华大基因

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  • 华大基因：占据全球40%的基因测序份额
    日前公布的2012年度深圳市科学技术奖拟奖名单上，奖金高达100万元的&ldquo 市长奖&rdquo 拟颁给一个37岁的年轻人 去年底，英国《自然》杂志评选出2012年科学界年度十大人物，他又是唯一入选的中国人。这个年轻人，就是华大基因研究院院长王俊。 　　他所在的深圳华大基因，没有享受到任何财政拨款，却坐上了《自然》杂志评出的中国科研机构第六把&ldquo 交椅&rdquo 通过市场化之路获得了年逾10亿元的营收，并于去年底引来近14亿元的风险投资。从几个科学家自掏腰包艰难起步，如何在短短十几年发展成拥有4000名员工的大型科研机构?极少获得体制内的&ldquo 关照&rdquo ，华大基因为何能不断壮大，直至占据全球40%的基因测序份额? 　　&mdash &mdash 编者 　　研究制高点 　　参与&ldquo 生命天书&rdquo 计划，基因科学是一个&ldquo 超级金矿&rdquo 　　据说，华大基因董事长兼总裁汪建是一个&ldquo 玩世不恭&rdquo 的人，喜欢不按常理出牌，比如和员工一样坐在格子间里办公，却美其名曰&ldquo 我的办公室是世界上最大的办公室。&rdquo 　　这样一个看似不严肃的人，却从事着一项严肃的事业&mdash &mdash 基因。 　　2000年6月26日，美英日德法中等6国同时宣布，号称&ldquo 生命天书&rdquo 的人类基因组工作草图绘制完毕，其中1%由中国完成。人类基因组计划与曼哈顿计划、阿波罗计划一起，并称为20世纪全球三大科学计划，从美国归来的汪建就跟中科院院士杨焕明一起参与了这1%。 　　&ldquo 实际上，他们是擅自&lsquo 代表中国&rsquo 参与这个计划的。&rdquo 华大基因战略规划委员会副主任朱岩梅透露，他们看到了基因科学作为21世纪最前沿科学的广阔前景，回国后参与创建中科院基因组中心，并极力游说相关部门和科研机构参与。&ldquo 可能当时国内科研资金比较紧缺，很多专家对国外最新的科研动向也缺乏了解，他们的提议没有得到官方支持。&rdquo 　　1%得来不易。1998年，人类基因组计划的工作几乎已被瓜分完毕，最迟加入计划的德国只分到约2%。为了重要的1%，杨焕明、汪建等毅然与体制&ldquo 分手&rdquo ，凑了3000万元于1999年9月9日在北京创办了华大基因研究中心，联合国家基因组南方研究中心、北方研究中心共同承担任务。 　　时间紧迫，杨焕明与同事们铆足劲，在不到半年的时间里，创造了奇迹&mdash &mdash 通过网络递交的一个测序片断，其误差率仅为百万分之六，创造了世界纪录 每天测序量达到200万对碱基，中国的基因组测序能力被证明仅次于美国、英国和日本。 　　为什么这么拼?汪建的回答很明确，基因科学在国内前景无限，今后应用领域遍及农业、医药、环境保护、工业等方方面面，是一个尚未完全被开掘的&ldquo 超级金矿&rdquo 。 　　对于国家而言，杨焕明认为意义更加重大。&ldquo 加入人类基因组计划，使中国平等分享该计划所建立的所有技术、资源和数据，并使我国成为世界上少数几个能独立完成大型基因组分析的国家，意义重大且深远。&rdquo 而华大基因之所以能异军突起，正因为占据了基因研究的制高点。 　　市场制高点 　　在传统科研体制撕开口子，产学研自成体系 　　2007年6月21日，华大基因南下深圳，成立了华大基因研究院。作为一家纯粹的民营科研机构，华大基因在传统的以国家为主导的科研体制中撕开了一道口子，产学研自成体系。 　　也正是从南下开始，华大基因真正进入了产业化经营。成就这种产业化的，一是生物技术及其相关应用产业的发展，二是科学研究方法和范式的发展。 　　朱岩梅说，基因研究成果的产业应用前景正在不断显现，&ldquo 比如有一些规模较小的药企、农业企业等，它们对某一些种类的基因测序有需求，但成本很高，需要外包出去。华大基因能低成本提供基因测序服务，从而占据市场的制高点。&rdquo 目前，全球20家最大的药企，有19家在跟华大合作 华大基因一年完成7万多例唐氏儿检测，仅此一项，就创造了上亿元的收入。 　　在王俊看来，科学研究从最早的实验研究到假设驱动的理论研究，再随着IT技术的发展，进入了全新的范式，即数据驱动的时代。&ldquo 过去都是小数据，现在拼的是大数据。数据运算才是华大基因的核心竞争力。&rdquo 　　现在的华大基因，彻底颠覆了传统的实验室模式，实现了用工业化的组织方法实现大数据采集。华大基因拥有1000多人的测序科研人员队伍，平均年龄24岁 2010年，华大采购了128台全球领先的&ldquo illumina&rdquo 基因测序仪，搭建了国内唯一的大测序平台。 　　朱岩梅表示，现在华大基因贯穿了产学研链条，合作伙伴包括55个国家和地区、2000多个机构单位，团队扩张至4000人，收入从2009年的3.43亿元，增至2012年的11.05亿元。其中，政府科研项目收入占10%，海外收入占30%&mdash 40%，国内其他的科研合作占20%&mdash 30%，临床收入占10%&mdash 20%。另外还募集到近14亿元的风险投资。 　　未来制高点 　　花4年建立中国人基因库，推动个体化医疗和健康的新模式 　　2008年11月，第一个亚洲人基因组图谱在《自然》杂志发表，测序数据总量达到1177亿碱基对，基因组平均测序深度达到36倍，有效覆盖率高达99.97%，变异监测精度达99.9%。破解又一个人类&ldquo 生命天书&rdquo ，让此前还籍籍无名的华大基因一炮打响。 　　约14亿人，每人30亿个基本元素，建立中国人自己的基因数据库无疑是一项浩大工程，但华大基因还是启动了。&ldquo 抽取了千人，花了1个亿，做了4年，详细比较了中国人与已有数据的白种人基因组在序列上的差异。&rdquo 汪建说，其科学发现将从根本上影响中国人疾病的预测、预警、预防和治疗方式，推动个体化医疗和健康的新发展模式。 　　2013年7月12日，华大基因和美国杜克大学医学院、加拿大多伦多儿童医院等通过全基因组测序的方法成功鉴定出一系列与自闭症相关的遗传突变和风险基因。该研究成果在《美国人类遗传学》上发表，为探索自闭症病理机制迈出了关键一步。 　　朱岩梅表示，未来医学革命的方向应该就是&ldquo 个体化&rdquo 。每个人一出生，就应该有自己的基因身份证，一旦生了病，根据其基因信息进行准确治疗。&ldquo 华大要做的就是检测出哪里出现问题，并提出解决方案，通过人工干预基因进行预防或治疗。&rdquo 　　2013年3月，华大基因宣布完成对美国公司Complete Genomics的全额收购，补上了其在基因检测设备方面的短板，打通了基因检测的整个产业链。 　　汪建给华大基因设定了四部曲：科研服务、科技服务、医学服务、人人服务。&ldquo 我们现在才走到第二步，第三步正在加速。科技服务能到100亿，医学服务能到1000亿，人人服务能到1万亿。&rdquo 所谓人人服务，是指基因测序和分析成本大幅下降，生物大数据足够丰富后，人人都可以在常规诊疗中应用基因信息。目前，一个人的全基因组测序费用已下降到数千元，但加上分析成本，大概要10万元。根据华大预计，在5年内可降到1000美元，未来可能只需要花费几百元。
    时间： 2013-08-05
    作者： 秦丽娟
  • 解密华大基因“方程式”
    2014年10月16日，在中意科技创新周活动中，全球最大的基因测序公司华大基因旗下子公司华大医学和意大利BioscienceGenomics签署为期5年的框架协议，授权后者使用华大基因在无创产前基因检测领域已经取得专利的高通量基因测序技术平台。截至目前，华大基因的基因技术已应用于英国、澳大利亚、西班牙等52个国家和地区的2000多家医院或单位。这种以技术输出方式&ldquo 走出去&rdquo 的中国企业，在国内并不多见。华大基因过去的总部位于北京，原本隶属中国科学院。2007年，&ldquo 单飞&rdquo 至一千多公里以外的深圳。 　　落户深圳仅5年，华大基因就成为全球基因测序领域的&ldquo 航母&rdquo ，拥有全球最大的基因测序及数据分析技术平台，每年产出的基因数据，占据全球过半市场份额。 　　2012年，华大基因与美国测序设备制造商Illumina的大手笔交易，以及2013年对美国基因测序公司CompleteGenomics的并购，使得华大基因在全球的知名度迅速得到提升。相关领域的多位诺贝尔奖得主，全球医疗、生物、农业等领域的顶尖研究机构和企业，先后到访。&ldquo 他们定期会来这里看看又有什么新进展。&rdquo 华大基因研究院院长王俊告诉《财经国家周刊》记者。 　　突破口 　　美国宣布人类基因组计划时，正在美国从事科研工作的汪建感觉有了机会。1999年，他与杨焕明、于军、刘斯奇等人创办了华大基因。