和Collins指出,成功来源于强大的领导、对任务重要性的认知,以及研究人员愿意放弃个人成就而实现集体利益。 /p p   人类基因组计划也最大限度地提高了数据共享。在大量的基因组图谱和序列数据生成之后,势必要迅速建立政策,以缩短数据生成和发布之间的时间。这些努力最终促成了1996年百慕大原则的通过。不过,他们认为,广泛的数据共享也面临一些新的挑战,包括分析和移动大量数据的困难,以及如何保护参与者的隐私等。 /p p   与此相关,三位科学家认为HGP的一个缺陷在于对数据分析的计划不够。第一个人类基因组序列是零零碎碎地产生的,需要拼在一起。在项目后期,这种计算过程的需求就变得愈加明显。对于千人基因组计划和癌症基因组图谱等近期项目,他们吸取教训,尽早计划。 /p p   Green、Watson和Collins指出,HGP强调了技术开发。事实上,这个项目催化了众多关键基因组技术的开发,也带来了分子生物学、化学、物理学等学科的创新。多个改进相结合,实现了革命性的进步,如基于毛细管的DNA测序仪。从一开始就培育技术创新,这对今天的大型项目同样重要。 /p p   HGP计划也考虑了科学进步的社会影响。它的发起人认为,绘制和测序人类基因组所获得的信息可能对社会产生深远的影响。因此,HGP成为首个大型研究项目,包含了专门研究社会问题的部分,比如怎么保护人们的隐私以及防止歧视。 /p p   最后,Green、Watson和Collins表示,HGP的成功在于领导者开明的态度和定期的调整。他们认为,那些有着大胆目标的大型项目也能获得成功,只要整体目标是建立在明确的阶段性目标、质量指标和评估之上的。 /p p   在90年代初期,人们根据没有预料到,HGP的主要遗产是以一种全新的方式来开展科学研究。“人类基因组计划的故事带来了一些宝贵的提醒,其中一些进展无疑会触发研究方式的根本改变,”这三位科学家写道。 /p
  • 非典疫情对新冠疫情在经济等方面的新老教训
    p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 中国对新型冠状病毒疫情的应对表明,2003年非典疫情的许多教训已经得到实施,应对措施也因此得到改善。然而,仍然存在一些问题,并不是所有的教训都取得了成功。当疫情有可能影响全球经济和声誉时,国家和国际应对措施表明公共卫生、科学和政治之间存在复杂的联系。中国实施的这些前所未有的措施是控制疫情的大胆尝试——我们需要了解它们的有效性,以平衡未来类似事件的成本和收益。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 经济 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 重大疫情对受影响国家的经济影响可能是巨大的。这一点在非典、MERS、西非埃博拉疫情中表现得很明显,一位分析人士估计,如果疫情在三个月内得到控制,那么当前的冠状病毒疫情对实际GDP的影响可能是0.8%,而如果疫情持续九个月,则可能是1.9%。鉴于中国对人员流动的限制延长,因此在中国境内的贸易和商业活动可能会大幅增加。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 协调 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 从非典型肺炎(SARS)的经验中得到的一个重要教训是,绝对有必要协调爆发时可用的国际资源,使它们集中于确定优先事项和解决问题。世界卫生组织确定了应对SARS做的方法,此后,这一方法得到进一步发展并纳入全球防备,特别是在西非埃博拉疫情之后。全球疫情警报和反应网络(GOARN)、流行病防备创新联盟(CEPI)、全球传染病防备研究协作组织(GloPID-R)和全球共享所有流感数据项目(GISAID)等在世界卫生组织研究蓝图和全球协调机制的支持下提供一个论坛,在此论坛上,具有专门知识和能力为应对新威胁做出贡献的人们可以在疫情爆发期间聚集在一起,以开发出针对新出现问题的创新解决方案。这种全球协作在新型冠状病毒暴发中发挥了积极作用。世卫组织的应对系统包括三个基于SARS开发的虚拟小组,以收集实时信息,为实时指南提供信息,并在病毒被识别后4周内准备好第一个候选疫苗进行实验室检测。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 及时报告 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 成功预防和管理新兴威胁的另一个关键因素是各国和各机构之间快速、透明地共享信息。外界广泛批评中国,认为它未能在疫情爆发时及时分享有关新出现的SARS感染信息,以便各国能够做出准备和应对。