【讨论】代谢组学资料

代谢组学研究的样品主要是血浆、血清、尿液、脑脊液以及组织等。对于尿液处理方法通常有两种：SPE和简单的去离子水稀释。UPLC－Q－TOF用来做代谢组学的研究还是有一定的优势的。由于尿中的代谢物很多所以最好使用较长的色谱柱，而且可以选用不同填料，以保证所分析的代谢物的全面性。另外，对于代谢组学研究，样品的处理仅仅是其中的一部分内容。我认为要保证实验的科学性和正确性，首先要确保前期样本采集这一步，即动物模型的建立必须与临床病症的产生原理一致，样本的采集尽量无损伤性，减少动物的应激反应防止因此产生的内源性物质发生变化；收集后的贮存，保证样本的原始性；第二步才是样本的测试，最好多种测试方法联合使用，得到反映代谢物整体的代谢物谱；然后是数据处理，选用多种化学统计学方法对是测得的数据进行统计分析，常用PCA、PLS－DA等；最后是运用生物信息学等理论对结果进行合理的解释。呵呵，这一步通常是最为复杂的。至少对我这个搞分析的来讲是比较难的。
其实代谢组学说白了是一种新的测试方法、手段，类似指纹图谱，不同的就是它是和药效、病理直接相关联的。因而可以用来研究中药的药效、作用机理，诊断疾病，毒性筛选，它直接反映的是药物或疾病的作用结果。想要详细学习它，可以看些专家的文章，比如鼻祖Nicholson JK,Oliver Fien,国内的唐惠儒、许国旺、贾伟、刘昌孝等。

谢谢您的回帖，很详细也很系统！
我目前的大体实验过程如您所说的。但是我现在对代谢组学除了文献、仪器之外就不太了解了。我有几个问题。
首先，是我想要解决的问题。因为我还没有做出一些有意义的结果，都是纸上谈兵。所以想先简单的尝试一下。我想先看看加标的尿液和不加标的尿液能不能做出差别。尿液的加标又分为不同的浓度，这样我可以知道大概在多少浓度的时候，我是不能够从尿液中检出我所加的标准物质。这样也可以给我提示：相同的前处理和仪器条件下，某些浓度太低的物质是不容易被检出的。同时，我也可以通过改变流动相、质谱条件来达到更低的检出限。但我不知道这样做是否有什么不足或者是不是不可取？
第二，如何使仪器出的色谱峰更多？是不是出的峰越多越好？我不太理解出峰特别多是什么概念？但我感觉我前面所做的尿液看上去没有特别多的峰。另外，我不懂楼上的朋友所说的用不同的方法分析是指什么？是不是指不同的色谱柱、流动相、质谱条件甚至不同的前处理方法等等？
第三，我所用的前处理方法是不是有什么不足，或者是不是需要根据所需要研究的物质进行相应的前处理方法的选择？我目前就是高速离心，然后过膜（13mm*0.2um）。
谢谢！

我对代谢组学不太了解，妄谈几句。我的理解，首先，色谱峰的出现意味着组分的存在，代谢产物的组分一般都是比较复杂的，但还是应该有什么说什么，所以单纯用色谱峰的多少来判断效果好不好似乎不是很可取。当然如果真的太少，确实也不太对。第二，1楼所说的多种方法联合使用，从而建立代谢物谱，就是指楼主所说的可能有些检不出来的情况。不同的分析物可能对不同的方法敏感，通过使用不同的分析方法，以保证所有的组分都能被完全检测到。但是楼主考虑的获得检测限似乎费时费力，查一下论坛内关于检测限的计算方法。另外改变流动相达到更低的检测限也是不可能的。最后，楼主的前处理就只有一个过滤，应该不会损失组分，但是往往出峰效果会不太好。1楼提到的SPE的作用既可以纯化，也可以富集（就是浓缩，变相达到更低的“检测限”，不是真的），但是可能带来损失。看怎么取舍了。

王广基教授在这方面也做得不错

偶说几句
生物体是一个复杂的体系，即使尿液也不例外。著名的分析化学叫，中国色谱奠基人卢佩璋院士说过：如果能建立尿样中的各种代谢物指标的谱图随人增长的变化，已经完全可以判断一个人的健康状况。
所以说，如果只是对尿样进行过膜，然后走液相，看谱图，是一点意义没有的，这样只会得到一些混乱的谱图。
如何处理尿样，对不同的分析样品应该有不同的处理方法。如，要检测尿样中氨基酸含量与心脑血管疾病的关系，至少要先得到心脑血管患者的数据，然后对他们的鸟样进行分析。氨基酸属于两性化合物。所以可以采取例子电泳或者在液相流动相中添加离子对试剂，或采用离子交换树脂等等。但是否说这样做就可以了？当然不是。尿中含有大量的生理盐，尿素，小部分的糖，脂肪酸，蛋白质。这些东西不除去必然会影响试验结果的重复性和精密性，因此适当的样品处理是必需的。
现在有所谓全谱的说法，并不是指把尿样做简单处理以保证大部分代谢物的存在，然后一起做HPLC，这想想就荒谬。不同代谢物间性质千差万别疑惑形如孪生，岂能一下就分出来？分析化学强大还没强大到能把生物学吞并。即使全谱，也必须是多次测定的一个集合，根据每次测定的目的采用不同的样品处理及分析方法，妄想一部得出结果是不可能的。
此乃愚见，不胜赐教。

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我也做代谢组学的，咱们仪器差不多，有一些经验，有问题咱们互相讨论！！