用不到1年的时间，承担并完成了人类基因组计划的1%&ldquo 中国部分&rdquo 。 　　&ldquo 别小看这1%，它让华大基因拿到了进入全球基因科研领域核心圈子的入场券。&rdquo 华大基因董事长汪建对《财经国家周刊》记者说，&ldquo 中国企业与国外企业在原始创新方面还存在差距，有些领域人家不带你玩。你得知道他们在想什么，做什么，这决定着我们能做什么，怎么做。&rdquo 　　受限于物理、化学等领域的技术发展水平，中国的生物科技一直处于系统性落后状态，与世界最高水平存在不小的差距，短期内想要从正面突破，几乎是不可能完成的任务。 　　好消息是，最近几年，在新一轮信息技术革命和产业浪潮背景下，信息技术正在深刻变革着几乎所有的传统产业。 　　在基因科技领域，生物科技与信息技术融合的典型案例是第二代高通量测序仪。基因测序技术在新型大数据分析技术的带动下，测序时间和成本大幅下降，测序大规模商业化成为可能。 　　这为苦寻突破口的汪建和华大基因带来了转机。他选择在信息技术和生物技术的边界开展创新研发，即以标准化且廉价的基因测序服务为切入点，在此基础上进行后续的技术创新、服务创新和商业创新。 　　2010年初，华大基因投入15亿美元，从美国Illumina公司手中购得128台第二代高通量基因测序仪器。这次战略性交易为华大基因变身最大的基因测序公司以及之后对外技术输出打下坚实的根基。 　　2013年底，华大基因又向产业链上游发力，收购了Illumina的竞争对手美国完整基因公司。这一收购弥补了华大基因在基因检测设备方面的短板，让其升级为一家基因解决方案业务领域的全产业链、全球化公司。 　　而且，如果华大基因整合美国完整基因成功，将对人类基因组测序价格下降带来划时代的影响。双方提出的百万人基因组测序的前提之一，正是测序成本急剧下降。 　　汪建表示，华大基因走的这条路径，其实是将工业革命的模式和优势，转移到生物科技领域。同时，又将生物科技特有的发展规律和工业革命的进程结合起来，形成一条全新的发展路径。 　　反传统 　　这种发展路径或许可以理解为汪建不按套路出牌。比如汪建只喜欢员工称呼他为汪老师而非汪总，公司里没人穿西装，不许系领带 没有任何人拥有单独的办公室，汪建坐在和普通员工一样的工位里 一个女员工剃了光头来上班，他当即给予奖励。 　　华大基因的研发项目同样&ldquo 毫无章法&rdquo 。部门之间没有边界，所有员工在一个大平台上工作，谁对另外一个项目感兴趣，可直接申请加入。17岁加入华大基因的高二学生赵柏闻，用半天时间解决了人类基因组项目的一个数学难题后，征服了汪建，没过多久就成为带领数百人团队的项目组长。 　　在这种&ldquo 无章法&rdquo 的治理理念影响下，华大基因的组织架构也变得极为&ldquo 古怪&rdquo 。整个华大基因集团体系中，既有华大基因研究院这样的科研机构，又有华大科技、华大健康、华大农业、华大医学这样的子公司，更有华大基因学院这样的教育机构。 　　汪建自嘲，这样的华大基因看起来有些&ldquo 四不像&rdquo 。不过，这种&ldquo 四不像&rdquo 的组织架构，也是华大基因产学研资一体运作模式的基础：华大基因学院既具备招收本科生、硕士生的资格，用以培养人才，又具有中长期战略性科研和孵化器功能。一旦项目成熟，马上连人带技术转给产业公司，而产业公司则完全是商业运作，公司产生的收入回流到华大基因体系最顶层，然后向其他各个实体进行资源分配。 　　如果用传统的眼光来看，汪建和华大基因的种种做法不仅是全新的，甚至有些标新立异。但在汪建看来，华大基因身处最为前沿的生命科学技术领域，要跟上技术变化的步伐做颠覆式创新，就必须要营造这样一个反传统的创新氛围，从解放思想和行为做起 打破传统企业架构和文化条条框框的藩篱，让所有人自由，为创新预热，为摆脱物质生产、工业经济的模式和发展思路束缚做好充分准备。 　　汪建说：&ldquo 华大基因引入工业模式打造出全球基因测序领域的"航母"后，必须用反工业化的思维，实现全球化创新发展战略。否则，只会陷入工业时代的漩涡里不能自拔。&rdquo
    时间： 2015-01-13
    作者： 刘玉兰
  • 华大基因或借壳A股上市
    p 　　2014年被当作深圳创新样板的两家企业，在2015年6月双双迎来了“借壳上市”的传闻。一家是被称为无人机界的“苹果”——大疆创新 另一家是被称为基因测序界的“富士康”——华大基因。 /p p style=" text-align:center " img alt=" " height=" 265" src=" http://pic.biodiscover.com/files/3/hn/201506231120225592.jpg" width=" 515" / /p p 　　大疆创新将借壳山西某上市公司的传闻遭到否认并指称假新闻之后，华大基因或将华大科技和华大医学合并，放弃港股改投A股的消息，则因华大基因公关部的缄默显得“可能性极大”。 /p p 　　“深圳式创新”贯穿了整个2014年，华大基因、大疆创新、光启科学作为其中样本被翻来覆去提及，成为最热门的创新企业代表。而其中，创业历史最长的华大基因，因其特殊的出身和发展、因“没上大学就做研究”的大量年轻人而略显神秘的企业文化，被视为中国式创新的代表。 /p p 　　从北京南下深圳，从拒绝资本到拥抱资本，从海外上市到回归A股，从理想主义到投身商业，华大基因演绎了一个典型的中国式创新故事。 /p p 　　“深深宝还是深圳惠城?”随着A股不断的惊涛骇浪，“华大基因即将买壳上市”的传闻再度达到巅峰，与不久前仍然“神秘”的形象不同，目前深圳每个谈论股票的聚会上，人们都在预测华大基因的最后选择，有人甚至根据数个条件计算出华大基因可能购买的壳公司不过10家。“干脆都买下来持有到停牌，这可是能涨十倍的股啊。” /p p 　　曾被分析师预测“整体上市市值将超过腾讯”的华大基因，5月底确认放弃海外上市，转投A股。在此前的5月19日，深圳市委书记马兴瑞刚刚带队参观华大基因。 /p p 　　6月8日，华大基因全资子公司Complete Genomics(简称“CG”)自行生产的首批“超级测序仪”Revolocity亮相—在今年1月举行的第33届JP摩根健康投融资大会上，华大基因研究院院长王俊曾表示，该测序仪准确率之高“让人不敢相信”。密集放出的消息使人们相信，华大基因上市箭在弦上。 /p p 　　“你们明天派人审核完了，我后天就加入(上市)。”2015年2月，华大基因董事长汪建在深交所楼里的喊话明确而有力，用迫不及待来形容亦不为过。 /p p 　　这与四年前截然相反，“华大基因是一个独特的大机构，而不是公司。”2011年，一直被认为“匪气”很重的汪建如是说。彼时汪强调，即便再赚钱，科学研究依旧是第一位。 /p p 　　数年来，华大基因经历了自觉或被迫的大规模商业化，在资本的介入和政策的扶持下迅速长成庞然大物。在一场接一场“大跃进”式的融资和成长中，华大基因的商业化遭遇政策、资本和竞争对手的挑战，道路并不平坦。 /p p 　　但汪建始终在四处传播他的梦想：让人人都能活到100岁、管理癌症甚至攻克癌症。“孩子出生了，不再有地中海贫血，中国的聋哑学校应该关掉95%，这是我马上想做的事情。”汪建在一次演讲上说。 /p p 　　至于钱，汪建始终强调自己“会要饭”、“能忽悠来钱”、“擅长打肿脸充胖子”。对于钱的工具化和不在乎的姿态，是他和华大基因极力希望外界接纳的理想主义形象的一部分。 /p p 　　马兴瑞在5月19日参观时说，华大基因目前正处在产业化关键时期，市委市政府将提供针对性服务，助推华大基因在农业、海洋产业、基因检测、精准医疗、健康服务等领域尽快实现产业化和跨越式发展。 /p p 　　作为一个多次登顶雪山的登山者，汪建在一次次的“不得已”当中，似乎已经越来越接近他的梦想。子公司对超级测序仪的推出，让他有希望摆脱对上游测序仪生产商的依赖。 /p p 　　记者多次就上市、创新等问题联系华大基因方面，但华大基因表示“暂时不接受财经媒体采访”。 /p p 　　 strong 先后拥抱资本 /strong /p p 　　在很长一段时间里，外界都未能分清这个容身于深圳盐田区一个旧鞋厂中的“机构”，到底是科研机构、国有公司还是民营公司，甚至连资本方也如此。 /p p 　　但过去数年，这个“全世界最大的基因测序工厂”在资本和公众面前越来越清晰，资本的参与，将华大基因催熟为现在的模样。 /p p 　　2012年12月，为收购美国上市公司Complete Genomics，华大基因的大门首次被资本敲开。强势的汪建终于搭理资本，过程却让资本方痛苦不堪。 /p p 　　当时的汪建叫价33亿元估值，此外，华大基因刚开始提出的投资时间也让投资机构望而却步。“华大基因提出希望机构能够在6-10年持续地投入，而不是3年内就IPO，据了解，没有一家机构同意。”一名接近华大基因的人士透露。当时，投资机构不答应投资这么长时间，而华大基因眼看已经接近2012年底，收购CG的计划已逼近，出于资金快速到账的需要，汪建最终妥协。 /p p 　　很多与华大基因有过接触的投资机构均表示，“华大基因很强势”。据悉，当时信心满满的华大基因要求和投资机构签订双向对赌协议，而这对于国内的投资机构来说并不普遍。 /p p 　　谈判的结果是，华大基因宣布旗下子公司华大科技出让42%股份，融资13.98亿元人民币。其中，光大控股4亿元，云锋基金2.3亿元，红杉资本2亿元。深圳本地深创投的投资额为2000万元，汪建嘲笑对方“胆小”。投资机构显然冲着上市而去，当时的华大基因即被预计将在2015年上市—并且政府强烈希望它在A股上市。 /p p 　　最终签订的协议直接对华大科技2013、2014年度的净利润确定了数额，若不能达到规定利润，则需要出让一定股份给投资人。2013年，投资机构对于华大基因业绩完成情况、规范化治理都很满意—尽管有华大基因内部人士向记者称，“2013年的收入透支了2014年的”。 /p p 　　据公开报道，另一子公司华大医学的投资机构前后共有三批。2014年的第一批投资者包括深创投、苏州软银天维创投、上海国和现代服务业股权投资、成都光控西部创投、北京荣之联(002642,股吧)科技、深圳盛桥新领域投资、深圳红土生物创投、上海景林景麒投资等8家机构。2014年5月16日，第二批投资机构入驻，分别为上海腾希投资、深圳华弘资本、深圳南海成长创赢投资、中金佳成(天津)医疗投资等共4家。紧接着，又有包括松禾创投，青岛金石灏汭投资、深圳有孚创投等7家机构进行了投资，此外，深圳创投等也再一次进行了跟投。 /p p 　　除了钱，投资人最初还被要求配置与投资额相当的业务量，即带着业务投资。而汪建曾称，投资人的话语权与占股比例并非一致，“我们可以规定，投资人的话语权只占投资额的一定比例，比如1/10、1/20。” /p p 　 strong 　对赌压力下的“改革” /strong /p p 　　如此自信和强势的姿态，随着2014年的一纸禁令而急转直下。2014年2月，食品药品监管总局、国家卫生计生委联合下发通知，叫停基因测序，根据规定，目前国内使用的基因检测仪器、诊断试剂和相关医用软件等产品，需经食品药品监管部门审批注册，并经卫生计生行政部门批准技术准入方可应用。已经开展的，要立即停止。 /p p 　　此前，作为华大基因的主营业务之一的基因测序，已经开展了数年。尽管2014年7月，卫生部批准华大基因的两个基因检测仪恢复使用，使华大基因成为国内首批获批的基因检测公司，但4个多月的业务影响，已使华大基因完成对赌协议承诺颇有压力。“到后期华大基因显得很吃力。”一位华大基因前员工向记者表示。 /p p 　　为了实现盈利目标并准备2015年上市，华大基因在2014年后期开始了大刀阔斧的架构调整。“不少原先在华大科技的部门，在架构调整后，都移到了总部，因为不赚钱。被留在华大科技的都是赚钱的部门。”前述华大基因前员工表示。 /p p 　　架构调整还让华大基因实行扁平化管理，按照项目划分部门，并且每个部门要完成一个确定的利润额。目前，华大基因内部有100多个小组，每个组长直接对高层负责，高层则仅有八个人。“受伤最大的是中层管理层，多年闯过来的管理者，被高层下了死命令，每年要赚多少万，而且只能管十几个人的部门”。 /p p 　　这对华大基因的内部管理也形成了挑战，据华大基因内部人士称，华大基因一直将“科研做得很好的人，技术很牛的人，拉去做管理”，却一直没有聘请数量足够的专业管理人士。此前亦有资本方将架构调整前的华大基因评价为“架构复杂、管理混乱”。 /p p 　　在外部，华大基因也削减对于代理商的需求。2014年12月22日，华大基因在官网推出“‘爱in家’基因指导生育健康服务”，并称之为“采用轻松便捷的O2O方式开展的健康服务”。华大医学也密集开设各类“基因大讲堂”活动，总裁常常亲自上阵讲授助理团队制作的PPT。据《21世纪经济报道》报道，汪建曾下令取消全部代理商，最终的折中方案是提高门槛、严格准入。“医疗领域具有双向垄断(特性)，直接教育百姓的效果更好。”华大医学总裁尹烨的书架上如今摆满O2O营销书籍，并被称为“科普CEO”。 /p p 　　一般而言，医药、器械行业的潜规则为“4倍空间”，即终端价格与生产厂家销售给代理商的价格是4倍关系，差价被代理商、科室、医院按比例分配，历经多年而形成所谓潜规则。但华大基因将代理商价格与终端价格的差距缩减为2倍左右，即提高代理商拿货价格并降低终端价格。 /p p 　　更重要、也更众所周知的调整是，汪建原本打算将华大科技上市，后来的计划却将华大医学也一并上市，原因是华大科技盈利能力有限。流传于华大基因内部的说法是，“华大基因想要科技多赚钱，因为科技是家里大姐姐，没嫁出去的时候就要赚钱给弟弟妹妹。但现在科技赚的钱不够多，所以把华大医学绑在一起上市。” /p p 　　汪建曾向媒体坦陈，他理解商业化和研究之间的紧张关系。“如果我们过于商业化，会看不到未来，”他表示，“但如果我们只考虑未来，也不合适”。这样的双重任务，要求他必须既有梦想，同时又要成为商业战略家，在基础研究和更迅猛的商业化之间实现平衡。 /p p 　　华大基因在2014年一度已聘请投行准备前往海外上市，但2014年底，上市消息被确认回到A股。快速上市也许能够解开华大基因的资本套索，像此前的每一次一样，让它转危为安。 /p
    时间： 2015-06-24
    作者： 秦丽娟
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  • 利用MGI平台对大豆进行全基因组重测序分析

    [align=center][b][font=宋体]利用[/font][font='Times New Roman']MGI[/font][font=宋体]平台对大豆进行全基因组重测序分析[/font][/b][/align][b][font=宋体]摘要[/font][/b][font=宋体][font=宋体]：本研究建立了[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台全基因重测序的方法。[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆的全基因进行重测序结果显示，测序数据质量良好，且与参考基因组比对率较高，符合后续分析要求，对其进行[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的变异检测和注释，此结果说明今后可利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对其它样品进行全基因重测序分析。[/font][/font][b][font=宋体]关键词[/font][/b][font=宋体][font=宋体]：[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台；全基因重测序[/font][/font][align=center][font='Times New Roman']Whole genome resequencing analysis of soybeans using the MGI platform[/font][/align][b][font='Times New Roman']Abstract:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]In this study, a method for whole gene resequencing on the MGI platform was established. The results of resequencing the whole genes of soybean by MGI platform showed that the sequencing data was of good quality and had a high comparison rate with the reference genome, which met the requirements of subsequent analysis, and the variation detection and annotation of SNP and Indel were carried out, which indicated that the MGI platform could be used to perform whole gene resequencing analysis on other samples in the future.