在2012年中东(尤其是沙特阿拉伯)出现和发展的中东呼吸综合征(MERS)以及2014年西非出现埃博拉疫情时,人们对信息共享也有类似的担忧。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 在这种情况下,信息共享似乎是快速而有效的(尽管认识到在疫情早期阶段可获得的信息总是少于国际社会所期望的)。在几天内就向世界卫生组织报告了原始簇,并在首次检测到该簇不到两周的时间里就公布了新病毒的完整基因组序列。世界卫生组织对中国当局与世界卫生组织共享信息的行动表示满意。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 记者与风险沟通 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 与记者和媒体合作,帮助他们了解科学和流行病学,特别是在一个快速发展的事件中,将改善与公众的风险沟通,减少不适当的担忧和恐慌。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 虽然对这次疫情的报告显示出流行病学家、传染病专家、国家和国际公共卫生机构以及其他与记者合作的机构所作努力的迹象,但也有迹象表明这尚未实现其目标。例如,公众的看法是,中国当局每天报告的病例数呈上升趋势,说明这一流行病每天都在升级,而现实情况是,这些数字也是中国积极发现病例的结果,其中一些病例是归因于新型冠状病毒而新发现的“旧”病例。类似地,媒体通常将这种病毒描述为“致命的”,尽管这在某种意义上确实造成了死亡,但在疫情早期阶段不确定病死率的细微差别没有得到传播。目前估计的病死率似乎在3%左右,这是显著的,但无法与SARS的10%或MERS的34%相比较。这些误解仍在加剧公众的焦虑。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 非正式报告 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 为了补充各国之间以及与世卫组织之间的正式报告机制(包括《国际卫生条例》),根据SARS的经验,提倡使用媒体和社会媒体报告等非正式机制。现在全球有几个系统可提供从非正式报告中整理的信息,包括专家网络和对媒体和社会媒体的扫描。这些活动有助于加强流行病情报,并与国家和国际监测系统相结合。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 在当前的疫情中,这一额外信息来源的价值和挑战显而易见。其价值来自确保已发现最初暴发城市以外的病例的早期迹象,并可补充全球风险评估和爆发演变监测;所面临的挑战是现有资料的数量和多样性以及核查机制的相对缺乏,其中一个系统(ProMed)评论说,越来越难以吸收所提供的资料并作出有意义的解释。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 医护人员 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 据报道,,在疫情爆发的早期,医护人员没有受到感染,这令人欣慰,因为正是医护人员会在多次不经意地扩大了传播。例如,患者不洗手不仅会导致自身感染,还会导致因其他原因住院的患者在提供护理时受到感染。自身感染不仅对医护人员构成威胁,而且对其家庭和所在社区构成威胁,这取决于传播能力和传播手段。最近在医护人员中已证实有感染和至少1例死亡。虽然这并不意外,但确实增加了流行病学风险。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 超级传播事件 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " SARS暴发的一个特点是病例之间传播能力的可变性和“超级传播事件”的发生,即一个病例感染的接触者明显多于平均接触者。在韩国的MERS疫情中也可以看到这一点。在这次新型冠状病毒爆发事件中,超级传播事件还没有被记录,但是流行病学仍然不清楚。确认这种情况是否正在发生,对中国的调查来说一定是一项紧迫的任务。建模者建议的繁殖率(R0)为3.8(95%置信区间,3.6-4.0)和2.6 (1.5-3.5) 在缺乏控制措施的情况下,SARS的R0约为3。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong 讨论 /strong /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" text-align: justify text-indent: 2em " 在紧急情况下,最好的应对是反应过度,然后在必要时缩减规模,而不是反应不足,然后行动过迟。应对疫情应该是“无怨无悔”的基础上——根据当时可用的最佳信息和科学做出尽可能最好的决定,但如果后来的信息显示出不同的行动方向,不要做出判断或批评。早期反应必须认识到哪些是已知的,哪些是未知的,并通过参考以前的暴发、类似的病原体、早期报告和建模等来合理地估计哪些是未知的。风险评估和响应可以随着未知信息的发展而修改和细化。 /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 然而,这种方法的关键在于,人们要有信心,相信决策不会因为当时无法获得的信息而受到批评。当可获得的信息发生变化时,准备好改变决策也很重要——科学家和政治家都可能发现这很困难。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " 在这种情况下,中国不应因实施看似极端的措施而受到评判,但如果有证据表明这些措施不是解决问题的最佳方式,中国也应准备好迅速停止这些措施。通过关闭机场,来自武汉的国际传播可能会减少,但成功与否将取决于这些措施在阻止人们离开受影响地区方面的实际效果以及病毒的行为。一如既往,只有时间能说明一切——但时间是有限的。 /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " span style=" color: rgb(127, 127, 127) " strong 附: /strong /span /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong Title /strong :SARS to novel coronavirus-old lessons and new lessons /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " strong Authors /strong : Brian McCloskey, Centre on Global Health Security, Chatham House, Royal Institute of International Affairs /p p style=" text-align: justify text-indent: 2em " David L Heymann, London School of Hygiene and Tropical Medicine /p

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  • 转载 细胞培养的惨痛经验教训

    每天对待细胞比孝敬爹妈还用心,那真是捧在手里怕碎了,含在嘴里怕化了,看在眼里怕丢了 ,培养细胞时有哪些惨痛经验教训可以分享呢?早走早脱身,从此专注黑生物1. 严格无菌操作,多喷喷酒精,要是对灭菌的东西不放心,自己包自己送自己烘干。  2. 不要和别人共用试剂耗材,自己准备一套。  3. 有可能的话在拿到新细胞的时候做好支原体衣原体检测。  4. 水浴锅很脏,生化培养箱要是得手动加湿的话盘里的水也会很脏,勤换 (灭菌水加进去)。  5. 晚上离开的时候最好给细胞房照紫外,超净台是用完就开。  6. 最好的是同一时间就你一个人在用细胞房在养细胞。 非科班出身经验分享  1. 别怕浪费。枪头什么的只要有可能污染就换,如果用酒精灯就什么都稍微烤一下,别直接放到火上,离一段距离。  2. 动作要既轻柔又有力。动作太重会有一堆一堆的气泡,动作太轻就吹不下来... 刚开始的时候吹细胞太痛苦了,稍微一下就起泡。后来就是吹的时候枪里的培养基不要一次全都压出来,留一点,枪的最头部尽量深的在液面以下。  3. 离开过操作台的东西再进操作台之前一定要用酒精喷一遍,包括一切实验耗材、仪器、以及你带着手套的手。  4. 实验结束后对实验台的消毒。紫外什么的,用前用后都照个 30 分钟。  5. 身体的各个部分尽量的少接触不需要接触的地方的地方。比如实验台,又比如培养箱内部。  6. 细胞的密度根据细胞的性质、传代的时间以及自己的心情来定。培养基的话最多最多不要超过 2 天就要换一次。细胞可以不传代,但是培养基是一定要换的。  大概就是,不该碰的地方不碰,有影响的地方少碰; 该使劲的时候绝对不含糊,不该使劲的地方一定忍住。如果是比较简陋的操作台就一定要摆个酒精灯,所有操作紧密围绕在酒精灯周围进行。如果是高级台子就多用酒精喷喷。感觉生物的实验,心疼钱就还是不要做了。  最后一点点绝对非科班的经验。癌细胞真是坚挺。有一次实在是不想传了,放了 5 天吧,感觉都长了几层出来,培养基都黄了。抱着试一试的心情传了一次,又坚强的活过来了。当然,状态肯定也差的很了。 换种心情,好好生活!  养了三年细胞,各种肿瘤细胞,说一点自己的看法:  1. 培养细胞前,可以看看细胞特点说明书,包括细胞正常生长的状态图、传代、培养基的类型等。  