[/font][/font][b][font='Times New Roman']Keywords:[/font][font=宋体] [/font][/b][font=宋体][font=Times New Roman]MGI platform Whole gene resequencing[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font='Times New Roman']1 [font=宋体]研究背景[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]大豆是重要的粮食作物和油料作物，也是人类最主要的植物蛋白来源[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][1][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。我国是野生大豆的发源地，有着极其丰富的大豆种质资源基础，但是育种和产量较其他大豆主产国显得略有不足，究其原因是我国对大豆的研究和发掘力度存在不足，因此，对大豆育成品种的改良势在必行。自[/font][font=Times New Roman]2010[/font][font=宋体]年起，大豆群体水平的重测序也全面开展，在大豆的全基因组变异图谱上也得到了一定的研究进展[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman][2][/font][/font][font=宋体][font=宋体]。本研究利用[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对大豆全基因组进行重测序分析，挖掘全基因组水平上的突变。[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]2 [/font][font=宋体]实验仪器[/font][/font][/b][font=宋体]主要实验仪器：[/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISP-960[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]MGIDL-T7[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]DNBSEQ-T7[/font][/font][b][font=宋体][font=Times New Roman]3 [/font][font=宋体]实验结果[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.1 [/font][font=宋体]测序数据质量[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台的测序特点，使用双端测序的数据，要求[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]85%[/font][font=宋体]以上，可以看出大豆重测序数据[/font][font=Times New Roman]Q30[/font][font=宋体]平均比例在[/font][font=Times New Roman]94.72%[/font][font=宋体]以上，说明大豆测序数据质量良好，满足分析要求。[/font][/font][font='Times New Roman'] [/font][font='Times New Roman'] [/font][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]测序数据统计表[/font][/font][/b][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Samples[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean reads[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Clean bases[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']GC Content[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q20[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']%[/font][font=等线]≥[/font][font='Times New Roman']Q30[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169494922[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25424238300[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.18%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.49%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.27%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']166483906[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24972585900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.47%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.61%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.70%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']186127112[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27919066800[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']35.89%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.57%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.61%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']192397276[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28859591400[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.46%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.22%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']94.72%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']141636468[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21245470200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.11%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.67%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.84%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']169468714[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25420307100[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']36.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.60%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']95.66%[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']155078286[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23261742900[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']37.90%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.77%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']96.14%[/font][/align][/td][/tr][/table][font=Calibri] [/font][font=宋体][font=宋体]样品原始数据碱基质量值可由图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]看出不存在异常碱基，[/font][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]个大豆碱基测序错误率分布均如图[/font][font=Times New Roman]1[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps1.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]1 [/font][font=黑体]碱基测序错误率分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]碱基类型分布检查可用于检测有无[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]分离现象，若有碱基分离现象可能是测序或建库所带来的，并会影响后续分析。高通量所测序为基因组随即打断后的[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]片段，由于位点在基因组上的分布是近似均匀的，同时，[/font][font=Times New Roman]G/C[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]A/T[/font][font=宋体]含量也是近似均匀的。因此，根据大数定理，在每个测序循环上，[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量应当分别相等，且等于基因组的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量。同样因为重叠等的关系会导致样品前几个碱基[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]不等波动较大，高于其他测序区段，而其它区段的[/font][font=Times New Roman]GC[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]AT[/font][font=宋体]含量相等，且分布均匀无分离现象，如图[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]所示。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps2.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]2 ATGC[/font][font=黑体]含量分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2 [/font][font=宋体]与参考基因组的序列比对[/font][/font][font='Times New Roman']3.2.1 [font=宋体]比对结果[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]将测序得到的大豆样品与参考基因进行序列比对，[/font][font=Times New Roman]bwa[/font][font=宋体]软件主要用于二代高通量测序得到的短序列与参考基因组进行比对，比对结果见表[/font][font=Times New Roman]2[/font][font=宋体]，根据比对结果可评估测序数据是否满足后续分析。[/font][/font][align=center][b][font=黑体][font=黑体]表[/font][font=Times New Roman]2 [/font][font=黑体]比对效率统计表[/font][/font][/b][/align][table][tr][td][align=center][font='Times New Roman']Sample_ID[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Properly_mapped(%)[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']Averge_depth[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P117[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.53%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25.44[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P118[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.55%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']24.9[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P119[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.63%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']27.75[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P120[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.28%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']28.58[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P198[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.58%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']21.26[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P199[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.98%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.50%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']25[/font][/align][/td][/tr][tr][td][align=center][font='Times New Roman']P200[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']99.99%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']98.13%[/font][/align][/td][td][align=center][font='Times New Roman']23.13[/font][/align][/td][/tr][/table][font=宋体][font=宋体]将比对到不同染色体的[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=宋体]进行位置分布统计，绘制[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在参考基因组上的覆盖深度分布图，见图[/font][font=Times New Roman]3[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps3.