2. 不同细胞生长周期不同,有的生长很快,比如说 MDA-MB-231,传代的时候取离心悬液的十分之一就已经足够了,有的又是特别慢,等的人心焦,BT474 就是,传代是一分二,复苏起始的时候两周多才能长满,所以就要在培养细胞的过程中多多摸索了。  3. 对于娇弱的细胞,就得细心呵护了,胰酶消化不能过久,吹得时候要轻柔,离心时候也要注意转速和时间,每天都要去看一下细胞,肉眼观察培养基状况、显微镜下观察细胞生长状况。  4. 冻存细胞复苏后第二天最好更换一次培养基。  5. 培养箱隔一段时间彻底用酒精棉擦洗一次。  6. 养细胞最大的教训:不能偷懒! 细胞虐我千百遍,我待细胞如初恋。  1. 不管买的细胞、惠赠的细胞,刚拿到手赶紧做两件事:检测是否有支原体污染; 迅速扩增冻存。  2. 发现有污染迅速处理掉,特别是当你养了很多种细胞时; 细菌污染,真菌污染很容易发现,支原体污染的话,细胞会长的慢,买个支原体检测的 kit 定期检测一下。  3. 细胞房日常的值日清洁是必须的,此外还要定期熏蒸。  4. 细胞的传代一定要规律,保持相同的 confluency 和传代时间间隔,不要随心所欲或者拖延。  5. 注意个人卫生。 靠内心感动细胞  1. 自己的细胞自己养,血的教训。  2. 在生物安全柜 (或者超净台),枪头,血清管,血清,培养基,瓶子都足够好,并且细胞房有良好的卫生措施 (比如隔离服,手套,口罩,清洁,HEPA 等等) 且不违法操作原则的情况下,你其实很难污染。  3. 上述条件不完备的情况下,就要多注意无菌操作了:比如要用的东西提前拿到台子里照啊 (不过这个其实也不大好,因为会挡住紫外线),使用前 SDS+酒精擦台子,进出超净台一定要酒精擦手。  4. 少对细胞说话,多靠内心来感动它们 (是的! 心不诚是不可以的!) 至少 1 天看 1 次。 养细胞很容易  养细胞真的不难,最关键几点:  1. 所有的东西使用最好的,如果你用的血清、培养皿、培养基、胰酶什么的都是进口的,真的很难相信你会把细胞养坏。  2. 动作要快,胰酶消化,换液什么,细胞暴露在空气中的时间越少越好。另外,要掌握好胰酶消化时间,所谓的细胞状态差,很多时候是传代的原因。  3. 有时间的话,需要细胞计数,传相应数目的细胞到培养皿中,可以大致清楚细胞的生长曲线,不会临时要处理,手足无措。  4. 要做什么心里要非常清楚,合理安排时间,细胞房的实验穿插进行,可以节省很多时间,也不会耽误别人的实验。  5. 个人的实验器具自己收一套,不要和别人混用,最近换了什么新的东西稍微记一下,试剂一旦怀疑污染,马上丢。  6. 细胞房不能进去太多人,避免相互干扰。 细胞养不好,自挂东南枝  现在一大型药企养细胞做检测,工作量很大,很多地方都没办法非常仔细的做。但是两年下来只出现过一次污染,总结一下心得:  1. 好的洁净室,空调系统跟得上。  2. 好的生物安全柜,硬件跟的上。  3. 瓶子移液器吸头大都是进口,耗材跟的上。除了这些就是自己的操作习惯了。  4. 任何东西不要从敞开的瓶口上面经过。  5. 虽然酒精灯会干扰安全柜气流但是还是需要一盏用来勤烧瓶口。  6. 实验时所用材料的位置摆放要顺手,污染源和已灭菌物品要分开放置。 养细胞就像打仗  细胞饲养涵盖的内容太广了,而且不同种类细胞的饲养难度以及技术要求不同,肿瘤细胞,成纤维细胞,上皮细胞... 甚至各类干细胞... 每一种都有自己的生长要求。如果只是单纯的一般性操作,大同小异,个人觉得练好技术的情况下注意几点就好:  1. 各种无菌,从培养基到操作过程再到培养箱,时刻注意无菌。本人曾经所在的实验室出现过大规模污染并最终导致所有细胞集体毁灭... 教训惨痛。  2. 培养基的配制一定要做好梯度摸索并详细记录,否则细胞死都不知道怎么死的。  3. 尽量提高操作熟练度,减少培养皿在培养箱外的滞留时间,细胞很脆弱,经不起折腾,不像人,热了有空调,冷了能烤火。  4. 把握好培养基更换的时间,不同细胞类型时间不同,早了浪费试剂,晚了可能全军覆没。  5. 经验很重要,养细胞的很多经验你是无法在公开的书籍和资料上找到的。多向实验室前辈学习,他们会让你少走很多弯路,真的。  养细胞就像打仗,知彼知己,百战不殆。只有了解你养的对象,才能把他养好。 细胞就是矫情  养细胞细胞这个东西呢有的时候真说不清。养过一段时间的巨噬细胞,一开始操作各种谨慎小心,随时默念各种无菌原则,培养基什么的都用的进口的,其实国产货真的不差,有钱就是任性! 但细胞还是萎靡不振,两个多星期过后实在懒得管,换液等操作也很随意的草草进行,酒精也懒得喷,结果这货却开始疯长,过了几天居然达到一天要传一次代,而且数量甚至可以一传三, 所以说,有的细胞就是矫情。

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