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]3 Mapped Reads[/font][font=黑体]在参考基因组上的位置及覆盖深度分布图[/font][/font][/b][/align][font=宋体][font=宋体]统计[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]在指定的参考基因组不同区域的数目，绘制基因组不同区域样品[/font][font=Times New Roman]Mapped Reads[/font][font=宋体]的分布图，见图[/font][font=Times New Roman]4[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps4.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]4 [/font][font=黑体]基因组不同区域[/font][font=Times New Roman]Reads[/font][font=黑体]分布图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.2 [/font][font=宋体]插入片段长度检验[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]通过检测双端序列在参考基因组上的起止位置，可以得到样品[/font][font=Times New Roman]DNA[/font][font=宋体]打断后得到的测序片段的实际大小，即插入片段大小（[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]），它是信息分析时的一个重要参数。插入片段大小的分布一般符合正态分布，且只有一个单峰，[/font][font=Times New Roman]Insert Size[/font][font=宋体]分布图可以展示各个样品的插入片段的长度分布情况。各样品的插入片段长度模拟分布图见图[/font][font=Times New Roman]5[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps5.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]5 [/font][font=黑体]插入片段长度模拟图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.2.3[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]深度分布统计图[/font][/font][/b][font='Times New Roman']Reads[font=宋体]定位到参考基因组后，可以统计参考基因组上碱基的覆盖情况。参考基因组上被[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]覆盖到的碱基数占基因组的百分比称为基因组覆盖度；碱基上覆盖的[/font][font=Times New Roman]reads[/font][font=宋体]数为覆盖深度。基因组覆盖度可以反映参考基因组上变异检测的完整性，覆盖到的区域越多，可以检测到的变异位点也越多。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]覆盖度主要受测序深度以及样品与参考基因组亲缘关系远近的影响。基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性，在覆盖深度较高的区域（非重复序列区），变异检测的准确性也越高。[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]另外，若基因组上碱基的覆盖深度分布较均匀，也说明测序随机性较好。样品的碱基覆盖深度分布曲线和覆盖度分布曲线见图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]6[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps6.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]6 [/font][font=黑体]深度分布统计图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]3.3 [/font][font=宋体]变异检测[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.1 SNP[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font='Times New Roman'][font=宋体]根据变异位点在参考基因组上的位置以及参考基因组上的基因位置信息，可以得到变异位点在基因组发生的区域（基因间区、基因区或[/font]CDS[font=宋体]区等），以及变异产生的影响（同义非同义突变等）。软件可以使用[/font][font=Times New Roman]vcf[/font][font=宋体]格式文件作为输入和输[/font][/font][font=宋体][font=宋体]出，见图[/font][font=Times New Roman]7[/font][font=宋体]和图[/font][font=Times New Roman]8[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,321,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps7.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]7 SNP[/font][font=黑体]突变类型分布图[/font][/font][/b][/align][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps8.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]8 SNP[/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]3.3.2 Indel[/font][font=宋体]检测与注释[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]根据所有样品在[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区和全基因范围的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]长度进行统计，其长度分布如图[/font][font=Times New Roman]9[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,355,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps9.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font][font=Times New Roman]9 [/font][font=黑体]全基因和编码区[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=黑体]长度分布图[/font][/font][/b][/align][font='Times New Roman'][font=宋体]根据样品检测得到的[/font]Ind[/font][font=宋体][font=Times New Roman]el[/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]位点在参考基因组上的位置信息，对比参考基因组的基因、[/font]CDS[font=宋体]位置等信息，可以注释[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]位点是否发生在基因间区、基因区或[/font][font=Times New Roman]CDS[/font][font=宋体]区、是否为移码突变等。发生移码突变的[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]可能会导致基因功能的改变，具体注释结果见[/font][/font][font=宋体][font=宋体]图[/font][font=Times New Roman]10[/font][font=宋体]。[/font][/font][align=center][img=,344,]file:///C:/Users/xuxu/AppData/Local/Temp/ksohtml9716/wps10.jpg[/img][font=Calibri] [/font][/align][align=center][b][font=黑体][font=黑体]图[/font] [font=Times New Roman]10 Indel [/font][font=黑体]注释分类图[/font][/font][/b][/align][b][font=宋体][font=Times New Roman]4 [/font][font=宋体]结论[/font][/font][/b][font=宋体][font=宋体]本文基于[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]对大豆进行重基因测序，实验结果可看出，大豆样品测序产出数据良好，与参考基因组序列比对率较高，符合后续分析，对其进行变异检测可得到[/font][font=Times New Roman]SNP[/font][font=宋体]和[/font][font=Times New Roman]Indel[/font][font=宋体]的结果。其它研究表明[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman]MGISEQ-2000[/font][font=宋体]全基因组重测序表现性能稳定、质量可靠，在实际应用上有明显的优势和应用价值[/font][font=Times New Roman][3][/font][font=宋体]。对[/font][/font][font=宋体][font=宋体]本次实验说明[/font][font=Times New Roman]MGI[/font][font=宋体]平台对样品进行重测序效果良好，后续可对其它植物进行重测序。[/font][/font][font=宋体] [/font][font=宋体] [/font][font=宋体]参考文献：[/font][font=宋体][font=Calibri][1] [/font][/font][font='Times New Roman'][font=宋体]张永芳[/font],[font=宋体]钱肖娜[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]王润梅[/font][/font][font=宋体][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]等[/font][font=Times New Roman]. [/font][font=宋体]不同大豆材料的抗旱性鉴定及耐旱品种筛选[/font][font=Times New Roman][J].[/font][font=宋体]作物杂志[/font][font=Times New Roman],2019(5): 41-45.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][2] [/font][font=宋体]邬启帆[/font][font=Calibri]. [/font][font=宋体]基于基因组重测序黄淮海大豆育成品种遗传结构及重要家族遗传基础研究[/font][font=Calibri][D]. [/font][font=宋体]南昌[/font][/font][font=宋体][font=宋体]大学[/font][font=Times New Roman], 2023.[/font][/font][font=宋体][font=Calibri][3] [/font][/font][font=宋体][font=宋体]李伟宁[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]刘刚[/font][font=Times New Roman],[/font][font=宋体]周荣等[/font][font=Times New Roman]. MGISEQ-2000[/font][font=宋体]、[/font][font=Times New Roman]HiSeq 2000[/font][font=宋体]与[/font][font=Times New Roman]NovaSeq 6000[/font][font=宋体]平台全基因组重测序数据的比较分析[/font][font=Times New Roman][J]. [/font][font=宋体]中国畜牧杂志[/font][font=Times New Roman],2021,57(11):156-162.[/font][/font]

  • 美中特别委员会提议禁止华大智造等多家中国生物公司

    美国与中国共产党战略竞争众议院特别委员会主席迈克加拉格尔（R-WI）和高级成员拉贾克里希纳莫蒂（D-IL）今天提出了一项法案，以确保外国生物技术公司无法获得美国纳税人的资金。一旦颁布，该立法将限制联邦资助的医疗服务提供者使用外国对手生物技术公司，包括华大基因集团及其子公司华大智造和Complete Genomics，以及另一家中国-公司药明康德。罗姆尼参议员表示： “中国的生物技术公司正在通过医疗诊断测试收集世界各地数百万人的基因和敏感健康数据，以使中国占据上风。” “我们的两党立法禁止与中国有联系的公司签订联邦合同和融资机制，这有助于确保美国纳税人的钱不能被用来补贴威胁我们国家安全的生物技术公司。”“每天，美国人都会抽血或接受其他医学检查以保护他们的健康。但是，很少有人确切知道谁有权访问这些样本中包含的 DNA 信息，或者他们会如何使用这些信息。从 DNA 检测试剂盒到医疗诊断，随着生物技术领域在日常生活中变得越来越重要，外国对手控制的生物技术公司构成的威胁持续增长。”?“这项法案将保护美国人的个人健康和遗传信息免受外国对手的侵害，这些对手有能力和动机利用这些信息来破坏我们的国家安全。美国Complete Genomics (CG) 公司成立于2005年，是全球首家提供人类基因组测序服务的生命科学公司。CG公司独有DNA纳米球(DNA nanoball，DNB) 芯片及组合探针错定连接 (combinatorialprobe anchor ligetion，cPAL) 这两种测序相关技术,2013年被华大基因收购，并成立华大智造公司单独发展基因测序仪，依托于相关技术，华大智造目前已经是国际主流基因测序仪供应商之一。[来源：仪器信息网] 未经授权不得转载[align=right][/align]

  • 【转帖】我国科学家参与全球最大微生物基因组研究项目

    近日，深圳华大基因研究院宣布，我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目，对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序，从而建立一个全球性的基因图谱，并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性，以便更好地造福社会及人类。与以往的微生物研究有所不同，该项目的研究对象不仅集中于海洋和人体环境中微生物群落，还包括土壤、空气、淡水生态系统等整个地球表面的绝大多数的微生物群落。华大基因将负责亚洲地区所有样本的收集和鉴定，并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。这些信息学分析流程将为项目研究产生的海量数据提供一个分析框架。项目负责人、芝加哥大学和阿贡国家实验室的教授杰克·吉尔伯特博士表示：“华大基因在测序能力、测序技术和信息分析等方面已展现出卓越的能力。此项目是一个前所未有的最大的基因组测序项目，作为全球最大基因组学研究中心，华大基因的参与至关重要。”华大基因理事长杨焕明院士表示，微生物对地球上所有的生命具有至关重要的作用，而我们对微生物的复杂性和多样性认识不足，征服这个未知的领域非常有必要。华大基因拥有国际先进水平的测序平台和强大的生物信息学分析能力，可以为促进人类对微生物群落重要性的了解贡献力量。（来源：科技日报）

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华大基因相关的仪器

  • 华大智造DNBSEQ-T7基因测序仪（原名MGISEQ-T7） 400-885-9293
    华大智造DNBSEQ-T7基因测序仪全面、灵活的中大型基因组测序仪活跃你的日处理能力DNBSEQ-T7日产出高质量数据1-6 T，广泛适用于全基因组测序、超深度外显子组测序、表观基因组测序、转录组测序和肿瘤Panel等大型测序项目。基于华大智造独有的DNBSEQ&trade 技术，DNBSEQ-T7全面升级生化、流体及光学系统，使测序更加高效多产。 超级通量模式：1-6Tb生产级的DNBSEQ-T7通量惊人，单张载片最大有效reads数可达5000M，最大数据量达1.5Tb，四载片连载日产数据量高达6Tb，广泛适用于全基因组测序（60例/天）、超高深度外显子组测序（400例/天）、宏基因组测序（1000例/天）、肿瘤Panel测序（6000例/天）等大型测序项目。超级运行模式：1-4张载片独立运行DNBSEQ-T7拥有4联载片平台，灵活支持1-4张载片独立运行：每张载片在上机后可自动完成清洗和回收，能够在24小时内无缝衔接多轮测序。 超级速度模式：SE50~5小时/PE100~20小时/PE150~24小时以新冠病毒基因测序为例，DNBSEQ-T7使用SE50进行新冠病毒测序，5~6个小时可完成一轮测序，如高通量宏基因组测序（100M reads/样本），每轮可检测~128例样本，每天可做4轮检测；再如多重测序筛查（5M reads/样本），每轮可检测~2300例样本，每天可做3轮检测，日检测通量近万。一站式整体解决方案：端到端围绕DNBSEQ-T7，华大智造提供全面的自动化解决方案。在上游的样本前处理方面，可适配华大智造自动化样本制备系统MGISP系列（MGISP-960/MGISP-100）；在下游的计算存储方面，华大智造推出了集计算、存储和分析软硬件为一体的“T7伴侣”：ZTRON生信自动化服务平台。在整体的实验室管理方面，华大智造ZLIMS实验室信息管理系统提供端到端的解决方案。产品特点 日产能高达6Tb，全天候提供高质量数据满负荷PE150≤24小时4联芯片平台，支持PE150和PE100不同读长并行测序 性能参数DNBSEQ-T7性能参数产品型号DNBSEQ-T7芯片数／Run4Lane/芯片1有效reads数／芯片*5000M支持读长PE100PE150* 有效读取的最大数量基于内部标准文库的测序。 实际输出可能因样品类型和库制备方法而异。 DNBSEQ-T7性能表现读长数据产出数据质量Q30 *运行时间 **PE1001~4Tb85%~20hPE1501.5~6Tb80%~24h* Q30以上的基数百分比是整个运行中内部标准文库的平均值。 实际性能受样品类型，文库质量和插入片段长度等因素影响。**运行时间包括芯片上机，测序，生成Cal.文件等。Cal.是由华大智造测序仪basecall软件生成的二进制文件格式。
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    厂商： 深圳华大智造科技股份有限公司
    品牌： 华大智造/MGI
    型号： MGISEQ-T7
    价格： 面议
  • 华大智造MGI基因测序仪DNBSEQ-E25 400-885-9293
    小巧、轻便、快捷的桌面型基因测序仪就在你身边的基因测序仪DNBSEQ-E25是一款小巧轻便的基因测序仪，仪器站桌面积仅0.1㎡，运行速度快，对实验室环境要求低，安装、维护简单，大大降低了测序的门槛。适合开展病原微生物检测、小型基因组测序等应用。微流控载片设计测序载片采用微流控设计，与测序试剂盒直接搭配使用，测序试剂不经过仪器直接进入载片。 集成信号采集模块集成信号采集模块直接读取碱基信号，无需传统光学系统。集成自发光生化体系全新设计的自发光体系，无需外界激发光源即可产生信号，仪器简洁耗能低，可移动部署
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    厂商： 深圳华大智造科技股份有限公司
    品牌： 华大智造/MGI
    型号： DNBSEQ-E25
    价格： 面议
  • 华大智造MGI基因测序仪DNBSEQ-T20x2 400-885-9293
    超高通量测序仪DNBSEQ-T20x2为大规模的基因组项目提供可选的一站式工具包，包括样本制备系统及试剂、自动化建库设备、建库试剂，以及一系列支持海量数据处理的工具和模块，如：具备Pb级数据储存和生信分析加速处理能力的ZTRONPro,以及可实现样本管理、实验室生产、基因数据管理的ZLIMS Pro+。
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    厂商： 深圳华大智造科技股份有限公司
    品牌： 华大智造/MGI
    型号： DNBSEQ-T20x2
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华大基因相关的耗材

  • 基因发现芯片
    基因发现芯片Discover Chip™ 可帮助用户研究380个基因，包括几种常用重要基因：拟南芥基因，人类基因，小鼠基因，大白鼠基因。这些基因发现芯片是寡核苷酸微阵列芯片,包含选自最重要的细胞功能中380个基因，可以获得转录和生理信息。70-mer的寡核苷酸在芯片（第100级微阵列洁净室）上双份合成，净化和打印。基因发现芯片芯片上有4种被动控制。寡核苷酸被认为是独一无二的，通过BLAST的被计算分析，以公共数据库序列为目标，避免“交叉杂交”。允许Cy3和Cy5信号正常化以及微阵列实验的控制和正常化。 编号 名称 DCA 发现芯片™ -拟南芥 DCH 发现芯片™ -人类 DCM -发现芯片™ - -小鼠 DCR -发现芯片™ --大白鼠
    供应商： 孚光精仪（中国）有限公司
    品牌： 孚光精仪
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  • 人类基因组芯片配件
    人类基因组芯片配件是全球第一个完全基于人类基因组顺序的基因芯片微阵列，这种基因芯片的设计和制造使用了完整注解的25 509组人类基因。 这种新一代人类基因组芯片配件相对于其它产品有重要优势，其它产品往往从来源源注释不清的基因数据库组成ESTs序列。 这 种ArrayIt人类基因组芯片H25K/BT是一种多用途微阵列，含有26304长的寡核苷酸，设计用来优化在一个单一的生化反应中的对整个人类基因组 的研究。用户可以利用从基因组DNA，mRNA和蛋白质中的样品。可以研究许多问题，从核型分析和基因表达分析，到以染色质结构和蛋白质-DNA相互作用 的问题都可以研究。基因表达的革命性的学说是，一个位点上基因的单个杂交反应中可以定量测量超过300 000个基因转录。研究人员可能在H25K/ BT芯片买到一个或多个寡核苷酸。 关于生物信息学，寡核苷酸生产的最先进的技术，芯片印刷和表面化学带来前所未有的特异性和敏感性，从而优化结果的分析和利用。 编号 名称 H25K:BT 人类整个基因组(25 509 基因 - 26 304 长寡核苷酸)
    供应商： 孚光精仪（中国）有限公司
    品牌： 孚光精仪
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  • 人类基因组芯片
    人类基因组是全球第一个完全基于人类基因组顺序的基因芯片微阵列，这种基因芯片的设计和制造使用了完整注解的25 509组人类基因。 这种新一代人类基因组芯片相对于其它产品有重要优势，其它产品往往从来源源注释不清的基因数据库组成ESTs序列。 这 种ArrayIt人类基因组芯片H25K/BT是一种多用途微阵列，含有26304长的寡核苷酸，设计用来优化在一个单一的生化反应中的对整个人类基因组 的研究。用户可以利用从基因组DNA，mRNA和蛋白质中的样品。可以研究许多问题，从核型分析和基因表达分析，到以染色质结构和蛋白质-DNA相互作用 的问题都可以研究。基因表达的革命性的学说是，一个位点上基因的单个杂交反应中可以定量测量超过300 000个基因转录。研究人员可能在H25K/ BT芯片买到一个或多个寡核苷酸。 关于生物信息学，寡核苷酸生产的最先进的技术，芯片印刷和表面化学带来前所未有的特异性和敏感性，从而优化结果的分析和利用。 编号 名称 H25K:BT 人类整个基因组(25 509 基因 - 26 304 长寡核苷酸)
    供应商： 孚光精仪（中国）有限公司
    品牌： 孚光精仪
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